We report the complete mitochondrial genome sequence of endangered yellow-throated marten, Martes flavigula. The complete mitochondrial genome of M. flavigula is 16,555 bp in length. We identified 13 protein coding genes, 22 transfer RNA, two ribosomal RNA, and one control region. The mitogenome is A+T rich, with a composition of 31.3% A, 28.7% C, 13.0% G, and 27.0% T. According to phylogenetic analysis based on mitochondrial complete genomes, Martes flavigula in the subgenus Charronia was clearly distinct from the subgenus Martes. This phylogeny of the genus Martes supports the conventional systematic treatment. The genetic and taxonomic analysis in this study provides necessary information for the future studies of yellow-throated marten and the Mustelidae family.
The Golovinomyces biocellatus complex is known to consist of powdery mildew from the Golovinomyces genus, associated with host plants from the Lamiaceae family. Recent molecular phylogenetic analyses have resolved the taxonomic composition of this complex, and Golovinomyces biocellatus sensu stricto is considered to be a pathogen of Glechoma species, globally. However, this paper presents a new finding of Golovinomyces salviae on Glechoma longituba, besides its original host species of Salvia. This information was inferred by molecular phylogenetic analyses from the multi-locus nucleotide sequence dataset of intergeneric spacer (IGS), internal transcribed spacer (ITS), large subunit (LSU) of rDNA, and glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (GAPDH) gene. Further, the asexual morphology of this fungus is described and illustrated.
We have conducted pyrosequencing for freshwater microbial community analyses. Fourteen sites along the Yeongsan river were selected for this study, and samples were collected monthly from May to July, 2012. Total 987,380 reads were obtained from 42 samples and used for taxonomic classification and OTU distribution analysis. Our results showed that high geographical and temporal variation in the phylum level bacterial composition, suggesting that microbial community is a very sensitive parameter affected by the surrounding environments including tributaries and land use nearby. In addition, we conducted an OTU-based Microbial Source Tracking to identify sources of fecal pollution in the same region. From this study Firmicutes was found to be the most influential taxa in this region. Here, we report that the use of pyrosequencing based microbial community analysis may give an additional information on freshwater quality monitoring, in addition to the currently used water quality parameters, such as BOD and pH.
Kim, Kun-Ok;Hong, Sun-Hee;Lee, Yong-Ho;Na, Chae-Sun;Kang, Byeung-Hoa;Son, Yo-Whan
Journal of Ecology and Environment
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v.32
no.4
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pp.277-293
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2009
Disagreement among the various publications providing lists of Korean endemic plants makes confusion inevitable. We summarized the six previous reports providing comprehensive lists of endemic plants in Korea: 407 taxa in Lee (1982), 570 taxa in Paik (1994), 759 taxa in Kim (2004), 328 taxa in Korea National Arboretum (2005), 515 taxa in the Ministry of Environment (2005) and 289 taxa in Flora of Korea Editorial Committee (2007). The total number of endemic plants described in the previous reports was 970 taxa, including 89 families, 302 genera, 496 species, 3 subspecies, 218 varieties, and 253 formae. Endemic plants listed four times or more were collected to compare the data in terms of scientific names and synonyms (339 taxa in 59 families and 155 genera). If the varieties and formae were excluded, the resulting number of endemic plants was 252 taxa for the 339 purported taxa analyzed. Seven of the 155 genera analyzed were Korean endemic genera. Among the 339 taxa, the same scientific names were used in the original publications for 256 taxa (76%), while different scientific names were used for 83 taxa (24%). The four largest families were Compositae (42 taxa, 12.4%), Ranunculaceae (19 taxa, 5.6%), Rosaceae (19 taxa, 5.6%), and Scrophulariaceae (19 taxa, 5.6%). Saussurea (Compositae) had the highest number of taxa within one genus (17 taxa; 5% of total endemic taxa).
Katherine M. Thibault;Christine M, Laney;Kelsey M. Yule;Nico M. Franz;Paula M. Mabee
Journal of Ecology and Environment
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v.47
no.4
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pp.219-227
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2023
The US National Science Foundation's National Ecological Observatory Network (NEON) is a continental-scale program intended to provide open data, samples, and infrastructure to understand changing ecosystems for a period of 30 years. NEON collects co-located measurements of drivers of environmental change and biological responses, using standardized methods at 81 field sites to systematically sample variability and trends to enable inferences at regional to continental scales. Alongside key atmospheric and environmental variables, NEON measures the biodiversity of many taxa, including microbes, plants, and animals, and collects samples from these organisms for long-term archiving and research use. Here we review the composition and use of NEON resources to date as a whole and specific to biodiversity as an exemplar of the potential of national research infrastructure to contribute to globally relevant outcomes. Since NEON initiated full operations in 2019, NEON has produced, on average, 1.4 M records and over 32 TB of data per year across more than 180 data products, with 85 products that include taxonomic or other organismal information relevant to biodiversity science. NEON has also collected and curated more than 503,000 samples and specimens spanning all taxonomic domains of life, with up to 100,000 more to be added annually. Various metrics of use, including web portal visitation, data download and sample use requests, and scientific publications, reveal substantial interest from the global community in NEON. More than 47,000 unique IP addresses from around the world visit NEON's web portals each month, requesting on average 1.8 TB of data, and over 200 researchers have engaged in sample use requests from the NEON Biorepository. Through its many global partnerships, particularly with the Global Biodiversity Information Facility, NEON resources have been used in more than 900 scientific publications to date, with many using biodiversity data and samples. These outcomes demonstrate that the data and samples provided by NEON, situated in a broader network of national research infrastructures, are critical to scientists, conservation practitioners, and policy makers. They enable effective approaches to meeting global targets, such as those captured in the Kunming-Montreal Global Biodiversity Framework.
Cockroaches inhabit various habitats, which will influence their microbiome. Although the microbiome can be influenced by the diet and environmental factors, it can also differ between species. Therefore, we conducted 16S rDNA-targeted high-throughput sequencing to evaluate the overall bacterial composition of the microbiomes of 3 cockroach species, Periplaneta americana, P. japonica, and P. fuliginosa, raised in laboratory for several generations under the same conditions. The experiments were conducted using male adult cockroaches. The number of operational taxonomic units (OTUs) was not significantly different among the 3 species. With regard to the Shannon and Pielou indexes, higher microbiome values were noted in P. americana than in P. japonica and P. fuliginosa. Microbiome composition was also evaluated, with endosymbionts accounting for over half of all OTUs in P. japonica and P. fuliginosa. Beta diversity analysis further showed that P. japonica and P. fuliginosa had similar microbiome composition, which differed from that of P. americana. However, we also identified that P. japonica and P. fuliginosa host distinct OTUs. Thus, although microbiome compositions may vary based on multiple conditions, it is possible to identify distinct microbiome compositions among different Periplaneta cockroach species, even when the individuals are reared under the same conditions.
Michelle Miguel;Seon-Ho Kim;Sang-Suk Lee;Yong-Il Cho
Animal Bioscience
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v.36
no.9
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pp.1453-1464
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2023
Objective: This study investigated the changes in bacterial communities within decomposing swine microcosms, comparing soil with or without intact microbial communities, and under aerobic and anaerobic conditions. Methods: The experimental microcosms consisted of four conditions: UA, unsterilized soil-aerobic condition; SA, sterilized soil-aerobic condition; UAn, unsterilized soil-anaerobic condition; and San, sterilized soil-anaerobic condition. The microcosms were prepared by mixing 112.5 g of soil and 37.5 g of ground carcass, which were then placed in sterile containers. The carcass-soil mixture was sampled at day 0, 5, 10, 30, and 60 of decomposition, and the bacterial communities that formed during carcass decomposition were assessed using Illumina MiSeq sequencing of the 16S rRNA gene. Results: A total of 1,687 amplicon sequence variants representing 22 phyla and 805 genera were identified in the microcosms. The Chao1 and Shannon diversity indices varied in between microcosms at each period (p<0.05). Metagenomic analysis showed variation in the taxa composition across the burial microcosms during decomposition, with Firmicutes being the dominant phylum, followed by Proteobacteria. At the genus level, Bacillus and Clostridium were the main genera within Firmicutes. Functional prediction revealed that the most abundant Kyoto encyclopedia of genes and genomes metabolic functions were carbohydrate and amino acid metabolisms. Conclusion: This study demonstrated a higher bacteria diversity in UA and UAn microcosms than in SA and SAn microcosms. In addition, the taxonomic composition of the microbial community also exhibited changes, highlighting the impact of soil sterilization and oxygen on carcass decomposition. Furthermore, this study provided insights into the microbial communities associated with decomposing swine carcasses in microcosm.
Gomes, Eliane A.;Oliveira, Christiane A.;Lana, Ubiraci G. P.;Noda, Roberto W.;Marriel, Ivanildo E.;de Souza, Francisco A.
Journal of Microbiology and Biotechnology
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v.25
no.7
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pp.978-987
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2015
Aluminum (Al) toxicity is one of the greatest limitations to agriculture in acid soils, particularly in tropical regions. Arbuscular mycorrhizal fungi (AMF) can supply plants with nutrients and give protection against Al toxicity. The aim of this work was to evaluate the effects of soil liming (i.e., reducing Al saturation) on the AMF community composition and structure in the roots of maize lines contrasting for Al tolerance. To this end, we constructed four 18S rDNA cloning libraries from L3 (Al tolerant) and L22 (Al sensitive) maize lines grown in limed and non-limed soils. A total of 790 clones were sequenced, 69% belonging to the Glomeromycota phylum. The remaining sequences were from Ascomycota, which were more prominent in the limed soil, mainly in the L3 line. The most abundant AM fungal clones were related to the family Glomeraceae represented by the genera uncultured Glomus followed by Rhizophagus and Funneliformis. However, the most abundant operational taxonomic units with 27% of the Glomeromycota clones was affiliated to genus Racocetra. This genus was present in all the four libraries, but it was predominant in the non-limed soils, suggesting that Racocetra is tolerant to Al toxicity. Similarly, Acaulospora and Rhizophagus were also present mostly in both lines in non-limed soils. The community richness of AMF in the non-limed soils was higher than the limed soil for both lines. The results suggest that the soil Al saturation was the parameter that mostly influences the AMF species composition in the soils in this study.
Objective: This study was to evaluate the effect of husbandry systems and strains on cecum microbial diversity of Jingyang chickens under the same dietary conditions. Methods: A total of 320 laying hens (body weight, 1.70±0.15 kg; 47 weeks old) were randomly allocated to one of the four treatments: i) Silver-feathered hens in enrichment cages (SEC) with an individual cage (70×60×75 cm), ii) Silver-feathered hens in free range (SFR) with the stocking density of 1.5 chickens per ten square meters, iii) Gold-feathered hens in enrichment cages (GEC), iv) Gold-feathered hens in free range (GFR). The experiment lasted 8 weeks and the cecum fecal samples were collected for 16S rDNA high throughput sequencing at the end of experiment. Results: i) The core microbiota was composed of Bacteroidetes (49% to 60%), Firmicutes (21% to 32%) and Proteobacteria (2% to 4%) at the phylum level. ii) The core bacteria were Bacteroides (26% to 31%), Rikenellaceae (9% to 16%), Parabacteroides (2% to 5%) and Lachnoclostridium (2% to 6%) at the genus level. iii) The indexes of operational taxonomic unit, Shannon, Simpson and observed species were all higher in SFR group than in SEC group while in GEC group than in GFR group, with SFR group showing the greatest diversity of cecum microorganisms among the four groups. iv) The clustering result was consistent with the strain classification, with a similar composition of cecum bacteria in the two strains of laying hens. Conclusion: The core microbiota were not altered by husbandry systems or strains. The free-range system increased the diversity of cecal microbes only for silver feathered hens. However, the cecum microbial composition was similar in two strain treatments under the same dietary conditions.
Proceedings of the Microbiological Society of Korea Conference
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2002.10a
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pp.100-105
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2002
The diversity of epiphytic bacterial communities on deciduous oak tree (Quercus dentate Thunb.) leaves was examined both in the natural forest area with a clean air and in the industrial estate to assess effects of acidic deposition to the phyllosphere using 16S rDNA sequence data. In addition, acid-tolerant epiphytic bacterial communities were compared. A total of 78 epiphytic and 444 acid-tolerant clones were obtained from clone libraries, resulting in 20 and 17 phylotypes by analysis of restriction fragment length polymorphism (RFLP) for PCR-amplified 16S rDNA products. A low bacterial diversity in both areas was found. As tree leaves grow older, bacterial diversities were slightly increased in the level of subphylum. The community structure of epiphytic bacteria in both areas in April consisted of only two subphyla, $\beta-and\;\gamma-Proteobacteria$. In August two additional subphyla in both areas were found, but the composition was a little different, Acidobacteria and Cytophaga-Flexibacter-Bacteroids (CFB) group in the industrial estate and a -Proteobacteria and CFB group in the natural area, respectively. Acidobacteria could be an indicator of epiphytic bacteria for acidic deposition on plant leaves, whereas a -Proteobacteria be one of epiphytic bacteria that naturally survive on leaves that are not affected by acidic deposition. The acid-tolerant bacterial communities in April were composed of two subphyla, $\gamma-Proteobacteria$ and Low G+C gram-positive bacteria in both areas, and in August a-Proteobacteria was added to the community just in the natural forest area. The direct influence of acidic deposition on the acid-tolerant bacterial phylogenetic composition could not be detected in higher taxonomic levels such as subphylum, but at narrower or finer levels it could be observed by a detection of Xanthomonadales group of $\gamma-Proteobacteria$ just in the industrial estate.
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[게시일 2004년 10월 1일]
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