A major step towards understanding of the genetic basis of an organism is the complete sequence determination of all genes in target genome. The nucleotide sequence encoded in the genome contains the information that specifies the amino acid sequence of every protein and functional RNA molecule. In principle, it will be possible to identify every protein resposible for the structure and function of the body of the target organism. The pattern of expression in different cell types will specify where and when each protein is used. The amino acid sequence of the proteins encoded by each gene will be derived from the conceptional translation of the nucleotide sequence. Comparison of these sequences with those of known proteins, whose sequences are sorted in database, will suggest an approximate function for many proteins. This mini review describes the development of new sequencing methods and the optimization of sequencing strategies for whole genome, various cDNA and genomic analysis.
In order to enhance the target action of chitosan-based drug, this paper firstly prepared phenylalanyl-glycylchitosan (Phe-Gly-CS) by grafting the key intermediate, bromoacetyl-phenylalanine (BA-Phe) onto chitosan. Then the target sugar molecule, lactobionic acid (LA), was grafted to Phe-Gly-CS and the topic compound lactobionic acid grafted phenylalanyl-glycyl-chitosan (Phe-Gly-CS-LA) was finally obtained in a yield of 78.8%. The product were characterized by FTIR, MS and 1H NMR. The preparing condition of BA-Phe was optimized as follows: the best pH was 10-11, the optimum temperature was $-4^{\circ}C$, the reaction time was 1.5 h.
Background: The human protein methyl-transferase DOT1L catalyzes the methylation of histone H3 on lysine 79 (H3K79) at homeobox genes and is also involved in a number of significant processes ranging from gene expression to DNA-damage response and cell cycle progression. Inhibition of DOT1L activity by shRNA or small-molecule inhibitors has been established to prevent proliferation of various MLL-rearranged leukemia cells in vitro, establishing DOT1L an attractive therapeutic target for mixed lineage leukemia (MLL). Most of the drugs currently in use for the MLL treatment are reported to have low efficacy, hence this study focused on various natural compounds which exhibit minimal toxic effects and high efficacy for the target receptor. Materials and Methods: Structures of human protein methyl-transferase DOT1L and natural compound databases were downloaded from various sources. Virtual screening, molecular docking, dynamics simulation and drug likeness studies were performed for those natural compounds to evaluate and analyze their anti-cancer activity. Results: The top five screened compounds possessing good binding affinity were identified as potential high affinity inhibitors against DOT1L's active site. The top ranking molecule amongst the screened ligands had a Glide g-score of -10.940 kcal/mol and Glide e-model score of -86.011 with 5 hydrogen bonds and 12 hydrophobic contacts. This ligand's behaviour also showed consistency during the simulation of protein-ligand complex for 20000 ps, which is indicative of its stability in the receptor pocket. Conclusions: The ligand obtained out of this screening study can be considered as a potential inhibitor for DOT1L and further can be treated as a lead for the drug designing pipeline.
Glutathione S-transferase A1 (GSTA1) appears to be primarily involved in detoxification processes, but possible roles in lung cancer remain unclear. The objective of this study was to investigate the expression and function of GSTA1 in lung cancer cells. Real-time PCR and Western blotting were performed to assess expression in cancer cell lines and the normal lung cells, then verify the A549 cells line with stable overexpression. Localization of GSTA1 proteins was assessed by cytoimmunofluorescence. Three double-strand DNA oligoRNAs (SiRNAs) were synthesized prior to being transfected into A549 cells with Lipofectamine 2000, and then the most efficient SiRNA was selected. Expression of the GSTA1 gene in the transfected cells was determined by real-time PCR and Western blotting. The viability of the transfected cells were assessed by MTT. Results showed that the mRNA and protein expression of A549 cancer cells was higher than in MRC-5 normal cells. Cytoimmunofluorescence demonstrated GSTA1 localization in the cell cytoplasm and/or membranes. Transfection into A549 cells demonstrated that down-regulated expression could inhibit cell viability. Our data indicated that GSTA1 expression may be a target molecule in early diagnosis and treatment of lung cancer.
Background: Transitional cell carcinoma (TCC) is the most predominant type of urinary bladder tumor. As cyclooxygenase (COX)-2 is recently introduced as an attractive target molecule in bladder TCC, we evaluated the immunohistochemical expression of this marker and its association with several clinicopathological characteristics. Materials and Methods: This cross-sectional study was performed in the Pathology department of Sina Hospital in Tehran, Iran during 2006-2011. Ninety-two paraffin embedded blocks were selected from patients with urinary bladder TCC who underwent cystectomy or transurethral resection (TUR). Then, we assessed COX-2 expression by immunohistochemical staining using antibody against COX-2. Staining in more than 5% of tumor cells was considered as positive expression. Results: COX-2 was expressed in 50 % of our patients. This marker was markedly expressed in high grade bladder TCC (62.1%) versus other grades and there was statistically a significant difference in COX-2 expression between various grades (p=0.008). In addition, patients' age, lymphatic and perineurial invasion were associated with the expression of COX-2 (p=0.001, 0.015 and 0.039, respectively). However, other parameters such as stage, tumor size, venous invasion and lymph node metastasis did not show any significant relationship with this marker (all, p>0.05). Conclusions: COX-2 was expressed in urinary bladder TCC especially in high grade forms, advocating its probable role in the differentiation of this tumor. Accordingly, COX-2 could be a valuable biological target molecule in the evaluation and treatment of patients with bladder TCC.
Hahn, Ji-Sook;Hu, Zhanzhi;Thiele, Dennis J.;Lyer, Vishwanath R.
한국미생물학회:학술대회논문집
/
한국미생물학회 2005년도 International Meeting of the Microbiological Society of Korea
/
pp.105-109
/
2005
Heat Shock Transcription Factor (HSF), and the promoter heat Shock Element (HSE), are among the most highly conserved transcriptional regulatory elements in nature. HSF mediates the transcriptional response of eukaryotic cells to heat, infection and inflammation, pharmacological agents, and other stresses. While HSF is essential for cell viability in yeast, oogenesis and early development in Drosophila, extended life-span in C. elegans, and extra-embryonic development and stress resistance in mammals, little is known about its full range of biological target genes. We used whole genome analyses to identify virtually all of the direct transcriptional targets of yeast HSF, representing nearly three percent of the genomic loci. The majority of the identified loci are heat-inducibly bound by yeast HSF, and the target genes encode proteins that have a broad range of biological functions including protein folding and degradation, energy generation, protein secretion, maintenance of cell integrity, small molecule transport, cell signaling, and transcription. Approximately 30% of the HSF direct target genes are also induced by the diauxic shift, in which glucose levels begin to be depleted. We demonstrate that phosphorylation of HSF by Snf1 kinase is responsible for expression of a subset of HSF targets upon glucose starvation.
Shin, Young Kee;Choi, Eun Young;Kim, Seok Hyung;Park, Seong Hoe
IMMUNE NETWORK
/
제1권1호
/
pp.1-6
/
2001
The identification of tumor-specific antigens has represented a critical milestone in cancer diagnosis and therapy. Clinical research in this area for leukemia has also been driven over the past few decades by the hope that surface antigens with restricted tissue expression would be identified. Disappointingly, only a small number of the leukemic antigens identified to date, meet sufficient criteria to be considered viable immunophenotypic markers. In this paper, we nominate anti-JL1 monoclonal antibody as an immunodiagnostic and immunotherapeutic candidate for leukemia. The JL1 molecule appears to be a novel cell surface antigen, which is strictly confined to a subpopulation of limited stages during the hematopoietic differentiation process. Despite the restricted distribution of the JL1 antigen in normal tissues and cells, anti-JL1 monoclonal antibody specifically recognizes various types of leukemia, irrespective of immunophenotypes. On the basis of these findings, we propose JL1 antigen as a tumor-specific marker, which shows promise as a candidate molecule for diagnosis and immunotherapy in leukemia, and one that spares normal bone marrow stem cells.
Intercellular adhesion molecule-1 (ICAM-1), which is induced by tumor necrosis factor (TNF)-${\alpha}$, contributes to the entry of immune cells into the site of inflammation in the skin. Here, we show that protein tyrosine phosphatase non-receptor type 21 (PTPN21) negatively regulates ICAM-1 expression in human keratinocytes. PTPN21 expression was transiently induced after stimulation with TNF-${\alpha}$. When overexpressed, PTPN21 inhibited the expression of ICAM-1 in HaCaT cells but PTPN21 C1108S, a phosphatase activity-inactive mutant, failed to inhibit ICAM-1 expression. Nuclear factor-${\kappa}B$ (NF-${\kappa}B$), a key transcription factor of ICAM-1 gene expression, was inhibited by PTPN21, but not by PTPN21 C1108S. PTPN21 directly dephosphorylated phospho-inhibitor of ${\kappa}B$ ($I{\kappa}B$)-kinase ${\beta}$ ($IKK{\beta}$) at Ser177/181. This dephosphorylation led to the stabilization of $I{\kappa}B{\alpha}$ and inhibition of NF-${\kappa}B$ activity. Taken together, our results suggest that PTPN21 could be a valuable molecular target for regulation of inflammation in the skin by dephosphorylating p-$IKK{\beta}$ and inhibiting NF-${\kappa}B$ signaling.
The native conformation of serpins (serine protease inhibitors) is strained. Upon cleavage of the reactive center loop of serpins by a protease, the amino terminal portion of the cleaved loop is inserted into the central ${\beta}-sheet$, A sheet, as the fourth strand, with the concomitant release of the native strain. We questioned the role of protease in this conformational switch from the strained native form into a stable relaxed state. Chemical cleavage of the reactive center loop of ${\alpha}_1-antitrypsin$, a prototype serpin, using hydroxylamine dramatically increased the stability of the serpin. A circular dichroism spectrum and peptide binding study suggests that the amino terminal portion of the reactive center loop is inserted into the A sheet in the chemically-cleaved ${\alpha}_1-antitrypsin$, as in the enzymatically-cleaved molecule. These results indicate that the structural transformation of a serpin molecule does not require interaction with a protease. The results suggest that the serpin conformational switch that occurred during the complex formation with a target protease is induced by the cleavage of the reactive center loop per se.
Inflammation is a frequent radiation-induced following therapeutic irradiation. Treatment of human umbilical endothelial cells (HUVEC) with ${\gamma}$-irradiation (${\gamma}$IR) induces the expression of adhesion proteins such as intercellular adhesion molecule-1 (ICAM-1), vascular cell adhesion molecule-1 (VCAM-1), and E-selectin. Since the upregulation of these proteins on endothelial cell surface has been known to be associated with inflammation, interfering with the expression of adhesion molecules is an important therapeutic target. In the present study, we demonstrate that bioflavonoid rutin inhibits ${\gamma}$IR induced expression of ICAM-1, VCAM-1, and E-selectin on HUVEC in a dose- and time dependent manner. Rutin also inhibited ${\gamma}$IR induced production of NO. These data suggest that rutin has therapeutic potential for the treatment of various inflammatory disorder associated with an increase of endothelial leukocyte adhesion molecules.
본 웹사이트에 게시된 이메일 주소가 전자우편 수집 프로그램이나
그 밖의 기술적 장치를 이용하여 무단으로 수집되는 것을 거부하며,
이를 위반시 정보통신망법에 의해 형사 처벌됨을 유념하시기 바랍니다.
[게시일 2004년 10월 1일]
이용약관
제 1 장 총칙
제 1 조 (목적)
이 이용약관은 KoreaScience 홈페이지(이하 “당 사이트”)에서 제공하는 인터넷 서비스(이하 '서비스')의 가입조건 및 이용에 관한 제반 사항과 기타 필요한 사항을 구체적으로 규정함을 목적으로 합니다.
제 2 조 (용어의 정의)
① "이용자"라 함은 당 사이트에 접속하여 이 약관에 따라 당 사이트가 제공하는 서비스를 받는 회원 및 비회원을
말합니다.
② "회원"이라 함은 서비스를 이용하기 위하여 당 사이트에 개인정보를 제공하여 아이디(ID)와 비밀번호를 부여
받은 자를 말합니다.
③ "회원 아이디(ID)"라 함은 회원의 식별 및 서비스 이용을 위하여 자신이 선정한 문자 및 숫자의 조합을
말합니다.
④ "비밀번호(패스워드)"라 함은 회원이 자신의 비밀보호를 위하여 선정한 문자 및 숫자의 조합을 말합니다.
제 3 조 (이용약관의 효력 및 변경)
① 이 약관은 당 사이트에 게시하거나 기타의 방법으로 회원에게 공지함으로써 효력이 발생합니다.
② 당 사이트는 이 약관을 개정할 경우에 적용일자 및 개정사유를 명시하여 현행 약관과 함께 당 사이트의
초기화면에 그 적용일자 7일 이전부터 적용일자 전일까지 공지합니다. 다만, 회원에게 불리하게 약관내용을
변경하는 경우에는 최소한 30일 이상의 사전 유예기간을 두고 공지합니다. 이 경우 당 사이트는 개정 전
내용과 개정 후 내용을 명확하게 비교하여 이용자가 알기 쉽도록 표시합니다.
제 4 조(약관 외 준칙)
① 이 약관은 당 사이트가 제공하는 서비스에 관한 이용안내와 함께 적용됩니다.
② 이 약관에 명시되지 아니한 사항은 관계법령의 규정이 적용됩니다.
제 2 장 이용계약의 체결
제 5 조 (이용계약의 성립 등)
① 이용계약은 이용고객이 당 사이트가 정한 약관에 「동의합니다」를 선택하고, 당 사이트가 정한
온라인신청양식을 작성하여 서비스 이용을 신청한 후, 당 사이트가 이를 승낙함으로써 성립합니다.
② 제1항의 승낙은 당 사이트가 제공하는 과학기술정보검색, 맞춤정보, 서지정보 등 다른 서비스의 이용승낙을
포함합니다.
제 6 조 (회원가입)
서비스를 이용하고자 하는 고객은 당 사이트에서 정한 회원가입양식에 개인정보를 기재하여 가입을 하여야 합니다.
제 7 조 (개인정보의 보호 및 사용)
당 사이트는 관계법령이 정하는 바에 따라 회원 등록정보를 포함한 회원의 개인정보를 보호하기 위해 노력합니다. 회원 개인정보의 보호 및 사용에 대해서는 관련법령 및 당 사이트의 개인정보 보호정책이 적용됩니다.
제 8 조 (이용 신청의 승낙과 제한)
① 당 사이트는 제6조의 규정에 의한 이용신청고객에 대하여 서비스 이용을 승낙합니다.
② 당 사이트는 아래사항에 해당하는 경우에 대해서 승낙하지 아니 합니다.
- 이용계약 신청서의 내용을 허위로 기재한 경우
- 기타 규정한 제반사항을 위반하며 신청하는 경우
제 9 조 (회원 ID 부여 및 변경 등)
① 당 사이트는 이용고객에 대하여 약관에 정하는 바에 따라 자신이 선정한 회원 ID를 부여합니다.
② 회원 ID는 원칙적으로 변경이 불가하며 부득이한 사유로 인하여 변경 하고자 하는 경우에는 해당 ID를
해지하고 재가입해야 합니다.
③ 기타 회원 개인정보 관리 및 변경 등에 관한 사항은 서비스별 안내에 정하는 바에 의합니다.
제 3 장 계약 당사자의 의무
제 10 조 (KISTI의 의무)
① 당 사이트는 이용고객이 희망한 서비스 제공 개시일에 특별한 사정이 없는 한 서비스를 이용할 수 있도록
하여야 합니다.
② 당 사이트는 개인정보 보호를 위해 보안시스템을 구축하며 개인정보 보호정책을 공시하고 준수합니다.
③ 당 사이트는 회원으로부터 제기되는 의견이나 불만이 정당하다고 객관적으로 인정될 경우에는 적절한 절차를
거쳐 즉시 처리하여야 합니다. 다만, 즉시 처리가 곤란한 경우는 회원에게 그 사유와 처리일정을 통보하여야
합니다.
제 11 조 (회원의 의무)
① 이용자는 회원가입 신청 또는 회원정보 변경 시 실명으로 모든 사항을 사실에 근거하여 작성하여야 하며,
허위 또는 타인의 정보를 등록할 경우 일체의 권리를 주장할 수 없습니다.
② 당 사이트가 관계법령 및 개인정보 보호정책에 의거하여 그 책임을 지는 경우를 제외하고 회원에게 부여된
ID의 비밀번호 관리소홀, 부정사용에 의하여 발생하는 모든 결과에 대한 책임은 회원에게 있습니다.
③ 회원은 당 사이트 및 제 3자의 지적 재산권을 침해해서는 안 됩니다.
제 4 장 서비스의 이용
제 12 조 (서비스 이용 시간)
① 서비스 이용은 당 사이트의 업무상 또는 기술상 특별한 지장이 없는 한 연중무휴, 1일 24시간 운영을
원칙으로 합니다. 단, 당 사이트는 시스템 정기점검, 증설 및 교체를 위해 당 사이트가 정한 날이나 시간에
서비스를 일시 중단할 수 있으며, 예정되어 있는 작업으로 인한 서비스 일시중단은 당 사이트 홈페이지를
통해 사전에 공지합니다.
② 당 사이트는 서비스를 특정범위로 분할하여 각 범위별로 이용가능시간을 별도로 지정할 수 있습니다. 다만
이 경우 그 내용을 공지합니다.
제 13 조 (홈페이지 저작권)
① NDSL에서 제공하는 모든 저작물의 저작권은 원저작자에게 있으며, KISTI는 복제/배포/전송권을 확보하고
있습니다.
② NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 상업적 및 기타 영리목적으로 복제/배포/전송할 경우 사전에 KISTI의 허락을
받아야 합니다.
③ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 보도, 비평, 교육, 연구 등을 위하여 정당한 범위 안에서 공정한 관행에
합치되게 인용할 수 있습니다.
④ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 무단 복제, 전송, 배포 기타 저작권법에 위반되는 방법으로 이용할 경우
저작권법 제136조에 따라 5년 이하의 징역 또는 5천만 원 이하의 벌금에 처해질 수 있습니다.
제 14 조 (유료서비스)
① 당 사이트 및 협력기관이 정한 유료서비스(원문복사 등)는 별도로 정해진 바에 따르며, 변경사항은 시행 전에
당 사이트 홈페이지를 통하여 회원에게 공지합니다.
② 유료서비스를 이용하려는 회원은 정해진 요금체계에 따라 요금을 납부해야 합니다.
제 5 장 계약 해지 및 이용 제한
제 15 조 (계약 해지)
회원이 이용계약을 해지하고자 하는 때에는 [가입해지] 메뉴를 이용해 직접 해지해야 합니다.
제 16 조 (서비스 이용제한)
① 당 사이트는 회원이 서비스 이용내용에 있어서 본 약관 제 11조 내용을 위반하거나, 다음 각 호에 해당하는
경우 서비스 이용을 제한할 수 있습니다.
- 2년 이상 서비스를 이용한 적이 없는 경우
- 기타 정상적인 서비스 운영에 방해가 될 경우
② 상기 이용제한 규정에 따라 서비스를 이용하는 회원에게 서비스 이용에 대하여 별도 공지 없이 서비스 이용의
일시정지, 이용계약 해지 할 수 있습니다.
제 17 조 (전자우편주소 수집 금지)
회원은 전자우편주소 추출기 등을 이용하여 전자우편주소를 수집 또는 제3자에게 제공할 수 없습니다.
제 6 장 손해배상 및 기타사항
제 18 조 (손해배상)
당 사이트는 무료로 제공되는 서비스와 관련하여 회원에게 어떠한 손해가 발생하더라도 당 사이트가 고의 또는 과실로 인한 손해발생을 제외하고는 이에 대하여 책임을 부담하지 아니합니다.
제 19 조 (관할 법원)
서비스 이용으로 발생한 분쟁에 대해 소송이 제기되는 경우 민사 소송법상의 관할 법원에 제기합니다.
[부 칙]
1. (시행일) 이 약관은 2016년 9월 5일부터 적용되며, 종전 약관은 본 약관으로 대체되며, 개정된 약관의 적용일 이전 가입자도 개정된 약관의 적용을 받습니다.