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Complete Sequence of a Gene Encoding KAR3-Related Kinesin-like Protein in Candida albicans

  • Kim Min-Kyoung;Lee Young Mi;Kim Wankee;Choi Wonja
    • Journal of Microbiology
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    • 제43권5호
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    • pp.406-410
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    • 2005
  • In contrast to Saccharomyces cerevisiae, little is known about the kinesin-like protein (KLP) in Candida albicans. The motor domain of kinesin, or KLP, contains a subregion, which is well conserved from yeast to humans. A similarity search, with the murine ubiquitous kinesin heavy chain region as a query, revealed 6 contigs that contain putative KLPs in the genome of C. albicans. Of these, the length of an open reading (ORF) of 375 amino acids, temporarily designated CaKAR3, was noticeably short compared with the closely related S. cerevisiae KAR3 (ScKAR3) of 729 amino acids. This finding prompted us to isolate a ${\lambda}$ genomic clone containing the complete CaKAR3 ORF, and here the complete sequence of CaKAR3 is reported. CaKAR3 is a C-terminus motor protein, of 687 amino acids, encoded by a non-disrupting gene. When compared with ScKAR3, the amino terminal region of 112 amino acids was unique, with the middle part of the 306 amino acids exhibiting $25\%$ identity and $44\%$ similarity, while the remaining C-terminal motor domain exhibited $64\%$ identity and $78\%$ similarity, and have been submitted to GeneBank under the accession number AY182242.

극미세 3차원 형상제작의 효율성 향상을 위한 영역분할 단면법에 관한 연구 (Sub-regional Slicing Method (SSM) to Fabricate 3D Microstructure Effectively in Nano-Stereolithography Process)

  • 박상후;임태우;양동열;이신욱;공홍진;이광섭
    • 한국정밀공학회:학술대회논문집
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    • 한국정밀공학회 2005년도 추계학술대회 논문집
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    • pp.264-267
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    • 2005
  • A subregional slicing method (SSM) is proposed to increase the nanofabrication efficiency of a nano-stereolithography (NSL) process based on two-photon polymerization (TPP). The NSL process can be used to fabricate 3D microstructures via the accumulation of layers of uniform thickness; hence, the precision of the final 3D microstructure depends on the layer thickness. The use of a uniform layer thickness means that, to fabricate a precise microstructure, a large number of thin slices is inevitably required. leading to long processing times. In the SSM proposed here, however, the 3D microstructure is divided into several subregions on the basis of the geometric slope, and then each of these subregions is uniformly sliced with a layer thickness determined by the geometric slope characteristics of each subregion. Subregions with gentle slopes are sliced with thin layer thicknesses, whereas subregions with steep slopes are sliced with thick layer thicknesses. Here, we describe the procedure of the SSM based on TPP, and discuss the fabrication efficiency of the method through the fabrication of a 3D microstructure.

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Molecular Surveillance of Pfkelch13 and Pfmdr1 Mutations in Plasmodium falciparum Isolates from Southern Thailand

  • Khammanee, Thunchanok;Sawangjaroen, Nongyao;Buncherd, Hansuk;Tun, Aung Win;Thanapongpichat, Supinya
    • Parasites, Hosts and Diseases
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    • 제57권4호
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    • pp.369-377
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    • 2019
  • Artemisinin-based combination therapy (ACT) resistance is widespread throughout the Greater Mekong Subregion. This raises concern over the antimalarial treatment in Thailand since it shares borders with Cambodia, Laos, and Myanmar where high ACT failure rates were reported. It is crucial to have information about the spread of ACT resistance for efficient planning and treatment. This study was to identify the molecular markers for antimalarial drug resistance: Pfkelch13 and Pfmdr1 mutations from 5 provinces of southern Thailand, from 2012 to 2017, of which 2 provinces on the Thai- Myanmar border (Chumphon and Ranong), one on Thai-Malaysia border (Yala) and 2 from non-border provinces (Phang Nga and Surat Thani). The results showed that C580Y mutation of Pfkelch13 was found mainly in the province on the Thai-Myanmar border. No mutations in the PfKelch13 gene were found in Surat Thani and Yala. The Pfmdr1 gene isolated from the Thai-Malaysia border was a different pattern from those found in other areas (100% N86Y) whereas wild type strain was present in Phang Nga. Our study indicated that the molecular markers of artemisinin resistance were spread in the provinces bordering along the Thai-Myanmar, and the pattern of Pfmdr1 mutations from the areas along the international border of Thailand differed from those of the non-border provinces. The information of the molecular markers from this study highlighted the recent spread of artemisinin resistant parasites from the endemic area, and the data will be useful for optimizing antimalarial treatment based on regional differences.

嶺東地方에 棲息하는 淡水魚의 地理的 分布에 關한 硏究 (Studies on the Geographical Distribution of Fresh-water Fishes in East Side Area of Taebaik Mountain Chain)

  • 최기철;전상린
    • 한국동물학회지
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    • 제11권1호
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    • pp.13-21
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    • 1968
  • (1) 1966年 5月 25日부터 1967年 8月 30日에 이르는 사이에 江原道高城郡懸內面松峴里에서 三陟郡近德面草堂窟에 이르는 嶺東地方에서 10箇 河川을 調査하여 40種의 淡水魚를 採集, 또는 確認하였다. 이 중, 32種은 이 地城에서는 未記錄種이다. (2) 이들 40種 중, 元山 以北에서 産出되지 않은 것이 14種이고, 漢江에서 棲息하지 않은 것이 17種이었고 蔚珍以南의 상도 慶尙道 東部에서 發見되지 않은 것이 11種 이다. (3) 嶺東地域에서 産出되지 않은 淡水魚로서 元山 以北에 棲息하는 것이 33種, 蔚珍 以南에서 發見되는 것이 16種, 漢江에서 採集되는 것이 60種이다. (4) 本區域은 淡水魚 分布上 Amur 亞區와 中國亞區의 中間型을 나타내고 있으며, 南北과 東西間의 差異는 各各 生態的 條件과 地域的 要因의 差異에 緣由하는 것으로 思料된다. (5) 本區域에서 産出되는 淡水魚 중, 分布上 特히 注目되는 것은 Ganthopogon strigatus, Cobitis rotundicaudata, Coreoperca kawamebari, Leucopsarion petersi 等이며, Gobiogobio, Pseudorasbora parva, Zacco paltypus, Zacco temmincki 等이 採集되지 못한 것은 意外이였다.

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특징 순위 방법을 이용한 혈소판 라만 스펙트럼에서 퇴행성 뇌신경질환과 혈관성 인지증 분류 (Feature Ranking for Detection of Neuro-degeneration and Vascular Dementia in micro-Raman spectra of Platelet)

  • 박아론;백성준
    • 전자공학회논문지CI
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    • 제48권4호
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    • pp.21-26
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    • 2011
  • 특징 순위 방법은 데이터에 대한 정보와 관련된 특징을 구별하는데 유용하게 사용된다. 본 논문에서는 혈소판으로부터 측정된 라만 스펙트럼에서 퇴행성 뇌신경질환과 혈관성 인지증의 분류에 특징 순위를 이용하는 방법을 제안하였다. 퇴행성 뇌신경 질환인 알츠하이머병(Alzheimer's disease)과 파킨슨병(Parkinson's disease) 그리고 혈관성 인지증(vascular dementia)을 유도한 실험용 쥐의 혈소판에서 측정한 스펙트럼은 가우시안 모델을 이용한 커브 피팅으로 노이즈를 제거하고 로컬 최저점에 선형 보간법(linear interpolation)으로 배경 잡음을 제거한다. 전처리 과정을 수행한 스펙트럼에서 분류정확도와 계산복잡도를 개선하기 위해 특징 순위 방법을 이용하여 주요 특징을 선택하였다. 선택된 특징들은 PCA(principal component analysis) 방법으로 변환하여 주성분의 수를 변화시키며 MAP(maximum a posteriori)으로 분류하고 전체 특징을 사용한 경우의 분류 결과와 비교하였다. 실험 결과에서 제안한 방법을 적용한 모든 실험에서 분류 시스템의 계산복잡도를 현저하게 감소시키고 분류정확도는 부분적으로 증가하였다. 특히 파킨슨병과 정상을 분류하는 실험에서 제안한 방법이 전체 특징을 사용한 경우보다 모든 주성분의 수에서 분류정확도가 높았으며 평균 1.7 %의 성능이 향상되었다. 이 결과에서 분류정확도와 계산복잡도의 개선을 고려하면 제안한 방법이 혈소판 라만 스펙트럼에서 퇴행성 뇌신경질환과 혈관성 인지증의 분류 시스템에 효율적으로 사용될 수 있음을 확인하였다.

각성장애로 발현한 기면증의 변종 (Narcolepsy Variant Presented with Difficult Waking)

  • 이향운;홍승봉
    • 수면정신생리
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    • 제7권2호
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    • pp.115-119
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    • 2000
  • 목 적 : 십년 이상 각성장애를 보인 20세 남자환자를 분석하였다. 환자는 두통, 만성피로, 경한 주간졸리움증을 호소하였으나 조절할 수 없는 수면발작, 탈력발작, 입면시 환각이나 수면마비의 병력은 없었다. 방 법 : 야간 수면다원검사 (PSG), 반복적 수면잠복기 검사 (MSLT) 및 조직적합성 유전자검사 (HLA-typing)를 시행 하였다. 결 과 : PSG상 수면잠복기가 짧고 (4분), 렘수면잠복기도 감소하였고 (2.5분), 각성지표 (arousal index)가 시간당 15.7로 약간 증가되었으며, 수면 중 주기적 사지운동지표 (PLMS index)가 시간당 8.1로 관찰되었으나 운동과 연관된 각성지표 (movement arousal index)는 시간당 2.1로 높지 않았다. 잠효율은 (sleep efficiency)는 97.5%로 정상이었다. MSLT상 수면잠복기는 15분 21초로 정상이었으나 sleep-onset REM (SOREM)은 5회의 낮잠 시도 중 4회에서 관찰되었다. HLA-typing에서 DQ6-양성이었는데, 이는 기면증 환자에서 대개 관찰되는 유전자 위치인 DQB1*0602, DQA1*0102와는 다른 DQB1*0601 부위에 상응하였다. 결 론 : 일차성 각성장애의 원인이 되는 여러 질환 특히 일주기리듬장애나 기면증, 원발성 다면증과의 감별진단이 필요하며, 수면검사와 유전자검사 상 기면증의 새로운 변종일 가능성을 배제할 수 없다.

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담수산 진주패 뻘조개, Anodonta(Sinanodonta) woodiana(Lea)의 생식주기 및 임란기 (REPRODUCTIVE CYCLE AND BREEDING SEASON OF THE FRESHWATER CLAM, ANDONTA (SINANODONTA) WOODIANA(LEA))

  • 정의영
    • 한국수산과학회지
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    • 제13권4호
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    • pp.135-144
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    • 1980
  • 우리나라 낙동강 하류에 서식하는 뻘조개, Anodonta (Sinanodonta) woodiana의 생식소발달 과정 및 생식주기 그리고 임란기 등을 조사하였다. 1. 생식소는 내장낭의 간중사선 하방으로부터 족부의 외벽근층내에 있는 섬유성 망상결제조직까지 분포되어 있다. 난소는 많은 난소소낭으로 구성되어 있는데, 이들 소낭의 내공상피가 생식상피 기능을 하고 있다. 2. 초기난소 몇 정소의 생식상피상에는 호산성 과립세포와 부분화 간충조직들이 풍부하게 나타나고 있으며, 이들은 생식소 발달과 함께 그 량이 감소하고 있다. 3. 산란은 고수온기인 8월과 9월을 제외하고 년중 일어나고 있는데 1월에서 3월과, 6월에서 7월의 2회에 걸쳐 성기를 나타내고 있다. 4. 보육낭내에 trochophore 유생을 임란한 개체는 8월과 9월을 제외하고 년중 나타났으며 glochidia 유생을 임란한 개체는 9월을 제외하고 연중 나타났는데, 5월이 $72.7\%$ 년중 가장 높은 임란율을 나타내고 있다.

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Association of NRF2 Polymorphism with Cholangiocarcinoma Prognosis in Thai Patients

  • Khunluck, Tueanjai;Kukongviriyapan, Veerapol;Puapairoj, Anucha;Khuntikeo, Narong;Senggunprai, Laddawan;Zeekpudsa, Ponsilp;Prawan, Auemduan
    • Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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    • 제15권1호
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    • pp.299-304
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    • 2014
  • Cholangiocarcinoma (CCA), a malignancy of biliary duct with a very poor prognosis, is the leading cause of cancer death in countries of the Mekong subregion. Liver fluke infection is the main etiological factor, but genetic variation has been recognized as also important in conferring susceptibility to CCA risk. Nuclear factor (erythroid derived 2)-like 2 (NRF2) is a key transcription factor in detoxification and antioxidant defense. Emerging evidence has demonstrated that genetic polymorphisms in the NRF2 gene may be associated with cancer development. The objectives of this study were to investigate the association of NRF2 genetic polymorphism with CCA risk and to evaluate the influence of the NRF2 genotype on survival time of affected patients. Single nucleotide polymorphisms (SNPs) of the NRF2 gene, including rs6726395: A/G, rs2886161: C/T, rs1806649: C/T, and rs10183914: C/T, were analyzed using TaqMan$^{(R)}$ SNP genotyping assays. Among 158 healthy northeastern Thai subjects, the allele frequencies were 41, 62, 94, and 92%, respectively. The correlation of NRF2 SNPs and CCA risk was analyzed in the 158 healthy subjects and 198 CCA patients, using unconditional logistic regression. The results showed that whereas the NRF2 SNPs were not associated with CCA risk (p>0.05), Kaplan-Meier analysis of 88 intrahepatic CCA patients showed median survival time with rs6726395 genotypes of GG and AA/AG to be $344{\pm}138$ (95%CI: 73-615) days and $172{\pm}37$ (95%CI: 100-244) days, respectively, (p<0.006). On multivariate Cox proportional hazard analysis, the GG genotype of rs6726395 was found to be associated with longer survival with a hazard ratio of 0.54 (95%CI: 0.31-0.94). In addition, non-papillary adenocarcinoma was associated with poor survival with a hazard ratio of 2.09 (95%CI: 1.16-3.75). The results suggest that the NRF2 rs6726395 polymorphism can be a potential prognostic biomarker for CCA patients.

초음파 영상을 위한 계층적 특징점 기반 블록 움직임 추출 (Hierarchical Feature Based Block Motion Estimation for Ultrasound Image Sequences)

  • 김백섭;신성철
    • 한국정보과학회논문지:소프트웨어및응용
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    • 제33권4호
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    • pp.402-410
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    • 2006
  • 연속된 초음파 영상 시퀀스로부터 파노라마 영상을 만들기 위해서는 인접된 프레임 사이의 움직임을 추정해야 한다. 기존에는 고정 블록 움직임 추정 방법이 주로 사용되고 있는데 본 논문은 정확성을 높이고 계산시간을 단축하기 위해 다해상도 영상을 이용한 특징점 기반 블록 움직임 추정 방법을 제안한다. 기존의 블록 움직임 추정 방법은 규칙적으로 블록을 배치하기 때문에 추정된 움직임의 정확도를 높이기 위해서는 블록의 크기가 커지기 때문에 처리 시간이 오래 걸린다. 본 논문에서는 특징점을 중심으로 블록을 배치하여 움직임 추정의 정확도는 유지하면서 블록의 크기를 줄일 수 있었다. 어파츄어문제(aperture problem)을 줄이기 위해 코너점을 특징점으로 하였다. 움직임 추정 영역은 일정한 크기의 부영역으로 나누고, 각 부영역에서 가장 코너 강도가 큰 점을 선택하였다. 특징점을 선택하는 데는 해리스 스테판 코너검출기를 사용하였다. 코너점들이 한 곳으로 편중될 경우 블록들이 움직임 추정 영역에서 골고루 분산되지 않아 이렇게 구한 블록 움직임을 이용하여 전역 움직임을 구하면 오차가 커진다. 본 논문에서는 이러한 문제를 해결하기 위해 특징점을 선택하는 영역에 제한을 두도록 하였다. 초음파 영상에는 스펙클과 잡음이 많아 코너점을 구하기 전에 영상 평활화를 해야 한다. 계산시간을 줄이고 잡음이 감소된 영상에서 코너점을 구하기 위해 저해상도 영상에서 블록 움직임을 구한 후 점점 고해상도로 확산하는 형태로 다해상도 영상을 사용한다. 실제 세가지 종류의 초음파 영상 시퀀스에 대해 실험결과 제안된 방법은 기존의 방법에 비해 움직임 추정 오차(Displaced Frame Difference)를 평균 66.02에서 58.98로 줄이면서 계산시간은 평균 71ms에서 44ms 으로 빠르게 됨을 알 수 있었다.

메콩유역권 내 자본주의의 지역적 역동성: 라오스 고무산업의 사례 (Regional Dynamics of Capitalism in the Greater Mekong Sub-region: The Case of the Rubber Industry in Laos)

  • 에도 안드리에스
    • 대한지리학회지
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    • 제50권1호
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    • pp.73-90
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    • 2015
  • 본 연구는 라오스 자본주의 발전의 지리제도적 분화와 다중스케일 분석에 주목한다. 또한 메콩유역권이 신제도주의 경제학과 경제지리학적 배열에 미친 영향을 논의하고 아시아 자본주의 다양성 접근법의 유용성을 제시한다. 본 연구는 상위 스케일에 연결되어 있는 다양한 국가 내 제도적 분포를 밝히기 위해 중국의 수요로 성장하고 있는 라오스의 고무산업을 사례로 선정하였다. 라오스 고무산업의 자본주의적 발전은 중국, 태국, 베트남 투자자들의 서로 다른 전략에 의한 지리제도적 분화를 보여준다. 이행기에 있는 라오스 자본주의의 분포를 정확하게 파악하는 것은 어렵지만, 고무산업에서 나타나는 증거는 다양한 제도적 분포가 존재함을 드러낸다. 그러나 포괄성의 부재는 지역발전 측면에서 우려되는 점이 있는데, 배타적 분포가 지역의 불균등한 발전과 불평등을 악화시킬 가능성이 높기 때문이다. 그리고 개발도상국 국가 내 자본주의의 다양성에 대한 이론을 정교화하기 위해 지역의 사적 자본주의 개념, 국가와 지역정부의 복합적 상호작용, 그리고 자본축적과 생계수단분석 간의 관계를 분명히 고려하는 것이 필요하다.

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