• 제목/요약/키워드: strain-specific primers

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국내 잎들깨에서 발생한 잠두위조바이러스2의 특성 구명 (Characterization of broad bean wilt virus 2 isolated from Perilla frutescens in Korea)

  • 김현선;변희성;최유지;최현용;서장균;최홍수;이봉춘;김미경;곽해련
    • 환경생물
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    • 제41권1호
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    • pp.1-13
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    • 2023
  • 잠두위조바이러스2 (BBWV2)는 경제적으로 중요한 원예, 관상작물에 심각한 피해를 주는 바이러스 중의 하나다. BBWV2의 넓은 기주 범위, 매개충 방제의 어려움 등 효과적인 치료제가 없기 때문에, 병을 예방하거나 저항성 품종의 개발 등을 위해서는 BBWV2의 새로운 분리주들의 특성 조사와 연구가 필요하다. 본 연구에서는 2019년 금산지역의 잎들깨 재배농가에서 분리된 BBWV2 분리주(BBWV2-GS-PF)의 유전학적·생물학적 특성을 구명하고 기존에 보고된 분리주들과의 특성을 비교하였다. 순수 분리된 BBWV2-GS-PF는 기존 분리주와 달리 들깨에서 심한 모자이크 증상과 고추에서 원형 반점 증상을 보였다. BBWV2-GS-PF의 유전자 계통분석 결과, 기존에 알려진 2개의 그룹과 약 76~80%의 비교적 낮은 유전자 상동성을 보이며 계통이 분화된 것을 확인할 수 있었다.

Bacillus subtilis AK균 발효액(Enzamin)의 섭취 후 장내 유익세균의 분포조사 (Distribution of Beneficial Bacteria in the Intestines after Enzamin Ingestion of Bacillus subtilis AK Strain Fermentation)

  • 류서원;이형환
    • 한국자연치유학회지
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    • 제7권2호
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    • pp.27-38
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    • 2018
  • 목적: 본 연구는 임상대상자 16명에게 Bacillus 발효용액(ENM)을 8주간 섭취시키기 전 후에 임상대상자들의 변에서 주요 목표 장내 유익세균의 증식이 촉진 되는지 및 유해균은 감소하는지를 연구하는 것이 목적이었다. 방법: 장내세균은 16S rRNA 특정 Primer를 이용하여 PCR 증폭기로 동정 검색하였다. 결과: Bifidobacterium속 gene index (%)(=gi%)는 ENM섭취 후에는 대조군이 58.92%, 임상군은 69.53%로 증가하였으나 유의성은 없었다. Lactobacillus 속 지수는 사후에는 대조군이 49.37%, 임상군은 66.43%로 유의성이 있게 증가하였다 (p<.029). Clostridium 속 지수는 사후에는 대조군이 83.16%, 임상군은 67.76%로 유의하게 감소하였다(p<.077). Bacteroides 속 지수는 사후에는 대조군이 12.58%, 임상군은 20.87%로 유의성이 있게 증가하였다(p<.095). Prevotella 속 지수는 사후에는 대조군이 7.55%, 임상군은 17.28%로 유의성이 있게 증가하였다(p<.005). 중간균체는 사후검사의 경우에는 대조군이 20.06%, 임상군은35.88%로 유의성이 있게 증가하였다(p<.001). 결론: Bacillus 발효액(ENM)을 섭취후에는 유익균 수는주로 증가하였고, 유해균인 Clostridium균수는감소하는경향을보였다. 이는 발효음료 ENM의 섭취가 유익한 장내세균의 증식에 영향을 주는 것으로 판단된다.

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Ribosomal DNA의 Internal Transcribed Spacer(ITS) 부위의 염기서열분석에 의한 Phellinus속의 계통분석에 관한 연구 (Phylogenetic Analysis of the Genus Phellinus by Comparing the Sequences of Internal Transcribed Spacers and 5.8S Ribosomal DNA)

  • 정지원;김기영;하명규;이태호;이재동
    • 한국균학회지
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    • 제27권2호통권89호
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    • pp.124-131
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    • 1999
  • 본 실험은 진흙버섯류 7종 15균주에 대한 5.85 rDNA와 ITS 부위의 염기서열을 비교 분석함으로서 종간 및 종내의 유연관계를 조사하였다. 5.8S rDNA와 ITS 부위를 증폭하고자 18S rDNA의 3'말단 부위와 28S rDNA의 5'말단 부위에 두 개의 primer를 이용하여 PCR증폭을 행하였다. 5.8S rDNA와 ITS 부위를 증폭하여 염기서열을 비교 분석한 결과 본 실험에 공시된 Phellinus속의 제균종은 크게 4개의 cluster를 형성하였다. 첫 번째 cluster는 Phellinus hartigii IMSNU 32041, Phellinus robustus IMSNU 32068로 이루어졌고, 두 번째 cluster는 Phellinus linteus KCTC 6190, IMSNU 31014, DGUM 25003, DGUM 25004, Phellinus sp. DGUM 25007, Namsan No. 1과 Phellinus weirianus IMSNU 32021, 세 번째 cluster는 Phellinus laevigatus KCTC 6229, KCTC 6230과 Phellinus igniarius KCTC 6227, KCTC 6228로 이루어졌으며, Phellinus chrysoloma KCTC 6225와 KCTC 6226이 마지막 cluster를 형성하였다. 결과적으로 ITS 염기서열의 결과만으로 볼 때 Phellinus linteus와 Phellinus weirianus는 명확하게 종 단위의 개념을 정립할 수 없었다. 따라서 정확한 분류를 위해 생리학적, 분자생물학적 인 분류방법이 첨가되어야 하며, type strain에 대한 ITS 염기서얼도 결정되어야 한다. Phellinus속의 균들에서는 ITS2부위에 비해 ITS1부위의 변이율이 높았다. ITS 염기서열은 종 구분에 유용한 도구이며, 다른 균종들과 비교해 보았을 때 Phellinus linteus와 Phellinus weirianus에서만 ITS1 부위에서 특이적인 염기서열을 가지고 있었다.

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형질전환 감자 소괴경의 발달단계에 따른 Patatin Promoter-GUS 유전자의 발현 분석 (Distinct Spatio-temporal Expression Patterns of Patatin Promoter-GUS Gene Fusion in Transgenic Potato Microtubers)

  • 염정원;김미선;이병찬;강원진;전재흥;정혁;김현순
    • Journal of Plant Biotechnology
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    • 제30권1호
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    • pp.13-18
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    • 2003
  • 본 실험은 감자괴경에 특이적으로 나타나는 patatin promoter에 의한 외부 도입 유전자의 발현 양상을 파악하고자 수행되었다. Patatin promoter에 의하여 GUS 유전자의 발현이 조절되도록 pATGUS 벡터를 제작한 후 Agrobacterium tumefaciens LBA4404를 이용하여 감자의 잎 절편에 형질전환하였다. 대조구로 GUS 유전자의 상시발현 벡터인 pBI121을 사용하였으며, 항생제를 포함한 재분화 배지에서 개체를 유도한 결과 8주 후부터 신초를 관찰할 수 있었다. NPTII 유전자의 삽입여부를 PCR로 검정한 후, 선별된 형질전환체의 소괴경 형성을 위해 sucrose 농도를 높인 배지에서 1주일 간격으로 줄기의 하단 부분을 배양하였다. 주별로 시료를 채취한 후, RNA gel blot 분석을 해 본 결과 CaMV35S promoter에 의한 GUS 발현은 소괴경의 전단계에서 고르게 발현되는 반면, 괴경-특이적인 patatin promoter의 경우 감자 줄기에서는 관찰이 어려웠고, 주별 발현율은 1주부터 5주까지는 점점 증가하다가 그 이후부터는 점차 감소함을 알 수 있었다. 또한, GUS의 효소활성 역시 mRNA의 발현율과 비례함을 알 수 있었다. 제시된 실험결과들로 보아 감자 괴경에서의 patatin promoter에 의한 GUS 유전자의 발현은 5주경에 가장 높게 나타났으며, 이러한 결과들로 보아 patatin promoter에 의해 감자 소괴경내로 도입된 외래 유전자의 발현을 확인하기 가장 좋은 시기는 소괴경 형성 후 5주째임을 알 수 있었다.