This study aimed to develop Lautropia mirabilis-specific quantitative real-time polymerase chain reaction (qPCR) primers based on the sequence of DNA-directed RNA polymerase subunit beta gene. The PrimerSelect program was used in designing of the qPCR primers, RTLam-F4 and RTLam-R3. The specificity of the qPCR primers were performed by conventional PCR with 37 strains of 37 oral bacterial species, including L. mirabilis. The sensitivity of the primers was determined by qPCR with the serial dilution of purified genomic DNA of L. mirabilis KCOM 3484, ranged from 4 ng to 4 fg. The data showed that the qPCR primers could detect only L. mirabilis strains and as little as 40 fg of genome DNA of L. mirabilis KCOM 3484. These results indicate that this qPCR primer pair (RTLam-F4/RTLam-R3) may be useful for species-specific detection of L. mirabilis in epidemiological studies of oral bacterial infectious diseases such as periodontal disease.
본 연구는 mt DNA 12S rRNA 유전자의 PCR-RFLP 분석기법을 이용하여 다양한 식육자원 및 각종 가공 육제품의 원료육에 대한 정확하고 재현성 높은 축종 및 육종 감별기술을 개발하기 위하여 수행되었다. 국내에서 유통되고 있는 9종류 축종(소, 돼지, 양, 염소, 말, 사슴, 닭, 오리 및 칠면조)의 육류로부터 12S rRNA유전자의 특정 염기서열을 포함하는 primer를 설계 제작하여 PCR-RFLP 분석을 실시하였다. 각 공시축의 근육조직으로부터 genomic DNA를 추출하고 PCR 증폭 반응을 수행한 후 얻어진 PCR 증폭산물(약 455 bp)을 Tsp5091와 MboI 제한효소로 각각 절단한 결과 Tsp5091 제한효소는 포유류 6종간에서 그리고 MboI 제한효소는 가금류 3종간에서 명확한 차이를 보이는 종 특이적인 PCR-RFLP profile을 검출하였다. 따라서 본 연구에서 개발한 12S rRNA 유전자의 종 특이적 DNA 분자표지는 각종 원료육 및 가공 육제품의 육종 및 축종 판별에 매우 유용한 동물 종 감별 DNA marker로 이용될 수 있을 것이다.
Background: Dengue virus, which belongs to the Flavivirus genus of the Flaviviridae family, causes fatal dengue hemorrhagic fever (DHF) and dengue shock syndrome (DSS) with infection risk of 2.5 billion people worldwide. However, approved vaccines are still not available. Here, we explored the immune responses induced by alternating prime-boost vaccination using DNA vaccine, adenovirus, and vaccinia virus expressing E protein of dengue virus type 2 (DenV2). Methods: Following immunization with DNA vaccine (pDE), adenovirus (rAd-E), and/or vaccinia virus (VV-E) expressing E protein, E protein-specific IgG and its isotypes were determined by conventional ELISA. Intracellular CD154 and cytokine staining was used for enumerating CD4+ T cells specific for E protein. E protein-specific CD8+ T cell responses were evaluated by in vivo CTL killing activity and intracellular IFN-${\gamma}$ staining. Results: Among three constructs, VV-E induced the most potent IgG responses, Th1-type cytokine production by stimulated CD4+ T cells, and the CD8+ T cell response. Furthermore, when the three constructs were used for alternating prime-boost vaccination, the results revealed a different pattern of CD4+ and CD8+ T cell responses. i) Priming with VV-E induced higher E-specific IgG level but it was decreased rapidly. ii) Strong CD8+ T cell responses specific for E protein were induced when VV-E was used for the priming step, and such CD8+ T cell responses were significantly boosted with pDE. iii) Priming with rAd-E induced stronger CD4+ T cell responses which subsequently boosted with pDE to a greater extent than VV-E and rAd-E. Conclusion: These results indicate that priming with live viral vector vaccines could induce different patterns of E protein-specific CD4+ and CD8+ T cell responses which were significantly enhanced by booster vaccination with the DNA vaccine. Therefore, our observation will provide valuable information for the establishment of optimal prime-boost vaccination against DenV.
Background: Costimulation is a critical process in Ag-specific immune responses. Both B7.1 and CD28 molecules have been reported to stimulate T cell responses during antigen presentation. Therefore, we tested whether Ag-specific immune responses as well as protective immunity are influenced by coinjecting with B7.1 and CD28 cDNAs in a mouse HSV-2 challenge model system. Methods: ELISA was used to detect levels of antibodies, cytokines and chemokines while thymidine incorporation assay was used to evaluate T cell proliferation levels. Results: Ag-specific antibody responses were enhanced by CD28 coinjection but not by B7.1 coinjection. Furthermore, CD28 coinjection increased IgG1 production to a significant level, as compared to pgD+pcDNA3, suggesting that CD28 drives Th2 type responses. In contrast, B7.1 coinjection showed the opposite, suggesting a Th1 bias. B7.1 coinjection also enhanced Ag-specific Th cell proliferative responses as well as production of Th1 type cytokines and chemokines significantly higher than pgD+pcDNA3. However, CD28 coinjection decreased Ag-specific Th cell proliferative responses as well as production of Th1 types of cytokines and chemokine significantly lower than pgD+pcDNA3. Only MCP-1 production was enhanced by CD28. B7.1 coimmunized animals exhibited an enhanced survival rate as well as decreased herpetic lesion formation, as compared to pgD+pcDNA3. In contrast, CD28 vaccinated animals exhibited decreased survival from lethal challenge. Conclusion: This study shows that B7.1 enhances protective Th1 type cellular immunity against HSV-2 challenge while CD28 drives a more detrimental Th2 type immunity against HSV-2 challenge, supporting an opposite role of B7.1 and CD28 in Ag-specific immune responses to a Th1 vs Th2 type.
Sex determination in genomic DNA from human blood leucocytes was performed by amplification of human Y chromosome-specific DNA sequences using PCR technique. A clear DNA fragment(154 nucleotides long) was appeared only in the male genomic DNA, but no specific band was observed in the case of female genomic DNA and negative control. To know the sensitivity of this method, the amplification reaction was performed in genomic DNA diluted to 2pg equivalent to the amonut present in the single human cell, and clear band also observed. The PCR amplification was so succesfully performed in the single leucocyte separated from human blood using micromanipulator that this techniqe is assumed to be applied to single blstomere before embryo transfer.
One marine ciliate, Diophrys quadrinucleata Zhang et al., 2020 was newly recorded from South Korea in this study. We provided morphological diagnosis and images of the Korean D. quadrinucleata population. We determined the small subunit ribosomal DNA (SSU rDNA) and cytochrome oxidase subunit I (CO1) sequence data of D. quadrinucleata, and then the sequences were compared with other Diophrys species. Intra-specific variation between the Korean and type (Chinese) populations was identical in the SSU rDNA, while the inter-specific variations between seven Diophrys species were 0.3-3.8% in the SSU rDNA and 12.6-18.2% in the CO1. In this study, we obtained 18S and CO1 data from species with identified morphology. As the importance of securing 18S and CO1 based on morphology increases in current studies, this study will contribute to ciliate studies.
정확한 in vitro 전사가 일어날 수 있는 진딧물의 세포추출액을 제조하였다. 전사를 직접 조절할 수 있는 단백질 인자를 규명하기 위하여 전사개시점과 그의 상류에 결합하는 DNA 결합단백질을 탐색했다. 전사개시점을 포함하는 단편 A(-194/23)에는 52kDa, 50kDa, 40kDa의 단백질들이 결합했으며 전사개시점 상류의 DNA 단편 B(-393/-263)에는 52kDa, 50kDa, 40kDa의 단백질들이 결합한 반면 DNA 단편 C(-263/-195)는 53kDa단백질만이 결합했다. 그리고 이들 DNA 결합단백질들의 DNA 결합 활성에는 양이온이 요구되었다.
DNA 클로닝과 조작기술의 발전은 어떤 유전자의 특정한 위치에 선택적으로 돌연변이를 도입할 수 있는 site-specific mutagenesis 기술을 창출해 내었다. 이 기술로 DAN 염기의 치환, 결실, 삽입등을 클론된 유전자에 직접 도입할 수가 있게 되어 생체의 유전자 조작이나 유전자의 산물인 단백질의 구조와 기능을 의도적으로 변화시키는 protein engineering에 광범위하게 이용되고 있다. Protein engineering은 주로 단백질의 촉매 및 생리활성의 증가, 효소의 특성및 기질 특이성의 변화, 단백질 구조의 안정화 및 내염성 증가, 분자량의 감소, 효소및 생리활성 단백질의 구조의 안정화및 내열성 증가 등에 활용되고 있으며 산업적 유용성이 큰새로운 단백질의 창조에도 기여할 것으로 기대를 모으고 있다. Site-specific mutagenesis 기술로 현재 가장 널리 이용되는 것이 in vitro상에서 수행하는 oligonucleotide-directed site specific mutagenesis이다. 이 방법은 생화학적으로 합성한 특정한 염기서열을 가진 oligonucleotide들을 일종의 mutagen으로 사용하거나 효소적 DNA 합성을 위한 primer로 사용하여 클론된 DNA의 염기서열을 선택적으로 개조하거나 혹은 다른 조작을 하는 것이다. 여기서는 돌연변이율을 높이는 여러가지 개량된 방법들이 나왔으며 그중의 몇가지를 소개하였다.
Lin-Ling, Chen;Zhang, Jia;Sommer, Steve S.;Li, Kai
BMB Reports
/
제38권1호
/
pp.24-27
/
2005
The role of 3' exonuclease excision in DNA polymerization was evaluated for primer extension using inert allele specific primers with exonuclease-digestible ddNMP at their 3' termini. Efficient primer extension was observed in amplicons where the inert allele specific primers and their corresponding templates were mismatched. However, no primer-extended products were yielded by matched amplicons with inert primers. As a control, polymerase without proofreading activity failed to yield primer extended products from inert primers regardless of whether the primers and templates were matched or mismatched. These data indicated that activation was undertaken for the inert allele specific primers through mismatch proofreading. Complementary to our previously developed SNP-operated on/off switch, in which DNA polymerization only occurs in matched amplicon, this new mutation detection assay mediated by $exo^+$ DNA polymerases has immediate applications in SNP analysis independently or in combination of the two assays.
This study was undertaken to develop species-specific forward and universal reverse PCR primers for the detection of Streptococcus sobrinus. These primers target the variable regions of the 16S ribosomal RNA coding gene (rDNA) and their specificity was tested against 10 strains of S. sobrinus strains and 20 different species of oral bacteria using serial dilutions of the purified genomic DNA of S. sobrinus ATCC $33478^T$. Our data show that species-specific amplicons were obtained from all the S. sobrinus strains tested but not from other species. Both direct and nested PCR could detect as little as 400 pg and 4 fg of genomic DNA from S. sobrinus ATCC $33478^T$, respectively. This result suggests that these PCR primers are highly specific and sensitive and applicable to the detection of S. sobrinus.
본 웹사이트에 게시된 이메일 주소가 전자우편 수집 프로그램이나
그 밖의 기술적 장치를 이용하여 무단으로 수집되는 것을 거부하며,
이를 위반시 정보통신망법에 의해 형사 처벌됨을 유념하시기 바랍니다.
[게시일 2004년 10월 1일]
이용약관
제 1 장 총칙
제 1 조 (목적)
이 이용약관은 KoreaScience 홈페이지(이하 “당 사이트”)에서 제공하는 인터넷 서비스(이하 '서비스')의 가입조건 및 이용에 관한 제반 사항과 기타 필요한 사항을 구체적으로 규정함을 목적으로 합니다.
제 2 조 (용어의 정의)
① "이용자"라 함은 당 사이트에 접속하여 이 약관에 따라 당 사이트가 제공하는 서비스를 받는 회원 및 비회원을
말합니다.
② "회원"이라 함은 서비스를 이용하기 위하여 당 사이트에 개인정보를 제공하여 아이디(ID)와 비밀번호를 부여
받은 자를 말합니다.
③ "회원 아이디(ID)"라 함은 회원의 식별 및 서비스 이용을 위하여 자신이 선정한 문자 및 숫자의 조합을
말합니다.
④ "비밀번호(패스워드)"라 함은 회원이 자신의 비밀보호를 위하여 선정한 문자 및 숫자의 조합을 말합니다.
제 3 조 (이용약관의 효력 및 변경)
① 이 약관은 당 사이트에 게시하거나 기타의 방법으로 회원에게 공지함으로써 효력이 발생합니다.
② 당 사이트는 이 약관을 개정할 경우에 적용일자 및 개정사유를 명시하여 현행 약관과 함께 당 사이트의
초기화면에 그 적용일자 7일 이전부터 적용일자 전일까지 공지합니다. 다만, 회원에게 불리하게 약관내용을
변경하는 경우에는 최소한 30일 이상의 사전 유예기간을 두고 공지합니다. 이 경우 당 사이트는 개정 전
내용과 개정 후 내용을 명확하게 비교하여 이용자가 알기 쉽도록 표시합니다.
제 4 조(약관 외 준칙)
① 이 약관은 당 사이트가 제공하는 서비스에 관한 이용안내와 함께 적용됩니다.
② 이 약관에 명시되지 아니한 사항은 관계법령의 규정이 적용됩니다.
제 2 장 이용계약의 체결
제 5 조 (이용계약의 성립 등)
① 이용계약은 이용고객이 당 사이트가 정한 약관에 「동의합니다」를 선택하고, 당 사이트가 정한
온라인신청양식을 작성하여 서비스 이용을 신청한 후, 당 사이트가 이를 승낙함으로써 성립합니다.
② 제1항의 승낙은 당 사이트가 제공하는 과학기술정보검색, 맞춤정보, 서지정보 등 다른 서비스의 이용승낙을
포함합니다.
제 6 조 (회원가입)
서비스를 이용하고자 하는 고객은 당 사이트에서 정한 회원가입양식에 개인정보를 기재하여 가입을 하여야 합니다.
제 7 조 (개인정보의 보호 및 사용)
당 사이트는 관계법령이 정하는 바에 따라 회원 등록정보를 포함한 회원의 개인정보를 보호하기 위해 노력합니다. 회원 개인정보의 보호 및 사용에 대해서는 관련법령 및 당 사이트의 개인정보 보호정책이 적용됩니다.
제 8 조 (이용 신청의 승낙과 제한)
① 당 사이트는 제6조의 규정에 의한 이용신청고객에 대하여 서비스 이용을 승낙합니다.
② 당 사이트는 아래사항에 해당하는 경우에 대해서 승낙하지 아니 합니다.
- 이용계약 신청서의 내용을 허위로 기재한 경우
- 기타 규정한 제반사항을 위반하며 신청하는 경우
제 9 조 (회원 ID 부여 및 변경 등)
① 당 사이트는 이용고객에 대하여 약관에 정하는 바에 따라 자신이 선정한 회원 ID를 부여합니다.
② 회원 ID는 원칙적으로 변경이 불가하며 부득이한 사유로 인하여 변경 하고자 하는 경우에는 해당 ID를
해지하고 재가입해야 합니다.
③ 기타 회원 개인정보 관리 및 변경 등에 관한 사항은 서비스별 안내에 정하는 바에 의합니다.
제 3 장 계약 당사자의 의무
제 10 조 (KISTI의 의무)
① 당 사이트는 이용고객이 희망한 서비스 제공 개시일에 특별한 사정이 없는 한 서비스를 이용할 수 있도록
하여야 합니다.
② 당 사이트는 개인정보 보호를 위해 보안시스템을 구축하며 개인정보 보호정책을 공시하고 준수합니다.
③ 당 사이트는 회원으로부터 제기되는 의견이나 불만이 정당하다고 객관적으로 인정될 경우에는 적절한 절차를
거쳐 즉시 처리하여야 합니다. 다만, 즉시 처리가 곤란한 경우는 회원에게 그 사유와 처리일정을 통보하여야
합니다.
제 11 조 (회원의 의무)
① 이용자는 회원가입 신청 또는 회원정보 변경 시 실명으로 모든 사항을 사실에 근거하여 작성하여야 하며,
허위 또는 타인의 정보를 등록할 경우 일체의 권리를 주장할 수 없습니다.
② 당 사이트가 관계법령 및 개인정보 보호정책에 의거하여 그 책임을 지는 경우를 제외하고 회원에게 부여된
ID의 비밀번호 관리소홀, 부정사용에 의하여 발생하는 모든 결과에 대한 책임은 회원에게 있습니다.
③ 회원은 당 사이트 및 제 3자의 지적 재산권을 침해해서는 안 됩니다.
제 4 장 서비스의 이용
제 12 조 (서비스 이용 시간)
① 서비스 이용은 당 사이트의 업무상 또는 기술상 특별한 지장이 없는 한 연중무휴, 1일 24시간 운영을
원칙으로 합니다. 단, 당 사이트는 시스템 정기점검, 증설 및 교체를 위해 당 사이트가 정한 날이나 시간에
서비스를 일시 중단할 수 있으며, 예정되어 있는 작업으로 인한 서비스 일시중단은 당 사이트 홈페이지를
통해 사전에 공지합니다.
② 당 사이트는 서비스를 특정범위로 분할하여 각 범위별로 이용가능시간을 별도로 지정할 수 있습니다. 다만
이 경우 그 내용을 공지합니다.
제 13 조 (홈페이지 저작권)
① NDSL에서 제공하는 모든 저작물의 저작권은 원저작자에게 있으며, KISTI는 복제/배포/전송권을 확보하고
있습니다.
② NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 상업적 및 기타 영리목적으로 복제/배포/전송할 경우 사전에 KISTI의 허락을
받아야 합니다.
③ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 보도, 비평, 교육, 연구 등을 위하여 정당한 범위 안에서 공정한 관행에
합치되게 인용할 수 있습니다.
④ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 무단 복제, 전송, 배포 기타 저작권법에 위반되는 방법으로 이용할 경우
저작권법 제136조에 따라 5년 이하의 징역 또는 5천만 원 이하의 벌금에 처해질 수 있습니다.
제 14 조 (유료서비스)
① 당 사이트 및 협력기관이 정한 유료서비스(원문복사 등)는 별도로 정해진 바에 따르며, 변경사항은 시행 전에
당 사이트 홈페이지를 통하여 회원에게 공지합니다.
② 유료서비스를 이용하려는 회원은 정해진 요금체계에 따라 요금을 납부해야 합니다.
제 5 장 계약 해지 및 이용 제한
제 15 조 (계약 해지)
회원이 이용계약을 해지하고자 하는 때에는 [가입해지] 메뉴를 이용해 직접 해지해야 합니다.
제 16 조 (서비스 이용제한)
① 당 사이트는 회원이 서비스 이용내용에 있어서 본 약관 제 11조 내용을 위반하거나, 다음 각 호에 해당하는
경우 서비스 이용을 제한할 수 있습니다.
- 2년 이상 서비스를 이용한 적이 없는 경우
- 기타 정상적인 서비스 운영에 방해가 될 경우
② 상기 이용제한 규정에 따라 서비스를 이용하는 회원에게 서비스 이용에 대하여 별도 공지 없이 서비스 이용의
일시정지, 이용계약 해지 할 수 있습니다.
제 17 조 (전자우편주소 수집 금지)
회원은 전자우편주소 추출기 등을 이용하여 전자우편주소를 수집 또는 제3자에게 제공할 수 없습니다.
제 6 장 손해배상 및 기타사항
제 18 조 (손해배상)
당 사이트는 무료로 제공되는 서비스와 관련하여 회원에게 어떠한 손해가 발생하더라도 당 사이트가 고의 또는 과실로 인한 손해발생을 제외하고는 이에 대하여 책임을 부담하지 아니합니다.
제 19 조 (관할 법원)
서비스 이용으로 발생한 분쟁에 대해 소송이 제기되는 경우 민사 소송법상의 관할 법원에 제기합니다.
[부 칙]
1. (시행일) 이 약관은 2016년 9월 5일부터 적용되며, 종전 약관은 본 약관으로 대체되며, 개정된 약관의 적용일 이전 가입자도 개정된 약관의 적용을 받습니다.