• 제목/요약/키워드: spacer

검색결과 1,795건 처리시간 0.038초

고리매개등온증폭법(LAMP)을 이용한 흰등멸구 특이 판별법 (A Loop-mediated Isothermal Amplification Method for White-backed Planthopper-specific Detection)

  • 서보윤;박창규;정진교;조점래;이관석;김광호
    • 한국응용곤충학회지
    • /
    • 제57권4호
    • /
    • pp.393-399
    • /
    • 2018
  • 고리매개등온증폭법(LAMP)으로 흰등멸구를 특이적으로 구별해낼 수 있는 프라이머 세트(WBPH-65)가 핵내 ITS2영역의 전체염기서열(KC417469.1)을 바탕으로 설계 제작되었다. WBPH-65는 총 6개의 프라이머, F3 (18 bp), B3 (18 bp), FIP (43 bp), BIP (40 bp), LF (21 bp), LB (25 bp)로 구성되는데, 전체 합한 길이가 165 bp이다. WBPH-65를 흰등멸구, 벼멸구 및 애멸구의 게놈 DNA와 $65^{\circ}C$에서 60분간 고리매개등온증폭 반응시켰을 때, 흰등멸구 시료에서만 증폭 산물들이 관찰되었다. $65^{\circ}C$에서 WBPH-65와 흰등멸구 게놈 DNA의 양과 반응시간을 달리하여 형광반응을 관찰하였을 때 40분 반응에서는 10과 100 ng DNA에서, 60분 반응에서는 0.01, 0.1, 1, 10, 100 ng DNA에서 발광여부가 명확히 구별되었다. 그러나 20분과 30분 반응에서는 준비된 모든 DNA 양에서 발광여부 구별이 어려웠다. 한편, WBPH-65에서 LF와 BF 프라이머를 뺀 경우 60분 반응에서는 벼멸구, 애멸구 뿐만 아니라 흰등멸구의 게놈 DNA에서도 발광되지 않았다. 본 연구 결과로부터 WBPH-65가 60분 이내 반응에서 흰등멸구를 특이적으로 구별하기 위해서는 6개의 프라이머가 모두 필요하며 최소한 벼멸구와 애멸구를 구별해낼 수 있음을 확인하였다.

시설재배 국화에서 총채벌레의 종 동정 및 보독 바이러스 동시 검출을 위한 다중 진단법 적용 (Application of Multiplex RT-PCR for Simultaneous Identification of Tomato Spotted Wilt Virus and Thrips Species in an Individual Thrips on Chrysanthemum)

  • 윤주연;윤정범;서미혜;최승국;조인숙;정봉남;양창열
    • 식물병연구
    • /
    • 제26권4호
    • /
    • pp.264-271
    • /
    • 2020
  • 이번 연구는 국화에서 문제되는 총채벌레의 종 동정 및 보독 바이러스인 토마토반점위조바이러스(Tomato spotted wilt virus, TSWV)를 동시에 확인할 수 있는 진단방법을 개발하였다. 이는 총채벌레 1마리에서 추출한 핵산에 꽃노랑총채벌레 및 대만총채벌레의 ITS2 부분에 특이적인 프라이머와 TSWV 외피단백질(N) 유전자 특이적인 프라이머를 동시에 넣어 reverse transcription-polymerase chain reaction을 수행하여 DNA를 증폭시키는 방법으로 전기영동하여 각각 287, 367, 777 bp의 DNA 단편의 크기를 비교함으로써 총채벌레의 종 동정 및 총채벌레의 TSWV 보독 여부를 동시에 확인할 수 있다. 충청남도 태안 및 경상남도 창원의 국화 시설하우스에서 총채벌레를 포집하여 총채벌레 우점종과 총채벌레의 TSWV 보독율을 조사한 결과, 태안의 국화 시설하우스에서는 꽃노랑총채벌레가 83.7%로 우점하고 있으며 채집된 총채벌레 중 72.9%가 TSWV를 보독하고 있었으며, 창원에서는 꽃노랑총채벌레가 92.2%를 차지하고 있으며 84.0%의 총채벌레에서 TSWV가 진단되었다. 이러한 결과는 Frankliniella occidentalis가 우점종이며 온실의 국화 식물에서 TSWV의 전반에 중요한 역할을 한다는 것을 확인해준다. 이번 연구는 국화 시설하우스에서 총채벌레를 통한 TSWV의 시설하우스내 유입시기 및 확산 경로 등 바이러스의 역학연구를 위한 간편진단법으로 활용 가능함을 예시해준다.

국내 재배 트리티케일에 발생한 붉은곰팡이병의 다양성 및 독소화학형 분석 (Identification and Chemotype Profiling of Fusarium Head Blight Disease in Triticale)

  • 양정욱;김주연;이미랑;강인정;정현정;박명렬;구자환;김욱한
    • 식물병연구
    • /
    • 제27권4호
    • /
    • pp.172-179
    • /
    • 2021
  • 본 연구에서는 겨울철 사료작물로써 중요성이 증가하고 있는 트리티케일에서 발생한 붉은곰팡이병 원인균의 동정 및 독소 type을 분석하고 트리티케일에 효율적으로 적용 가능한 방제 약제를 선발하고자 분리된 붉은곰팡이 균주의 농약저항성 발생 여부를 분석하였다. 조성, 신조성, 신영, 신성, 세영 등 5개 트리티케일 품종에서 평균 9.15%의 병 발생 이삭률을 보였으며, 병 발생 낱알률은 29.2%로 나타났다. 그 결과 트리티케일에서 발생한 붉은곰팡이병 발생률은 평균 3.52%로 나타났다. 붉은곰팡이병에 감염된 개체로부터 총 91개의 균주가 분리되었으며, 이 중 붉은곰팡이 균주는 총 72개를 분리하였다. 분리한 균주의 형태 및 internal transcribed spacer 1, translation elongation factor 1α 유전자의 염기서열 분석 결과, 트리티케일에서 분리한 균주들은 전부 Fusarium asiaticum으로 동정되었다. 분리 동정된 균주들의 독소 type을 PCR을 통해 분석한 결과, nivalenol (NIV) type 독소는 64.6%, 3-acetyldeoxynivalenol은 4.6%, 15-acetyldeoxynivalenol은 30.8%로 대부분이 NIV type독소를 생성하는 F. asiaticum으로 분석되었다. 최근 봄철 이상 기상현상으로 여러 식량 작물에 붉은곰팡이병 발생률이 높아지고 있다. 트리티케일의 경우 붉은곰팡이병을 방제할 수 있는 등록약제가 없다. 본 실험에서는 보리와 밀에 등록된 약제를 대상으로 트리티케일에서 분리된 붉은곰팡이병 균주들의 약제 내성을 측정한 결과 captan, hexaconazole, difenoconazole·propiconazole 합제는 균사 생장 억제 효과가 있었다. Fludioxonil의 경우 72개 균주 중 6개의 균주가 권장 농도에서 반수영향생육기준치인 42.5 cm를 넘은 47.96±3.15의 균사 생장율을 보여 fludioxonil에 대한 내성이 발생한 것으로 분석되었다. 본 연구는 국내에서 처음 보고 되는 F. asiaticum에 의한 트리티케일의 붉은곰팡이병 발생 사례이며, 또한 붉은곰팡이가 생성하는 독소 타입을 구명하고, 등록 방제 약제가 없는 트리티케일에 효율적으로 방제가 가능한 내성 미발생 약제를 제시하는 중요한 연구 결과이다.

슬관절 전치환술 후 인공관절 주위 진균 감염의 임상적 결과 (Clinical Result of a Staged Reimplantation of Fungus Related Periprosthetic Joint Infection after Total Knee Arthroplasty)

  • 김형주;배기철;민경근;최형욱
    • 대한정형외과학회지
    • /
    • 제54권1호
    • /
    • pp.52-58
    • /
    • 2019
  • 목적: 슬관절 전치환술 후 진균에 의한 감염은 드물지만 심각한 합병증으로 알려져 있으며 그 치료에 있어 항진균제 투여 기간이나 수술의 방법에 대해서는 이견이 있다. 이에 저자들은 인공 관절 주위 진균 감염에 대한 치료 결과 및 임상경과를 알아보고자 하였다. 대상 및 방법: 2006년부터 2017년까지 슬관절 전치환술 후 진균 감염으로 계명대학교 동산의료원에서 2단계 재치환술을 시행받은 10명의 환자를 같은 기간 비진균 인공 슬관절 주위 감염으로 치료받은 119명의 환자와 비교하였다. 임상적 평가는 2단계 재치환술에 의한 감염 조절의 실패율과 감염의 재발률 및 정주용 항생제 및 항진균제 사용기간, 2단계 재치환술 후 관절 운동 범위, 한국형 슬관절 점수(Korean knee score, KKS), 적혈구 침강속도(erythrocyte sedimentation rate, ESR), C-반응성 단백질(C-reactive protein, CRP)을 평가하였다. 결과: 진균이 동정된 군 총 10예 중 7예(70.0%)에서 감염조절의 실패를 보였고 일반 감염군 119예 중 7예(5.9%)에서 감염조절의 실패를 보였다(p=0.04). 진균이 동정된 군에서는 정주용 항진균제의 평균 사용기간은 15.3주로 일반 감염군에서의 정주용 항생제 평균 사용기간인 6.2주에 비해 9.1주 더 길었다(p<0.001). 감염 조절술 시행 전 슬관절 운동 범위는 두 군에서 모두 증가하였다(p=0.265). 최종 추시 시 KKS는 일반 감염군에서 평균 71.01점으로 나타났고 진균이 동정된 군에서 61.3점이었다(p=0.012). ESR과 CRP는 두 군에서 모두 감소하였으나 CRP만 두 군 간에 유의한 차이를 보였다(p=0.007). 결론: 슬관절 전치환술 후 발생한 인공관절 주위 진균 감염에 대한 수술적 치료는 일률적으로 양호한 결과를 보이지 않으므로 감염 조절술 시행 시 항진균제 혼합 시멘트 삽입과 재치환술 후 경구용 항진균제 사용을 고려하는 것이 필요하다.

목이버섯 배지 오염 곰팡이균의 분리, 동정 및 생물학적 방제제 선발 (Isolation and Identification of Competitive Fungi on Medium for Black Wood Ear Mushroom in Korea and In Vitro Selection of Potential Biocontrol Agents)

  • 김서연;조미주;안선민;박지윤;박지원;홍성국;김지우;차주훈;노유진;김다솜;전미진;지원재;박숙영
    • 식물병연구
    • /
    • 제30권1호
    • /
    • pp.66-77
    • /
    • 2024
  • 목이버섯(A. auricula-judae)은 중국, 일본, 한국에서 경제적으로 중요한 버섯이다. 인공 배지에서 목이버섯을 재배할 경우 자연적으로 나무에서 키울 때보다 시간과 비용 면에서 더 효율적이다. 그러나 배지 재배의 경우 빠르게 자라는 곰팡이에 감염할 경우 성장이 느린 목이버섯이 배지 경쟁에서 밀려나 경제적 손실이 발생한다. 이 연구에서는 전라남도 장흥과 순천에서 목이버섯 재배용 배지에 감염한 푸른곰팡이들을 분리 및 동정하였다. 총 54개의 균주를 수집한 뒤 ITS 염기서열 분석 및 형태학적 동정을 수행하였다. 총 54개 균주 중 Trichoderma spp.가 92.6%, Penicillium spp.가 5.6%, Talaromyces sp.가 1.8%였다. 친환경 방제제를 선발하기 위해 우리는 6개의 Streptomyces spp. 균주를 선발하고 Benomyl을 대조군으로 사용하여 분리균주인 Trichoderma spp.와 Penicillium spp.에 대한 길항성 검정을 수행하였다. 이 중 Streptomyces sp. 203-3이 Trichoderma spp.와 Penicillium spp.에 가장 높은 균사저지 효과를 보여, 목이버섯 배지에 감염하는 곰팡이에 대한 잠재적인 방제제로의 가능성을 보였다.