• Title/Summary/Keyword: similarity weight

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Multiple Linkage Disequilibrium Mapping Methods to Validate Additive Quantitative Trait Loci in Korean Native Cattle (Hanwoo)

  • Li, Yi;Kim, Jong-Joo
    • Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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    • 제28권7호
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    • pp.926-935
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    • 2015
  • The efficiency of genome-wide association analysis (GWAS) depends on power of detection for quantitative trait loci (QTL) and precision for QTL mapping. In this study, three different strategies for GWAS were applied to detect QTL for carcass quality traits in the Korean cattle, Hanwoo; a linkage disequilibrium single locus regression method (LDRM), a combined linkage and linkage disequilibrium analysis (LDLA) and a $BayesC{\pi}$ approach. The phenotypes of 486 steers were collected for weaning weight (WWT), yearling weight (YWT), carcass weight (CWT), backfat thickness (BFT), longissimus dorsi muscle area, and marbling score (Marb). Also the genotype data for the steers and their sires were scored with the Illumina bovine 50K single nucleotide polymorphism (SNP) chips. For the two former GWAS methods, threshold values were set at false discovery rate <0.01 on a chromosome-wide level, while a cut-off threshold value was set in the latter model, such that the top five windows, each of which comprised 10 adjacent SNPs, were chosen with significant variation for the phenotype. Four major additive QTL from these three methods had high concordance found in 64.1 to 64.9Mb for Bos taurus autosome (BTA) 7 for WWT, 24.3 to 25.4Mb for BTA14 for CWT, 0.5 to 1.5Mb for BTA6 for BFT and 26.3 to 33.4Mb for BTA29 for BFT. Several candidate genes (i.e. glutamate receptor, ionotropic, ampa 1 [GRIA1], family with sequence similarity 110, member B [FAM110B], and thymocyte selection-associated high mobility group box [TOX]) may be identified close to these QTL. Our result suggests that the use of different linkage disequilibrium mapping approaches can provide more reliable chromosome regions to further pinpoint DNA makers or causative genes in these regions.

TOPSIS을 적용한 가뭄취약성 평가 방법에 관한 연구 (An Approach to Drought Vulnerability Assessment using TOPSIS Method)

  • 이창우;신형진;권민성;이규민;남상혁;강문성
    • 한국지리정보학회지
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    • 제22권4호
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    • pp.102-115
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    • 2019
  • 본 연구에서는 가뭄과 연관되는 다양한 관련 요인을 포함한 가뭄취약성 평가방안을 수립하고 이를 적용하는 것을 목표로 하였다. 평가기법은 평가인자와 가중치 선정, 평가자료 데이터베이스 구축, 평가자료와 가중치를 조합한 평가의 세 단계로 구성되었으며 평가인자 및 가중치 선정에는 Delphi 조사기법을 적용하고 평가기법으로는 최근 널리 적용되고 있는 MCDM(Multi-Criteria Decision Making) 방법인 TOPSIS(Technique for Order of Preference by Similarity to Ideal Solution) 기법을 활용하였다. 수립한 가뭄취약성 평가방안을 2016년 3월부터 2019년 9월까지 우리나라 시군구 행정구역을 대상으로 적용하여 결과를 제시하였다. 평가 결과, 충청북도, 경상남도, 전라남도에 가뭄 취약지역이 다수 도출 되어 이들 지역에 대한 가뭄 대응 방안 수립이 필요한 것으로 분석되었다.

칼라 영역의 크기와 뭉침을 기술하는 칼라 동시발생 히스토그램을 이용한 영상검색 (Image Retrieval Using the Color Co-occurrence Histogram Describing the Size and Coherence of the Homogeneous Color Region)

  • 안명석;조석제
    • 정보처리학회논문지B
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    • 제13B권3호
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    • pp.275-282
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    • 2006
  • 칼라 영상을 효과적으로 검색하기 위해 칼라의 분포와 화소 간 위치 정보를 이용하여 영상을 검색하는 방법이 연구되었다. 본 논문에서는 적은 빈 개수로 칼라 분포와 화소 간 위치 정보를 효율적으로 기술하여 영상을 검색할 수 있는 기술자를 제안한다. 이는 칼라 동시발생 히스토그램의 대각성분과 비 대각성분에 가중치를 주어 에너지를 변형하고, 의미가 약한 값의 빈을 제거한 것이다. 분석을 통해 칼라 동시발생 히스토그램의 대각성분과 비 대각성분은 같은 칼라를 가지는 영역의 크기 정보와 그 영역 간의 뭉침 정보를 기술하며, 비 대각성분이 대각성분에 비해 영상검색에 더 우수한 특성을 나타낸다는 것을 확인하였다. 그래서, 비 대각성분의 가중치를 대각성분의 가중치에 비해 높게 주면 영상검색을 효과적으로 할 수 있다는 사실을 밝혔다. 64 레벨로 칼라 양자화된 RGB 칼라 좌표계에서의 실험영상에서, 가중치가 0.7에서 0.9인 제안한 기술자가 기존의 기술자에 비해 우수하게 영상을 검색함을 알 수 있었다.

사용자 정보를 이용한 모바일 추천 기법 (The User Information-based Mobile Recommendation Technique)

  • 윤소영;윤성대
    • 한국정보통신학회논문지
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    • 제18권2호
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    • pp.379-386
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    • 2014
  • 모바일 기기의 사용이 급증하면서 앱 스토어를 이용하는 사용자들 또한 증가하고 있다. 그러나 앱 스토어들은 대부분 단순한 랭킹 방식의 추천을 사용하므로 추천의 정확성이 떨어진다. 본 논문에서는 사용자에게 더 적합한 아이템을 추천하기 위해 사용자 정보 가중치와 아이템의 최근 선호 정도를 반영한 기법을 제안한다. 제안하는 기법은 데이터 셋을 카테고리별로 구분한 후 협업필터링 기법에 사용자 정보 가중치를 적용하여 예측값을 추출한다. 카테고리별로 아이템에 대한 최근 선호 정도를 반영하기 위해 특정 기간을 지정한 아이템 평가값 평균을 구한다. 최종적으로 두 결과 값을 결합하여 아이템을 추천한다. 실험을 통해 제안한 기법이 기존의 아이템 기반, 사용자 기반 기법보다 추천의 정확성과 적합성이 향상되는 것을 확인하였다.

사회적 평가 지표를 반영한 도시 홍수취약성 평가 (A Study on Urban Flood Vulnerability Assessment Considering Social Impact)

  • 이규민;최진원;전경수
    • 토지주택연구
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    • 제11권1호
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    • pp.109-116
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    • 2020
  • This study aims to establish an approach to assess urban flood vulnerability by identifying social characteristics such as the road transportation and the vulnerable groups. Assessment procedures comprise three steps as: (1) composing the assessment criteria to reflect the urban characteristics; (2) calculating the weight; and (3) evaluating the vulnerability. The criteria were adopted by Delphi survey technique. Four criteria as land cover, residents, vulnerable areas, and disaster response were adopted in the current study. To determine the weight set of criteria, subjective and objective methods were combined. The weight set was determined using the combined method which reflects the Delphi method and Entropy analysis. In the process of data-based construction, GIS tools wwere used to extract administrative unit materials such as land cover, road status, and slope. Data on population and other social criteria were collected through the National Statistical Office and the Seoul Metropolitan statistical data. TOPSIS (Technique for Order of Preference by Similarity to Ideal Solution) technique, which uses materials from cell units in order to rank the closest distance to the best case and the farthest distance from the worst case by calculating the distances to the area of assessment, was applied to assess. The study area was the Dorimcheon basin, a flood special treatment area of Seoul city. The results from the current study indicates that the established urban flood vulnerability assessment approach is able to predict the inherent vulnerable factors in urban regions and to propose the area of priority control.

사과의 과경절단이 과피에 상처발생, 작업노력 저장시 과중, 경도에 미치는 영향 (Occurrence of apple-skin wound, changes of input labor and changes of apple weight and flesh firmness by apple stalk cutting in 'Fuji' apple)

  • 정혜웅
    • 현장농수산연구지
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    • 제8권1호
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    • pp.21-29
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    • 2006
  • 우리사과의 재배노력 절감으로 대외경쟁력 향상을 위한 기초 자료로 활용코자 몇가지 실험을 수행한 결과는 다음과 같다. 사과 수확시 및 선별시 과경에 의한 과피의 상처발생은 선별시 보다 수확시에 많이 발생하였고 대과에서 상처발생이 심하였다. 사과 수확시 과경을 절단하면서 수확하면 과경을 절단하지 않고 수확하는 것보다 수확량이 반이하로 줄어서 수확노력이 배 이상 소요된다. 사과 선별기의 접시와 집적판 사이의 간격이 0cm인 경우에 소과에서 과피에 상처가 적게 발생하였다. 사과의 과경을 절단하여 저장하는 것이 과경을 무절단하여 저장하는 것 보다 과중이 크게 감소되어 저장시에는 사과의 과경을 절단하지 않도록 하여야 할 것으로 생각되며 사과의 과경절단 유무에 따른 사과의 경도는 차이가 없었다. 경와부 밖으로 돌출된 사과과경의 길이는 사과의 크기와 차이가 없는 경향 이었다. 따라서 사과의 과경을 절단하지 않음으로서 과경절단에 소요되는 노력절감 및 과경절단 비용을 소득화 하고 원활한 대일 수출, 품질유지 등에 기여하였으면 한다.

임펠러 5축 NC가공을 위한 가공전략수립 지원시스템 (A 5-Axis NC Machining Strategy Support System for an Impeller)

  • 조민호;김동원;허은영;이찬기
    • 산업공학
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    • 제21권4호
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    • pp.411-417
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    • 2008
  • An impeller is a type of high-speed rotor that is used to compress or transfer fluid under high-speed and pressure at high temperatures. The impeller is composed of an axial hub and several blades attached along the hub. The weight and shape of an impeller must be balanced, because their imbalances can cause noise and vibration, which can lead to the breakage of the impeller blades during operation. Thus, the hub and blades of an impeller are commonly machined in a 5-axis NC machine to obtain qualified surfaces. The impeller machining strategy or process plan can not be easily obtained due to the complex, overlapped and twisted shapes of impeller blades. Skillful machining process planners may generate appropriate machining strategies based on their experiences and floor data. However, in practice most shop floor data for the impeller machining is not well-structured such that it does not effectively provide a process planner with information for machining strategies and/or process plans. This paper reports the development of a case-based machining strategy support system (CBMS) that employs case-based reasoning to obtain the machining strategy of an impeller by using the existing machining strategies of the shop floor. The CBMS generates impeller machining strategies through a stepwise reasoning process considering the similarity features between the blade shapes and machining regions. A case study is provided to demonstrate that CBMS can generate useful machining strategies facilitating process planners. The developed system can simulate the tool paths of impeller machining and runs on the web.

단세포 RNA 시퀀싱 데이터를 위한 가중변수 스펙트럼 군집화 기법 (One-step spectral clustering of weighted variables on single-cell RNA-sequencing data)

  • 박민영;박세영
    • 응용통계연구
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    • 제33권4호
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    • pp.511-526
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    • 2020
  • 단세포 RNA 시퀀싱 데이터(single-cell RNA-sequencing data, 이하 단세포 RNA 데이터)는 세포 조직으로부터 추출한 각 단세포 별 유전자의 신호를 기록한 데이터로, 세포 간의 이질성을 파악하는 것을 주요 목적으로 한다. 그러나 단세포 RNA 데이터는 샘플링 및 기술적인 한계로 인해 결측비율이 높고, 노이즈가 크다. 이러한 이유 때문에 기존의 군집화 방법을 적용하는 데에 한계가 존재한다. 본 논문에서는 단세포 RNA 데이터 분석에서 모티브를 얻어 스펙트럼 군집화(spectral clustering) 기반의 방법을 제안한다. 특히 유사도 행렬(similarity matrix) 계산에서 유전자 별로 가중치를 부여하여 기존의 단세포 데이터 분석 방법과 차별화하였다. 제안하는 군집화 방법은 유전자별 가중치를 부여함과 동시에 세포를 군집화한다. 군집화는 반복 알고리즘을 통해 제안하는 비볼록식(non-convex optimization)을 풀어 진행한다. 또한 실데이터 적용과 시뮬레이션을 통해 제안하는 군집화 방법이 기존의 방법보다 군집을 잘 구분하는 것을 보인다.

Isolation of novel bovine parainfluenza virus type 5 (bPIV5) and its incidence in Korean cattle

  • Yang, Dong-Kun;Nah, Jin-Ju;Kim, Ha-Hyun;Choi, Sung-Suk;Bae, You-Chan;Park, Jung-Won;Song, Jae-Young
    • 대한수의학회지
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    • 제54권2호
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    • pp.107-112
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    • 2014
  • Four viruses showing cytopathic effects in MDBK cells were isolated from brains of cattle showing downer cattle syndrome in 2012. The isolates were confirmed to belong to the genus Rubulavirus of the subfamily Paramyxovirinae. Isolate QIA-B1201 had the ability to hemagglutinate red blood cells from several species of animals and was capable of adsorbing guinea pig erythrocytes on the surface of infected Vero cells. Nucleotide sequence analysis showed that two isolates (QIA-B1201 and QIA-B1204) had high similarity with other human and animal PIV5 isolates ranging from 98.1 to 99.8%. The highest sequence similarity of the two isolates corresponded to strain KNU-11 (99.8% at the nucleotide and amino acid level) isolated from suckling piglets in Korea in 2012. To evaluate the virulence of strain QIA-B1201, we inoculated bPIV5 into 5 week-old mice via both the intraperitoneal and intracranial route. Body weight was not significantly altered in mice inoculated with QIA-B1201. In this study, we isolated and characterized novel bPIV5s from brain samples showing downer cattle syndrome, but were not able to elucidate the pathogenicity of the bPIV5s in mice.

컨텍스트 기반 사용자 간 소셜 네트워크 구성 방법 (Context-based Social Network Configuration Method between Users)

  • 한종현;우운택
    • 한국HCI학회:학술대회논문집
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    • 한국HCI학회 2009년도 학술대회
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    • pp.11-14
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    • 2009
  • 본 논문에서는 사용자의 컨텍스트 및 프로파일을 이용하여 사용자들 간의 소셜 네트워크를 구성하는 방법을 제안한다. 최근 협업 시스템과 관련하여 소셜 네트워크에 대한 관심이 증대되고 있다. 하지만 기존 연구의 경우, 사용자 로그 및 프로파일과 같은 정적인 데이터에 기반하고 있어서 동적으로 변화하는 환경에서의 소셜 네트워크를 구성하기 어렵다. 따라서 제안된 방법은 유비쿼터스 컴퓨팅 환경에서 정적인 사용자 프로파일과 함께 사용자의 행동을 반영하는 컨텍스트를 이용하여 소셜 네트워크를 구성한다. 컨텍스트 도메인 지식 모델의 계층적 구조 특성을 이용하여 컨텍스트들 간의 유사도를 계산하고, 컨텍스트 모델의 카테고리에 가중치를 부여하여 컨텍스트들 간의 관계성을 계산한다. 제안된 방법의 유용성을 검증하기 위해 사용자의 컨텍스트 변화에 따른 소셜 네트워크의 동적 구성을 실험하였다. 제안된 방법을 활용하여 사용자들의 행동에 동적으로 반응하는 관계 분석이 가능하게 될 것으로 기대된다.

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