• 제목/요약/키워드: similarity plot

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군집분석 방법들을 비교하기 위한 상사그림 (The Similarity Plot for Comparing Clustering Methods)

  • 장대흥
    • 응용통계연구
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    • 제26권2호
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    • pp.361-373
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    • 2013
  • 군집분석을 위한 알고리즘은 매우 많다. 이러한 군집분석 방법들이 개체들을 어떻게 여러 개의 군집으로 나누는 지를 서로 비교하기 위해서는 나누어지는 군집들이 얼마나 동일한가를 알 수 있는 동의 측도가 필요하다. 우리가 고려하여야 할 군집분석 방법들이 많아질수록 덩달아 동의 측도들 값도 많아지게 된다. 그래서 복수 개의 군집분석 방법들과 대응되는 동의 측도값들을 한 눈에 확인할 수 있는 도구가 필요하다. 본 논문을 통하여 군집분석 방법들과 대응되는 동의 측도값들을 한 눈에 확인할 수 있는 그래픽도구들을 제안하고자 한다.

NBLAST: a graphical user interface-based two-way BLAST software with a dot plot viewer

  • Choi, Beom-Soon;Choi, Seon Kang;Kim, Nam-Soo;Choi, Ik-Young
    • Genomics & Informatics
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    • 제20권3호
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    • pp.36.1-36.6
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    • 2022
  • BLAST, a basic bioinformatics tool for searching local sequence similarity, has been one of the most widely used bioinformatics programs since its introduction in 1990. Users generally use the web-based NCBI-BLAST program for BLAST analysis. However, users with large sequence data are often faced with a problem of upload size limitation while using the web-based BLAST program. This proves inconvenient as scientists often want to run BLAST on their own data, such as transcriptome or whole genome sequences. To overcome this issue, we developed NBLAST, a graphical user interface-based BLAST program that employs a two-way system, allowing the use of input sequences either as "query" or "target" in the BLAST analysis. NBLAST is also equipped with a dot plot viewer, thus allowing researchers to create custom database for BLAST and run a dot plot similarity analysis within a single program. It is available to access to the NBLAST with http://nbitglobal.com/nblast.

지리산국립공원 노고단 일원 식생복원지 회복 평가 (Evaluation of Vegetation Recovery after Restortaion Works at the Nogodan Area, Jirisan National Park)

  • 오구균
    • 한국환경생태학회지
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    • 제31권1호
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    • pp.93-103
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    • 2017
  • 본 연구의 목적은 식생복원사업후 경과년수에 따라 지리산국립공원 노고단일원의 식생구조의 회복수준을 평가하는 데 있다. 1992년(23년 전)에 시행한 헬기장 주변 훼손지 복원연구 시험지역, 1996년(19년 전)에 시행한 노고단 정상부 훼손지 복원사업지역, 2008년(7년전)에 시행한 군시설 이전지 복원사업지역에 모니터링 시험구 14개소, 복원지 인근 자연림에 대조구 12개소등 총 26개소의 조사구를 설치하여 복원사업지와 인근 자연림간 식물상, 상대우점치, 종다양도, 유사도지수 등을 분석하여 식생회복 정도를 평가하였다. 23년이 경과된 훼손지복원시험지역은 시험구와 대조구 간 종구성의 유사도지수 평균치가 35.2%이었고, 관목층 수고는 20% 수준으로 회복되었다. 19년이 경과된 정상부 식생복원사업지역은 종구성의 유사도지수 평균치가 17.6%로서 상대적으로 낮았으나, 털진달래가 출현하는 관목층의 수고는 20%의 수준으로 회복되었다. 7년이 경과된 군시설이전지역의 유사도지수는 34.3%로 비교적 높았으며, 관목층의 피복도는 대조구의 20% 수준을 나타냈다. 국립공원지역의 생태복원평가기법과 생태복원기술개발을 위하여 복원사업지역에 대한 장기모니터링이 필요하다.

삼림군집구조 조사를 위한 조사구 크기에 관한 연구(II) -덕유산지역 혼효림군집 교목층의 적정 조사구 면적- (Plot Size for Investigating Forest Community Structure(II) -Adequate Plot Area of Tree Stratum in a Mixed Forest Community at T$\v{o}$kyusan Area-)

  • 박인협;류창희;조우
    • 한국환경생태학회지
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    • 제7권2호
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    • pp.187-191
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    • 1994
  • 단일 조사구에 의한 삼림군집구조 조사시 교목층의 적정 조사구면적을 결정하기 위하여 신갈나무, 졸참나무, 소나무, 굴참나무 등이 혼효하고 있는 덕유산지역 혼효림군집의 교목층을 대상으로 nested design에 의하여 19개의 조사구를 설치한 후 종수-면적 곡선, performance curve등을 적용하였다. 종수-면적 곡선에 있어서 조사구면적의 증가율보다 출현종수의 증가율이 낮은 최소 조사구 면적은 500$m^2$이었으며, 조사구 면적의 증가율에 비하여 출현종수의 증가율이 1/2이하인 최소 조사구 면적은 1,000$m^2$이었다. Performance curve를 작성한 결과 조사구 면적 900$m^2$ 이상에서 주요 수종의 중요치가 일정한 경향으로 구분되었으며, 조사구 면적 500$m^2$에 인접한 소나무 대 경목을 제외할 경우 조사구 면적 500$m^2$ 이상에서 일정한 경향으로 구분될 것으로 추정되었다. 종다양도는 조사구 면적 400$m^2$ 이상에서 큰 차이를 보이지 않았다. 전체 조사구 면적에 대한 유사도지수는 조사구 면적 900$m^2$, 400$m^2$ 이상에서 각각 90, 85% 이상의 값을 보였다. 이상의 결과와 본 조사지의 경우 혼효율이 비교적 높은 삼림군집임을 고려할 때 삼림군집구조 조사를 위한 단일 조사구의 면적은 일반적인 경우 500$m^2$, 보다 정확성을 요구할 경우 대체로 1,000$m^2$가 적정 최소 면적이라고 할 수 있었다.

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현존식생 내 초본층과 매토종자와의 관계 (The Relationship Between Soil Seed Bank and Ground Layer of Actual Vegetation in Korea)

  • 신현탁;이명훈
    • 한국환경과학회지
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    • 제20권1호
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    • pp.127-135
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    • 2011
  • This study was carried out in each three study areas of Pinus densiflora community and Quercus mongolica community from March 5th, 2008 to October 15th, 2010 to analyze the relationship between seed bank and the actual vegetation of the lower layer. Based on the relationship between the lower layer of actual vegetation and the germination of seed bank, all of three study areas, the similarity of the actual vegetation of the lower layer and seed bank were high in Plot 1 (84.62%) and Plot 3 (89.91%). As for Quercus mongolica community, the similarity was high between the actual vegetation of the lower layer and seed bank in Plot 4 (82.24%) and Plot 6 (89.47%). Especially, the germination of the pine seed banks in the Pinus densiflora community compared to other tree species appeared in all. In Quercus mongolica community, Quercus mongolica did not appear among the seeds germinated in the seek bank, but the other tree species constituting the under layer of the community. In case of the restoration based on the actual vegetation, it is desirable to sue the lower layer of vegetation as the model for the making of its alternatives for restoration works of the species.

삼림군집구조 조사를 위한 조사구 크기에 관한 연구(III) -주왕산지역 소나무림의 관목층 적정 조사구 면적- (Plot Size for Investigating Forest Community Structure(III) -Adequate Plot Area of Shrub Stratum in a Pinus densiflora Forest at Chuwangsan Area-)

  • 박인협;문광선
    • 한국환경생태학회지
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    • 제8권2호
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    • pp.150-153
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    • 1995
  • 단일 조사구에 의한 삼림군집구조 조사시 관목층의 적정 조사구 면적을 결정하기 위하여 주왕산지역 소나무림의 관목층을 대상으로 nested design에 의하여 19개의 조사구를 설치한 후 종수-면적 곡선, performance curve 등을 적용하였다. 종수-면적 곡선에 있어서 조사구 면적의 증가율보다 출현종수의 증가율이 낮은 최소 조사구 면적은 900$m^2$이었으며, 조사구 면적의 증가율에 비하여 출현종수의 증가율이 1/2 이하인 최소 조사구 면적은 1,500$m^2$이었다. Performance curve를 작성한 결과 조사구 면적 1,400$m^2$ 이상에서 주요 수종의 중요치가 일정한 경향으로 구분되었다. 전체 조사구 면적에 대한 유사도지수는 조사구 면적 900$m^2$, 625$m^2$ 이상에서 각각 90, 85% 이상의 값을 보였다. 이상의 결과를 종합하면 보다 정확성을 요구할 경우 관목층의 적정 조사구 면적은 대체로 1,500$m^2$라고 할 수 있었다.

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우리나라에서 불법 유통되는 메스암페타민의 불순물 프로화일 분석 (Impurity Profiling Analysis of Illicit Methamphetamine Seized in Korea)

  • 유영찬;정희선;김은미;김선춘;김승환
    • 약학회지
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    • 제42권6호
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    • pp.627-633
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    • 1998
  • Impurity profiling analysis of methamphetamine seized in Korea was investigated for the evidential and intelligent purpose. Samples were extracted with ethylacetate which contai ns internal standard of dioctylsebacate under basic condition and extracts were analyzed by GC-FID. Ephedrine, chloroephedrine & 1,2-dimethyl-3-phenylaziridine were identified impurities in illicit methamphetamine by GC-MS. These impurities revealed that most of abused methamphetamine in Korea were synthesized from ephedrine as a starting material. For the classification of samples. firstly, 24 impurity peaks were selected after inspection of every peak in 50 samples as the specific markers of impurities. Secondly, corresponding peak retention time and area ratio to the internal standard were calculated and database was created with values of 24 peaks by in-house program. Finally, cluster analysis was attempted with the resultant profiles using the STAR plot, which was based on the Euclidian distance for evaluating similarity among samples. A total of 76 samples were divided into 8 different groups within 90% statistical similarity and inter-batch samples showed similar impurity patterns by this procedure. In conclusion, the analysis of impurities is a suitable index for estimation the common or different origin of methamphetamine sample.

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금정산성 등산로 주변 식생의 생태적 특성 평가 (Assessment on Ecological Characteristics of Vegetation in the Trail of Area Adjacent to GeumJeong Mountain Fortress)

  • 남정칠;서정범;조국희;김석규
    • 환경영향평가
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    • 제19권6호
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    • pp.527-537
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    • 2010
  • This study are Geumjung mountain fortress of the Busan Metropolitan City in the north gate of the East gate around the trail to identify the vegetation structure importance value, dominance, species diversity, similarity index analysis. Results of the study, plot on the western slopes elevation 423-636m, slopes of $15{\sim}20^{\circ}$ slope areas, Pinus densiflora, Pinus thunbergii, Quercus acutissima, Pinus thunbergii, Pinus rigida, Carpinus coreana, Quercus mongolica are fulfilling a community. Trees layer a height 8~12m, coverage 40~70%, sub-trees layer the height 3~7m, coverage 10~80%, shrubs layer the height 0.8~1.5m, coverage 20-30%, herb layer the height 0.1~0.5m, coverage 5-10% were in the range of plot in the east slope elevation 452-647m, slopes in the slope of $5-30^{\circ}$ and Pinus rigida, Pinus thunbergii, Pinus densiflora, Quercus mongolica, Quercus dentata, Carpinus coreana is fulfilling a community. The trees layer height 8~13m, coverage 0~70%, sub-trees layer the height 2~6m, coverage 0~80%, shrubs layer the height 0.8~1.5m, coverage 20-40%, herb layer the height 0.1-0.5m, coverage 5-40% were in the range. The survey showed to be in relatively good vegetation, but in some areas of Pinus rigida, Quercus acutissima, as was predicted in succession, the shrub layer in the plot of some dominated vine plants and vegetation management will be needed for this purpose respectively.

OPNET을 이용한 자기유사성 트래픽 발생기 설계 및 성능 평가 (Implementation and Performance Evaluation of Self-Similar Traffic Generator Using OPNET)

  • 한경은;정광본;이승현;김영천
    • 한국통신학회논문지
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    • 제31권5A호
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    • pp.441-450
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    • 2006
  • 최근 인터넷 사용자가 급증함에 따라 전체 인터넷 트래픽의 90%이상을 차지하는 IP 트래픽이 통신망 성능에 미치는 영향은 매우 크다. 따라서 효율적인 망의 설계와 설계된 망의 정확한 성능 평가를 위하여 IP 트래픽의 특성을 반영한 자기유사성(self-similarity) 트래픽 발생기의 설계는 매우 중요하다. 본 논문에서는 OPNET을 이용하여 자기유사성 트래픽 발생기를 설계한다. 이를 위해 Pareto 분포를 갖는 ON-OFF 소스를 이용하고, 이를 다중화하여 중첩시킴으로써 자기유사성의 특성을 구현하였다. 또한 구현한 자기유사성 트래픽 발생기의 성능 평가를 위하여 다양한 통계학적인 접근방법을 통해 자기유사성의 특성을 분석 검증하고, 입력부하 및 다중화 된 소스의 개수에 따른 영향을 분석하였다. 설계된 자기유사성 트래픽 발생기는 유무선 통신망 모델 구현 및 성능 평가 시 IP 트래픽 발생기로 활용될 수 있으며, 자기유사성 트래픽 모델링에서 요구되는 구체적인 파라미터 값의 결정에도 도움이 될 것으로 기대된다.

상수도 미보급 지역의 지하수 수질상태 평가를 위한 배경농도 산정방법에 관한 연구 (A study on estimating background concentration of groundwater for water quality assessment in non-water supply district)

  • 여영도;서용교;김락현;조동준;김광식;조욱상
    • 상하수도학회지
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    • 제28권3호
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    • pp.345-358
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    • 2014
  • For introducing the groundwater quality assessment using background concentration of groundwater, several methods had been studied to estimate the background concentration of groundwater and to suggest the background concentration of study area. Some methods such as Box whisker plot, Percentile and Cumulative probability distribution had been adopted to estimate background concentration, and it was evaluated that the Cumulative probability distribution method presents more reasonable background concentration because it can consider the data distribution. So we estimated the background concentration of study area using cumulative probability distribution method. We suggested the background concentration for each hydrogeology respectively in case hydrogeological water quality similarity is very low.