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Proteome Profiling Unfurl Differential Expressed Proteins from Various Explants in Platycodon Grandiflorum

  • Kim, Hye-Rim;Kwon, Soo-Jeong;Roy, Swapan Kumar;Cho, Seong-Woo;Kim, Hag-Hyun;Cho, Kab-Yeon;Boo, Hee-Ock;Woo, Sun-Hee
    • 한국작물학회지
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    • 제60권1호
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    • pp.97-106
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    • 2015
  • Platycodon grandiflorum, commonly known as Doraji in Korea, has a wide range of pharmacologic properties, such as reducing adiposity and hyperlipidemia, and antiatherosclerotic effects. However, the mechanisms underlying these effects remain unclear. In order to profile proteins from the nodal segment, callus, root and shoot, high throughput proteome approach was executed in the present study. Two dimensional gels stained with CBB, a total of 84 differential expressed proteins were confirmed out of 839 protein spots using image analysis by Progenesis SameSpot software. Out of total differential expressed spots, 58 differential expressed protein spots (${\geq}$ 2-fold) were analyzed using MASCOT search engine according to the similarity of sequences with previously characterized proteins along with the UniProt database. Out of 58 differential expressed protein, 32 protein spots were up-regulated such as ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase, endoplasmic oxidoreductin-1, heat stress transcription factor A3, RNA pseudourine synthase 4, cysteine proteinase, GntR family transcriptional regulator, E3 xyloglucan 6-xylosyltransferase, while 26 differential protein spots were down-regulated such as L-ascorbate oxidase precursor, late embryogenesis abundant protein D-34, putative SCO1 protein, oxygen-evolving enhancer protein 3. However, frequency distribution of identified proteins using iProClass databases, and assignment by function based on gene ontology revealed that the identified proteins from the explants were mainly associated with the nucleic acid binding (17%), transferase activity (14%) and ion binding (12%). In that way, the exclusive protein profile may provide insight clues for better understanding the characteristics of proteins and metabolic activity in various explants of the economically important medicinal plant Platycodon grandiflorum.

Is Rectosigmoid Vaginoplasty Still Useful?

  • Kim, Seok-Kwun;Park, Ji-Woen;Lim, Kwang-Ryeol;Lee, Keun-Cheol
    • Archives of Plastic Surgery
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    • 제44권1호
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    • pp.48-52
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    • 2017
  • Background The ideal vaginoplasty must be successful functionally as well as have a natural appearance, and also must retain its functionality and appearance over the long term. Conventional vaginoplasty techniques have functional limitations and are associated with recurrent complications, but rectosigmoid vaginoplasty is known to have a high satisfaction rate due to its functional similarity with the vagina. We conducted the present study to assess the usability of rectosigmoid vaginoplasty over the course of long-term follow-up. Methods From March 1992 to February 2014, 84 patients were treated with rectosigmoid vaginoplasty; 44 had gender identity disorder, 29 had vaginal agenesis, 8 had female pseudohermaphroditism, and 3 had gynecologic malignancies after radical pelvic surgery. This retrospective study was based on a review of the patients' records, clinical examinations, complications, and questionnaires about appearance, function, and sexual intercourse. Results All patients who underwent rectosigmoid vaginoplasty were discharged within 2 weeks without surgical flap loss. The early complications were partial flap necrosis, difficulty in defecation, mucous hypersecretion, and postoperative ileus. The late complications were vaginal introitus contracture, vaginal prolapse, and difficulty in urination. The mean length and diameter of the neovagina 3.4 years after rectosigmoid vaginoplasty were 13.2 cm and 3.8 cm, respectively. On questionnaires about satisfaction, 70% of patients reported excellent satisfaction, 11% good, 12% fair, and 7% poor. Conclusions Rectosigmoid vaginoplasty is useful, safe, and well-accepted operative method with good functional and cosmetic results, such as natural lubrication and adequate vaginal length and width obtained without requiring the use of a dilator.

유비쿼터스 컴퓨팅의 친밀감과 복잡성에 따른 사용자 통제감 지각 효과 (Perceived Controllability of the Ubiquitous Computing Devices as a Function of Design Familiarity and Complexity)

  • 이지선;이경수;임성준;손영우
    • 감성과학
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    • 제10권4호
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    • pp.555-569
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    • 2007
  • 유비쿼터스 컴퓨팅 환경은 새로운 기술로 구현된 환경으로 그에 적합한 새로운 사용성 평가가 필요하다. 그러나 기존의 사용성 평가를 그대로 도입할 수 없으므로 이에 대한 연구가 수반되어야 하고 심리적인 변인도 함께 고려되어야 할 것이다. 이를 위해서는 기기적 측면의 사용성 평가만이 아니라 서비스 시나리오도 함께 이루어져야 한다. 따라서 본 연구는 시나리오적 측면에서 사용성 요인을 분류하고 기기적 측면에서 심리적인 요인인 통제감을 중심으로 진행되었다. 연구 1에서 현존하는 사용성 요인을 유사성과 어플리케이션 시나리오에 따라 중 요성을 재분류 한 결과 10개의 그룹이 생성되었다. 연구 2에서는 구체적으로 유비쿼터스 환경에서 기기의 친밀감과 복잡성이 통제감의 환상을 유발시킬 수 있는지 실험해보았다. 그 결과, 기기의 친밀감과 복잡성이 통제감의 환상을 유발시키는 변인으로 밝혀졌다.

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VASM 알고리즘을 이용한 건축물 CAD 자료의 수치지도 건물 객체와의 형상 정합 및 지도좌표 부여 방법의 제안 (A Proposal of a Shape Matching and Geo-referencing method for Building Features in Construction CAD Data to Digital Map using a Vertex Attributed String Matching algorithm)

  • 허용;유기윤;김형태
    • 한국측량학회지
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    • 제26권4호
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    • pp.387-396
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    • 2008
  • 건설 CAD 자료와 GIS 자료를 연계하기 위해서는 임의의 좌표체계로 표현되거나 경우에 따라 좌표정보를 가지고 있지 않은 CAD 자료에 지도좌표를 부여하는 과정이 필요하다. 일반적으로 이러한 과정들은 수작업에 의하여 결정된 공액 꼭지점을 이용하지만 많은 시간이 소요되는 문제점을 가지고 있다. 본 연구는 VASM 알고리즘을 이용하여 건설 CAD 자료와 수치지도에서 건물 객체의 형상 정합을 수행함으로써 공액 꼭지점을 반자동 추출할 수 있는 기법을 제안한다. 이렇게 추출된 공액 꼭지점을 이용하여 상사변환에 기반한 지도좌표 부여 함수를 유도할 수 있었다. 본 연구에서 제안한 기법을 이용하여 지도좌표가 부여된 서울대학교 공과대학 건물들의 건설 CAD 도면을 수치지도에 중첩해보았고, 그 결과를 바탕으로 제안된 기법을 평가해 보았다.

고속도로 구간별 통행속도의 패턴과 영향에 따른 군집분석 (Cluster analysis for highway speed according to patterns and effects)

  • 김병수;안소영;손정민;박혜미
    • 응용통계연구
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    • 제29권5호
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    • pp.949-960
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    • 2016
  • 본 논문은 고속도로 전 구간에 대해 2년간(2014년 1월-2015년 12월) 15분 단위로 관측한 고속도로 통행속도 데이터(VDS)를 사용하였다. 본 연구의 첫 번째 목적은 월 요일 시간대의 시간변수에 따라 반복적으로 나타나는 패턴이 비슷한 구간들의 군집을 구하는 것이다. 115개의 시간변수를 주성분분석으로 축약한 후 군집분석을 한 결과 시간변수에 따라 다양한 패턴을 보이는 군집들을 얻었으며, 이 결과는 실시간이 아닌 미래의 통행속도 예측을 위한 모형을 만드는데 활용될 수 있다. 두 번째 목적은 통행속도에 있어서 직접적으로 또는 간접적으로 영향을 주고받는 등 밀접한 관계가 있는 같은 영향권에 있는 구간들을 묶기 위해 군집분석을 하는 것이다. 구간끼리의 순수한 영향 정도를 보기 위해 각 구간별로 통행속도에 대한 백색화한 후 계산한 교차상관함수를 이용하여 군집분석을 하였다. 군집분석 결과 지리적으로 가까운 군집들이 다수 도출되었으며, 이 결과는 실시간 예측에 도움이 될 것이다.

기초 온톨로지 기반 한의 진단 시스템 (Traditional Korean Medicine Diagnosis System Based on Basic Ontology)

  • 김상균;장현철;김진현;오용택;김철;예상준;송미영
    • 동의생리병리학회지
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    • 제24권6호
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    • pp.1111-1116
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    • 2010
  • We in this paper design and implement a traditional korean medicine diagnosis system based on basic ontology. If doctors put the symptoms or tongues or pulses of a patient in the diagnosis system, they can be recommended for the diagnosis results. To support the doctors decision, the diagnosis system make the inference based on the basic ontology and compute the similarity between symptoms of patient and those of ontology. The diagnosis systems also provide the learning mechanism about diagnosis results which save the results in the ontology and reuse them in the next diagnosis. Thus, doctors can share their knowledge for the diagnosis by exchanging their ontology each other. In future, we will expand the knowledge of the basic ontology continuously so that doctors can get the more accurate diagnosis results. We also implement the prescription function and integrate it to the diagnosis system.

Dynamics of a Globular Protein and Its Hydration Water Studied by Neutron Scattering and MD Simulations

  • Kim, Chan-Soo;Chu, Xiang-Qiang;Lagi, Marco;Chen, Sow-Hsin;Lee, Kwang-Ryeol
    • 한국진공학회:학술대회논문집
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    • 한국진공학회 2011년도 제40회 동계학술대회 초록집
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    • pp.21-21
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    • 2011
  • A series of Quasi-Elastic Neutron Scattering (QENS) experiments helps us to understand the single-particle (hydrogen atom) dynamics of a globular protein and its hydration water and strong coupling between them. We also performed Molecular Dynamics (MD) simulations on a realistic model of the hydrated hen-egg Lysozyme powder having two proteins in the periodic box. We found the existence of a Fragile-to-Strong dynamic Crossover (FSC) phenomenon in hydration water around a protein occurring at TL=$225{\pm}5K$ by analyzing Intermediate Scattering Function (ISF). On lowering of the temperature toward FSC, the structure of hydration water makes a transition from predominantly the High Density Liquid (HDL) form, a more fluid state, to predominantly the Low Density Liquid (LDL) form, a less fluid state, derived from the existence of a liquid?liquid critical point at an elevated pressure. We showed experimentally and confirmed theoretically that this sudden switch in the mobility of the hydration water around a protein triggers the dynamic transition (so-called glass transition) of the protein, at a temperature TD=220 K. Mean Square Displacement (MSD) is the important factor to show that the FSC is the key to the strong coupling between a protein and its hydration water by suggesting TL${\fallingdotseq}$TD. MD simulations with TIP4P force field for water were performed to understand hydration level dependency of the FSC temperature. We added water molecules to increase hydration level of the protein hydration water, from 0.30, 0.45, 0.60 and 1.00 (1.00 is the bulk water). These confirm the existence of the FSC and the hydration level dependence of the FSC temperature: FSC temperature is decreased upon increasing hydration level. We compared the hydration water around Lysozyme, B-DNA and RNA. Similarity among those suggests that the FSC and this coupling be universal for globular proteins, biopolymers.

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차선 이탈 경고 시스템의 성능 검증을 위한 가상의 오염 차선 이미지 및 비디오 생성 방법 (Virtual Contamination Lane Image and Video Generation Method for the Performance Evaluation of the Lane Departure Warning System)

  • 곽재호;김회율
    • 한국자동차공학회논문집
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    • 제24권6호
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    • pp.627-634
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    • 2016
  • In this paper, an augmented video generation method to evaluate the performance of lane departure warning system is proposed. In our system, the input is a video which have road scene with general clean lane, and the content of output video is the same but the lane is synthesized with contamination image. In order to synthesize the contamination lane image, two approaches were used. One is example-based image synthesis, and the other is background-based image synthesis. Example-based image synthesis is generated in the assumption of the situation that contamination is applied to the lane, and background-based image synthesis is for the situation that the lane is erased due to aging. In this paper, a new contamination pattern generation method using Gaussian function is also proposed in order to produce contamination with various shape and size. The contamination lane video can be generated by shifting synthesized image as lane movement amount obtained empirically. Our experiment showed that the similarity between the generated contamination lane image and real lane image is over 90 %. Futhermore, we can verify the reliability of the video generated from the proposed method through the analysis of the change of lane recognition rate. In other words, the recognition rate based on the video generated from the proposed method is very similar to that of the real contamination lane video.

가중 컬러 중심 이동을 이용한 물체 추적 알고리즘 (Object Tracking Algorithm Using Weighted Color Centroids Shifting)

  • 최은철;이석호;강문기
    • 방송공학회논문지
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    • 제15권2호
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    • pp.236-247
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    • 2010
  • 최근 평균이동(mean shift) 알고리즘과 같은 커널 기반의 추적 알고리즘이 활발하게 연구되고 있다. 이러한 방식의 알고리즘은 커널이 제공하는 컬러 히스토그램 정보와 약간의 공간적 정보를 이용하는 방식으로 적은 연산량으로 추적을 수행할 수 있는 장점을 지니고 있다. 그러나 공간성을 확보하기 위한 등방성 커널과 유사성을 비교하기 위한 바타차야 계수를 사용하기 때문에 발생하는 불안정성이 존재한다. 본 논문은 커널과 바타차야 계수의 사용이 왜 알고리즘의 불안정성을 야기 시킬 수 있는지에 대해 분석한다. 또한 이 분석을 바탕으로 새로운 추적 알고리즘을 제안한다. 제안한 알고리즘은 표적을 구성하는 컬러별 중심을 이용하는 방법으로 표적의 컬러, 컬러별 화소의 빈도, 공간적 정보 등이 반영된다. 제안한 방법은 평균 이동 방법보다 결과의 오류 비율이 적으며, 다음 프레임에서의 표적 위치가 반복 없이 한차례의 연산으로 얻어진다. 또한, 낮은 프레임 율 및 일부 폐색이 발생하여 평균 이동 방법으로는 실패하는 상황에서도 성공적으로 동작한다.

재조합 E.coli에서 고온성 Bacillus 균주의 과발현에 관한 연구 (Overexpression of Termostable Bacillus sp. in Recombinant E.coli)

  • 서화정;이인선
    • 한국식품위생안전성학회지
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    • 제15권1호
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    • pp.51-54
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    • 2000
  • 1. E.coli에서 별도의 expression vector를 사용하지 않고도 Bacillus 균주 유래의 유용효소(D-Amino acid aminotransferase;D-AAT, Aspartate aminotransferase;AspAT, Alanine dehydrogenase;AlaDH 등)의 유전자의 5'-up stream부위의 발현 기구를 검토한 결과 각 유용 효소의 유전자들의 5'-upstream부위에 존재하는 프로모터들이 연속적으로 존재한다는 사실이 유추되었고, E.coli의 SD sequence와 매우 상동성이 높은 서열 또한 존재함을 확인하였다. 2. 유용 효소 유전자의 번역과 관련된 5'-upstream 부위의 분석을 통하여 유용 효소의 유전자들은 E.coli의 ribosomal RNA와 매우 안정한 SD pairing을 형성(D-AAT의 경우: -13.0kcal/mol, AspAT의 경우; -9.5kcal/mol, AlaDH의 경우 -15.8kca1/mol)할 수 있음을 확인하여, 이러한 높은 자유에너지 변화는 E.coli내에서 유용 효소의 번역에 기여함을 예상할 수 있다.

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