• 제목/요약/키워드: sequence information

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돼지 유전체 염기서열을 이용한 내인성 리트로 바이러스 분석에 관한 연구 (In silico Analysis of PERVs Based on the Porcine Genomic Sequence Information)

  • 유성란;이준헌
    • 농업과학연구
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    • 제36권2호
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    • pp.159-165
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    • 2009
  • 본 연구는 현재까지 발표된 돼지의 genomic sequence 정보를 이용하여 PERV들의 정확한 삽입 위치를 파악하고 그들의 특성을 분석하고자 실시하였으며 총 2.7 Gb인 돼지 genome 염기서열 중 4.2%인 114 Mb의 염기서열에서 PERV sequence를 확인한 결과 총 8개의 PERV sequence를 확인할 수 있었다. 확인된 PERV sequence중 7개는 유전자내에 deletion이 확인되었으며 나머지 한 개의 PERV도 gag와 env 유전자에 stop codon이 확인되어 정상적인 PERV로 발현되지 않을 것으로 추정되었다. 본 연구는 돼지를 이용한 이종장기이식과 관련하여 PERV를 제어하기 위한 중요한 기초 연구 자료를 제공할 것으로 사료된다.

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비 최소 다중 UIO를 이용한 최적화된 시험열 생성 (Optimal test sequence generation scheme using non-minimal multiple UIO)

  • 임상용;양대헌;강명호;송주석
    • 한국통신학회논문지
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    • 제22권10호
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    • pp.2357-2363
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    • 1997
  • 본 논문에서는 최소 다중 UIO를 사용했을 때보다 비 최소 다중 UIO를 사용했을 때 시험열의 길이가 줄어들 수 있음을 보여준다. 본 논문에서 제안하는 시험열 생성 방법은 Shen의 방법이 어떤 상태에서 들어오는 에지와 나가는 에지의 차가 클 때에는 최적화된 시험열을 생성하지 못한다는 데에 기초하고 있다. 이 성질을 이용하여 시험열의 길이를 줄이는 관점에서 UIO에 기초한 보다 향상된 기법을 제안하고 기존의 방법과 시험열의 길이와 적합성 검사를 위하여 걸리는 시간, 시험열을 생성하는데 걸리는 시간이 보다 효율적임을 기존의 방법과 비교하여 설명한다.

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Prototype of a Peak to Average Power Ratio Reduction Scheme in Orthogonal Frequency Division Multiplexing Systems

  • Varahram, Pooria;Ali, Borhanuddin Mohd;Mohammady, Somayeh;Reza, Ahmed Wasif
    • KSII Transactions on Internet and Information Systems (TIIS)
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    • 제9권6호
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    • pp.2201-2216
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    • 2015
  • Peak to average power ratio (PAPR) is one of the main imperfections in the broadband communication systems with multiple carriers. In this paper, a new crest factor reduction (CFR) scheme based on interleaved phase sequence called Dummy Sequence Insertion Enhanced Partial Transmit Sequence (DSI-EPTS) is proposed which effectively reduces the PAPR while at the same time keeps the total complexity low. Moreover, the prototype of the proposed scheme in field programmable gate array (FPGA) is demonstrated. In DSI-EPTS scheme, a new matrix of phase sequence is defined which leads to a significant reduction in hardware complexity due to its less searching operation to extract the optimum phase sequence. The obtained results show comparable performance with slight difference due to the FPGA constraints. The results show 5 dB reduction in PAPR by applying the DSI-EPTS scheme with low complexity and low power consumption.

q진 LCZ 수열군의 일반화된 확장 생성 방법 (Generalized Extending Method for q-ary LCZ Sequence Sets)

  • 정정수;김영식;장지웅;노종선;정하봉
    • 한국통신학회논문지
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    • 제33권11C호
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    • pp.874-879
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    • 2008
  • [1]에서 LCZ 수열군의 2배 확장을 제안하였다. 본 논문에서는 [1]에서의 2배 확장방법을 일반화하는 새로운 확장방법을 제안한다. 이 생성방법을 사용하면 인수가 (N,M,L,${\epsilon}$)인 q진 LCZ 수열군은 인수가 (pN,pM,p[(L+1)/p]-1,p${\epsilon}$)인 q진 LCZ 수열군이 된다. 이 때, p는 소수이고 p는 q의 약수다. 특히 L${\equiv}$p-1modp일 때, 확장된 q진 LCZ 수열군의 인수는 (pN,pM,L,p${\epsilon}$)이 된다.

시점 시퀀스를 이용한 시간지원 집계의 처리 (Processing Temporal Aggregate Functions using a Time Point Sequence)

  • 권준호;송병호;이석호
    • 한국정보과학회논문지:데이타베이스
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    • 제30권4호
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    • pp.372-380
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    • 2003
  • 시간에 따라 변화하는 사건들을 저장하는 시간지원 데이타베이스에서 기존의 집계 처리 기법에 시간을 고려하여 처리하도록 확장해야 한다. 기존의 시간지원 집계 처리 기법들은 매번 질의의 대상이 되는 사건들이 다를 때마다 시간 구간을 반복해서 구하고 그 구간마다의 결과를 계산해야 한다는 문제점이 있다. 본 논문에서는 시간지원 데이타베이스에 저장된 사건의 시작 시간과 종료 시간만을 미리 읽어 들여서 구성한 시점 시퀀스를 이용하여 시간지원 집계를 처리하는 방법을 제안하였다. 또한 데이타베이스에서 저장된 사건의 삭제나 새로운 사건의 삽입에 따른 시점 시퀀스 갱신의 용이성에 대해서도 언급하였다. 시점 시퀀스는 시간 구간에 대한 정보를 미리 저장하고 있기 때문에, 질의의 대상이 되는 사건들이 다른 시간지원 집계 질의가 계속해서 들어올 때 기존의 방법에 비해 효율적으로 처리할 수 있다.

자연어 처리 모델을 활용한 퍼징 시드 생성 기법 (A Fuzzing Seed Generation Technique Using Natural Language Processing Model)

  • 김동영;전상훈;류민수;김휘강
    • 정보보호학회논문지
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    • 제32권2호
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    • pp.417-437
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    • 2022
  • Fuzzing에서 seed corpus의 품질은 취약점을 보다 빠르게 찾기 위해서 중요한 요소 중 하나라고 할 수 있다. 이에 dynamic taint analysis와 symbolic execution 기법 등을 활용하여 효율적인 seed corpus를 생성하는 연구들이 진행되어왔으나, 높은 전문 지식이 요구되고, 낮은 coverage로 인해 광범위한 활용에 제약이 있었다. 이에 본 논문에서는 자연어 처리 모델인 Sequence-to-Sequence 모델을 기반으로 seed corpus를 생성하는 DDRFuzz 시스템을 제안한다. 본 논문에서 제안하는 시스템은 멀티미디어 파일을 입력값으로 하는 5개의 오픈소스 프로젝트를 대상으로 관련 연구들과 비교하여 효과를 검증하였다. 실험 결과, DDRFuzz가 coverage와 crash count 측면에서 가장 뛰어난 성능을 나타냄을 확인할 수 있었고, 또한 신규 취약점을 포함하여 총 3개의 취약점을 탐지하였다.

DNA 데이터 저장을 위한 DNA 정보 은닉 기법 (DNA Information Hiding Method for DNA Data Storage)

  • 이석환;권기룡
    • 전자공학회논문지
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    • 제51권10호
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    • pp.118-127
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    • 2014
  • DNA 데이터 저장(Data storage)은 DNA의 염기 서열에 대용량의 디지털 데이터를 저장하는 방법으로, 차세대 정보 저장 매개물로 인식되고 있다. 본 논문에서는 DNA 스테가노그라픽 기반으로 비부호 DNA 서열(Noncoding DNA sequence)에 정보를 저장하는 방법을 제안한다. 제안한 방법은 암호화된 데이터들을 정수 변화표에 의하여 데이터 염기 서열로 변환한 후, 시드 정보, 및 섹터 길이로 구성된 은닉 키에 의하여 비부호 염기 서열에 은닉한다. 따라서 단백질의 유전 기능이 유지되고, 원 DNA 서열없이 정보가 검출되며, 변이에 의하여 발생되는 오류가 검출된다. 기존 방법과의 비교 실험을 통하여 제안한 방법이 높은 bpn를 가지는 저장 효율을 가지며, 패리티 염기에 의하여 은닉된 정보의 오류 위치를 검출할 수 있음을 확인하였다.

Lifting 기반 1D DWT 영역 상의 강인한 DNA 워터마킹 (A Robust DNA Watermarking in Lifting Based 1D DWT Domain)

  • 이석환;권기룡;권성근
    • 전자공학회논문지
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    • 제49권10호
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    • pp.91-101
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    • 2012
  • 개인 유전정보 또는 대용량 DNA 저장 정보의 보호와 GMO(Genetically Modified Organism) 저작권 보호를 위하여 DNA 서열 워터마킹 연구가 필요하다. 기존 멀티미디어 데이터 워터마킹에서는 강인성 및 비가시성에 대한 성능이 우수한 DCT, DWT, FMT(Fourer-Mellin transform) 등 주파수 기반으로 설계되어졌다. 그러나 부호 영역 서열의 주파수 기반 워터마킹은 아미노산 보존성을 유지하면서 변환 및 역변환을 수행하여야 하므로, 워터마크 삽입에 대한 상당한 제약을 가진다. 따라서 본 논문에서는 변이 강인성, 아미노산 보존성 및 보안성을 가지는 부호 영역 서열의 Lifting 기반 DWT 변환 계수를 이용한 워터마킹을 제안하며, 주파수 기반 DNA 서열 워터마킹에 대한 가능성을 제기한다. 실험 결과로부터 제안한 방법이 10%의 포인트 변이와 5%의 삽입 및 삭제 변이에 대한 강인성을 가지며, 아미노산 보존성 및 보안성을 가짐을 확인하였다.

단백질 이차 구조 예측을 위한 단백질 프로파일의 성능 비교 (A Performance Comparison of Protein Profiles for the Prediction of Protein Secondary Structures)

  • 지상문
    • 한국정보통신학회논문지
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    • 제22권1호
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    • pp.26-32
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    • 2018
  • 단백질의 이차구조는 단백질의 진화, 구조, 기능을 연구하는데 중요한 정보이다. 단백질 서열 정보만을 이용하여 단백질의 이차 구조를 예측하는 분야에 심층 학습 방법들이 최근 들어 활발히 적용되고 있다. 이러한 방법에서 널리 사용되는 입력은 단백질 서열을 변환하여 만들어진 단백질 프로파일이다. 본 논문에서는 효과적인 단백질 프로파일을 얻기 위하여 단백질 서열 탐색 방법으로 PSI-BLAST와 더불어서 HHblits를 사용하였다. 단백질 프로파일의 구성에 사용되는 상동 단백질 서열을 결정하기 위한 유사도 문턱치와 상동 단백질 서열 정보를 반복적으로 사용하는 회수를 조절하였다. 합성곱 신경망과 순환 신경망을 사용하여 단백질 이차구조를 예측하였는데, 진화적 정보를 한번만 추가하여 만들어진 단백질 프로파일이 효과적이었다.