Hee-ju Chae;Kyeong-heon Kwak;Da-yeon Lee;Eunkyung Kim
Journal of the Korea Society for Simulation
/
v.32
no.3
/
pp.43-53
/
2023
In this detailed and comprehensive study, our primary focus has been placed on accurately gauging the number of visitors and their real-time locations in commercial spaces. Particularly, in a real cafe, using security cameras, we have developed a system that can offer live updates on available seating and predict future congestion levels. By employing YOLO, a real-time object detection and tracking algorithm, the number of visitors and their respective locations in real-time are also monitored. This information is then used to update a cafe's indoor map, thereby enabling users to easily identify available seating. Moreover, we developed a model that predicts the congestion of a cafe in real time. The sophisticated model, designed to learn visitor count and movement patterns over diverse time intervals, is based on Long Short Term Memory (LSTM) to address the vanishing gradient problem and Sequence-to-Sequence (Seq2Seq) for processing data with temporal relationships. This innovative system has the potential to significantly improve cafe management efficiency and customer satisfaction by delivering reliable predictions of cafe congestion to all users. Our groundbreaking research not only demonstrates the effectiveness and utility of indoor location tracking technology implemented through security cameras but also proposes potential applications in other commercial spaces.
Objective: The present study explored the effects of grape seed procyanidin extract (GSPE) on rumen fermentation, methane production and archaeal communities in vitro. Methods: A completely randomized experiment was conducted with in vitro incubation in a control group (CON, no GSPE addition; n = 9) and the treatment group (GSPE, 1 mg/bottle GSPE, 2 g/kg dry matter; n = 9). The methane and volatile fatty acid concentrations were determined using gas chromatography. To explore methane inhibition after fermentation and the response of the ruminal microbiota to GSPE, archaeal 16S rRNA genes were sequenced by MiSeq high-throughput sequencing. Results: The results showed that supplementation with GSPE could significantly inhibit gas production and methane production. In addition, GSPE treatment significantly increased the proportion of propionate, while the acetate/propionate ratio was significantly decreased. At the genus level, the relative abundance of Methanomassiliicoccus was significantly increased, while the relative abundance of Methanobrevibacter decreased significantly in the GSPE group. Conclusion: In conclusion, GSPE is a plant extract that can reduce methane production by affecting the structures of archaeal communities, which was achieved by a substitution of Methanobrevibacter with Methanomassiliicoccus.
The purpose of the present study was to investigate the hepatic uptake and biliary excretion of l-anilino-8-naphthalene sulfonate (ANS) in vivo. The plasma concentration and liver concentration of ANS were determined after its i.v. bolus administration at a dose of $30\;{\mu}mol/kg$ in rats. The hepatic uptake clearance $(CL_{uptake})$ of ANS was 0.1 ml/min/g liver. On the basis of the unbound concentration of ANS, the permeability-surface area product $(PS_{influx})$ was calculated to be l0.4 ml/min/g liver, being comparable of in vitro data. On the other hand, we determined the plasma concentration, liver concentration and biliary excretion rate of ANS at steady-state after its i. v. infusion $(0.2-1.6\;{\mu}mol/min/kg)$ in rats. The excretion clearance $(CL_{excretion})$ of ANS showed Michaelis-Menten kinetics with increasing the infusion rate. The permeability-surface area product $(PS_{excretion})$ based on the unbound concentration in the liver was calculated to be 0.0165 ml/min/g liver, which is negligible compared with the intrinsic clearance $(CL_{int}=3.3\;ml/min/g\;liver)$ by rat liver microsomes. The sequestration process of ANS, therefore, was considered to be mainly due to the metabolic process in the liver $(PS_{seq}{\risingdotseq}CL_{int})$. Furthermore, $PS_{efflux}$ value calculated from $PS_{influx}$ and $PS_{seq}$ was 4.4 ml/min/g liver, which was comparable of in vitro data. In conclusion, in vivo parameters such as $PS_{influx}$, $PS_{efflux}$ and $PS_{seq}$ in the present study showed good in vivo-in vitro relationship. Thus, the kinetic analysis method proposed in the present study would be useful to analyze the hepatic transport of drugs in vivo.
Ahn, Jun-Ho;Hwang, Sung-Hee;Cho, Hyun-Soo;Lee, Michael
Biomolecules & Therapeutics
/
v.27
no.3
/
pp.302-310
/
2019
Melanoma cells have been shown to respond to BRAF inhibitors; however, intrinsic and acquired resistance limits their clinical application. In this study, we performed RNA-Seq analysis with BRAF inhibitor-sensitive (A375P) and -resistant (A375P/Mdr with acquired resistance and SK-MEL-2 with intrinsic resistance) melanoma cell lines, to reveal the genes and pathways potentially involved in intrinsic and acquired resistance to BRAF inhibitors. A total of 546 differentially expressed genes (DEGs), including 239 up-regulated and 307 down-regulated genes, were identified in both intrinsic and acquired resistant cells. Gene ontology (GO) analysis revealed that the top 10 biological processes associated with these genes included angiogenesis, immune response, cell adhesion, antigen processing and presentation, extracellular matrix organization, osteoblast differentiation, collagen catabolic process, viral entry into host cell, cell migration, and positive regulation of protein kinase B signaling. In addition, using the PAN-THER GO classification system, we showed that the highest enriched GOs targeted by the 546 DEGs were responses to cellular processes (ontology: biological process), binding (ontology: molecular function), and cell subcellular localization (ontology: cellular component). Ingenuity pathway analysis (IPA) network analysis showed a network that was common to two BRAF inhibitorresistant cells. Taken together, the present study may provide a useful platform to further reveal biological processes associated with BRAF inhibitor resistance, and present areas for therapeutic tool development to overcome BRAF inhibitor resistance.
Ion channels regulate a large number of cellular functions and their functional role in many diseases makes them potential therapeutic targets. Given their diverse distribution across multiple organs, the roles of ion channels, particularly in age-associated transcriptomic changes in specific organs, are yet to be fully revealed. Using RNA-seq data, we investigated the rat transcriptomic profiles of ion channel genes across 11 organs/tissues and 4 developmental stages in both sexes of Fischer 344 rats and identify tissue-specific and age-dependent changes in ion channel gene expression. Organ-enriched ion channel genes were identified. In particular, the brain showed higher tissue-specificity of ion channel genes, including Gabrd, Gabra6, Gabrg2, Grin2a, and Grin2b. Notably, age-dependent changes in ion channel gene expression were prominently observed in the thymus, including in Aqp1, Clcn4, Hvcn1, Itpr1, Kcng2, Kcnj11, Kcnn3, and Trpm2. Our comprehensive study of ion channel gene expression will serve as a primary resource for biological studies of aging-related diseases caused by abnormal ion channel functions.
Several studies have reported the effect of absorption of procyanidins and their contribution to the small intestine. However, differences between dietary interventions of procyanidins and interventions via antibiotic feeding in pigs are rarely reported. Following 16S rRNA gene Illumina MiSeq sequencing, we observed that both procyanidin administration for 2 months (procyanidin-1 group) and continuous antibiotic feeding for 1 month followed by procyanidin for 1 month (procyanidin-2 group) increased the number of operational taxonomic units, as well as the Chao 1 and ACE indices, compared to those in pigs undergoing antibiotic administration for 2 months (antibiotic group). The genera Fibrobacter and Spirochaete were more abundant in the antibiotic group than in the procyanidin-1 and procyanidin-2 groups. Principal component analysis revealed clear separations among the three groups. Additionally, using the online Molecular Ecological Network Analyses pipeline, three co-occurrence networks were constructed; Lactobacillus was in a co-occurrence relationship with Trichococcus and Desulfovibrio and a co-exclusion relationship with Bacillus and Spharerochaeta. Furthermore, metabolic function analysis by phylogenetic investigation of communities by reconstruction of unobserved states demonstrated modulation of pathways involved in the metabolism of carbohydrates, amino acids, energy, and nucleotides. These data suggest that procyanidin influences the gut microbiota and the intestinal metabolic function to produce beneficial effects on metabolic homeostasis.
Song, Kitae;Kim, Jeong Hoon;Yoon, Gi Yong;Kim, Hyo Chul;Shin, Seungho;Yim, Won Cheol;Kim, Kyung-Hee;Lee, Byung-Moo
KOREAN JOURNAL OF CROP SCIENCE
/
v.60
no.2
/
pp.224-230
/
2015
Next generation sequencing technologies provide opportunities to reveal the genetic variants and differentially expressedgenes. The genetic variants are closely relevance to understanding of genes and phenotypic differences related to agronomic characteristics among cultivars. In this study, we conducted RNA-seq using two Korean soybean accessions, including Daewon and Hwangkeum, by using next generation sequencing against Williams 82 genome as reference. A number of variants such assingle nucleotide variants (SNV), multiple nucleotide variants (MNV), insertion/deletion (InDel) and replacement, was 34,411 and 55,544 in Daewon and Hwangkeum, respectively. Among these variants, 9,611 nonsynonymous variants were detected within 4,290 genes in Daewon and 13,225 non-synonymous variants were located on 5,672 genes in Hwangkeum. The distribution of nonsynonymous variants and expression values of genes can serve as invaluable resource for genotyping and study of traits within genes for soybean improvements.
Lee, Byung Wook;Kim, Tae Hyung;Kim, Seon Kyu;Kim, Sang Soo;Ryu, Gee Chan;Bhak, Jong
Molecules and Cells
/
v.21
no.2
/
pp.269-275
/
2006
A recent report of the Korean Intellectual Property Office(KIPO) showed that the number of biological sequence-based patents is rapidly increasing in Korea. We present biological features of Korean patented sequences though bioinformatic analysis. The analysis is divided into two steps. The first is an annotation step in which the patented sequences were annotated with the Reference Sequence (RefSeq) database. The second is an association step in which the patented sequences were linked to genes, diseases, pathway, and biological functions. We used Entrez Gene, Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM), Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG), and Gene Ontology (GO) databases. Through the association analysis, we found that nearly 2.6% of human genes were associated with Korean patenting, compared to 20% of human genes in the U.S. patent. The association between the biological functions and the patented sequences indicated that genes whose products act as hormones on defense responses in the extra-cellular environments were the most highly targeted for patenting. The analysis data are available at http://www.patome.net
Biodegradation pathway of dibenzofuran (DBF) of Novosphingobium pentaromativorans US6-1, a high-molecular-weight polycyclic aromatic hydrocarbons degrading strain, was investigated via analysis of metabolic intermediates and transcriptome. As a result, 3(2H)-benzofuranone, a basic skeleton of the metabolic intermediates produced by lateral dioxygenation process, was detected as an intermediate. RNA-Seq analysis confirmed that most of the expressed genes upon exposure to DBF were related to the lateral degradation pathway. Based on these results, the biodegradation pathway of DBF by N. pentaromativorans US6-1 was proposed.
Cho, Sohee;Lee, Ji Hyun;Kim, Chong Jai;Kim, Moon Young;Kim, Kun Woo;Hwang, Doyeong;Lee, Soong Deok
The Korean Journal of Legal Medicine
/
v.41
no.2
/
pp.41-45
/
2017
Fetal DNA (fDNA) detection in maternal serum is a challenge due to low copy number and the smaller size of fDNA fragments compared to DNA fragments derived from the mother. Massively parallel sequencing (MPS) is a useful technique for fetal genetic analysis that is able to detect and quantify small amounts of DNA. In this study, seven clinical samples of maternal serum potentially containing fDNA were analyzed with a commercial single nucleotide polymorphism (SNP) panel, the HID-Ion $AmpliSeq^{TM}$ Identity Panel, and the results were compared to those from previous studies. Reference profiles for mothers and fetuses were not available, but multiple Y chromosomal SNPs were detected in two samples, indicating that fDNA was present in the serum and thereby validating observations of autosomal SNPs. This suggests that SNP-based MPS can be valuable for fDNA detection, thereby offering an insight into fetal genetic status. This technology could also be used to detect small amounts of DNA in mixed DNA samples for forensic applications.
본 웹사이트에 게시된 이메일 주소가 전자우편 수집 프로그램이나
그 밖의 기술적 장치를 이용하여 무단으로 수집되는 것을 거부하며,
이를 위반시 정보통신망법에 의해 형사 처벌됨을 유념하시기 바랍니다.
[게시일 2004년 10월 1일]
이용약관
제 1 장 총칙
제 1 조 (목적)
이 이용약관은 KoreaScience 홈페이지(이하 “당 사이트”)에서 제공하는 인터넷 서비스(이하 '서비스')의 가입조건 및 이용에 관한 제반 사항과 기타 필요한 사항을 구체적으로 규정함을 목적으로 합니다.
제 2 조 (용어의 정의)
① "이용자"라 함은 당 사이트에 접속하여 이 약관에 따라 당 사이트가 제공하는 서비스를 받는 회원 및 비회원을
말합니다.
② "회원"이라 함은 서비스를 이용하기 위하여 당 사이트에 개인정보를 제공하여 아이디(ID)와 비밀번호를 부여
받은 자를 말합니다.
③ "회원 아이디(ID)"라 함은 회원의 식별 및 서비스 이용을 위하여 자신이 선정한 문자 및 숫자의 조합을
말합니다.
④ "비밀번호(패스워드)"라 함은 회원이 자신의 비밀보호를 위하여 선정한 문자 및 숫자의 조합을 말합니다.
제 3 조 (이용약관의 효력 및 변경)
① 이 약관은 당 사이트에 게시하거나 기타의 방법으로 회원에게 공지함으로써 효력이 발생합니다.
② 당 사이트는 이 약관을 개정할 경우에 적용일자 및 개정사유를 명시하여 현행 약관과 함께 당 사이트의
초기화면에 그 적용일자 7일 이전부터 적용일자 전일까지 공지합니다. 다만, 회원에게 불리하게 약관내용을
변경하는 경우에는 최소한 30일 이상의 사전 유예기간을 두고 공지합니다. 이 경우 당 사이트는 개정 전
내용과 개정 후 내용을 명확하게 비교하여 이용자가 알기 쉽도록 표시합니다.
제 4 조(약관 외 준칙)
① 이 약관은 당 사이트가 제공하는 서비스에 관한 이용안내와 함께 적용됩니다.
② 이 약관에 명시되지 아니한 사항은 관계법령의 규정이 적용됩니다.
제 2 장 이용계약의 체결
제 5 조 (이용계약의 성립 등)
① 이용계약은 이용고객이 당 사이트가 정한 약관에 「동의합니다」를 선택하고, 당 사이트가 정한
온라인신청양식을 작성하여 서비스 이용을 신청한 후, 당 사이트가 이를 승낙함으로써 성립합니다.
② 제1항의 승낙은 당 사이트가 제공하는 과학기술정보검색, 맞춤정보, 서지정보 등 다른 서비스의 이용승낙을
포함합니다.
제 6 조 (회원가입)
서비스를 이용하고자 하는 고객은 당 사이트에서 정한 회원가입양식에 개인정보를 기재하여 가입을 하여야 합니다.
제 7 조 (개인정보의 보호 및 사용)
당 사이트는 관계법령이 정하는 바에 따라 회원 등록정보를 포함한 회원의 개인정보를 보호하기 위해 노력합니다. 회원 개인정보의 보호 및 사용에 대해서는 관련법령 및 당 사이트의 개인정보 보호정책이 적용됩니다.
제 8 조 (이용 신청의 승낙과 제한)
① 당 사이트는 제6조의 규정에 의한 이용신청고객에 대하여 서비스 이용을 승낙합니다.
② 당 사이트는 아래사항에 해당하는 경우에 대해서 승낙하지 아니 합니다.
- 이용계약 신청서의 내용을 허위로 기재한 경우
- 기타 규정한 제반사항을 위반하며 신청하는 경우
제 9 조 (회원 ID 부여 및 변경 등)
① 당 사이트는 이용고객에 대하여 약관에 정하는 바에 따라 자신이 선정한 회원 ID를 부여합니다.
② 회원 ID는 원칙적으로 변경이 불가하며 부득이한 사유로 인하여 변경 하고자 하는 경우에는 해당 ID를
해지하고 재가입해야 합니다.
③ 기타 회원 개인정보 관리 및 변경 등에 관한 사항은 서비스별 안내에 정하는 바에 의합니다.
제 3 장 계약 당사자의 의무
제 10 조 (KISTI의 의무)
① 당 사이트는 이용고객이 희망한 서비스 제공 개시일에 특별한 사정이 없는 한 서비스를 이용할 수 있도록
하여야 합니다.
② 당 사이트는 개인정보 보호를 위해 보안시스템을 구축하며 개인정보 보호정책을 공시하고 준수합니다.
③ 당 사이트는 회원으로부터 제기되는 의견이나 불만이 정당하다고 객관적으로 인정될 경우에는 적절한 절차를
거쳐 즉시 처리하여야 합니다. 다만, 즉시 처리가 곤란한 경우는 회원에게 그 사유와 처리일정을 통보하여야
합니다.
제 11 조 (회원의 의무)
① 이용자는 회원가입 신청 또는 회원정보 변경 시 실명으로 모든 사항을 사실에 근거하여 작성하여야 하며,
허위 또는 타인의 정보를 등록할 경우 일체의 권리를 주장할 수 없습니다.
② 당 사이트가 관계법령 및 개인정보 보호정책에 의거하여 그 책임을 지는 경우를 제외하고 회원에게 부여된
ID의 비밀번호 관리소홀, 부정사용에 의하여 발생하는 모든 결과에 대한 책임은 회원에게 있습니다.
③ 회원은 당 사이트 및 제 3자의 지적 재산권을 침해해서는 안 됩니다.
제 4 장 서비스의 이용
제 12 조 (서비스 이용 시간)
① 서비스 이용은 당 사이트의 업무상 또는 기술상 특별한 지장이 없는 한 연중무휴, 1일 24시간 운영을
원칙으로 합니다. 단, 당 사이트는 시스템 정기점검, 증설 및 교체를 위해 당 사이트가 정한 날이나 시간에
서비스를 일시 중단할 수 있으며, 예정되어 있는 작업으로 인한 서비스 일시중단은 당 사이트 홈페이지를
통해 사전에 공지합니다.
② 당 사이트는 서비스를 특정범위로 분할하여 각 범위별로 이용가능시간을 별도로 지정할 수 있습니다. 다만
이 경우 그 내용을 공지합니다.
제 13 조 (홈페이지 저작권)
① NDSL에서 제공하는 모든 저작물의 저작권은 원저작자에게 있으며, KISTI는 복제/배포/전송권을 확보하고
있습니다.
② NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 상업적 및 기타 영리목적으로 복제/배포/전송할 경우 사전에 KISTI의 허락을
받아야 합니다.
③ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 보도, 비평, 교육, 연구 등을 위하여 정당한 범위 안에서 공정한 관행에
합치되게 인용할 수 있습니다.
④ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 무단 복제, 전송, 배포 기타 저작권법에 위반되는 방법으로 이용할 경우
저작권법 제136조에 따라 5년 이하의 징역 또는 5천만 원 이하의 벌금에 처해질 수 있습니다.
제 14 조 (유료서비스)
① 당 사이트 및 협력기관이 정한 유료서비스(원문복사 등)는 별도로 정해진 바에 따르며, 변경사항은 시행 전에
당 사이트 홈페이지를 통하여 회원에게 공지합니다.
② 유료서비스를 이용하려는 회원은 정해진 요금체계에 따라 요금을 납부해야 합니다.
제 5 장 계약 해지 및 이용 제한
제 15 조 (계약 해지)
회원이 이용계약을 해지하고자 하는 때에는 [가입해지] 메뉴를 이용해 직접 해지해야 합니다.
제 16 조 (서비스 이용제한)
① 당 사이트는 회원이 서비스 이용내용에 있어서 본 약관 제 11조 내용을 위반하거나, 다음 각 호에 해당하는
경우 서비스 이용을 제한할 수 있습니다.
- 2년 이상 서비스를 이용한 적이 없는 경우
- 기타 정상적인 서비스 운영에 방해가 될 경우
② 상기 이용제한 규정에 따라 서비스를 이용하는 회원에게 서비스 이용에 대하여 별도 공지 없이 서비스 이용의
일시정지, 이용계약 해지 할 수 있습니다.
제 17 조 (전자우편주소 수집 금지)
회원은 전자우편주소 추출기 등을 이용하여 전자우편주소를 수집 또는 제3자에게 제공할 수 없습니다.
제 6 장 손해배상 및 기타사항
제 18 조 (손해배상)
당 사이트는 무료로 제공되는 서비스와 관련하여 회원에게 어떠한 손해가 발생하더라도 당 사이트가 고의 또는 과실로 인한 손해발생을 제외하고는 이에 대하여 책임을 부담하지 아니합니다.
제 19 조 (관할 법원)
서비스 이용으로 발생한 분쟁에 대해 소송이 제기되는 경우 민사 소송법상의 관할 법원에 제기합니다.
[부 칙]
1. (시행일) 이 약관은 2016년 9월 5일부터 적용되며, 종전 약관은 본 약관으로 대체되며, 개정된 약관의 적용일 이전 가입자도 개정된 약관의 적용을 받습니다.