2007년 4월부터 2008년 10월까지 갑천의 자연형 구간 가운데 7개 지점을 선정하여 각 서식처별 어류군집의 생태적 특성을 연구하였다. 조사지점은 폐쇄형 웅덩이(Closed pool), 평여울(Runs), 급여울(Riffles), 내만형 웅덩이(Opened pool), 소(Pool), 징검여울(Rock-scattered riffles), 댐형 웅덩이(D-type pool)등으로 구분하였다. 채집된 어류는 총 8과 29종이 출현하였으며, 서식처를 대표하는 표징종은 붕어 (Corassius ouratus, St. 1), 쉬리 (Coreoleuciscus splendidus, St. 3), 납자루(Acheilognathus lanceolatus, St. 4), 피라미 (Zacco platypus St. 2, 5, 6, 7) 정도로 구분하였다. 붕어(C. auratus)는 폐쇄형 웅덩이(St. 1)와 같이 하상구조가 대부분 모래로 구성되고 수심은 65$\sim$90 cm 정도로 다소 깊으며 유속이 거의 정체된 수역을 선호하는 것으로 나타났다. 쉬리 (C. splendidus)는 급여울(St. 3)과 같이 수심이 8$\sim$38cm정도, 유속 $0.14\sim0.85\;m\;sec^{-1}$ 정도, 그리고 하상구조는 작은돌과 조약돌이 산재된 곳에 주로 서식하며 유속이 빠르기 때문에 BOD, COD, TN, TP, SS의 농도는 낮으며 DO는 높게 나타나는 곳을 선호하였다. 납자루(A. lanceolatus)는 개방형 웅덩이 (St. 4)와 같이 수심이 3$\sim$44cm정도,유속은 $0.01\sim0.02\;m\;sec^{-1}$로 낮은 수심과 느린 유속을 선호하는 것으로 나타났다. 피라미 (Z. platypus)는 평 여울(St. 2), 소(St. 5), 징검 여울(St. 6)댐형 웅덩이(St. 7)등 여러 서식처에서 우점하였는데 주로 유량이 풍부하고 하상구조가 다양한 지점을 선호하는 것으로 나타났다. 한편 징검여울(St. 6)에서 미호종개(Iksookimia choii)가 4개체 출현하였는데 본 연구에서 출현한 미호종개(I. choii)의 서식지는 하폭 24 m 정도, 수심 이 3$\sim$35 cm 정도, 유속은 $0.01\sim0.49\;m\;sec^{-1}$ 정도를 나타내며 하상구조는 큰돌부터 모래까지 다양한 구조를 이루고 있었다. 또한 수질측정 결과 수온, EC, BOD, COD, TN, TP의 농도가 비교적 낮게 나타났고 DO, SS의 농도가 비교적 높은 범위를 나타내어 이와 비슷한 물리, 화학적인 서식 환경이 조성되어야만 미호종개(I. choii)가 서식할 수 있을 것으로 판단된다.