• 대한임상검사과학회지
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• 제45권2호
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• pp.43-47
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• 2013

This study was designed to evaluate the prevalence of ESBL genes and monitor antimicrobial resistance pattern in Escherichia coli, isolated from a hospital and a community. We tested 200 E. coli strains isolated in the hospitals and community in Chungcheong area from January to March 2012. Antimicrobial susceptibilities were tested by using the disk diffusion method. A search for ESBL genes was conducted by PCR amplification, and the genotypes were determined by direct nucleotide sequence analysis of the amplified products. An Epidemiologic study was performed by repetitive extragenic palindromic sequence-based PCR (REP-PCR). The percentage of ESBL-producing isolates was 17% for hospital associated E. coli and 11% for community associated E. coli. The ESBL gene sequencing results showed that the most common ESBL in E. coli was CTX-M-14 (19/28), followed by CTX-M-15 (9/28). The REP-PCR study also showed the genetic diversity, but there was no difference between the hospital and community associated E. coli. In this study, the most common types of class A ESBLs identified were CTX-M in the hospital and the community in Chungcheong area. ESBL-producing E. coli isolates showed diverse clonality.

• 생태와환경
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• 제33권3호통권91호
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• pp.206-212
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• 2000

남조류 분리균주들은 주어진 배양조건에 따라서 특징적인 세포모양이 결핍되거나 형태가 변형되기 쉽기 때문에, 형태학적으로 종을 정확하게 구분하기 어렵다. 형태학적 지표대신에 단일 혹은 조합된 반복염기를 프라이머로 이용한 repetitive oligonucleotides-primed PCR (ROP-PCR)을 수행하여 담수계 오염을 일으키는 독성 남조류 Anabaena와 Oscillatoria 속의 구성원들의 DNA 밴드양상을 구별하였다. 그람음성 세균에 빈번하게 분포한 것으로 알려진 ERIC및 REP 반복염기, 남조류의 게놈으로부터 파생된 STRRIA와 LTRR 반복염기, 그리고 진핵생물의 반복염기를 이용하여 수행한 ROP-PCR은 남조류 분리균주들의 특이적이고 반복적인 DNA 지문 및 뚜렷한 유전형을 동정하게 하였다. 분리균주의 그룹분석은 ROP-PCR에 이용된 프라이머에 따라서 유의성있는 차이를 나타내었다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제26권9호
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• pp.1643-1649
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• 2016

The aims of this study were to characterize the molecular epidemiological profiles of CTX-M-producing uropathogenic Escherichia coli isolates from a tertiary hospital in Daejeon, Korea, and to investigate the genetic diversity and compare the prevalence of sequence types (STs) in different areas. Extended spectrum β-lactamase-producing E. coli strains isolated from urine were analyzed for CTX-M, integrons, and insertion sequence common regions (ISCRs) by PCR and sequencing. Multilocus sequence typing (MLST), pulsed-field gel electrophoresis (PFGE), phylogenetic analysis, and rep-PCR were also used for molecular typing of the isolates. Of 80 CTX-M producers, 31 and 46 expressed CTX-M-15 and CTX-M-14, respectively. MLST analysis indicated that the most prevalent ST was ST131 (n = 34, 42.5%), followed by ST38 (n = 22, 27.5%), ST405 (n = 8, 10.0%), and ST69 (n = 6, 7.5%). Most CTX-M producers harbored class 1 integrons. ST131 strains belonged to phylogenetic group B2 and showed identical rep-PCR patterns, whereas ST69, ST38, and ST405 strains belonged to phylogenetic group D; the ST38 and ST405 strains displayed the same rep-PCR pattern, respectively. ST131 and ST38 isolates showed 21 and 19 distinct types, respectively, by PFGE. In Daejeon, D-ST38 CTX-M-14 producers were relatively more prevalent than in other countries and Korean cities. Our results indicate that CTX-M-producing E. coli isolates belonged mostly to ST131 or ST38 and were more related to hospital-onset than to community-onset infections and that the bla_CTX-M gene may vary according to the ST.

• 대한임상검사과학회지
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• 제36권2호
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• pp.76-88
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• 2004

본 연구에서는 임상검체에서의 Enterococcus sp.의 균종별 분리현황을 조사하고, 분리균의 항생제 감수성 양상을 알아보는 한편, aminoglycoside계 항생제에 내성을 나타내는 균주를 대상으로 Rep-PCR을 실시하여 유전적인 다양성을 알아보고자 하였다. 각종 임상검체로부터 E. faecalis 49주, E. faecium 34주, E. avium 9주, E. gallinarum 4주, E. casseliflavus 3주, E. hirae 1주 등 총 100주를 분리하였다. 대부분 외래를 통하기보다는 입원환자의 검체로부터 분리됨을 관찰하면서 원내감염의 원인균 중의 하나임을 알 수 있었다. Urine과 pus, sputum에서 대부분의 균들이 분리되었고 E. faecalis와 E. faecium이 주 종을 이루었다. 항생제 감수성양상으로는 disk법과 ViteK GPS-430의 MIC결과와 유사하게 관찰 되었으며, 대부분의 Enterococcus sp.가 cephalosporin계 항생제에는 80% 정도의 내성을 보였다. E. faecalis의 경우 항생물질에 대해 고른 감수성양상을 볼 수 있었고, E. faecium의 경우 다른 Enterococcus sp.와는 차별적으로 항생물질에 대해 높은 내성 양상을 볼 수 있었다. 또한 vancomycin에 대한 내성을 보이는 Enterococcus sp.는 전체 10%정도를 차지하였고 aminoglycoside계 항생제인 amikacin과 gentamicin에 대해서 높은 고도내성을 나타냈었고, streptomycin의 경우에는 50% 정도의 내성률을 나타내었다. Aminoglycoside계 항생제에 내성을 보이는 Enterococcus sp.를 대상으로 Rep-PCR을 실시하여 유전자 분획유형을 분석하였으나 유전적 다양성에 있어 크게 차이를 보이지 않아 DNA양상의 기원이 크게 다르지 않다는 것으로 생각되었다.

• 한국동물학회:학술대회논문집
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• 한국동물학회 1998년도 한국생물과학협회 학술발표대회
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• pp.171.1-171
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• 1998

No Abstract, See Full Text

• 디지털융복합연구
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• 제14권10호
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• pp.349-354
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• 2016

다양한 extended-spectrum ${\beta}$-lactamase (ESBL)를 생성하는 폐렴막대균의 출현 및 확산은 세균에 의한 감염증 치료에 어려움을 가중시키고 있다. 본 연구에서는 충청지역에서 분리된 폐렴막대균을 대상으로 ESBL 유전자를 검출하고 항균제 감수성 양상을 조사하였다. 또한 같은 클론에서 유래하였는지를 확인하기 위해 repetitive element sequence-based (REP)-PCR을 수행하였다. 충청지역에서 분리된 폐렴막대균 102균주 중 21균주가 CTX-M-14 및/또는 CTX-M-15를 생성하는 것으로 나타났으며 이 균주들은 3세대 cephalosporin 계열 항균제에 대해 70% 이상의 높은 내성율을 보였다. 본 연구에서 분리된 CTX-M형 ESBL생성 폐렴막대균은 다양한 클론으로부터 유래되었으며 그 중 일부는 지역사회에 확산되어 있음이 확인되었다. 이러한 폐렴막대균의 감염 및 확산을 방지하기 위해서는 감염관리의 강화가 필요하다. 아울러 좀 더 효과적인 내성세균의 관리를 위해서는 내성유전자의 생물학적 조사와 통계학적 분석을 통해 통합적으로 구축된 데이터베이스를 모니터링 할 필요가 있을 것으로 사료된다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제20권1호
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• pp.169-178
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• 2010

The microbial community structure in Thailand soils contaminated with low and high levels of arsenic was determined by denaturing gradient gel electrophoresis. Band pattern analysis indicated that the bacterial community was not significantly different in the two soils. Phylogenetic analysis obtained by excising and sequencing six bands indicated that the soils were dominated by Arthrobacter koreensis and $\beta$-Proteobacteria. Two hundred and sixty-two bacterial isolates were obtained from arsenic-contaminated soils. The majority of the As-resistant isolates were Gramnegative bacteria. MIC studies indicated that all of the tested bacteria had greater resistance to arsenate than arsenite. Some strains were capable of growing in medium containing up to 1,500 mg/l arsenite and arsenate. Correlations analysis of resistance patterns of arsenite resistance indicated that the isolated bacteria could be categorized into 13 groups, with a maximum similarity value of 100%. All strains were also evaluated for resistance to eight antibiotics. The antibiotic resistance patterns divided the strains into 100 unique groups, indicating that the strains were very diverse. Isolates from each antibiotic resistance group were characterized in more detail by using the repetitive extragenic palindromic-PCR (rep-PCR) DNA fingerprinting technique with ERIC primers. The PCR products were analyzed by agarose gel electrophoresis. The genetic relatedness of 100 bacterial fingerprints, determined by using the Pearson product-moment similarity coefficient, showed that the isolates could be divided into four clusters, with similarity values ranging from 5-99%. Although many isolates were genetically diverse, others were clonal in nature. Additionally, the arsenic-resistant isolates were examined for the presence of arsenic resistance (ars) genes by using PCR, and 30% of the isolates were found to carry an arsenate reductase encoded by the arsC gene.

• Pediatric Infection and Vaccine
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• 제4권2호
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• pp.218-224
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• 1997

목 적 : 전 세계적으로 폐구균의 항균제 내성이 증가하고 있고, 우리 나라의 경우 그 어느 나라보다 급속한 폐구균 내성의 증가가 보고 되고 있다. 일반적으로 상기도에 정착되어 있던 폐구균은 부비동염, 중이염, 수막염, 폐렴들을 일으키는 것으로 알려져 있어 저자들은 정상 소아의 구인강에서 폐구균의 보균율을 알아보고 이들의 항균제 내성양상과 DNA분자 형별을 조사하였다. 방 법 : 1997년 4월 서울 한 유치원의 어린이 117명에서 구인강 점막을 면봉으로 도말하여 검체를 얻었다. 이들을 배양후 optochin검사와 capsule에 대한 다가항체를 이용하여 Latex 방법으로 폐구균을 동정하였고, 디스크확산법으로 페니실린, vancomycin, erythromycin, TMP-SMZ에 대한 감수 검사를 시행하였다. 분리된 폐구균에 대하여 액체배지 미량 희석법을 이용하여 페니실린의 MIC값을 구하였다. 또 분리된 폐구균들에 대하여 REP1R-Dt와 REP2-Dt primer를 사용한 rep-PCR법으로 DNA 분자 형별을 시행하였다. 결 과 : 서울지역의 유치원에서 폐구균 보유율은 38%(45/117)였고, 디스크 확산법에 의한 페니실린 내성 폐구균의 비율은 89%(40/45)였고, erythromycin은 91%, TMP/SMZ은 63%였고 vancomycin에는 모두 감수성을 보였다. 그리고 페니실린에 고도 내성균주는 21예로 전체의 47%를 차지하였고 다제내성 폐구균은 64%였다. DNA 분자형은 7가지로 분류할 수 있었고, 이중 3가지 유형이 전체의 78%를 차지하였다. 결 론 : 서울 지역의 건강한 유치원 어린이들이 보유하고 있는 폐구균의 항균제 내성이 예상보다 훨씬 높았고, 이는 이들 어린이들이 빈번한 항균제 노출과 유치원의 밀집환경의 때문이라 추정된다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제15권3호
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• pp.672-677
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• 2005

The standard reference collection of strains for E. coli, the ECOR collection, was analyzed by a genome-based typing method. Seventy-one ECOR strains were subjected to repetitive extragenic palindromic PCR genome fingerprinting with BOX primers (BOX-PCR). Using a similarity value of 0.8 or more after cluster analysis of BOX-PCR fingerprinting patterns to define the same genotypes, we identified 28 genotypes in the ECOR collection. Shannon's entropy-based diversity index was 3.07, and the incident-based coverage estimator indicated potentially 420 genotypes among E. coli populations. Chi-square test of goodness-of-fit showed statistically significant association between the genotypes defined by BOX-PCR fingerprinting and the groups previously defined by multi-locus enzyme electrophoresis. This study suggests that the diversification of E. coli strains in natural populations is actively ongoing, and rep-PCR fingerprinting is a convenient and reliable method to type E. coli strains for the purposes ranging from ecology to quarantine.ine.

• 미생물학회지
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• 제49권3호
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• pp.228-236
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• 2013

Campylobacter jejuni는 사람에서 매우 중요한 식중독 원인균의 하나이며, 2010년 경기도내 병원을 내원한 설사 환자와 4번의 식중독 outbreak에서 42균주를 분리하였다. 본 연구에서는 분리된 C. jejuni 42균주의 유전적 특성과 혈청형, 항균제 내성율을 분석하였다. hipO 종특이 유전자(100%), cdtB 독소 유전자(100%)가 검출되었고, gyrA 돌연변이 유전자(95.2%)가 PCR 실험결과 검출되었다. gyrA 돌연변이 유전자는 ciprofloxacin 내성과 연관이 깊으며, 디스크 확산법에 의해 실험한 결과 gyrA 돌연변이 유전자가 검출된 40균주(95.2%)에서 실제 ciprofloxacin에 대해 내성을 보였다. 분리된 42균주 C. jejuni에 대한 gyrA 유전자의 염기서열을 분석한 결과 ciprofloxacin에 내성을 가진 40균주에서 아미노산 서열이 ACA (트레오닌)에서 ATA (이소루신)으로 돌연변이 되어있음을 확인하였다. 하지만 대체 치료제인 erythromycin과 azithromycin에 대해서는 97.6% (41균주) 감수성을 보였다. 또한 C. jejuni의 혈청형을 분석한 결과 4가지 타입으로 분류되었는데, HS2(B), HS3(C), HS4(D), HS19(O)로 확인되었다. 도내에서 분리한 C. jejuni 42균주의 유전형을 rep-PCR과 PFGE로 확인한 결과 PFGE에 의해서는 12 cluster, rep-PCR에 의해서는 11 cluster의 유전형으로 구분되었다.