This study aimed to develop Lautropia mirabilis-specific quantitative real-time polymerase chain reaction (qPCR) primers based on the sequence of DNA-directed RNA polymerase subunit beta gene. The PrimerSelect program was used in designing of the qPCR primers, RTLam-F4 and RTLam-R3. The specificity of the qPCR primers were performed by conventional PCR with 37 strains of 37 oral bacterial species, including L. mirabilis. The sensitivity of the primers was determined by qPCR with the serial dilution of purified genomic DNA of L. mirabilis KCOM 3484, ranged from 4 ng to 4 fg. The data showed that the qPCR primers could detect only L. mirabilis strains and as little as 40 fg of genome DNA of L. mirabilis KCOM 3484. These results indicate that this qPCR primer pair (RTLam-F4/RTLam-R3) may be useful for species-specific detection of L. mirabilis in epidemiological studies of oral bacterial infectious diseases such as periodontal disease.
BACKGROUND: In order to develop effective assessment method for Korean paddy soil microbial community structure, reliable genomic DNA extraction method from paddy soil and quantitative real-time PCR (qRT-PCR) method are needed to establish METHODS AND RESULTS: Out of six conventional soil genomic DNA extraction methods, anion exchange resin purification method was turn to be the most reliable. Various PCR primers for distinguishing five bacterial phylum (${\alpha}$-Proteobacteria, ${\beta}$-Proteobacteria, Actinobacteria, Bacteroidetes, Firmicutes), all bacteria, and all fungi were tested. Various qRT-PCR temperature conditions were also tested by repeating experiment. Finally, both genomic DNA extraction and qRT-PCR methods for paddy soil were well established. CONCLUSION: Quantitative real-time PCR (qRT-PCR) method to assess paddy soil microbial community was established.
To achieve more accurate and rapid detection of macrolide-lincosamide-streptogramin B resistance genes, erm(A), erm(B), and erm(C), we developed a TaqMan probe-based real-time PCR (Q-PCR) method and compared it with conventional PCR (C-PCR), which is the most widely using erm gene identification method. The detection limit of Q-PCR was 5 fg of genomic DNA or 5-8 CFU of bacterial cells of Staphylococcus aureus. The utilization of Q-PCR might shorten the time to erm detection from 3-4 h to about 50 min. These data indicated that Q-PCR assay appears to be not only highly sensitive and specific, but also the most rapid diagnostic method. Therefore, the appropriate application of the Q-PCR assay will permit rapid and accurate identification of erm genes from clinical and other samples.
Yoo, Ju Eun;Lee, Cheonghoon;Park, SungJun;Ko, GwangPyo
Journal of Microbiology and Biotechnology
/
v.27
no.4
/
pp.816-824
/
2017
Human noroviruses are widespread and contagious viruses causing nonbacterial gastroenteritis. Real-time reverse transcription quantitative PCR (real-time RT-qPCR) is currently the gold standard for the sensitive and accurate detection of these pathogens and serves as a critical tool in outbreak prevention and control. Different surveillance teams, however, may use different assays, and variability in specimen conditions may lead to disagreement in results. Furthermore, the norovirus genome is highly variable and continuously evolving. These issues necessitate the re-examination of the real-time RT-qPCR's robustness in the context of accurate detection as well as the investigation of practical strategies to enhance assay performance. Four widely referenced real-time RT-qPCR assays (Assays A-D) were simultaneously performed to evaluate characteristics such as PCR efficiency, detection limit, and sensitivity and specificity with RT-PCR, and to assess the most accurate method for detecting norovirus genogroups I and II. Overall, Assay D was evaluated to be the most precise and accurate assay in this study. A ZEN internal quencher, which decreases nonspecific fluorescence during the PCR, was added to Assay D's probe, which further improved the assay performance. This study compared several detection assays for noroviruses, and an improvement strategy based on such comparisons provided useful characterizations of a highly optimized real-time RT-qPCR assay for norovirus detection.
Journal of the korean academy of Pediatric Dentistry
/
v.42
no.4
/
pp.312-318
/
2015
The aim of this study was to investigate the possibility of the supernumerary teeth for the stem cell source in dentistry. The Real Time Quantitative Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction (Real Time qRT-PCR) method was used to evaluate the differentiation toward the odontoblast of the supernumerary dental pulp stem cells (sDPSCs). Supernumerary dental pulp stem cells were obtained from 3 children (2 males and 1 female, age 7 to 9) diagnosed that the eruption of permanent teeth was disturbed by supernumerary teeth. The common genes for odontoblasts are alkaline phosphatase (ALP), osteocalcin (OC), osteonectin (ON), dentin matrix acidic phosphoprotein 1 (DMP-1), dentin sialophosphoprotein (DSPP). The sDPSCs were treated for 0 days, 8 days and 14 days with additives and then Real Time qRT-PCR was performed in intervals of 0 days, 8 days and 14 days. The alizarin-red solution staining was performed to visualize the stained color for the degree of calcification at 7 days, 14 days, 21 days and 28 days after treating additives to the sDPSCs. From the result of the Real Time qRT-PCR, the manifestation exhibit maximum value at 8 days after additive treatment and shifted to a decrease trend at 14 days. Alizarin-red solution staining exhibit light results at 7 days after staining and generalized dark result at 14 days. Consequently, in studies with sDPSCs, appropriate treatment time of additives for Real Time qRT-PCR is 8 days. Also, a suitable period of Alizarin-red solution staining is 14 days.
Escherichia coli K-12 (E. coli K-12) is a representative indicator globally used for distinguishing and monitoring dynamic fates of pathogenic microorganisms in the environment. This study investigated how to most critically quantify lacZ ($\beta$-galactosidase) gene in E. coli K-12 by two different real-time polymerase chain reaction (real-time PCR) in association with three different DNA extraction practices. Three DNA extractions, i.e., sodium dodecyl sulfate (SDS)/proteinase K, magnetic beads and guanidium thiocyanate (GTC)/silica matrix were each compared for extracting total genomic DNA from E. coli K-12. Among them, GTC/silica matrix and magnetic beads beating similarly worked out to have the highest (22-23 ng/${\mu}L$) concentration of DNA extracted, but employing SDS/proteinase K had the lowest (10 ng/${\mu}L$) concentration of DNA retrieved. There were no significant differences in the quantification of the copy numbers of lacZ gene between SYBR Green I qPCR and QProbe-qPCR. However, SYBR Green I qPCR obtained somewhat higher copy number as $1{\times}10^8$ copies. It was decided that GTC/silica matrix extraction or magnetic beads beating in combination with SYBR Green I qPCR can be preferably applied for more effectively quantifying specific gene from a pure culture of microorganism.
We used suppression subtractive hybridization (SSH) combined with mirror orientation selection (MOS) method to screen differentially expressed genes from red-fleshed kiwifruit 'Hongyang'. As a result, the 288 clones were obtained by subcloning PCR product and 192 clones that showed positive clones on colony PCR analysis were selected. All the positive clones were sequenced. After comparisons with the NCBI/Genbank database using the BLAST search revealed that 30 clones showed sequence similarity to genes from other organisms; 10 clones showed significant sequence similarity to known genes. Among these clones, 3 clones (AcF21, AcF42 and AcF106) had sequence homology to 1-aminicyclopropane-carboxylic acid (ACC)-oxidase (ACO) that known to be related to fruit ripening. The expression patterns of differentially expressed genes were further investigated to validate the SSH data by reverse transcription PCR (RT-PCR) and quantitative real-time PCR (qReal-time PCR) analysis. All the data from qReal-time PCR analysis coincide with the results obtained from RT-PCR analysis. Three clones were expressed at higher levels in 'Hongyang' than 'Hayward'. AcF21 was highly expressed in the other genes at 120 days after full bloom (DAFB) and 160 DAFB of 'Hongyang'.
Prevotella intermedia-specific quantitative real-time PCR (qPCR) primers were previously designed based on the nucleotide sequences of RNA polymerase ${\beta}$-subunit gene (rpoB). However, the several clinical strains isolated from Korean populations are not detectable by the qPCR primers. The purpose of this study was to develop new P. intermedia-specific qPCR primers based on the rpoB. The specificity of the primers was determined by conventional PCR with 12 strains of P. intermedia and 52 strains (52 species) of non-P. intermedia bacteria. The sensitivity of primers was determined by qPCR with serial dilutions of the purified genomic DNAs (40 ng to 4 fg) of P. intermedia ATCC $25611^T$. The data indicated that only P. intermedia strains were detected by the P intermedia-specific qPCR primers (RTPiF2/RTPiR2); in addition, as little as 40 fg of P. intermedia genomic DNA could be detected. These results suggest that these qPCR primers are useful in detecting P. intermedia from the bacterial infectious lesions including dental plaque and oral tissue lesions.
The purpose of this study was to develop Peptoniphilus mikwangii-specific quantitative real-time polymerase chain reaction (qPCR) primers based on the 16S ribosomal RNA (16S rDNA) gene. The specificity of the primers was determined by conventional PCR using 29 strains of 27 oral bacterial species including P. mikwangii. The sensitivity of the primers was determined by qPCR using the purified genomic DNA of P. mikwangii KCOM $1628^T$ (40 ng to 4 fg). The data showed that the qPCR primers (RTB134-F4/RTB134-R4) could detect P. mikwangii strains exclusively and as little as 40 fg of the genomic DNA of P. mikwangii KCOM $1628^T$. These results suggest that the developed qPCR primer pair can be useful for detecting P. mikwangii in epidemiological studies of oral bacterial infectious diseases.
Although culture is the gold standard method to identify mycobacteria, its use in tuberculous lymphadenitis (TBL) is limited due to formalin fixation of the submitted specimens. We evaluated the performance of quantitative real-time PCR (q-PCR) for Mycobacterium Tuberculosis (MTB) in granulomatous lymphadenitis using formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) tissues. From 2000 to 2010, a total number of 117 cases of lymph node samples with granulomatous inflammation which were surgically removed and fixed in formalin were studied. Hematoxylin & Eosin (H&E) and Ziehl-Neelsen-stained (ZN) slides were reviewed. qPCR using Real TB-Taq$^{(R)}$ was performed for all cases to identify Mycobacterium tuberculosis. Thirteen non-tuberculous lymphadenopathy cases were used as negative control. Cervical lymph nodes were more frequently affected (60%, 70/117) than other sites. ZN stain for acid fast bacilli was positive in 19 (16.24%) cases. qPCR for tuberculosis was positive in 92 (78.63%) cases. Caseous necrosis was found in 103 (88.03%) cases. While the ZN stain and qPCR were both negative in all control cases, the qPCR showed a significantly higher positive rate (78.63% vs. 16.24%) compared to ZN stain in histologically diagnosed TBL. Quantitative real-time PCR proves to be more sensitive than ZN stain for diagnosis of tuberculous lymphadenitis.
본 웹사이트에 게시된 이메일 주소가 전자우편 수집 프로그램이나
그 밖의 기술적 장치를 이용하여 무단으로 수집되는 것을 거부하며,
이를 위반시 정보통신망법에 의해 형사 처벌됨을 유념하시기 바랍니다.
[게시일 2004년 10월 1일]
이용약관
제 1 장 총칙
제 1 조 (목적)
이 이용약관은 KoreaScience 홈페이지(이하 “당 사이트”)에서 제공하는 인터넷 서비스(이하 '서비스')의 가입조건 및 이용에 관한 제반 사항과 기타 필요한 사항을 구체적으로 규정함을 목적으로 합니다.
제 2 조 (용어의 정의)
① "이용자"라 함은 당 사이트에 접속하여 이 약관에 따라 당 사이트가 제공하는 서비스를 받는 회원 및 비회원을
말합니다.
② "회원"이라 함은 서비스를 이용하기 위하여 당 사이트에 개인정보를 제공하여 아이디(ID)와 비밀번호를 부여
받은 자를 말합니다.
③ "회원 아이디(ID)"라 함은 회원의 식별 및 서비스 이용을 위하여 자신이 선정한 문자 및 숫자의 조합을
말합니다.
④ "비밀번호(패스워드)"라 함은 회원이 자신의 비밀보호를 위하여 선정한 문자 및 숫자의 조합을 말합니다.
제 3 조 (이용약관의 효력 및 변경)
① 이 약관은 당 사이트에 게시하거나 기타의 방법으로 회원에게 공지함으로써 효력이 발생합니다.
② 당 사이트는 이 약관을 개정할 경우에 적용일자 및 개정사유를 명시하여 현행 약관과 함께 당 사이트의
초기화면에 그 적용일자 7일 이전부터 적용일자 전일까지 공지합니다. 다만, 회원에게 불리하게 약관내용을
변경하는 경우에는 최소한 30일 이상의 사전 유예기간을 두고 공지합니다. 이 경우 당 사이트는 개정 전
내용과 개정 후 내용을 명확하게 비교하여 이용자가 알기 쉽도록 표시합니다.
제 4 조(약관 외 준칙)
① 이 약관은 당 사이트가 제공하는 서비스에 관한 이용안내와 함께 적용됩니다.
② 이 약관에 명시되지 아니한 사항은 관계법령의 규정이 적용됩니다.
제 2 장 이용계약의 체결
제 5 조 (이용계약의 성립 등)
① 이용계약은 이용고객이 당 사이트가 정한 약관에 「동의합니다」를 선택하고, 당 사이트가 정한
온라인신청양식을 작성하여 서비스 이용을 신청한 후, 당 사이트가 이를 승낙함으로써 성립합니다.
② 제1항의 승낙은 당 사이트가 제공하는 과학기술정보검색, 맞춤정보, 서지정보 등 다른 서비스의 이용승낙을
포함합니다.
제 6 조 (회원가입)
서비스를 이용하고자 하는 고객은 당 사이트에서 정한 회원가입양식에 개인정보를 기재하여 가입을 하여야 합니다.
제 7 조 (개인정보의 보호 및 사용)
당 사이트는 관계법령이 정하는 바에 따라 회원 등록정보를 포함한 회원의 개인정보를 보호하기 위해 노력합니다. 회원 개인정보의 보호 및 사용에 대해서는 관련법령 및 당 사이트의 개인정보 보호정책이 적용됩니다.
제 8 조 (이용 신청의 승낙과 제한)
① 당 사이트는 제6조의 규정에 의한 이용신청고객에 대하여 서비스 이용을 승낙합니다.
② 당 사이트는 아래사항에 해당하는 경우에 대해서 승낙하지 아니 합니다.
- 이용계약 신청서의 내용을 허위로 기재한 경우
- 기타 규정한 제반사항을 위반하며 신청하는 경우
제 9 조 (회원 ID 부여 및 변경 등)
① 당 사이트는 이용고객에 대하여 약관에 정하는 바에 따라 자신이 선정한 회원 ID를 부여합니다.
② 회원 ID는 원칙적으로 변경이 불가하며 부득이한 사유로 인하여 변경 하고자 하는 경우에는 해당 ID를
해지하고 재가입해야 합니다.
③ 기타 회원 개인정보 관리 및 변경 등에 관한 사항은 서비스별 안내에 정하는 바에 의합니다.
제 3 장 계약 당사자의 의무
제 10 조 (KISTI의 의무)
① 당 사이트는 이용고객이 희망한 서비스 제공 개시일에 특별한 사정이 없는 한 서비스를 이용할 수 있도록
하여야 합니다.
② 당 사이트는 개인정보 보호를 위해 보안시스템을 구축하며 개인정보 보호정책을 공시하고 준수합니다.
③ 당 사이트는 회원으로부터 제기되는 의견이나 불만이 정당하다고 객관적으로 인정될 경우에는 적절한 절차를
거쳐 즉시 처리하여야 합니다. 다만, 즉시 처리가 곤란한 경우는 회원에게 그 사유와 처리일정을 통보하여야
합니다.
제 11 조 (회원의 의무)
① 이용자는 회원가입 신청 또는 회원정보 변경 시 실명으로 모든 사항을 사실에 근거하여 작성하여야 하며,
허위 또는 타인의 정보를 등록할 경우 일체의 권리를 주장할 수 없습니다.
② 당 사이트가 관계법령 및 개인정보 보호정책에 의거하여 그 책임을 지는 경우를 제외하고 회원에게 부여된
ID의 비밀번호 관리소홀, 부정사용에 의하여 발생하는 모든 결과에 대한 책임은 회원에게 있습니다.
③ 회원은 당 사이트 및 제 3자의 지적 재산권을 침해해서는 안 됩니다.
제 4 장 서비스의 이용
제 12 조 (서비스 이용 시간)
① 서비스 이용은 당 사이트의 업무상 또는 기술상 특별한 지장이 없는 한 연중무휴, 1일 24시간 운영을
원칙으로 합니다. 단, 당 사이트는 시스템 정기점검, 증설 및 교체를 위해 당 사이트가 정한 날이나 시간에
서비스를 일시 중단할 수 있으며, 예정되어 있는 작업으로 인한 서비스 일시중단은 당 사이트 홈페이지를
통해 사전에 공지합니다.
② 당 사이트는 서비스를 특정범위로 분할하여 각 범위별로 이용가능시간을 별도로 지정할 수 있습니다. 다만
이 경우 그 내용을 공지합니다.
제 13 조 (홈페이지 저작권)
① NDSL에서 제공하는 모든 저작물의 저작권은 원저작자에게 있으며, KISTI는 복제/배포/전송권을 확보하고
있습니다.
② NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 상업적 및 기타 영리목적으로 복제/배포/전송할 경우 사전에 KISTI의 허락을
받아야 합니다.
③ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 보도, 비평, 교육, 연구 등을 위하여 정당한 범위 안에서 공정한 관행에
합치되게 인용할 수 있습니다.
④ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 무단 복제, 전송, 배포 기타 저작권법에 위반되는 방법으로 이용할 경우
저작권법 제136조에 따라 5년 이하의 징역 또는 5천만 원 이하의 벌금에 처해질 수 있습니다.
제 14 조 (유료서비스)
① 당 사이트 및 협력기관이 정한 유료서비스(원문복사 등)는 별도로 정해진 바에 따르며, 변경사항은 시행 전에
당 사이트 홈페이지를 통하여 회원에게 공지합니다.
② 유료서비스를 이용하려는 회원은 정해진 요금체계에 따라 요금을 납부해야 합니다.
제 5 장 계약 해지 및 이용 제한
제 15 조 (계약 해지)
회원이 이용계약을 해지하고자 하는 때에는 [가입해지] 메뉴를 이용해 직접 해지해야 합니다.
제 16 조 (서비스 이용제한)
① 당 사이트는 회원이 서비스 이용내용에 있어서 본 약관 제 11조 내용을 위반하거나, 다음 각 호에 해당하는
경우 서비스 이용을 제한할 수 있습니다.
- 2년 이상 서비스를 이용한 적이 없는 경우
- 기타 정상적인 서비스 운영에 방해가 될 경우
② 상기 이용제한 규정에 따라 서비스를 이용하는 회원에게 서비스 이용에 대하여 별도 공지 없이 서비스 이용의
일시정지, 이용계약 해지 할 수 있습니다.
제 17 조 (전자우편주소 수집 금지)
회원은 전자우편주소 추출기 등을 이용하여 전자우편주소를 수집 또는 제3자에게 제공할 수 없습니다.
제 6 장 손해배상 및 기타사항
제 18 조 (손해배상)
당 사이트는 무료로 제공되는 서비스와 관련하여 회원에게 어떠한 손해가 발생하더라도 당 사이트가 고의 또는 과실로 인한 손해발생을 제외하고는 이에 대하여 책임을 부담하지 아니합니다.
제 19 조 (관할 법원)
서비스 이용으로 발생한 분쟁에 대해 소송이 제기되는 경우 민사 소송법상의 관할 법원에 제기합니다.
[부 칙]
1. (시행일) 이 약관은 2016년 9월 5일부터 적용되며, 종전 약관은 본 약관으로 대체되며, 개정된 약관의 적용일 이전 가입자도 개정된 약관의 적용을 받습니다.