• Journal of Genetic Medicine
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• 제18권2호
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• pp.110-116
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• 2021

Microdeletions of chromosome 22q11.2 are one of the most common microdeletions occurring in humans, and is known to be associated with a wide range of highly variable features. These deletions occur within a cluster of low copy repeats (LCRs) in 22q11.2, referred to as LCR22 A-H. DiGeorge (DGS)/velocardiofacial syndrome is the most prevalent form of a 22q11.2 deletions, caused by mainly proximal deletions between LCR22 A and D. As deletions of distal portion to the DGS deleted regions has been extensively studied, the recurrent distal 22q11.2 microdeletions distinct from DGS has been suggested as several clinical entities according to the various in size and position of the deletions on LCRs. We report a case of long-term follow-up of a female diagnosed with a 22q11.2 distal deletion syndrome, identified a deletion of 1.9 Mb at 22q11.21q11.23 (chr22: 21,798,906-23,653,963) using single nucleotide polymorphism array. This region was categorized as distal deletion type of 22q11.2, involving LCR22 D-F. She was born as a preterm, low birth weight to healthy non-consanguineous Korean parents. She showed developmental delay, growth retardation, dysmorphic facial features, and mild skeletal deformities. The patient underwent a growth hormone administration due to growth impairment without catch-up growth. While a height gain was noted, she had become overweight and was subsequently diagnosed with pre-diabetes. Our case could help broaden the genetic and clinical spectrum of 22q11.2 distal deletions.

• Journal of Korean Neurosurgical Society
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• 제66권6호
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• pp.642-651
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• 2023

Objective : Endothelial colony-forming cells (ECFCs) have been reported to play an important role in the pathogenesis of moyamoya disease (MMD). We have previously observed stagnant growth in MMD ECFCs with functional impairment of tubule formation. We aimed to verify the key regulators and related signaling pathways involved in the functional defects of MMD ECFCs. Methods : ECFCs were cultured from peripheral blood mononuclear cells of healthy volunteers (normal) and MMD patients. Low-density lipoproteins uptake, flow cytometry, high content screening, senescence-associated β-galactosidase, immunofluorescence, cell cycle, tubule formation, microarray, real-time quantitative polymerase chain reaction, small interfering RNA transfection, and western blot analyses were performed. Results : The acquisition of cells that can be cultured for a long time with the characteristics of late ECFCs was significantly lower in the MMD patients than the normal. Importantly, the MMD ECFCs showed decreased cellular proliferation with G1 cell cycle arrest and cellular senescence compared to the normal ECFCs. A pathway enrichment analysis demonstrated that the cell cycle pathway was the major enriched pathway, which is consistent with the results of the functional analysis of ECFCs. Among the genes associated with the cell cycle, cyclin-dependent kinase inhibitor 2A (CDKN2A) showed the highest expression in MMD ECFCs. Knockdown of CDKN2A in MMD ECFCs enhanced proliferation by reducing G1 cell cycle arrest and inhibiting senescence through the regulation of CDK4 and phospho retinoblastoma protein. Conclusion : Our study suggests that CDKN2A plays an important role in the growth retardation of MMD ECFCs by inducing cell cycle arrest and senescence.

• 동의신경정신과학회지
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• 제26권1호
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• pp.63-78
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• 2015

Objectives: Pinelliae Rhizoma has traditionally been used as an anti-depressant in oriental medicine. This study is to investigate the effect of Pinelliae Rhizoma extract (PRe) on psychological stress in genome wild expression of mice. Methods: After giving physical stress to mice, PRe was orally administered with 100 mg/kg/day for five days. After extracting whole brain tissue from the mice, their genome changes were observed by micorarray analysis method. The genome changes were analyzed by IMAGENE 4.0, TREEVIEW, FatiGo algorithems, BOND database, cytoscape program, etc. Results: 1. PRe administered group were remained at normal level; 60% of increase was shown in expressed genes by physical stress, and 65% of decrease was shown in expressed genes by psychological stress. 2. Genes with increased expression in control group that remained at a normal state in PRe administered group were involved with the gene of a cellular metabolic process on biological process, protein binding on molecular function, and cell part on cell composition. The pathway was found to be cytokin-cytokin receptor interaction. 3. Genes with decreased expression in control group that remained at a normal state in PRe administered group were involved with the gene of a cellular metabolic process on biologiacl detail and coupled ATPaes activity on molecular function. This gene related path was Ubiquintin mediated proteolysis etc. 4. Core node genes analyzed by protein interaction network were Vinculin, Cell sdivision cycle 42 homolog (S. cerevisiae) etc. They played an important role in maintaining cytoskeleton and controlling cell cycle. Conclusions: Several genes were up-regulated and down-regulated in response to psychological stress. The expression of most of the genes that were altered in response to psychological stress was restored to normal levels in PRe treated mice. When the interaction network information was analyzed, the recovery of the core node genes in PRe treated mice indicates that this final set of genes may be the effective target of PRe.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제25권12호
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• pp.1759-1767
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• 2012

This study was performed to determine the effects of dietary fat sources, i.e., beef tallow, soybean oil, olive oil and coconut oil (each 3% in feed), on the growth performance, meat quality and gene expression in growing-finishing pigs. A total of 72 crossbred pigs (Landrace${\times}$Large White${\times}$Duroc) were used at $71{\pm}1$ kg body weight (about 130 d of age) in 24 pens ($320{\times}150$ cm) in a confined pig house (three pigs per pen) with six replicate pens per treatment. The growing diet was given for periods of $14{\pm}3$ d and the finishing diet was given for periods of $28{\pm}3$ d. The fat type had no significant effect either on growth performance or on chemical composition or on meat quality in growing-finishing pigs. Dietary fat type affected fatty acid composition, with higher levels of unsaturated fatty acids (UFAs) and monounsaturated fatty acids (MUFAs) in the olive oil group. Microarray analysis in the Longissimus dorsi identified 6 genes, related to insulin signaling pathway, that were differentially expressed among the different feed groups. Real time-PCR was conducted on the six genes in the longissimus dorsi muscle (LM). In particular, the genes encoding the protein kinase, cAMP-dependent, regulatory, type II, alpha (PRKAR2A) and the catalytic subunit of protein phosphatase 1, beta isoform (PPP1CB) showed the highest expression level in the olive oil group (respectively, p<0.05, p<0.001). The results of this study indicate that the type of dietary fat affects fatty acid composition and insulin signaling-related gene expression in the LM of pigs.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제40권2호
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• pp.117-127
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• 2012

피부재생에 대한 지방줄기세포 배양상등액(ADSC-CM)의 효능에 대한 연구를 진행하였다. ADSC-CM이 피부재생에 기여하는 기작은 명확하지 못하지만, ADSC-CM은 다양한 분비물을 포함하고 있고 따라서 피부트러블 처리를 위한 훌륭한 재료이다. 저 산소 상태에서 생산된 ADSC-CM, 즉 advanced adipose-derived stem cell protein extract (AAPE)는 피부재생에 보다 좋은 재료이다. 본 연구는 피부 재생에 결정적 역할을 하는 인체 primary 세포인 섬유아세포(HDF)와 케라티노사이트(HK)를 이용하여 AAPE의 효능을 검증하였다. 0.32 ${\mu}g/ml$ AAPE에서 콜라겐 합성이 관찰 되었으며 AAPE는 stress fiber 형성을 강화하였다. DNA microarray 결과에서는 세포증식, 세포이동, 세포부착, 상처반응에 관여하는 133개의 유전자 발현이 조절되는 것을 알았다. Antibody array를 통해 CD54, FGF-2, GM-CSF, IL-4, IL-6, VEGF, TGF-${\beta}2$, TGF-${\beta}3$, MMP-1, MMP-10, 그리고 MMP-19와 같은 MMP, 성장인자, 사이토카인등 25개의 알려진 단백질이 포함되어 있다는 것을 알았다. 따라서, AAPE는 HK의 세포생물학적 기능을 활성화 할 수 있다고 사료되며 HDF에서는 콜라겐 합성을 유도하였다. 이러한 결과는 AAPE가 피부재생에 임상적 적용이 가능하리라는 것을 의미한다.

• 생명과학회지
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• 제27권3호
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• pp.267-274
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• 2017

본 연구는 말기 신부전 환자의 체내에서 증가되는 시안산이 신경학적 합병증의 원인으로 작용하는지 알아보고자 시안산 처리에 따른 신경아교종 세포인 C6 세포의 변화를 관찰하였다. 또한, 시안산에 의해 발현되는 세포자멸사 관련 인자를 알아보기 위하여 western blot 및 유전자 발현의 변화를 검색하기 위하여 cDNA 유전자 미세배열분석을 하였다. 시안산의 처리 농도가 0, 1, 5, 10, 20, 40 mM 증가할수록 신경아교종 세포의 생존율이 유의하게 감소하였고 세포자멸사에 주된 역할을 하는 caspase-8는 증가되었고 procaspase-3는 감소하였다. 그러나 caspase-8에 의해 활성화되는 Bax 단백질은 시안산의 처리 농도가 증가할수록 caspase-8의 증가에도 감소하였고, 세포자멸사를 조절하는 단백질인 Bcl-2와 IAP은 명확히 확인할 수 없었다. cDNA 유전자 미세배열 분석 결과, 총 1,099 종의 유전자 중에서 934 개의 유전자가 감소하였고 증가된 것은 165 개였다. 세포자멸사 관련 유전자에서도 감소한 것은 16 개였고, 증가된 6 개 유전자 가운데 heat shock 70 kD protein 1A가 현저한 증가를 나타내었다. 이상의 결과로 보아, 시안산은 신경아교종 세포에서 caspase-8 및 caspase-3와 관련된 세포자멸사를 유발시키며, 신경아교종 세포의 유전자들의 발현을 감소시키는 것으로 생각된다. 따라서 체내에서 증가된 시안산이 신경아교종 세포에 영향을 미쳐 말기 신부전 환자의 뇌병증에도 영향을 주는 것이라 생각된다.

• Clinical and Experimental Reproductive Medicine
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• 제47권3호
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• pp.194-206
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• 2020

Objective: The aim of this study was to investigate microRNAs (miRNAs) related to follicle-stimulating hormone (FSH) responsiveness using miRNA microarrays and to identify their target genes to determine the molecular regulatory pathways involved in FSH signaling in KGN cells. Methods: To change the cellular responsiveness to FSH, KGN cells were treated with FSH receptor (FSHR)-specific small interfering RNA (siRNA) followed by FSH. miRNA expression profiles were determined through miRNA microarray analysis. Potential target genes of selected miRNAs were predicted using bioinformatics tools, and their regulatory function was confirmed in KGN cells. Results: We found that six miRNAs (miR-1261, miR-130a-3p, miR-329-3p, miR-185-5p, miR-144-5p and miR-4463) were differentially expressed after FSHR siRNA treatment in KGN cells. Through a bioinformatics analysis, we showed that these miRNAs were predicted to regulate a large number of genes, which we narrowed down to cytochrome P450 family 19 subfamily A member 1 (CYP19A1) and estrogen receptor alpha (ESR1) as the main targets for miR-4463. Functional analysis revealed that miR-4463 is a regulatory factor for aromatase expression and function in KGN cells. Conclusion: In this study, we identified differentially expressed miRNAs related to FSH responsiveness. In particular, upregulation of miR-4463 expression by FSHR deficiency in human granulosa cells impaired 17β-estradiol synthesis by targeting CYP19A1 and ESR1. Therefore, our data might provide novel candidates for molecular biomarkers for use in research into poor responders.

• Tuberculosis and Respiratory Diseases
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• 제58권1호
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• pp.54-58
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• 2005

연구 배경 : 비소세포 폐암의 암화 과정에서 에스트로겐과 프로제스테론 단백의 역할에 대한 면역조직화학 염색을 이용한 연구들이 진행 중이다. 그러나 이 연구들은 아직 일치된 결과를 보이고 있지 않으며 이는 상용하는 면역조직화학 염색법이 한 문제로 제시되고 있다. 저자 들은 최근 새로 개발된 조직미세배열법을 이용하여 비소세포 폐암 환자의 조직에서 이들 호르몬 수용체 발현을 연구하였다. 대상 및 방법 : 대상은 70예의 비소세포 폐암 환자로 남성이 74%, 여성이 26%이었다. 이들의 포르말린 고정, 파라핀 포매조직을 이용하여 조직미세배열을 구축하였다. 가열을 통한 항체 재생 후에 폐암 조직에서 일차 단일클론 항체 (ER1D5와 PR1A6)를 이용한 면역조직화학 염색을 시행하였다. 결 과 : 흡연력은 현재 흡연자가 49%이었고, 비흡연자와 금연자는 각각 27%와 24%이었다. 폐암의 조직학적 분류는 편평상피세포암이 34예이었고, 선암, 편평상피선암, 기타 세포형은 각각 24예, 9예와 3예이었다. 단일클론 항체를 이용한 염색에서 양성 결과를 보이는 비소세포 폐암 세포는 관찰되지 않았다. 결 론 : 미세조직배열법을 이용한 에스트로겐과 프로제스테론 수용체 연구는 모든 비소세포 폐암 조직에서 음성 결과를 보였다. 현재 면역조직화학 염색에 사용되는 호르몬 수용체가 비소세포 폐암 조직에서 발현이 되지 않을 가능성을 시사해주는 소견으로 향후 적절한 항체들을 이용한 추가적인 연구가 필요하겠다.

• 대한골관절종양학회지
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• 제14권2호
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• pp.106-118
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• 2008

목적: 세포주기의 조절곤란은 종양의 발생과 진행에 영향을 미친다. 몇가지 알려진 연부조직 육종에 대한 면역 조직화학적 예후인자 들이 있지만 상반된 연구도 있고 G1/S phase관계되는 인자에 대한 연구는 거의 없는 상태이다. 따라서 저자는 연부조직 육종의 재발 및 전이와 관계된 G1/S phase 세포조절주기 단백의 면역화학적 예후인자를 알아보고자 하였다. 대상 및 방법: 1998년 1월부터 2005년 12월까지 연부조직 육종으로 진단된 환자 중 최소한 1년이상 추시관찰이 가능하고 파라핀 블록의 보존상태가 비교적 양호한 43예의 환자를 대상으로 연구하였다. 지방육종 15예, 악성 섬유성조직구증 13예, 횡문근육종 5예, 활막육종 5예, 평활근육종 3예, 섬유육종이 2예였다. 모든 환자의 조직은 전 절제술로 제거된 조직을 대상으로 Cyclin D1, Cyclin E, CDK4, CDK, p16, p27, Rb, E2F-1, p53, Ki-67 등의 면역 조직화학적 발현을 조직 microarray 방법을 사용하여 측정하고 환자의 국소 재발 및 전이에 따른 예후를 비교 분석하였다. 결과: 국소 재발은 8예(19%)에서 일어났으며 이것은 Cyclin E(p=0.024), E2F-1(p=0.046)의 발현과 연관이 있었다. 전이는 16예(37%)에서 일어났으며 CDK4의 증가와 연관이 있었다(p=0.031). 결론: Cyclin E와 E2F-1이 연부조직 육종의 국소 재발과 관련있는 예후를 제공해주었고, CDK4가 전이를 예측할 수 있는 독립적인 예후를 제공해주었다. 따라서 조직 검사시 이들 표식자들의 적절한 사용이 환자의 예후를 예측하고 치료의 범위를 결정 짖는데 중요한 도움을 줄 수 있을 것이다.

• Journal of Plant Biotechnology
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• 제35권2호
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• pp.133-140
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• 2008

DNA와 histone 단백질의 변형은 식물 발달에 상당히 중요한 역할을 하는 것으로 알려져 있다. 식물 조직 배양 및 식물 발달 단계에서 methylation의 영향을 알아보고자 벼 종자로부터 캘러스 형성 및 식물체 재분화 단계에서 demethylation 물질인 5-azacytidine을 처리하여 유전자 발현 양상을 분석하였다. 식물체로의 재분화 능력이 있는 벼 배상체 캘러스는 5-azaC가 첨가된 H6A 배지에서는 형성되지 않았으며 갈색을 띠는 캘러스가 형성되었다. 또한 정상적인 캘러스를 5-azaC가 첨가된 MSRA 재분화 배지에서 배양했을 때도 대조구와는 달리 식물체 재분화는 이루어지지 않았다. 이러한 결과는 5-azaC가 정상적인 배상체 캘러스 및 shoot 분화에 부정적인 영향을 미친다는 것을 나타냈으며 따라서 DNA methylation이 식물 조직배양에서의 정상적인 세포 dedifferentiation과 differentiation에 필수 요인이라는 것을 알 수 있었다. 벼 캘러스 형성 및 재분화 과정 동안의 methylation 영향을 알아보고자 각 단계별로 5-azaC를 처리 후 $GeneFishig^{TM}$ DEG와 DNA chip을 사용하여 유전자 발현 양상을 분석하였다. Epigenetic regulation, 전자전달, 핵산대사, 스트레스 반응에 관여하는 일부 유전자들의 발현이 증가하거나 감소하는 것을 알 수 있었다. 발현 차이가 있는 일부 유전자를 클로닝하여 확인하였고 RT-PCR 및 northern 분석으로 각 단계에서의 발현 차이를 할인하였다.