Lee Jae-Kwon;Kang Tae-Ho;Lee Young-Hoon;Yoo Jae-Soo
The Journal of the Korea Contents Association
/
v.5
no.6
/
pp.31-40
/
2005
In the post-genomic era, researches on proteins as well as genes have been increasingly required. Particularly, work on protein-protein interaction and protein network construction have been recently establishing. Most biologists publish their research results through papers or other media. However, biologists do not use the information effectively, because the published research results are very large. As the growth of internet field, it becomes easy to access these research results. It is important to extract information with a biological meaning from various media. Therefore, In this paper, we efficiently extract the protein information from many open papers or other media and construct the database of the extracted information. We build a protein network from the established database and then design and implement various pathway analysis algorithms which find biological meaning from the protein network.
Proceedings of the Korea Contents Association Conference
/
2004.11a
/
pp.511-515
/
2004
In the post-genomic era, researches on proteins as well as genes have been increasingly required. Particularly, work on protein-protein interaction and protein network construction have been recently establishing. Most biologists publish their research results through papers or other media. However, biologists do not use the information effectively, since the published research results are very large. As the growth of internet, it becomes easy to access very large research results. It is significantly important to extract information with a biological meaning from varisous media. Therefore, in this research, we efficiently extract protein-protein interaction information from many open papers or other media and construct the database of the extracted information. We build a protein network from the established database and then design and implement various pathway analysis algorithms which find biological meaning from the protein network.
Canola meal and seed are poor sources of ruminal undegraded protein (RUP). On average, canola meal and canola seed contains 35 and 14% RUP, respectively. Several protection methods are effective in reducing ruminal degradation of canola protein and in increasing RUP without affecting total tract protein digestibility. Heat (e.g., dry heat, moist heat and jet-sploding) and chemical (e.g., formaldehyde) treatments are the most common methods used to reduce ruminal degradability of canola protein. In most cases, heat treatments were found to be more effective than chemical treatments in protecting canola protein form ruminal degradation. Despite improvement in RUP content and intestinal availability of RUP, data form several studies showed little or no improvement in animal performance as a result of increasing the RUDP level of canola meal and seed.
The large and rapid changes of glucose utilization in lactating mammary tissue in response to changes in nutritional state must be largely related by external signal of insulin. This also must be related with the quantity and composition of the diet in vivo. To characterize the mode of gut extract protein with insulin, in vitro experiment was conducted with HC11 cells. The gut extract protein has not only the same effect as insulin alone but also the synergistic effect with insulin in 2-Deoxy[3H] glucose uptake. Although the gut extract did not modulates glucose uptake via increasing the rate of translation of the GLUT1 protein, northern blot analysis indicated that the gut extract protein increased the expression of GLUT1 mRNA by a threefold and also there was a dose-dependent increase in the expression of GLUT1 mRNA. The gut extract protein is therefore shown to be capable of modulating glucose uptake by transcription level with insulin in HC 11 cells.
Caveolae are small plasma membrane invaginations that play many roles in signal transduction, endocytosis, mechanoprotection, lipid metabolism. The most important protein in caveolae is the integral membrane protein, caveolin, which is divided into three families such as caveolin 1, caveolin 2, and caveolin 3. Caveolin 1 and 3 are known to incorporate palmitate through linkage to three cysteine residues. Regulation of the protein palmitoylation cycle is important for the cellular processes such as intracellular localization of the target protein, membrane association, conformation, protein-protein interaction, and activity. However, the detailed aspect of individual palmitoylation has not been studied. In the present work, the role of each lipid modification at three cysteines was studied by NMR. Our results suggest that each lipid modification at the natively palmitoylation site has its own roles. For example, lipidations to C106 and C129 are play a role in structural stabilization, however, interestingly, lipid modification to C116 interrupts the structural stabilization.
The objectives of this study were to use the NRC-2001 model and DVE/OEB system to model potential nutrient supply to ruminants and to compare frost damaged (also called "frozen" wheat with normal wheat. Quantitative predictions were made in terms of: i) Truly absorbed rumen synthesized microbial protein in the small intestine; ii) Truly absorbed rumen undegraded feed protein in the small intestine; iii) Endogenous protein in the digestive tract; iv). Total truly absorbed protein in the small intestine; and v). Protein degraded balance. The overall yield losses of the frozen wheat were 24%. Results showed that using the DVE/OEB system to predict the potential nutrient supply, the frozen wheat had similar truly absorbed rumen synthesized microbial protein (65 vs. 66 g/kg DM; p>0.05), tended to have lower truly absorbed rumen undegraded feed protein (39 vs. 53 g/kg DM; p<0.10) and had higher endogenous protein (14 vs. 9 g/kg DM; p<0.05). Total truly absorbed protein in the small intestine was significantly lower (89 vs. 110 g/kg DM, p<0.05) in the frozen wheat. The protein degraded balance was similar and both were negative (-2 vs. -1 g/kg DM). Using the NRC-2001 model to predict the potential nutrient supply, the frozen wheat also had similar truly absorbed rumen synthesized microbial protein (average 56 g/kg DM; p>0.05), tended to have lower truly absorbed rumen undegraded feed protein (35 vs. 48, g/kg DM; p<0.10) and had similar endogenous protein (average 4 g/kg DM; p>0.05). Total truly absorbed protein in the small intestine was significantly lower (95 vs. 108 g/kg DM, p<0.05) in the frozen wheat. The protein degraded balance was not significantly different and both were negative (-16 vs. -19 g/kg DM). In conclusion, both models predict lower protein value and negative protein degraded balance in the frozen wheat. The frost damage to the wheat reduced nutrient content and availability and thus reduced nutrient supply to ruminants by around 12 to 19%.
The effect of chicken IGF-I on protein synthesis of chicken embryo myoblasts cultured in serum-free medium was examined. When myoblasts were expanded to approximate 20-30% of well, the medium was changed to the serum-free medium including 0, 2, 20, 200 or 2000 ng/ml of recombinant chicken IGF-I. The culture medium including 10% fetal calf serum (FCS) was used as positive control. After 1 day of incubation, protein synthesis was measured by the incorporation of [$^3H$]-L-leucine. Thereafter cells were continued to incubate for further 18 hours, and the radioactivity in the protein was measured as an index of protein synthesis. The values for protein synthesis cultured in the serum-free medium without chicken IGF-I or with 2000 ng/ml of chicken IGF-I were the lowest. Protein synthesis was elevated with increasing chicken IGF-I concentration from 0 to 20 ng/ml. The values for protein synthesis in the 20 ng/ml and 200 ng/ml IGF-I groups were about half of that of the FCS group. The present study revealed that the potency of chicken IGF-I at the levels of 20 to 200 ng/ml to stimulate myoblast protein synthesis was about half of that of 10% FCS.
Twenty cows, by order of calving, were used in a completely randomized $2{\times}2$ factorial experiment. Variables were tow protein levels (14 and 18% crude protein) and concentration of fat (2 and 6% ether extract) in diets. Fat addition, via unprocessed whole sunflower seed, insured forage utilization in diets to meet energy requirement of cows. A total of 36 wks of lactation was subdivided into three 12-wk stages of lactation. Net energy lactation was set at 1.72, 1.57 and 1.42 Mcal/kg for each stage. Higher protein diets improved the efficiency of energy (FCM/net energy intake) which was particularly noted for diets containing high fat (85.7%). However, diets with low protein-high fat resulted in the lowest efficiency (67.7%). No difference in milk yield and butterfat was due to different levels and combinations of protein and lipid in diets. High protein diets depressed blood cholesterol and glucose compared to low-protein counterparts. Relative decline in milk production was slower for lower fat diets than for higher fat groups, especially mid to later stage of lactation. Results of this experiment tend to support our thesis on the synergistic effect of dietary protein and energy (lipid) upon efficiency of lactation.
The experiment was carried out to estimate the energy and protein requirements of Khaki Campbell $\times$ Thai Native laying ducks. To estimate the energy requirement, 5 experimental diets were formulated at levels of 2.70, 2.75, 2.80, 2.85 and 2.90 Mcal ME/kg. These diets were equal in ME/CP ratio (170/l). A total of 150 18-week old laying ducks were assigned to 5 energy level treatments, each comprising 3 replicates of 10 birds each, and they were fed the diets for 18 weeks. To estimate the protein requirement, 90 18-week old laying ducks were divided into 9 groups of 10 birds each, and they were assigned to 3 protein level treatments, each comprising 3 replicates. The levels of protein in the diets were 13.5%, 15.0% and 16.5%, and all diets were isocaloric (2.8 Mcal ME/kg). As a result, the 16.5% protein diet gave significantly better egg production than the 13.5% and 15.0% protein diets, however, no significant difference in egg production was found among the energy levels. Feed cost to produce 1k eggs was lower in the 2.70 Mcal and 16.5%protein diets than in the higher ME and lower protein diets.
This experiment was conducted to study the effects of blood-mixed and heat-treated protein feeds on protein degradation in the rumen, flow of protein to the abomasums and availability of undegraded protein in the intestine of sheep in a $4{\times}4$ Latin square design. Soybean oil meal, rapeseed meal, and whole soybean were mixed with fresh swine blood and dried at $140^{\circ}C$ for 2 h. Proportionate disappearance of apparently digested OM in the postrumen for the blood and heat treated protein group was ranged from 43.2 to 50.5% as compared with 28.0% for the unheated soybean oil meal diet. The treated protein supplements were resulted in greater total N and NAN flow passing at the abomasums than untreated soybean oil meal diet was fed. The quantities of undegraded feed N passing at the abomasums for the treated protein diets was approximately twice as high as that of the untreated soybean oil meal diet and the estimated amount of undegraded N of the protein supplement itself was 79.1 to 84.2% as compared with 15% of soybean oil meal.
본 웹사이트에 게시된 이메일 주소가 전자우편 수집 프로그램이나
그 밖의 기술적 장치를 이용하여 무단으로 수집되는 것을 거부하며,
이를 위반시 정보통신망법에 의해 형사 처벌됨을 유념하시기 바랍니다.
[게시일 2004년 10월 1일]
이용약관
제 1 장 총칙
제 1 조 (목적)
이 이용약관은 KoreaScience 홈페이지(이하 “당 사이트”)에서 제공하는 인터넷 서비스(이하 '서비스')의 가입조건 및 이용에 관한 제반 사항과 기타 필요한 사항을 구체적으로 규정함을 목적으로 합니다.
제 2 조 (용어의 정의)
① "이용자"라 함은 당 사이트에 접속하여 이 약관에 따라 당 사이트가 제공하는 서비스를 받는 회원 및 비회원을
말합니다.
② "회원"이라 함은 서비스를 이용하기 위하여 당 사이트에 개인정보를 제공하여 아이디(ID)와 비밀번호를 부여
받은 자를 말합니다.
③ "회원 아이디(ID)"라 함은 회원의 식별 및 서비스 이용을 위하여 자신이 선정한 문자 및 숫자의 조합을
말합니다.
④ "비밀번호(패스워드)"라 함은 회원이 자신의 비밀보호를 위하여 선정한 문자 및 숫자의 조합을 말합니다.
제 3 조 (이용약관의 효력 및 변경)
① 이 약관은 당 사이트에 게시하거나 기타의 방법으로 회원에게 공지함으로써 효력이 발생합니다.
② 당 사이트는 이 약관을 개정할 경우에 적용일자 및 개정사유를 명시하여 현행 약관과 함께 당 사이트의
초기화면에 그 적용일자 7일 이전부터 적용일자 전일까지 공지합니다. 다만, 회원에게 불리하게 약관내용을
변경하는 경우에는 최소한 30일 이상의 사전 유예기간을 두고 공지합니다. 이 경우 당 사이트는 개정 전
내용과 개정 후 내용을 명확하게 비교하여 이용자가 알기 쉽도록 표시합니다.
제 4 조(약관 외 준칙)
① 이 약관은 당 사이트가 제공하는 서비스에 관한 이용안내와 함께 적용됩니다.
② 이 약관에 명시되지 아니한 사항은 관계법령의 규정이 적용됩니다.
제 2 장 이용계약의 체결
제 5 조 (이용계약의 성립 등)
① 이용계약은 이용고객이 당 사이트가 정한 약관에 「동의합니다」를 선택하고, 당 사이트가 정한
온라인신청양식을 작성하여 서비스 이용을 신청한 후, 당 사이트가 이를 승낙함으로써 성립합니다.
② 제1항의 승낙은 당 사이트가 제공하는 과학기술정보검색, 맞춤정보, 서지정보 등 다른 서비스의 이용승낙을
포함합니다.
제 6 조 (회원가입)
서비스를 이용하고자 하는 고객은 당 사이트에서 정한 회원가입양식에 개인정보를 기재하여 가입을 하여야 합니다.
제 7 조 (개인정보의 보호 및 사용)
당 사이트는 관계법령이 정하는 바에 따라 회원 등록정보를 포함한 회원의 개인정보를 보호하기 위해 노력합니다. 회원 개인정보의 보호 및 사용에 대해서는 관련법령 및 당 사이트의 개인정보 보호정책이 적용됩니다.
제 8 조 (이용 신청의 승낙과 제한)
① 당 사이트는 제6조의 규정에 의한 이용신청고객에 대하여 서비스 이용을 승낙합니다.
② 당 사이트는 아래사항에 해당하는 경우에 대해서 승낙하지 아니 합니다.
- 이용계약 신청서의 내용을 허위로 기재한 경우
- 기타 규정한 제반사항을 위반하며 신청하는 경우
제 9 조 (회원 ID 부여 및 변경 등)
① 당 사이트는 이용고객에 대하여 약관에 정하는 바에 따라 자신이 선정한 회원 ID를 부여합니다.
② 회원 ID는 원칙적으로 변경이 불가하며 부득이한 사유로 인하여 변경 하고자 하는 경우에는 해당 ID를
해지하고 재가입해야 합니다.
③ 기타 회원 개인정보 관리 및 변경 등에 관한 사항은 서비스별 안내에 정하는 바에 의합니다.
제 3 장 계약 당사자의 의무
제 10 조 (KISTI의 의무)
① 당 사이트는 이용고객이 희망한 서비스 제공 개시일에 특별한 사정이 없는 한 서비스를 이용할 수 있도록
하여야 합니다.
② 당 사이트는 개인정보 보호를 위해 보안시스템을 구축하며 개인정보 보호정책을 공시하고 준수합니다.
③ 당 사이트는 회원으로부터 제기되는 의견이나 불만이 정당하다고 객관적으로 인정될 경우에는 적절한 절차를
거쳐 즉시 처리하여야 합니다. 다만, 즉시 처리가 곤란한 경우는 회원에게 그 사유와 처리일정을 통보하여야
합니다.
제 11 조 (회원의 의무)
① 이용자는 회원가입 신청 또는 회원정보 변경 시 실명으로 모든 사항을 사실에 근거하여 작성하여야 하며,
허위 또는 타인의 정보를 등록할 경우 일체의 권리를 주장할 수 없습니다.
② 당 사이트가 관계법령 및 개인정보 보호정책에 의거하여 그 책임을 지는 경우를 제외하고 회원에게 부여된
ID의 비밀번호 관리소홀, 부정사용에 의하여 발생하는 모든 결과에 대한 책임은 회원에게 있습니다.
③ 회원은 당 사이트 및 제 3자의 지적 재산권을 침해해서는 안 됩니다.
제 4 장 서비스의 이용
제 12 조 (서비스 이용 시간)
① 서비스 이용은 당 사이트의 업무상 또는 기술상 특별한 지장이 없는 한 연중무휴, 1일 24시간 운영을
원칙으로 합니다. 단, 당 사이트는 시스템 정기점검, 증설 및 교체를 위해 당 사이트가 정한 날이나 시간에
서비스를 일시 중단할 수 있으며, 예정되어 있는 작업으로 인한 서비스 일시중단은 당 사이트 홈페이지를
통해 사전에 공지합니다.
② 당 사이트는 서비스를 특정범위로 분할하여 각 범위별로 이용가능시간을 별도로 지정할 수 있습니다. 다만
이 경우 그 내용을 공지합니다.
제 13 조 (홈페이지 저작권)
① NDSL에서 제공하는 모든 저작물의 저작권은 원저작자에게 있으며, KISTI는 복제/배포/전송권을 확보하고
있습니다.
② NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 상업적 및 기타 영리목적으로 복제/배포/전송할 경우 사전에 KISTI의 허락을
받아야 합니다.
③ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 보도, 비평, 교육, 연구 등을 위하여 정당한 범위 안에서 공정한 관행에
합치되게 인용할 수 있습니다.
④ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 무단 복제, 전송, 배포 기타 저작권법에 위반되는 방법으로 이용할 경우
저작권법 제136조에 따라 5년 이하의 징역 또는 5천만 원 이하의 벌금에 처해질 수 있습니다.
제 14 조 (유료서비스)
① 당 사이트 및 협력기관이 정한 유료서비스(원문복사 등)는 별도로 정해진 바에 따르며, 변경사항은 시행 전에
당 사이트 홈페이지를 통하여 회원에게 공지합니다.
② 유료서비스를 이용하려는 회원은 정해진 요금체계에 따라 요금을 납부해야 합니다.
제 5 장 계약 해지 및 이용 제한
제 15 조 (계약 해지)
회원이 이용계약을 해지하고자 하는 때에는 [가입해지] 메뉴를 이용해 직접 해지해야 합니다.
제 16 조 (서비스 이용제한)
① 당 사이트는 회원이 서비스 이용내용에 있어서 본 약관 제 11조 내용을 위반하거나, 다음 각 호에 해당하는
경우 서비스 이용을 제한할 수 있습니다.
- 2년 이상 서비스를 이용한 적이 없는 경우
- 기타 정상적인 서비스 운영에 방해가 될 경우
② 상기 이용제한 규정에 따라 서비스를 이용하는 회원에게 서비스 이용에 대하여 별도 공지 없이 서비스 이용의
일시정지, 이용계약 해지 할 수 있습니다.
제 17 조 (전자우편주소 수집 금지)
회원은 전자우편주소 추출기 등을 이용하여 전자우편주소를 수집 또는 제3자에게 제공할 수 없습니다.
제 6 장 손해배상 및 기타사항
제 18 조 (손해배상)
당 사이트는 무료로 제공되는 서비스와 관련하여 회원에게 어떠한 손해가 발생하더라도 당 사이트가 고의 또는 과실로 인한 손해발생을 제외하고는 이에 대하여 책임을 부담하지 아니합니다.
제 19 조 (관할 법원)
서비스 이용으로 발생한 분쟁에 대해 소송이 제기되는 경우 민사 소송법상의 관할 법원에 제기합니다.
[부 칙]
1. (시행일) 이 약관은 2016년 9월 5일부터 적용되며, 종전 약관은 본 약관으로 대체되며, 개정된 약관의 적용일 이전 가입자도 개정된 약관의 적용을 받습니다.