• 한국양식학회:학술대회논문집
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• 한국양식학회 2003년도 추계학술발표대회 논문요약집
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• pp.34-34
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• 2003

한국산 선발계통 및 일본산 양식계통과 이들 두 계통간 잡종 참돔 집단의 유전적 특성을 분석하기 위하여, RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) marker를 탐색하였다. 10개의 염기로 이루어진 200개의 random primer 분석을 통하여 polymorphic pattern을 나타내는 23개의 random primer를 선발하였으며, 각 primer의 재현성을 확인하였다. 이들 중 OPA-11 primer는 크기가 각각 600 bp, 650 bp 및 750 bp 인 3개의 DNA 단편에 의하여 4개의 genotype을 나타냈으며, 각 genotype의 빈도는 집단간차이를 보였고, 한국산 선발계통 집단에서는 4개의 genotype이 모두 발견되는 반면, 일본산 양식계통 및 일본산 양식계통을 포함한 교배집단에서는 특정 genotype만 발견되었다. OPA-11 primer 유래의 polymorphic DNA 단편을 cloning하고 염기서열을 결정하였으며, SCAR (Sequence Characterized Amplified Region) primer를 제작하고 분석하였다. 본 연구는 참돔집단의 유전적 특성 파악 및 집단 구별에 RAPD marker를 활용하였으며, 참돔 육종시 형질 및 기능관련 DNA marker 탐색에 적용하기 위하여, 이후의 연구에서는 SCAR과 RFLP 분석에 RAPD marker를 이용하여 100% 정확도를 갖는 RFLP maker를 찾고, MAS (Marker-Assisted Selection)에 적용하고자 한다.

• 한국잠사곤충학회지
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• 제38권1호
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• pp.53-56
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• 1996

곤충세포주로 널리 이용되고 있는 Sf 세포주와 Bm 세포주의 분자생물학적 표식자를 탐색하기 위하여, 총 세포 단백질의 SDS-PAGE와 genomic DNA를 RAPD(Random Amplification of Polymorphic DNA) 방법으로 분석하였다. 그 결과, 총 세포 단백질 및 genomic DNA, 패턴에서 두 세포주를 뚜렷하게 구별할 수 있는 밴드를 탐색하였으며, 이들은 유용한 분자 생물학적 표식자로 이용될 수 있을 것이다.

• Plant Resources
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• 제5권3호
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• pp.169-175
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• 2002

The soybean cyst nematode (Heterodera glycines Inchinoe; SCN) is a devastating pest of soybean and is responsible for significant losses in yield. The use of resistant cultivars is the effective method to reduce or eliminate SCN damage. The objective of this research is to identify AFLP markers linked to the SCN resistant genes. Bulked genomic DNA was made from resistant and susceptible genotypes to SCN and a total of 19 primer combinations were used. About 31 fragments were detected per primer combination. The banding patterns were readily distinguished in resistant and susceptible bulked genotypes. Polymorphic fragments were detected between resistant and susceptible bulked genotypes in the primer combination of CGT/GGC, CAG/GTG and CTC/GAG. In primer combinations of CGT/GGC and CAG/GTG, bulked resistant genotype produced a polymorphic bands. However, in primer of CTC/GAG, bulked susceptible genotype produced a polymorphic fragments. Three AFLP markers identified as a polymorphic fragments between bulked genomic DNA were mapped in 85 F2 population. Among them, only two markers, CGT/GGC and CTC/GAG, was linked and was mapped. Broad application of AFLP marker would be possible for improving resistant cultivars to SCN.

• 미생물학회지
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• 제37권1호
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• pp.56-60
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• 2001

탄저균의 분자적 다양성 분석은 다양한 DNA표지의 부족으로 쉬운 일이 아니어서, 본 연구에서는 random amplified polymorphic DNA (RAPD)-PCR을 이용하여 Bacillus 속으로부터 탄저균을 구별할 수 있는 새로운 DNA 표지를 개발하고자 하였다. RAPD-PCR을 이용한 분석은 다양한 Bacillus 종으로부터 탄저균을 동정할 수 있었으며, 아울러 Bacillus 종 사이에서 확실한 유전적인 변이를 확인할 수 있었다. 이러한 분석은 간단, 신속하고, 그리고 정확하게 탄저균을 진단하는데 활용할 수 있다고 본다.

• Journal of Plant Biotechnology
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• 제7권1호
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• pp.27-35
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• 2005

Eighty-five different cultivars of Brassica rapa, B. juncea, B. nap us, B. carinata, B. oleracea and hexaploid Brassica collected from Bangladesh, Japan, China and Denmark were analyzed by SDS-PAGE for seed and leaf protein variations, using esterase, acid phosphatase and peroxidase isozyme analysis. Ten polymorphic bands were identified from seed protein however no identifiable polymorphic band was found in the leaf protein. Polymorphic markers clearly distinguished the different Brassica species as well as yellow sarson (YS) and brown seeded (BS) cultivars of B. rapa. The $F_1$ cross between YS and brown seeded cultivars showed the existance of all poly-morphic bands of the respective parents. The Bangla-deshi and Japanese cultivars of B. rapa differed in the amount of seed protein. In the case of isozyme analysis, esterase showed the highest number of polymorphic bands (13) followed by acid phosphatase (9) and peroxidase (5). These polymorphic markers were very effec-tive for classification of all the species studied in this experiment. In parentage tests using isozymes, the hybridity of intra-and-interspecific crosses of almost all the seedlings could be identified from their respective cross combinations. Esterase polymorphism showed a clear differentiation between YS and BS types of B. rapa. In addition, two esterase polymorphic markers were iden ified to differentiate some cultivars of B. juncea. Segregation patterns in these two esterase bands showed a simple Mendelian monohybrid ratio of 3:1 in $F_2$, 1:1 in test cross and 1:0 in back cross progenies. No polymorphic band was identified to distinguish different cultivars of the same species by acid phosphatase or peroxidase. Polymerase Chain Reaction (PCR) was carried out with seed coat color specific marker of B. juncea. The yellow seeded cultivars produced a strong band at 0.5 kb and weak band 1.2 kb. In the addition of these two specific bands, Japanese yellow-seeded cultivars expressed two more weak bands at 1.0 kb and 1.1 kb. Where the brown seeded cultivars generated a single strong band at 1.1 kb. In segregating population, the yellow seed coat color marker segregated at a ratio 15 (brown) : 1 (yellow), indicating the digenic inheritance pattern of the trait.

• 한국식물병리학회지
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• 제12권1호
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• pp.41-46
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• 1996

본 실험은 이병 딸기의 조직에서 분리 동정된 시들음병균(Fusarium oxysporum f. sp. fragariae) 균주들의 유？거 변이를 random amplified polymorphic DNA(RAPD) marker들을 이용하여 조사하였다. 총 24개의 딸기 시들음병 균주들의 DNA를 주형으로 하여 16개의 random 10-mer primer들을 사용하여 증폭시킨 결과 총 231개의 marker들을 이용하여 유전적 변이를 조사해 본 결과 크게 RAPD I과 RAPD II의 2개 그룹으로 나눌 수 있었다. RAPD I그룹에 속하는 균주는 VCG A에 속하는 Y1, K1, K2, K3, K4, N2, N3, N4-1, N6-1, N6-2, N8, N9, N10, M1-2-1 균주, VCG B에 속하는 M4-1 균주 그리고 VCG C에 속하는 N1, Y2 균주들이었고, RAPD II그룹에는 VCG B에 속하는 M1-1, M2-2-1, M2-4-2, M3-2, M3-3-2 균주와 VCG D에 속하는 N1 1 균주가 속하였다. 이들 2그룹 간에는 31%의 유사성이 있었다.

• Journal of Forest and Environmental Science
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• 제31권1호
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• pp.68-71
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• 2015

Korean L. leiolepis of the genus Leontopodium could be discriminate from the foreign L. alpinum using random amplified polymorphic DNA (RAPD). Among the 12 URP markers used for the detection, the URP-5 marker and the URP-7 marker detected polymorphic DNA bands, ranging from 400-1000 bp in the size of amplified DNA fragments.

• 생명과학회지
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• 제11권1호
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• pp.65-67
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• 2001

In order to develop a rapid and simple method for testing the purity of radish hybrid seeds using a procedure based on the PCR(Polymerase chain reaction), eighty random primers were screened with the genomic DNA extracted from five day old seedlings of inbred parent lines and their F1 hybrids. Two primers, HRM-02 (5'-GAGACCAGAC-3') and HRM-19(5'-TGAGGCGTGT-3'), generate reproducible unique PCR patterns which can identify each parent lines as well as their hybrids. In actual test of randomly selected hybrid seeds using the two marker primers, the purity tested by one primer was exactly same as that of other primer. It suggests that one marker primer selected in this experiment is enough for the purity test of radish hybrid seeds. We demonstrates the use of RAPD(randomly amplified polymorphic DNAs) markers to identify each of inbred parent lines and hybrids by rapid and simple method.

• 원예과학기술지
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• 제30권1호
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• pp.56-63
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• 2012

Tomato hypocotyl can generally be one of two colors, purple or green. Genetically, this trait is controlled by a single dominant gene. Hypocotyl tissue specific color expression is one of many visible genetic marker sources used to select tomato progeny. However, the visible marker does not show a clear distinction between homozygous genotype and heterozygous genotype from the breeding lines. Therefore, to identify a hypocotyl pigmentation related marker, we screened DNA polymorphisms in thirteen tomato lines showing purple or green hypocotyls. The markers used for screening consisted of primer set information obtained from anthocyanin related genes, conserved ortholog set II (COS II) marker sets localized near anthocyanin related genes, and restriction fragment length polymorphism (RFLP) markers localized near COS II markers, which produce polymorphisms between purple and green tomatoes. One primer from a RFLP fragment resulted in a polymorphism on agarose gel electrophoresis. From the RFLP fragment, a cleaved amplified polymorphic sequence (CAPS) marker was developed to distinguish between purple and green hypocotyls. The genotypes of 135 $F_2$ individuals were analyzed using the CAPS marker, and among them, 132 individuals corresponded to the phenotypes of hypocotyl pigmentation.

• 한국가축번식학회지
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• 제23권4호
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• pp.303-311
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• 1999

본 연구는 정자세포로부터 분리된 genome 내 DNA를 PCR 기법으로 증폭시킨 후 random amplified polymorphic DNA(RAPD) 분석을 통해 무지개송어의 품종 내 유전적 특성과 변이성을 해석하고 품종의 특이 유전적 표지를 개발하기 위해서 수행되었다. 20 종류의 primer를 사용하여 RAPD 양상을 검색한 후 다형현상의 출현빈도와 band 수에 기초하여 이들 중 6개의 primer를 선정하여 이용하였다. 그 중에 4개의 primer는 17개의 RAPD marker를 나타내었고, 그중 primer 당 8개인 48개 (28%)의 band 가 다형성을 보여주었다. 6개의 primer 중 4개는 개체들 사이에 다형성을 나타내는 band를 나타내었다. Bandsharing 의 경우 연어와 비교될 만큼 무지개송어는 3개의 특이적인 DNA marker를 가지고 있었다 (2.3. 2.0 및 1.3kb). 같은 무작위 primer를 이용해서 나타난 개별적인 band는 단일 primer 가 무지개송어의 정자핵 DNA의 경우 적어도 3개의 독립적인 genome 내 다형성을 탐지해 낼 수 있다는 것을 제시하고 있다. 이러한 primer에 의해서 나타난 RAPD 다형성은 개체식별을 위한 유전적 표지인자로서 사용될 수 있는 가능성을 제시하였으며, RAPD-PCR은 많은 어종에서 다형현상을 밝혀내는 기술이라 할 수 있다. 본 연구는 RAPD marker가 풍부하고 재현성이 있으며 RAPD 다형성을 지닌 marker를 사용하여 이러한 중요한 양식대상어종에서 미래의 gene mapping과 MAS 를 위한 기초를 제공해 줄 수 있다. RAPD 다형성은 어류의 품종 분화를 위한 유전적 표지로서 유용한 것으로 결론지을 수 있을 것이다.