• 한국약용작물학회지
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• 제13권2호
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• pp.115-120
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• 2005

Broadening the genetic base of Platycodon grandiflorum DC. cultivar to sustain improvement requires assessment of genetic diversity available in P. grandiflorum DC.. The objective of this study was to analyze the genetic variation, genetic relationship among 48 samples collected from East-Asian Area by means of RAPD-PCR (random amplified polymorphic DNA-polymerase chain reaction) markers. From the 18 primers tested, produced total 211 bands with an average of 11.7 bands per primer and obtained 103 polymorphic band with an average of 5.7 bands per primer,s revealed relatively high percentage of polymorphic bands (48.8%). The genetic similarities calculated from RAPD data varied from 0.688 to 0.994 and were clustered to six major groups on a criterion of 0.78 similarity coefficient. The present study has revealed the significant genetic similarity among the samples tested. The analysis of genetic relationships in P. grandiflorum using RAPD-PCR banding data can be useful for the breed improvement.

• 한국식물병리학회지
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• 제14권2호
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• pp.164-170
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• 1998

This study was carried out to develop DNA probe for specific detection of Erwinia carotovora subsp. carotovora. Universal rice primer (URP, 20 mer) developed from repetitive sequence of rice was applied for producing PCR DNA fingerprints of Erwinis spp. In E. carotovora subsp. carotovora strains, primer URP2F amplyfied polymorphic bands which are distinguisable from other Erwinia spp. A PCR band of 0.6 kb selected from PCr polymorphic bands of E. carotovora subsp. carotovora strains was cloned and evaluated as a diagnostic DNA probe. Among 28 bacterial strains including 22 Erwinia spp, the probe (pECC2F) only hybridized to total DNAs from e. carotovora subsp. carotovora strains and E. carotovora subsp. wasabiae, but sizes of hybridized bands were different between these subspecies, 10.0 kb and 3.5 kb respectively. In dot blot assays using probe pECC2F, as few as 103 colony forming units (CFU) of E. carotovora subsp. carotovora could be detected in a suspension containing about 1$\times$103 CFU of soil bacteria.

• 한국어업기술학회:학술대회논문집
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• 한국어업기술학회 2001년도 춘계 수산관련학회 공동학술대회발표요지집
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• pp.559-560
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• 2001

The objective of the present study was to analyze genetic variation and characteristics in rainbow trout(Oncorhynchus mykiss) using amplified fragment length polymorphism(AFLP) method as molecular genetic technique, to evaluate the usefulness of AFLP as genetic markers, and to compared the efficiency of agarose and polyacrylamide sequencing gels. The amplified products were performed by agarose and sequencing gel electrophoresis to detect AFLP band patterns, respectively. Using 9 primer combinations, total of 141 AFLP bands were produced, 108 bands(82.4％) of which were polymorphic in agarose gels. In sequencing gels, total of 288 bands were generated, and 220 bands (76.4％) were polymorphic. The level of bandsharing(BS) ranged from 0.18 to 0.32 for the 9 primer combinations tested, with a mean of 0.24. Consequently, AFLP markers of these rainbow trout could be used as genetic information such as species identification, genetic relationship or analysis of genome structure, and selection aids for genetic improvement of economically importment traits in fish species.

• 생명과학회지
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• 제24권7호
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• pp.707-712
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• 2014

RAPD마크를 이용한 한국 내 괭이밥속(Oxalis L.) 식물의 유전적 다양성과 표현형 관계를 평가하였다. 10개의 시발체로 125개의 밴드를 얻었으며 시발체당 12.5개였다. 이들 밴드 중 121개(96.8%)는 다형성을 나타내었으며 단지 4개만 단형성을 나타내었다. 6개 분류군에서 RAPD 표현형의 평균은 3.6개(선괭이밥, 괭이밥)에서 4.8개(붉은괭이밥)였다. 종간 변이에서 선괭이밥과 자주괭이밥이 가장 낮은 변이를 나타내었으며(28.8%), 붉은괭이밥이 가장 높은 변이를 나타내었다(38.4%). 분류군 내 대립유전자좌위는 평균 32.7%였다. 종 간 전체 유전적 다양도와 종내 유전적 다양도는 각각 0.362와 0.122였다. 종간 분화에 근거한 전체 변이의 몫($G_{ST}$)은 0.663이였다. 이는 전체 변이의 66.3%는 종간에 있음을 나타낸다. NJ tree에서 선괭이밥과 붉은괭이밥의 분지군은 높은 지지도를 가지며 괭이밥과 자매군을 형성하였다. 염색체의 수와 RAPD의 표현형적 관계와 일치하지 않았다.

• 식물병연구
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• 제13권3호
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• pp.137-144
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• 2007

거봉 포도나무에 혹병을 일으키는 A. vitis 균주간의 DNA 다양성 평가를 하기 위하여 12종류의 URP primer 적용 성을 조사한 결과 URP1F, URP2F, URP2R, URP4R, URP17R primer가 균주 간 DNA 다형성검정에 유용하였다. 국내외에서 분리한 59 A. vitis 균주를 URP-PCR 증폭하였던 바 균주간의 매우 다양한 PCR 다형성 밴드를 형성 하였으며 12 strain type으로 나눌 수 있었으며 거봉포도로부터 분리된 A. vitis 균주는 4 strain type의 비교적 단순한 유전적 다양성으로 나타났으나, 거봉이외의 다른 포도 품종이나 국외에서 도입된 A. vitis 균주는 8 strain type의 많은 유전적 다양성을 보여 거봉품종 유래 국내 균주와는 PCR 다형성 type에 있어 차이점을 보였다. URP-PCR 다형성 밴드를 집괴 분석하여 UPGMA dendrogram을 작성한 결과 7개의 대 Group으로 분류할 수 있었으며, 그룹 간에는 $62{\sim}100$%까지 다양한 유전적 유사성이 나타났다.

• 한국발생생물학회:학술대회논문집
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• 한국발생생물학회 2001년도 후기 제12차 학술대회 논문집
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• pp.34-35
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• 2001

RAPD analysis based on numerous markers have been used to investigate patterns of genetic differentiation ann and within two cultured and wild populations represented by the species crucian carp(Carassius carassius). From RAPD analysis using five primers, a total of 442 polymorphic bands were obtained in two populations and 273 were found to be specific to a wild population. According to RAPD-based estimates, average number of polymorphic bands in wild population was approximately 1.5 times as diverse as that in cultured. The average level of bandsharing values was $0.40 \pm 0.05$ in wild population, but was $0.69 \pm 0.08$ in cultured population, With reference to bandsharing values and banding patterns, wild population was considerably more diverse than cultured population. Knowledge of the genetic diversity of crucian carp should help in formulating more effective strategies for managing this aquacultural fish species.

• 산업식품공학
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• 제21권2호
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• pp.174-179
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• 2017

For preliminary molecular typing, PCR-based fingerprinting using random amplified polymorphic DNA (RAPD) is the method of choice. In this study, 14 bacterial strains were isolated from different Korean food sources, identified using 16S rRNA gene sequencing, and characterized through RAPD-PCR. Two PCR primers (239 and KAY3) generated a total of 130 RAPD bands, 14 distinct PCR profiles, 10 polymorphic bands, one monomorphic band, and four unique bands. Dendrogram-based analysis with primer 239 showed that all 14 strains could be divided into seven clades out of which clade VII had the maximum of seven. In contrast, dendrogram analysis with the primer KAY3 divided the 14 L. citreum strains into four clades out of which clade IV consisted of a maximum of 10 strains out of 14. This research identified and characterized bacterial populations associated with different Korean foods. The proposed RAPD-PCR method, based on sequence amplification, could easily identify and discriminate the lactic acid bacteria species at the strain-specific level and could be used as a highly reliable genomic fingerprinting tool.

• 한국가축번식학회지
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• 제25권4호
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• pp.359-369
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• 2001

황해와 남해산이 각각 50마리씩 총100마리의 조피볼락 (Sebastes schlegeli)의 DNA를 혈액으로부터 추출하여 30개의 무작위 primer를 사용한 RAPD(random amplified polymorphic DNAs)-PCR (polymerase chain reaction) 방법으로 분석하였다 genomic DNA의 독특한 특징들이 그 어종군의 특징을 알아내기 위해서 사용되었다. 30개의 primer 중에서 7개의 primer로 부터 증폭된 전체 산물 (307) 중에서 약 67.4%인 207개의 다형성의 산물 (polymorphic products)이 나타났고, 1개의 primer당 약 2.7개의 다양성의 산물 (polymorphic bands)이 확인되었다. 황해산의 경우 bandsharing analysis를 통해서 볼 때 0.22로부터 0.63까지의 bandsharing value가 확인되었고, 이러한 수치는 0.39$\pm$0.02의 평균값을 나타내었다. 황해산과 남해산 2개체군의 RAPD-PCR산물의 전기영동적 분석을 통해서 볼 때 황해산 조피볼락의 개체들 사이에서 변이가 약간 높게 나타났지만 매우 유사한 특징을 나타내었다. 그러나 일부 개체에서 적은 수이지만 polymorphic bands가 확인되었다. 더 많은 개체군과 다른 연구방법을 통한 연구가 있어야 되겠지만, 이러한 결과는 RAPD 방법을 통하여 2 지역산 조피볼락의 유전적 차이를 어느 정도 확인할 수 있는 가능성을 제시해 주고 있다.

• 한국자원식물학회지
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• 제23권5호
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• pp.458-464
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• 2010

국내외에서 재배되는 12종의 마늘을 수집하여 총 143개의 임의의 primer를 이용하여 RAPD분석을 실시한 결과 55개의 primer로부터 종간에 다형성을 보이는 DNA밴드가 나타났다. RAPD에 의해 다형성을 보인 55개의 primer에서 확인된 총 DNA 밴드 수는 187개였으며, 그 중 128개(68.5%)가 12종의 마늘 지방종간에 다형성을 나타내었다. PCR에서 다형성을 보인 DNA 밴드를 대상으로 집단분석을 실시한 결과 유전적 유사도가 0.71이상에서 3개의 그룹으로 나누어 졌는데, 제1그룹은 의성, 서산, 삼척, 예천-A, 예천-B종, 의성노랑, 정선, 남도, 단양 및 육백종 등으로 대서종을 제외한 한국의 재배종이 모두 포함되었으며, 제2그룹과 제3그룹은 각각 몽골종과 대서종 단독으로 나누어졌다. 종 특이적으로 DNA밴드를 나타내는 primer를 분석한 결과 21개 primer에서 30개의 DNA밴드가 어느 특정의 지방종에만 나타나는 것으로 확인되어, 지방종 마늘 10종을 구분할 수 있는 30개의 RAPD 마커가 확인되었다.

• 한국작물학회지
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• 제44권1호
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• pp.26-31
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• 1999

This experiment was conducted to evaluate genetic variation in 48 rice accessions (Oryza sativa L.) using AFLP and RAPD markers. For AFLP, a total of 928 bands were generated with 11 primer combinations and 327 bands (35.2%) of them were polymorphic among 48 accessions. In RAPD analyses using 22 random primers 145 bands were produced, and 121 (83.4%) were polymorphic among 48 accessions. Each accession revealed a distinct fingerprint by two DNA marker systems. Cluster analysis using AFLP-based genetic similarity tended to classify rice cultivars into different groups corresponding to their varietal types and breeding pedigrees, but not using RAPD-based genetic similarity. The AFLP marker system was more sensitive than RAPD in fingerprinting of rice cultivars with narrow genetic diversity.