• 생명과학회지
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• 제24권7호
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• pp.707-712
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• 2014

RAPD마크를 이용한 한국 내 괭이밥속(Oxalis L.) 식물의 유전적 다양성과 표현형 관계를 평가하였다. 10개의 시발체로 125개의 밴드를 얻었으며 시발체당 12.5개였다. 이들 밴드 중 121개(96.8%)는 다형성을 나타내었으며 단지 4개만 단형성을 나타내었다. 6개 분류군에서 RAPD 표현형의 평균은 3.6개(선괭이밥, 괭이밥)에서 4.8개(붉은괭이밥)였다. 종간 변이에서 선괭이밥과 자주괭이밥이 가장 낮은 변이를 나타내었으며(28.8%), 붉은괭이밥이 가장 높은 변이를 나타내었다(38.4%). 분류군 내 대립유전자좌위는 평균 32.7%였다. 종 간 전체 유전적 다양도와 종내 유전적 다양도는 각각 0.362와 0.122였다. 종간 분화에 근거한 전체 변이의 몫($G_{ST}$)은 0.663이였다. 이는 전체 변이의 66.3%는 종간에 있음을 나타낸다. NJ tree에서 선괭이밥과 붉은괭이밥의 분지군은 높은 지지도를 가지며 괭이밥과 자매군을 형성하였다. 염색체의 수와 RAPD의 표현형적 관계와 일치하지 않았다.

• Journal of Microbiology
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• 제33권3호
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• pp.171-177
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• 1995

Random amplified polymorphic DAN markers were characterized for three taxonomically problematic Penicillium species : P. aurantiogriseum var. Aurantiogriseum, P. verrucosum and P. puberulum, as well as for 25 species of mono, bi-, and terverticillate Penicillia. The relationships among mono, bi-, and terverticillate Penicillium species were determined from these RAPD markers. Eight species from mono-, eight from bi-, and nine from terverticilate Penicillia were examined. With 14 randomly chosen 10-mer primes, a 310 character by 25 species matrix was generated. Phenetic analysis separated the 25 species into three genetically distinct groups that correspond to the different arrangements of penicilli (mono-, bi-, and terverticillate). The results of this study suggest that P. aurantiogriseum var. aurantiogriseum, P. VERRUCOSUM, AND P. puberulum represent genetically distinct species, and that P. vulpinum should be included in terverticilate Penicillia. Phenogram branching patterns indicated that biverticillate species are genetically more similar to monoverticilate species than they are to terverticillate species.

• 식물분류학회지
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• 제43권4호
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• pp.300-311
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• 2013

플라보노이드 분석을 실시한 결과 한반도 아고산지역에 널리 분포하는 것으로 추정되는 당마가목[Sorbus pohuashanensis (Hance) Hedl.]은 중국 내륙에 분포하는 S. wilsoniana, S. amabilis과 동일한 화학형을 보이거나, 혹은 마가목[S. commixta Hedl.]의 화학형이 집단별로 나타나 잡종 가능성이 제기되었다. 따라서, 근연종과 잡종가능성이 제기되는 중국 내륙의 개체들과 당마가목과 마가목 분포지인 한중일의 721개 개체의 19개 형질에 대한 다변량분석을 시도하여 분류군의 형태적 분화와 형질에 대한 분석을 시도하였다. 정량적 형질에 대한 단변량과 다변량분석에서 마가목분류군 전체 종간에 뚜렷하게 구분할 수 있는 식별형질은 찾지 못한 반면, 정성형질인 동아의 색, 동아와 잎 뒷면의 털의 색깔 및 유무, 탁엽의 모양의 차이와 심피의 모양에서 종간 식별 형질을 확인하였다. 형태 분석과 플라보이드 연구 결과, 한반도에 분포하는 한반도당마가목은 중국동북 3성과 극동러시아의 당마가목(S. pohuashanensis)과는 전혀 다른 화학형으로서, 중국 내륙에 분포하는 S. wilsoniana와 마가목과의 과거 잡종이입에 의한 분류군으로 판단된다. 한반도에 분포하는 추정 교잡종인 당마가목은 정량적, 정성적으로 마가목과 형태적으로 별다른 차이점을 확인할 수 없어, 역사적 종의 개념(historical species concept)에 의한 신 잡종기재보다는 전형질적 종의 개념(phenetic species concept)에 근거하여 마가목과 동일종으로 보는 것이 타당하여 마가목의 이명으로 처리하였다.

• 한국작물학회지
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• 제55권4호
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• pp.319-326
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• 2010

Safflower (Carthamus tinctorius L.) is a herb primarily distributed throughout in the world. We have used the inter-simple sequence repeats (ISSR) technique to investigate the phylogenetic relationships and genetic diversity of C. tinctorius. Of all germplasms, 88.7% were polymorphic among all germplasms. Mean genetic diversity within germplasms was very low (0.048). The Turkey germplasm had the highest expected diversity (0.082) and Australia germplasm was the lowest (0.020). These values indicate that most of the genetic diversity of safflower is found among germplasms and there is a high among-germplasm differentiation. We found eight phenetic bands for determining the specific marker of germplasm with SCAR markers. The regions of the Mediterranean Sea and India may be the most probable candidates for the origin of safflower. The tree showed four major clades: (1) European germplasms, (2) Azerbaijan, Egypt, and Ethiopia, (3) Australia, and (4) America.

• 한국동물학회지
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• 제24권2호
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• pp.91-98
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• 1981

Deer mice, Peromyscus maniculatus, 의 성체 571마리의 30개 morphometric 형질들을 이용한 cluster analyses에서 두가지의 similarity 행렬식 (Average taxonomic distance와 Correlation coefficient 행렬식)을 이용한 dendrogram이 서로 다르다는 것이 확인되었다. 이들 두가지의 행렬식 중에서 taxarks의 형태적인 유연관계를 나타내는 하나의 dendrogram만을 선택하기 위한 한 객관적방법이 제안되었다. 즉 principal component analysis에 의한 결과를 비교할 표준결과로 이용하는 방법이다.

• 생명과학회지
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• 제24권6호
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• pp.612-617
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• 2014

한국 내 물쇠뜨기 여섯 개 자연 집단의 표현형적 유연 관계를 RAPD 마커에 근거하여 집단수준에서 조사하였다. 또한 RAPD로 물쇠뜨기 집단의 유전적 다양성과 집단구조를 분석하였다. 물쇠뜨기는 평균 26.7%의 유전적 다형성을 나타내었다. 물쇠뜨기는 대립유전자좌위당 적은 수의 좌위(1.267)와 유효한 유전자좌위(1.176)를 나타내었다. 물쇠뜨기의 유전적 다양도(H)는 0.102로 유사한 생활사를 가진 다른 종에 비해 낮았다. 전체 유전적 다양도($H_T$)는 0.112(OPD-07)에서 0.445(OPD-16)까지였으며 평균은 0.141이었다. 전체 유전적 다양도에서 집단 내 다양도($H_S$)는 0.102로 낮았다. 이런 낮은 물쇠뜨기의 다양도는 무성적 생식, 작은 집단 크기, 집단화 과정 등으로 설명될 수 있었다. 유전자좌위에 근거한 집단간 분화를 나타내는 다양도는 비율은 OPD-07의 0.129에서 OPD-09에 0.455로 평균은 0.277이었다. 전체 유전적 변이에서 집단간 변이는 27.7%였으며 나머지 변이의 72.3%는 집단 내에 있었다. 본 결과는 물쇠뜨기의 분류학적 연구 및 집단유전학에 기여할 수 있을 것이다.

• 한국산림과학회지
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• 제87권2호
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• pp.153-163
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• 1998

사시나무속(屬)(Genus Populus) Leuce절 수종중 우리나라에 식재되어 있는 사시나무, 수원사시나무, 은백양, 은사시나무와 인공교배종 수개 클론에 대한 분자유선학적 유연관계를 RAPD PCR 방법을 이용하여 구명하였다. 88개의 arbitrary primer중 재현성과 다형성을 기준으로 선발하고, 유연관계분석을 위하여 22개의 primer에서 181개의 RAPD marker를 이용하였다. 유연관계를 위한 조사는 5개 수종, 14개 클론 몇 천연집단의 개체목에 대하여 181개의 다형성 RAPD marker를 가지고, UPGMA와 Neighbor-joining 방법으로 유연관계도를 구했다. 방법을 달리하여 그런 유연관계도에서 각각의 분지에서의 차이는 현 사시 클론간에 미미한 위치변화만 있을 뿐 전체적인 계통수에는 변화가 없었다. 유연관계도에서 수원사시나무는 은백양과 같은 분지군을 형성하였고, 주성분분석에서는 사시나무와 같은 계열을 이루고 있어서 수원사시나무는 이 들 두 종의 1대 교잡종으로 추정되며, 은사시나무는 자연교잡종과 인공교배종이 동일한 유전적 배경을 갖는 것으로 나다났다.

• Journal of Microbiology
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• 제38권3호
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• pp.137-144
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• 2000

The genetic relationship of six Lactobacillus strains and five laboratory isolated form fermented milk were determined by a random amplified polymorphic DNA(RAPD)-Polymease chan reaction (PCR) method. With 42 random primers. the result were analyzed by using the NTSYS-PC software for phenetic analysis. it revealed that all tested bacteria were divided into three distinct clusters. The clusters implied three subgenuses existed for the genus Lactobacillus, which were previously proposed by Rogosa and Sharpe. From the results, it was also possible to determine that the isolated Lactobacillus strains from fermented milk were grouped into L. acidophilus or L. bulgaricus. Interestingly. the three tested L. casei strains were divided into different clusters implying different subgenuses, i.e., Thermobacterium (L. casei YIT 9018) and Streptobacterium(L. casei CHR. Hansen and L.casei ATCC 4646). According to the distance matrix generated by an UPGMA program, the isolated bacteria LT01 and LT02 were determined as a subspecies of L. bulgaricus. The HK01, HK02 and HK03 were very closely related to either L. acidophilus or L. case YIT 9018. Hence, RAPD-PCR appears to be a very practical method to determine the genetic relationships of the Lactobacillus species and to characterize the unknown Lactobacillus strains at the subspecies level.

• 생명과학회지
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• 제16권5호
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• pp.740-745
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• 2006

ISSR 마크로 한국내 자생하는 음나무속 4분류군(음나무, 가시없는 음나무, 털음나무, 가는잎음나무)에 대해 유전적 다양성과 계통관계를 조사하였다. 64개의 재현성 높은 ISSR 밴드가 생성되었다. 음나무속의 각 개체별 분석에서 41개 밴드(64.1%)가 다형성을 나타내었다. 네 분류군을 통합하였을 때 그룹내 다양도는 0.115였고 그룹간 다양도는 0.467이였다. 종내 유전자 흐름(Nm)의 측정결과 음나무의 Nm값은 털음나무, 가는잎음나무에 비해 낮았다. 이는 지리적 거리에 따른 생식적 격리가 이 종의 집단구조를 형성하고 있다고 판단된다. 계통도 분석에서 ISSR 마크로 속수준의 네 분류군뿐만 아니라 집단까지도 잘 분리되어 본 연구에 사용한 마크가 분류에 효과적임이 규명되었다.

• 원예과학기술지
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• 제35권1호
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• pp.108-120
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• 2017

Modern watermelon cultivars (Citrullus lanatus [Thunb.] Matsum.& Nakai var. lanatus) have fruits with diverse phenotypes, including fruit shape, rind patterns, and flesh color. Molecular markers enable efficient selection of plants harboring desirable phenotypes. In the present study, publicly available DNA markers tightly linked to fruit shape, rind stripe pattern, and flesh color were evaluated using 85 watermelon accessions with diverse fruit phenotypes. For fruit shape, the dCAPS SUN - Cla011257 marker revealed an 81% of marker - trait match for accessions with elongated or round fruits. For rind stripe pattern, the SCAR wsb6-11marker was effective for selecting Jubilee-type rind pattern from other rind patterns. For flesh color, the Clcyb.600 and Lcyb markers derived from a mutation in the Lycopene ${\beta}$ - cyclase (Lcyb) gene, were effective at selecting red or yellow flesh. Forty-eight accessions possessing diverse fruit - related traits were selected as a reference array and their genetic relationships assessed using 16 SSR markers. At a coefficient of 0.11, the 48 accessions grouped into two major clades: Clade I and Clade II. Clade I subdivided further into subclades I - 1 and I - 2 at a coefficient of 0.39. All accessions with colored flesh were classified into Clade I, whereas those with white - flesh were classified into Clade II. Differences in fruit traits between subclades I - 1 and I - 2 were observed for rind pattern and fruit color; a majority of the accessions with Crimson-type striped or non-striped rind were grouped together in subclade I - 1, while most accessions in subclade I - 2 had a Jubilee - type rind stripe pattern. These results imply that reference array watermelon accessions possess distinguishable genetic structure based on rind stripe pattern. However, no significant grouping pattern was observed based on other fruit-related traits.