• 제목/요약/키워드: ori

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오리방풀로부터 분리된 ORI2의 췌장염 유발 콕사키바이러스B4 증식억제 (ORI2 is a Strong Inhibitor of Coxsackievirus B4 Replication)

  • 임병관;조소연;김진희
    • 생약학회지
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    • 제45권4호
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    • pp.282-287
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    • 2014
  • The ORI2 (3-[3,4-dihydroxyphenyl]acrylic acid 1-[3,4-dihydroxyphenyl]-2-methoxycarbonylethyl ester) was purified from the extract of Isodon excisus. We confirmed the antiviral effect of ORI2 in a coxsackievirus-induced pancreatitis model. Coxsackievirus B4 (CVB4) is a common cause of pancreatitis and may be reason of the type-1 diabetes. Anti-enteroviral compounds were screened by HeLa cell survival assay. Purified natural compounds were added to HeLa cells cultured 96-well plates after $10^4PFU/ml$ CVB4 pre-incubation for 30 min. ORI2 significantly improved HeLa cell survival in a dose-dependent manner. In addition, ORI2 (1 mM) treatment was dramatically decreased virus protease 2A induced eIF4G-I cleavage and viral VP1 capsid protein production. HeLa cell virus titers and viral RNA replication were significantly decreased in ORI2-treatment in a dose dependent manner (1 mM~0.001 mM). These results demonstrate that ORI2 has a strong antiviral effect. It was significantly decreased virus replication. ORI2 may be developed as a potential therapeutic agent for CVB4.

Staphylococcus aureus DH1에서 분리한 R-plasmid pSBK203상의 복제개시 부위 ori에 관한 연구 (Replication origin (ori) of R-plasmid pSBK203 Isolated from Staphylococcus aureus DHI)

  • 민경일;변우현
    • 미생물학회지
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    • 제32권3호
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    • pp.186-191
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    • 1994
  • Staphylococcus aureus로부터 분리한 R-plasmid pSBK203의 복제개시 단백질인 Rep의 작용부위인 ori 및 dsDNA로의 전환을 위해 요구되는 minus origin부위를 밝히고자 시도하였다. Escherichia coli vecotr를 이용하여 pSBK203의 복제관련 부위를 최소한도로 포함하는 재조합 E.coli-Bacillus subtilis shuttle vector를 구성, 분리하고 여기에 포함된 pSBK203부위의 염기 서열을 분석함으로써 ori를 확인하였다. pSBK203의 복제개시 부위 ori는 rep의 구조 유전자 ORF내에서 약 50bp의 크기로 발견되었으며 지금까지 알려진 staphylococcal plasmid들중에서 pT181족 plasmid들의 ori와 높은 상동성을 갖는 것으로 분석되었다. 복제 과정에서 ssDNA로 먼저 만들어진 (+)쇄가 dsDNA로 전환되기 위해 필요한 신호로 작용하는 것으로 알려저 있는 minus origin (M-O)인 긴 palindrome 구조, 즉 pal 부위가 rep 우전자의 상류에서 2개 연이어 존재하는 것이 발견되었다. 이중에서 pOX6, pC194, 및 pE194 등과 같은 다른 staphylococcal plasmid들의 pal 부위와 비교적 높은 상동성을 갖는 paLA 는 plasmid 유지에 별 영향을 미치지 못하는 반면 다른 plasmid에서 유사 서열이 보고되지 않은 palA는 plasmid 유지에 필수적이라는 사실이 밝혀졌다.

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Replication origins oriGNAI3 and oriB of the mammalian AMPD2 locus nested in a region of straight DNA flanked by intrinsically bent DNA sites

  • Balani, Valerio Americo;De Lima Neto, Quirino Alves;Takeda, Karen Izumi;Gimenes, Fabricia;Fiorini, Adriana;Debatisse, Michelle;Fernandez, Maria Aparecida
    • BMB Reports
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    • 제43권11호
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    • pp.744-749
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    • 2010
  • The aim of this work was to determine whether intrinsically bent DNA sites are present at, or close to, the mammalian replication origins oriGNAI3 and oriB in the Chinese hamster AMPD2 locus. Using an electrophoretic mobility shift assay and in silico analysis, we located four intrinsically bent DNA sites (b1 to b4) in a fragment that contains the oriGNAI3 and one site (b5) proximal to oriB. The helical parameters show that each bent DNA site is curved in a left-handed superhelical writhe. A 2D projection of 3D fragment trajectories revealed that oriGNAI3 is located in a relatively straight segment flanked by bent sites b1 and b2, which map in previously identified Scaffold/Matrix Attachment Region. Sites b3 and b4 are located approximately 2 kb downstream and force the fragment into a strong closed loop structure. The b5 site is also located in an S/MAR that is found just downstream of oriB.

민간약 오리나무의 생약학적 연구 (Pharmacognostical Studies on the Korean Folk Medicine "ORiNaMu")

  • 이창훈;김성룡;배지영;박종희
    • 생약학회지
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    • 제42권3호
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    • pp.209-212
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    • 2011
  • Korean folk medicine 'ORiNaMu' has been used mainly to cure toothache and alcoholism. With regard to the botanical origin of 'ORiNaMu', it has been considered to designate the branch of Alnus species (Betulaceae), but there was no pharmacognostical confirmation on it. To clarify the botanical origin of 'ORiNaMu', the anatomical characteristics of the branch of Alnus firma, A. hirsuta, A. japonica and A. maximowiczii were studied. As a result, it was found the morphological criteria for the four Alnus species that could discriminate them the number of cork cell layer, fiber, stone cell and diameter of vessel. According to there criteria, it was clarified that the commercial folk medicine 'ORiNaMu' was the branch of Alnus firma.

중서부태평양해역 다랑어어업의 생태계기반 어업 위험도 평가 (Evaluation of Korean distant water tuna fisheries in the Western and Central Pacific Ocean using ecosystem-based fishery risk assessment)

  • 권유정;임정현;이미경;이성일
    • 수산해양기술연구
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    • 제56권4호
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    • pp.299-315
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    • 2020
  • Tuna fisheries were applied to an integrated ecosystem-based fishery risk assessment method using indexes of target species status, inhabited species in a target ecosystem, habitat quality and socio-economic benefit of affected fisheries. This study suggested more effective and efficient management measures to break away from traditional management methods, such as limitation of catch and fishing effort. The results presented that the objective risk index (ORIS) on sustainability of bigeye and yellowfin tunas by purse seine fishery was estimated high due to the high catch ratio of small fishes. The ORIs of biodiversity (ORIB) and habitat quality (ORIH) of purse seine fishery were also estimated at a high level from using fish-aggregating devices (FAD). However, due to skipjack tuna's high catches, the ORI of socio-economic benefit (ORIE) was estimated at a very low level. Due to the high bycatch rate, ORIB was high, and ORIS and ORIH were evaluated at a low level in longline fishery. Due to strengthern of fishing restrictions and increase of fishing costs, the ORIE was assessed to be very high. The ecosystem risk index (ERI) for two tuna fisheries was assessed low, but the overall FAD management by purse seine fishery is necessary at the ecosystem level.

The Bacteriophage λ DNA Replication Protein P Inhibits the oriC DNA- and ATP-binding Functions of the DNA Replication Initiator Protein DnaA of Escherichia coli

  • Datta, Indrani;Sau, Subrata;Sil, Alok Kumar;Mandal, Mitai C.
    • BMB Reports
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    • 제38권1호
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    • pp.97-103
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    • 2005
  • Under the condition of expression of $\lambda$ P protein at lethal level, the oriC DNA-binding activity is significantly affected in wild-type E. coli but not in the rpl mutant. In purified system, the $\lambda$ P protein inhibits the binding of both oriC DNA and ATP to the wild-type DnaA protein but not to the rpl DnaA protein. We conclude that the $\lambda$ P protein inhibits the binding of oriC DNA and ATP to the wild-type DnaA protein, which causes the inhibition of host DNA synthesis initiation that ultimately leads to bacterial death. A possible beneficial effect of this interaction of $\lambda$ P protein with E. coli DNA initiator protein DnaA for phage DNA replication has been proposed.

삼중성계 FZ Ori의 측광학적 해와 광시간 모형

  • 김동빈;송미화;정민지;김천휘
    • 천문학회보
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    • 제37권2호
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    • pp.144.2-144.2
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    • 2012
  • 접촉 식쌍성 FZ Ori를 CCD 측광 관측하여 BVRI 광도곡선을 얻고, 12개의 새로운 극심시각을 결정하였다. 먼저 우리가 구한 극심시각들을 포함한 총 218개의 극심시각 자료를 이용하여 FZ Ori의 공전주기 변화를 분석하였다. 그 결과 지난 80년 동안 FZ Ori의 공전주기가 영년 증가하면서 동시에 40~50년 주기로 변화하고 있음을 발견하였다. 우리는 주기적 변화가 제3천체에 의한 광시간 효과로 나타난다고 가정하고 몬테카를로 기법을 이용하여 $X^2_r$인 자 공간에서 최적의 광시간 해를 탐색하였다. 또 이 방법으로 구한 광시간 궤도요소를 궤도 수치적분 프로그램(MERCURY, S34BODY)에 적용하여 질점으로 이루어진 가상의 삼중성계에서 나타나는 광시간 효과를 천체역학적으로 구현하여 보았다. 한편 FZ Ori의 4색 광도곡선을 가장 최근에 개정된 2010 Wilson-Devinney 프로그램에 적용하여 측광학적 해를 구하였다. 기본 시스템 인자 외에 차가운 흑점과 뜨거운 흑점, 그리고 제3광도의 세 요인들을 조합하여 구한 14개의 해 중에서 주성과 반성의 표면에 각각 차가운 흑점과 뜨거운 흑점이 있으면서 제3광도가 검출된 해가 우리의 관측과 가장 잘 맞았다. 그러나 이렇게 구한 제3광도는 광시간 모형으로부터 예측되는 제3천체의 광도에 크게 못 미친다. 추후 분광 관측을 비롯한 다양한 방법을 동원한다면 FZ Ori에 대한 보다 완전한 모형을 얻을 수 있을 것이다.

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Identification of Hemimethylcted DNA Binding Activity in the seqA Mutant

  • Lee, Ho;Kang, Suk-Hyun;Yim, Jeong-Bin;Hwang, Deog-Su
    • Animal cells and systems
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    • 제2권3호
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    • pp.351-353
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    • 1998
  • A 245 bp segment of E. coli chromosomal replication origin, oriC, contains 11 repeats of the GATC sequence in which adenine is methylated by Dam methylase. Newly replicated oriC is hemimethylated. The parental strand of the newly replicated oriC is methylated, but the nascent strand is not yet methylated until methylated by Dam methylase. The hemimethylated oriC plays an important role in the regulation of chromosomal replication. Activity in the seqA mutant was identified to bind preferentially to hemimethylated DNA, but not to fully-methylated DNA. This activity may participate in the sequestration of initiation of chromosomal replication.

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ORI 표준화 동향 (Standardization Trends in Open Radio Equipment Interface)

  • 조권도;이광천;안동현;권동승
    • 전자통신동향분석
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    • 제28권3호
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    • pp.106-114
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    • 2013
  • 과거 이동통신용 기지국은 기저대역 처리부와 안테나를 포함하는 RF부가 일체형으로 제작되었으나, 4세대 이동통신에서는 기술/경제적인 이유로 BBU(Base Band Unit)와 RRH(Remote Radio Head)로 분리하여 구성되는 분산형 기지국 구조를 택하는 추세이다. BBU와 RRH 간 인터페이스로 널리 사용되어온 OBSAI, CPRI외에 2010년 ORI가 출현하여 표준화가 한창이다. ORI는 시장에서 널리 사용되는 CPRI(Common Public Radio Interface)의 Vendor Specific 부분으로 인해 제조사간 호환성이 보장되기 어려운 문제를 보완하기 위하여 탄생한 인터페이스 규격으로써, CPRI를 기반으로 하면서 표준으로써의 완성도를 높인 표준이라 할 수 있다. 또한 관련 표준으로는 유일하게 IQ 데이터 압축알고리즘의 표준화를 고려하고 있다. 본고에서는 ORI의 표준화 현황과 기술적인 이슈를 소개하고, 국내의 대응 현황을 알아본다.

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R-plasmid pSBK203의 ori 부위 재조합 및 이를 이용한 E.coli와 B.subtilis 간의 Shuttle-Vector 구성 (Cloning of ori region of R-plasmid pSBK203 and construction of new shuttle-vectors for E. coli & B. subtilis using cloned fragments)

  • 권동현;석종성;변우현
    • 미생물학회지
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    • 제25권4호
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    • pp.262-273
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    • 1987
  • pBR 322와 pBD9을 이용하여 Staphylococcus aureus에서 분리된 chloramphenicol 저항성(Cmr) plasmid인 pSBK 203상의 ori 부위를 cloning하였다. 또한 E. coli 내에서도 발현하는 pSBK 203상의 Cm 저항성 부위 및 cloning 된 ori 부위를 pBR 322에 재조합시켜 E. coli와 그람양성균인 Bacillus subtilis 양쪽 모두에서 복제되고 또 항생물질에 대한 저항성도 각각 발현되는 shuttle vector 구성을 시도하였다.

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