• Journal of Periodontal and Implant Science
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• 제39권1호
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• pp.45-52
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• 2009

Purpose: Fibronectin(FN), one of the major components of ECM, mediates wide variety of cellular interactions including cell adhesion, migration, proliferation and differentiation. In this study, we used synthetic peptides based on fibrin binding sites of amino-terminal of FN and evaluated their biologic effects on periodontal ligament(PDL) cells. Materials and methods: PDL cells were cultured on synthetic oligopeptides coated dishes and examined for cell adhesion, proliferation via confocal microscope. For detection of ERK1/2, cells were plated and Western blot analysis was performed. Results: PDL cells on synthetic oligopeptide coated dishes showed enhanced cell adhesion and proliferation. Western blot analysis revealed increased level of ERK1/2 phosphorylation in cells plated on FN fragment containing fibrin-binding domain(FF1 and FF5) coated dishes. Conclusion: These results reveals that FN fragment containing fibrin-binding domain possess an enhanced biologic effect of PDL ligament cells.

• Journal of Plant Biotechnology
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• 제37권4호
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• pp.483-493
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• 2010

Knock-out of a gene by insertional mutagenesis is a direct way to address its function through the mutant phenotype. Among ca. 15,000 gene-trapped Ds insertion lines of rice, we identified one line from selected sensitive lines in highly salt stress. We conducted gene tagging by TAIL-PCR, and DNA gel blot analysis from salt sensitive mutant. A gene encoding an oligopeptide transporter (OPT family) homologue was disrupted by the insertion of a Ds transposon into the OsOPT10 gene that was located shot arm of chromosome 8. The OsOPT10 gene (NP_001062118.) has 6 exons and encodes a protein (752 aa) containing the OPT family domain. RT-PCR analysis showed that the expression of OsOPT10 gene was rapidly and strongly induced by stresses such as high-salinity (250 mM), osmotic, drought, $100\;{\mu}M$ ABA. The subcellular localization assay indicated that OsOPT10 was localized specifically in the plasma membrane. Overexpression of OsOPT10 in Arabidopsis thaliana and rice conferred tolerance of transgenic plants to salt stress. Further we found expression levels of some stress related genes were inhibited in OsOPT10 transgenic plants. These results suggested that OsOPT10 might play crucial but differential roles in plant responses to various abiotic stresses.

• 대한화학회지
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• 제38권10호
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• pp.710-718
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• 1994

본 연구에서는 ${\alpha}$-aminoisobutyric acid (Aib)와 alanine (Ala)이 교대로 결합된 올리고펩티드(Buo-(Ala-Aib)$_n$-oMe:여기서 Buo는 t-butoxy를 oMe는 methoxy를 의미한다)의 구조적인 전이현상을 적절하게 설명할 수 있는 통계 열역학적인 이론을 제시하고자 한다. Poly $\alpha-aminoisobutyric$ acid는 $3_{10}$ 나선 구조를 가지며 polyalanine은 $\alpha$ 나선구조를 가진다. 올리고펩티드(Buo-(Ala-Aib)$_n$-oMe)의 사슬 길이를 N = 4(N = 2n)에서부터 증가시킬 때, $3_{10}$ 나선구조에서 $\alpha$ 나선구조로의 전이는 사슬길이가 N = 8일 때 일어난다. 올리고 펩티드는 수용액에서 코일 구조로만 있으나, 유기용매(예를 들면, $CD_3$CN)에서는 여러가지 구조가 있을 수 있기 때문에, 코일구조만으로 된 것, 코일과 $3_{10}$ 나선구조로 된 것, 코일과 $\alpha$ 나선구조로 된 것을 zipper 모형을 사용하여 전이현상을 설명하였다. Zimm-Bragg변수인 $\alpha$와 $\xi$는 실험적인 값에 의거하였다. 각각 그 값은 $\sigma_T$ = 0.00011이고, ${\sigma}_T$ = 0.0060이며, $\xi_A$ = 10.1, $\xi_T$ = 3.90이 된다(첨자 A와 T는 각각 $\alpha$ 나선, $3_{10}$을 의미한다.) 일반적으로 사슬 전체길이를 N이라 하면 $\alpha$ 나선내에서의 나선내 수소 결합수는 N-2, N-3, N-4, ${\cdots}$, 3, 2, 1등이 있을 수 있으며, $3_{10}$ 나선에서는 N-1, N-2, N-3, N-4, ${\cdots}$, 3, 2, 1등이 있을 수 있다. 그러나 $\xi_A$와 $\xi_T$가 1보다 큰 값을 가지기 때문에, 긴 나선으로 된 사슬로 존재하는 것이 상대적으로 많다.

• 대한치주과학회:학술대회논문집
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• 대한치주과학회 2005년도 제45회 종합학술대회 연제초록
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• pp.154-155
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• 2005

• 한국응용약물학회:학술대회논문집
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• 한국응용약물학회 1994년도 춘계학술대회 and 제3회 신약개발 연구발표회
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• pp.220-220
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• 1994

출발물질로 L-tyrosine을 사용하여 요오드화, 에스테르화, N-BOC 및 0-Bn보호기화 및 N 탈보호기화를 행하여 5단계에 걸쳐 41%의 수율로 methyl 0-Bn-3-iodotyrosinate를 합성하였다. 또한 Ullmann coupling의 반응성 향상을 위해 5위치에 nilro기가 도입된 methyl 0-Bn-3-iodo-5-nitrotyrosinate를 좋은 수율로 합성하였다. 이들에 N-BOC-tyrosine을 결합시켜 대응하는 dipeptide를44% 및 39%의 수율로 각각 얻었다. 일단 dipeptide에 대해 Ullmann coupling을 행하였으나 원하는 cyclic product는 얻을수 없었다. 전년도에 이어 methyl N-BOC-0-Bn-3-hydroxytyrosinate를 합성하였다. 이로 부터 4-iodobenzaldehyde에 Ullmann coupling을 행하여 원하는 페놀성 biaryl ether를 합성하고자 하였다. 또한 $\beta$-hydroxyhomoserine의 합성을 위해 출발물질로 cis-1,4-buterdiol을 사용하여 12단계의 합성반응을 행하여 좋은수율로 원하는 화합물을 합성하였다.

• 대한치주과학회:학술대회논문집
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• 대한치주과학회 2006년도 제46회 종합학술대회 연제초록
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• pp.116-117
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• 2006

• Bulletin of the Korean Chemical Society
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• 제22권11호
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• pp.1236-1242
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• 2001

(3S,1'S)-3-(1'-Carboxy-2'-phenyl)ethylamino-2-oxetanone (1a) and (3R,1'S)-3-(1'-carboxy-2'-phenyl)ethylamino-2-oxetanone (1b) were designed, synthesized, and evaluated as inhibitors for carboxypeptidase A, a prototypical zinc protease that removes the C-terminal amino acid having an aromatic side chain from oligopeptide substrate. It was concluded from the analysis of inhibition kinetics that while 1a inactivates CPA irreversibly, its diastereoisomer, 1b is a weak competitive inhibitor for CPA. A possible explanation for the observed difference in inhibition mode that is dependent on the inhibitor stereochemistry is offered.

• 공업화학
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• 제33권4호
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• pp.425-430
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• 2022

L-alanine (LA, as an amino acid residue) pentamer model was used to investigate changes in the dihedral angle, intramolecular hydrogen bonding and formation energies during structural optimization. LA pentamers having four conformation types [𝛽: 𝜑/𝜓=t-/t+, 𝛼: 𝜑/𝜓=g-/g-, PP_II: 𝜑/𝜓=g-/t+ and P-like: 𝜑/𝜓= g-/g+] were carried out by quantum chemical calculations (QCC) [B3LYP/6-31G(d,p)]. In LA, 𝛽, 𝛼, and P-like types did not change by optimization, having an intra-molecular hydrogen bond: NH⋯OC (H-bond), and PP_II types in the absence of H-bond were transformed into P-like at the designated 𝜓 of 140°, and to 𝛽 at that of 160° or 175°. P-like and 𝛼 were about 0.5 kcal/mol/mu more stable than 𝛽. In order to understand the processes of the transformations, the changes of 𝜑/𝜓, distances of NH-OC (d_NH/CO) and formation energies (𝜟E, kcal/mol/mu) were examined.

• International Journal of Advanced Culture Technology
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• 제11권2호
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• pp.323-329
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• 2023

In this study, Proline pentamer model was used to investigate change in the dihedral angle, intramolecular hydrogen bonding and formation energies during structural optimization. L-Proline (LP, as an imino acid residue) pentamers having four conformation types [β: φ/ψ=t−/t+, α: φ/ψ=g−/g−, PP_II: φ/ψ=g−/t+ and Plike: φ/ψ= g−/g+] were carried out by QCC [B3LYP/6-31G(d,p)]. The optimized structure and formation energy were examined for designated structure. In LP, P-like and PP_II types did not change by optimization, and β types were transformed into PP_II having no H-bond independently of the designated ψ values. PP_II was more stable than P-like by about 2.2 kcal/mol/mu. The hydrogen bond distances of d2(4-6) type H-bonds were 1.94 - 2.00Å. In order to understand the processes of the transformations, the changes of φ/ψ, distances of NH-OC (d_NH/CO) and formation energies (ΔE, kcal/mol/mu) were examined.

• 한국식품영양과학회지
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• 제35권5호
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• pp.588-593
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• 2006

방사선조사를 이용하여 돈피유래 올리고펩타이드를 제조하고자 하였다. 생박돈피를 chopper를 이용하여 조분쇄한 후 $-20^{\circ}C$ 아세톤으로 탈지하였고, $\gamma$-ray irradiator를 이용하여 0, 20, 40, 50, 100, 150, 200, 250, 300 kGy의 총 흡수선량을 얻도록 탈지돈피에 방사선조사를 하였다. 탈지돈피의 pH는 150 kGy이상에서 소폭 증가하였고, SDS-PAGE에서 방사선조사선량이 증가할수록 분자량 24 kDa이하의 저분자 물질이 점차 증가하였고, 효소처리를 병행했을 때 $\alpha$- 및 $\beta$-나선구조의 100 kDa 및 200 kDa의 콜라겐 밴드가 소실되는 반면에 24 kDa의 밴드가 형성되고 있으며, 방사선 조사선량이 증가할수록 10% SDS-polyacrylamide gel 하단에 콜라겐 분해 물질로 예상되는 저분자 물질이 축적되는 현상을 보였다. 방사선조사선량에 따른 수용성 단백질의 용해도, 점도 및 탁도를 측정한 결과 방사선조사선량이 증가할수록 용해도가 증가하고 점도 및 탁도가 감소하는 현상을 보였고, 방사선을 조사한 돈피에 papain 1%를 첨가하여 수용성 단백질을 추출한 경우 비 효소처리구에 비하여 점도가 낮아지는 현상을 보여 돈피 단백질이 papain에 일정수준 가수분해되고 있음을 알 수 있었다. 300 kGy로 방사선을 조사한 돈피 가수분해물을 gel permeation chromatography한 결과 분자량 9,000, 2100, 860, 170 Da의 분획물을 확인하였다. 이상의 결과는 환경오염 문제를 최소화하고 제조공정을 단순화하여 경제성 있는 콜라겐 유래 기능성 올리고펩타이드를 제조함에 있어 방사선조사기술(RT: Radiation Technology)이 고분자물질의 저분자화에 직접 이용될 수 있는 기술로 실용화되어 환경오염을 최소화할 수 있는 대체기술로 가능할 것으로 생각된다.