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RNA-seq을 이용한 참당귀의 전사체 분석과 꽃 색 관련 유전자 분석 (Transcriptome and Flower Color Related Gene Analysis in Angelica gigas Nakai Using RNA-Seq)

  • 김남수;정대희;박홍우;박윤미;전권석;김만조
    • 한국자원식물학회:학술대회논문집
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    • 한국자원식물학회 2019년도 추계학술대회
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    • pp.73-73
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    • 2019
  • Angelica gigas Nakai (Korean danggui), a member of the Umbelliferae family, is a Korean traditional medicinal plant whose roots have been used for treating gynecological diseases. Transcriptomics is the study of the transcriptome, which is the complete set of RNA transcripts that are produced by the genome, using high-throughput methods, such as microarray analysis. In this study, transcriptome analysis of A.gigas Nakai was carried out. Transcriptome sequencing and assembly was carried out by using Illumina Hiseq 2500, Velvet and Oases. A total of 109,591,555 clean reads of A. gigas Nakai was obtained after trimming adaptors. The obtained reads were assembled with an average length of 1,154 bp, a maximum length of 13,166 bp, a minimum length of 200 pb, and N50 of 1,635 bp. Functional annotation and classification was performed using NCBI NR, InterprotScan, KOG, KEGG and GO. Candidate genes for phenylpropanoid biosynthesis were obtanied from A.gigas transcriptome and the genes and its proteins were confirmed through the NCBI homology BLAST searches, revealing high identity with other othologous genes and proteins from various plants pecies. In RNA sequencing analysis using an Illumina Next-Seq2500 sequencer, we identified a total 94,930 transcripts and annotated 71,281 transcripts, which provide basic information for further research in A.gigas Nakai. Our transcriptome data reveal that several differentially expressed genes related to flower color in A.gigas Nakai. The results of this research provide comprehensive information on the A.gigas Nakai genome and enhance our understanding of the flower color related gene pathways in this plant.

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황기의 볶음 조건에 따른 성분 및 자외선 광보호 활성 변화 (Changes in the constituents and UV-photoprotective activity of Astragalus membranaceus caused by roasting)

  • 박정용;이지연;김형돈;장귀영;서경혜
    • Journal of Nutrition and Health
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    • 제52권5호
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    • pp.413-421
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    • 2019
  • 본 연구는 황기의 최적의 볶음 공정을 하였을 때 항산화 활성의 변화를 확인하기 위해 DPPH, ABTS radical scavenging assay, 총 폴리페놀 함량 및 calycosin, formononetin과 이의 배당체인 calycosin-7-O-${\beta}$-D-glucoside, Formononetin7-O-${\beta}$-D-glucoside의 분석을 실시하였다. 또한 UVB 처리로 산화적 스트레스를 유발한 HDF 세포에 추출물을 처리하여 DNA의 손상을 억제하는지 확인하였다. DPPH, ABTS radical scavenging assay 는 2R-AM 추출물에서 항산화 활성이 가장 좋았으며, 총 폴리페놀 함량은 1R-AM 추출물이 NR-AM과 비교하였을 때 월등히 증가하였지만, 2R-AM과 3R-AM과는 크게 차이가 없었다. 볶음 공정을 통한 황기는 calycosin와 formononetin의 함량이 2R-AM 추출물에서 가장 높게 측정되었다. HDF 세포에서 추출물들은 $200{\mu}g/mL$까지 독성을 나타내지 않았으며, 추출물 모두 자외선에 의해 손상된 HDF 세포에서 DNA 보호효능을 유의성 있게 증가시켰다. 특히 2R-AM 추출물의 활성은 정상세포와 유사한 수준으로 보호효과를 나타내었다. 결과를 종합해봤을 때, 볶음공정을 통한 황기 추출물은 지표 성분의 변화로 인하여 자외선에 의한 피부보호효과를 증가하였을 것이라 판단되며 이는 건강기능식품이나 화장품 원료로써 가능성을 시사한다.