• Animal Systematics, Evolution and Diversity
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• 제16권2호
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• pp.169-176
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• 2000

제주도산 노루 (C. Pygargus tianschanicus)의 분류학적 위치를 규명하기 위한 연구의 일환으로, 한국의 제주도에서 채집된 6마리의 노루 표본들을 이용하여 mtDNA의 cytochrome b 유전자의 부분적인 염기서열의 분석을 하였다. 밝혀진 세 haplotype간의 nucleotide Tamura & Nei's distance는 최대 0.005로써, 노루의 다른 아종 내의 다양성과 비슷한 정도였다. 또한 제주도산 노루의 cytochrome b 염기서열들과 GenBank에서 얻은 서 시베리아 지역의 노루인 C. p. Pygargus의 cytochrome b 염기서열간의 nucleotide distance는 평균 0.013였으며, C. p. tianschanicus는 65만년 전에 서 시베리아 지역의 노루인 C. p. Pygargus에서 분화되었을 것으로 판단된다.

• 생명과학회지
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• 제23권1호
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• pp.24-30
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• 2013

본 연구는 mtDNA cytochrome b (Cyt b) 유전자 서열을 토대로 한국흑우의 유전적 다양성 및 계통유전학적 위치를 파악하기 위하여 실시하였다. 한국흑우 38두로부터 결정된 mtDNA Cyt b 유전자 전체서열 내에서 염기삽입 및 결실 없이 1개의 silent mutation이 동정되었다. 또한 2개의 haplotype으로 분류되었고, 염기변이율 및 haplotype 다양성지수에 기초한 한국흑우의 유전적 다양성은 기존에 보고된 중국 품종에 비해 낮게 나타났다. 한국, 일본, 중국에 분포하고 있는 12품종 101개 서열을 수집하여 한국흑우와의 유연관계를 확인하였다. 한국흑우에서 분류된 2개의 haplotype은 모두 B. taurus 계열에 포함되었으며, 한우, 일본흑우, Yanbian, Zaosheng 등 4개 품종과 하나의 그룹을 형성하였다. 또한 품종별 Dxy 유전거리 산출 결과, 한국흑우는 한우 및 일본흑우에 비해서 중국의 Yanbian, Zaosheng 품종과 더 가까운 유연관계를 보였다. 본 연구의 결과는 가축유전자원으로서 한국흑우의 보존 및 유전적 특성 구명을 위한 중요한 자료로 활용이 가능할 것으로 사료된다.

• 분석과학
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• 제18권3호
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• pp.257-262
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• 2005

미토콘드리아 DNA(mtDNA) 상의 조절부위(control region)에는 HV1과 HV2와 같은 과변이부위(hypervariable region)가 있으며, 이 부위에서 사람마다 차이가 나는 많은 SNPs(single nucleotide polymorphism)을 발견할 수 있다. mtDNA 염기서열 분석은 개인식별 및 백골화된 시신등의 신원확인에 유용하게 사용되어왔다. mtDNA상의 cytochrome b(cytb) 유전자는 분자계통학(molecular phylogenetics) 분야에 널리 이용되고 있으며, 법과학 분야에서의 동물 종식별은 다양한 사건 현장 증거물의 인수식별 뿐 아니라 불법 유통되고 있는 각종 동물성 건강식품, 의약품의 원료 규명 및 보호 종의 밀렵 증명 등에 유용하게 적용될 수 있다. 본 연구에서는 광범위한 동물의 cytochrome b 유전자를 증폭할 수 있는 primer sets (H14724/L15149)와 사람에 특이적인 HV1 부위 primer set (H15997/L16236)를 이용한 동시 증폭을 통해 먼저 사람과 동물을 구별하였고, cytb 증폭산물의 직접 DNA 염기서열 분석을 통해 종식별을 수행하였다. H14724/L15149 primer pair는 닭과 오리를 제외하고 사람, 소, 돼지, 개, 고양이, 생쥐, 쥐의 cytb를 증폭할 수 있었으며, H14841/L15149 primer pair는 닭과 오리도 증폭할 수 있었다. 효모, 곤충 및 세균은 모두 증폭산물이 생산되지 않았으며, H15997/L16236의 경우 사람의 HV1만이 선택적으로 증폭되었다. 또한 실제 사건의 예에서와 같이 본 연구가 혈흔의 종식별에 매우 유용함을 보여주었다.

• 생명과학회지
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• 제25권9호
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• pp.970-975
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• 2015

본 연구는 mtDNA cytochrome b (cyt b) 유전자의 염기변이를 동정하고 이를 토대로 백한우의 계통유전학적 유연관계를 파악하기 위하여 실시하였다. 백한우 14두에 대한 mtDNA cyt b 유전자 전체서열 내에서 염기의 삽입/결실변이 없이 1개의 silent mutation이 동정되었고, 2개의 haplotype으로 분류되었다. 14두 중 13두가 major haplotype인 H1에 포함되었으며, 나머지 1두는 칡소와 같은 haplotype에 속하였다. Haplotype 다양성지수 및 염기변이율은 각각 0.143, 0.00013으로, 기존에 보고된 한국 재래소 및 중국소 품종들보다 현저히 낮게 나타났다. 한국, 일본, 중국 및 유럽 소 품종과의 유전적 유연관계를 확인하기 위해서 Dxy 유전거리 산출 및 neighbor-joining tree를 작성하였다. 2개의 group (A, B)으로 분류되었으며, 백한우는 B. taurus 계열인 A group에 포함되었다. Dxy유전거리 산출 결과, 백한우는 흑우(0.00018) 및 Yanbian (0.00021) 품종과 가까운 유연관계를 보였다. 이상의 결과를 종합해보면, 모계유전특성에 기초하여 백한우는 칡소, 흑우 및 Yanbian과 유전적으로 높은 연관성을 보였다. 이러한 결과는 백한우의 효율적인 관리 및 지속가능한 활용을 위한 중요한 자료로 이용될 수 있을 것으로 사료된다.

• Animal Systematics, Evolution and Diversity
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• 제24권2호
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• pp.169-172
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• 2008

Sequences of mitochondrial DNA (mtDNA) cytochrome b gene (1,140 bp) and control region (803 bp) of Siberian flying squirrels from Korea (Pteromys volans aluco) and Mt. Changbai of northeast China (P. v. arsenjevi) were obtained to reexamine the taxonomic status of the Korean subspecies. In the cytochrome b gene, six haplotypes of P. v. aluco formed a clade with six haplotypes of P. v. arsenjevi, and in control region, seven haplotypes of P. v. aluco formed a clade with six haplotypes of P. v. arsenjevi. Furthermore, six haplotypes of cytochrome b gene of P. v. aluco from this study formed a clade with four haplotypes of P. v. arsenjevi in far-east Russia obtained from GenBank. We also investigated the research papers previously published that reported the length of tail vertebrae of P. volans, and found that the length was not sufficiently large as to be a key character of P. v. aluco. This result is not consistent with morphological description for its haplotype. Therefore, we conclude that P. v. aluco from Korea might possibly be a synonym of P. v. arsenjevi from northeast China and nearby Russia.

• Animal Systematics, Evolution and Diversity
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• 제17권1호
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• pp.49-57
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• 2001

중국과 북동 중국에 서식하는 등줄쥐 2아종 (Apodemus agrarius coreae와 A. agrarius manchuricus)의 아종 내의 유전자 다양성의 정도를 파악하고 2아종간의 차이를 확인하기 위해, 미토콘드리아 DNA cytochrome b 유전자의 부분 염기서열을 분석하였다. 열 여덟마리의 A. agrarius coreae로부터 10 haplotype이, 그리고 2마리의 A. agrarius manchuricus로부터 1 haplotype이 밝혀졌다. 아종 coreae의 10 haplotype간의 Tamura-Nei nucleotide 거리는 0.36에서 1.86%였고, 2아종 coreae와 manchuricus간의 nucleotide 거리는 0.37에서 1.47%였다. 아종 coreae내 최대 genetic divergene 거리는 2아종간의 최대거리보다 크게 나타났다. 또한 2아종의 11 haplotype을 비교했을 때에, 뚜렷하게 아군으로 나뉘어지지 않았다. 본 염기서열의 분석 결과는 지금까지의 형태적 연구의 결과와 일치하지 않았으며, cytochrome b 유전자는 A. agrarius의 2아종을 구분하기에 좋은 유전자 marker가 아닌 것으로 판단됐다. 앞으로, A. agrarius의 2아종간의 유전적 관계를 밝히기 위해 미토콘드리아 DNA control region의 분석이 필요하다고 본다.

• 한국축산식품학회지
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• 제26권3호
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• pp.375-379
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• 2006

Food labeling regulations require that the meat species in various meat products are accurately declared to the consumer. Substitution or adulteration of costly meat with a cheaper one is one of the most common problems in the meat industry. In this study, PCR-restriction fragment length polymorphism(RFLP) method of the mitochondrial cytochrome b(mt cyt b) gene has been applied for identification of the origin of six mammalian meat species(beef, port horse, goat, mutton and deer) and three poultry meat species(chicken, turkey and duck) as raw materials for meat products. PCR was used to amplify a variable region of mt cyt b gene. Meat species differentiation was determined by digestion of the amplified products with a 359 bp fragment using HaeIII and HinfI restriction enzymes, which generated species-specific RFLP patterns. This PCR-RFLP DNA marker of mt cyt b gene could be very useful for the accurate and reliable identification and discrimination of animal meat species in routine analysis.

• 한국동물위생학회지
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• 제33권4호
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• pp.353-359
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• 2010

Nucleotide sequences of mitochondrial DNA (mtDNA) of 19 leopard cats (Prionailurus bangalensis euptilura) obtained from Seoul grand park zoo in South Korea were determined for analysing genetic diversity. In the leopard cats, 3 haplotypes of the partial cytochrome b sequences (603 base-pairs, bp) were identified. Haplotypes obtained from those genes showed existences of at least 3 maternal lineages of leopard cats in Korea. Tamura-Nei nucleotide distance among 3 haplotypes were 0.00. Molecular phylogenetic tree showed the similar clustering of haplotypes for genes. Meanwhile, no individual variations within the leopard cats in S. Korea. Genetic surveillance system of leopard cats in S. Korea is warranted for maintaining biological conservation.

• Journal of Animal Science and Technology
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• 제54권4호
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• pp.241-246
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• 2012

한국재래염소의 계통유전학적 위치를 확인하기 위해서 한국재래염소 4개 집단 48두를 공시한 후 mitochondrial DNA (mtDNA) 내부의 cytochrome b 유전자의 전체서열을 분석하였다. 또한 이 서열들을 이용하여 한국재래염소의 유전적 다양성을 확인하였고, 다른 나라의 여러 염소품종들과의 계통유전학적 분석을 수행하였다. 한국재래염소 cytochrome b 유전자 서열을 토대로 3개의 염기변이가 동정되었으며, 그 중 2개는 아미노산 치환을 일으키는 missense 변이로 확인되었다. 또한 4개의 haplotype으로 분류되었는데, 이 중 3개는 중국 재래염소 품종에서도 나타났으나 다른 나라의 품종에서는 확인되지 않았다. 계통유전학적 분석 결과 모든 재래흑염소는 4개의 clade를 형성하였으나, 5개의 야생염소와는 독립적인 그룹을 형성하였다. 한국재래염소는 mtDNA D-loop에 분류되는 여러 모계혈통 중 모계혈통-A로 추정되는 clade 1에 포함되었다. 한국재래염소에서 보여진 각각의 haplotype은 중국 재래염소품종들과 상대적으로 가까운 유전적 유연관계를 보였다. 기존 연구결과와 본 연구의 분석결과를 종합해보면 과거에 일부 중국 재래 염소품종이 한반도로 유입되어 한국재래염소의 기원 및 가축화에 영향을 주었을 것으로 사료된다.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제26권2호
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• pp.163-170
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• 2013

In order to analyze the genetic diversity and phylogenetic status of the Korean Chikso breed, we determined sequences of mtDNA cytochrome b (cyt b) gene and performed phylogenetic analysis using 239 individuals from 5 Chikso populations. Five non-synonymous mutations of a total of 15 polymorphic sites were identified among 239 cyt b coding sequences. Thirteen haplotypes were defined, and haplotype diversity was 0.4709 ranging from 0.2577 to 0.6114. Thirty-five haplotypes (C1-C35) were classified among 9 Asia and 3 European breeds. C2 was a major haplotype that contained 206 sequences (64.6%) from all breeds used. C3-C13 haplotypes were Chikso-specific haplotypes. C1 and C2 haplotypes contained 80.5% of cyt b sequences of Hanwoo, Yanbian, Zaosheng and JB breeds. In phylogenetic analyses, the Chikso breed was contained into B. taurus lineage and was genetically more closely related to two Chinese breeds than to Korean brown cattle, Hanwoo. These results suggest that Chikso and Hanwoo have a genetic difference based on the mtDNA cyt b gene as well as their coat color, sufficient for classification as a separate breed.