• 한국환경과학회지
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• 제20권4호
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• pp.551-554
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• 2011

The production of the sharp-toothed eel by commercial catch off waters of Korea is annually declined after 1978. This study was carried out to obtain the stock management of the sharp-toothed eel using the PCR-aided RFLP method. The mtDNA COI gene was amplified using species-specific primers and PCR product was observed to 700 bp. Amplified DNA fragments were treated with six kinds of restriction enzymes (BaeHI, EcoRI, PstI, Ksp22, HinfI and HaeIII). The treatment of HaeIII showed a distinct PCR product between Yeosu/Jinhae/Jeju/Goseoung and Jangheung/Haenam populations that were observed from 300 to 400 bp in reference to 100 bp molecular marker. However, DNA fragment within populations had an identical pattern. The phylogenetic homology is 82% between two populations inferred from RFLP PCR product pattern using NTsysPC ver. 2.1. The use of HaeIII plays an important role in discriminating populations. It is thought that adults after over-wintering in the southern part of Jeju migrate to the Yeosu, Jinhae and Goseoung regions to spawn instead of to southwestern waters. Individuals within populations showed a relatively active genetic mixing and migration regardless of geography. However, the genetic ancestor of Jangheung and Haenam populations is appeared to be more adjacent to China or Japan than Jeju.

• 생명과학회지
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• 제21권3호
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• pp.341-348
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• 2011

제주재래돼지의 모계 혈통에 대한 보다 명확한 이해를 얻기 위해, 본 연구에서는 제주재래돼지의 미토콘드리아 DNA (mtDNA) CYTB 유전자를 분석하고 이를 타 품종들에서 얻은 결과들과 비교하였다. 제주재래돼지를 포함한 돼지 6 품종에서 PCR-RFLP 분석을 수행하였고, RFLP 양상은 돼지 품종들을 뚜렷하게 구분되는 두 가지 반수체형(mtCYTB1 and mtCYTB2)으로 분리시켰다. 제주재래돼지 CYTB 서열들은 계통수 상에서 유럽과 아시아품종 cluster에서 모두 발견되었다. 제주재래돼지 CYTB들 중에서 J2 group은 중국재래돼지품종들과 근연이면서 아시아 고유 돼지 계통들과 함께 출현하였으며, 다른 한 group인 J1에 해당하는 서열들은 유럽돼지 계통들과 함께 위치하였고, 아시아 품종들보다는 스페인의 Iberian 재래돼지들과 근연인 것으로 확인되었다. 이 결과들은 현재 제주도에서 사육되고 있는 제주재래돼지 품종의 모계 기원은 크게 아시아계 돼지와 유럽계 돼지인 것으로 추정됨을 보여준다. 따라서 본 연구결과들은 제주재래돼지 집단은 과거에 가축화된 아시아 고유 돼지품종들과 공통 선조를 공유하고, 또한 20세기에 유입된 유럽계 돼지 품종들도 현재의 집단 형성에 기여한 것임을 시사하고 있다.

• Animal Systematics, Evolution and Diversity
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• 제13권1호
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• pp.29-36
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• 1997

한국산 기름종개속 어류중 Cobitis taenia complex의 집단간 유전적 차이에 따른 종 분화 여부를 밝히고자 6개 집단을 대상으로 mitochondrial DNA(mtDNA)의 RFLP분석을 실 시하였다. C. taenia complex mtDNA를 10개의 6-base cutting 제한효소로 처리한 다음 그 절편 양상을 비교, 분석한 결과 6개 집단 공히 mtDNA 의 전체 genome 크기는 약 17.0$\pm$ 0.5Kbp였으며 공동절편수(F)에서 C. t. taenia 2개집단과 C. t. stria와 C. t. lutheri 4개 집단 간의 F값은 평균 0.263으로 차이가 있었으나, C. t. striata 와 C. t. lutheri 사이는 F=0.569로 가깝게 나타났다. 염기치환율 (p)에 있어 C. t. taenia는 C. t. striata 및 C. t. lutheri와 평균 p=0.082로 뚜렷한 종간차이를 보였으나, C. t. striata와 C. t. lutheri 집단들은 p=0.033으로 매우 가까운 유사성을 나타내었다. MtDNA 분석결과 C. taenia complex 중 C. t. taenia는 완전히 종분화가 이루어진 별종으로, C. t. striata와 C. t. lutherisms 아직 종수준의 분화가 이루어지지 않은 아종으로 분류함이 타당하다고 사료된다.

• Journal of Animal Science and Technology
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• 제46권6호
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• pp.917-924
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• 2004

미토콘드리아 ND2 유전자와 세 가지 tRNA (tRNA-M앙, tRNA-Trp, tRNA-Ala)들이 포함}는 mtDNA 절펀의 PCR-RFLP haplotyping 기법으로 제주도에서 사육하는 한국 재래돼지를 포함하는 5개 품종에 대한 유전적 다양성을 조사하였다. 몇몇 돼지 품종에서 mtDNA 상의 제한절편 길이의 다형성이 관찰되었다. HaeIll-와 Hinf1RFLP에서는 두 가지 제한절편 유형, Tsp509IRFLP에서는 네 가지 유형으로 각각 구분되었다. 발견된 제한절편 유형들을 조협하여 mtDNA haplotype으로 구분했을 때, 모두 네 가지 haplotype들이 발견되었고 집단에 따라 각기 다른빈도를 나타내였다. 하나의 동일한 haplotype mtWB가 한반도 야생멧돼지와 Large White 집단에서 관찰되었다. Duroc과 Landrace 품종들은 여러 모계 선조에서 유래되었을 것으로 추정되는 두 가지의 haplotype들을 가지고 있었다. 제주도에서 사육되고 있는 한국재래돼지 집단에서는 muD와 mtJN haplonpe들이 관찰되었는데, 이 중 mtJN은 빈도가 높고 집단 특이적이었다. 본 연구의 결과는 제주 돼지 집단의 형성에 적어도 둘 이상의 모계 선조가 참여했으며, 이후 동아시아 언근 돼지 품종들과의 인위적인 교잡아 이루어졌을 것으로 추정된다. 연구진의 예상과는 달리 한반도 야생멧돼지가 제주 재래돼지 집단의 모계 선조라는 증거는 확인되지 않았다. MtDNA haplotype과 돼지 계통간의 관계 에서의 특이성은 돼지 육종에 있어 모계 확인과 계보 구성에 매우 유용한 정보를 제공할 것으로 사료된다.

• 한국산학기술학회:학술대회논문집
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• 한국산학기술학회 2008년도 추계학술발표논문집
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• pp.469-472
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• 2008

녹용은 사슴의 뿔을 통칭해 일컫는 말로서 우리나라는 전 세계 녹용 소비량의 80%를 점유하고 있다. 하지만 국내에서 선호되는 것은 러시아산 붉은 사슴 즉, 원용으로 칭하는 것으로 가격 면에서 가장 고가이다. 따라서 수입되는 녹용의 일부가 러시아 산으로 둔갑 판매되는 경우가 발생되고 있다. 본 연구의 목적은 현재 주로 수입되는 녹용으로부터 미토콘드리아 DNA(mtDNA)의 D-loop 유전자의 일부를 PCR로 증폭하고 이들의 염기서열 분석을 통해서 각 수입지역 녹용에 특이적인 RFLP 마커를 탐색하고 이를 녹용의 유전자 감별에 적용코자 하는 것이다. 결과적으로 TaaI과 HaaI 두 종류의 제한효소가 녹용의 원산지를 구별할 수 있는 RFLP 마커로 이용 가능성이 확인되었다.

• Parasites, Hosts and Diseases
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• 제39권2호
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• pp.161-170
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• 2001

We conducted both the small subunit ribosomal DNA (SSU rDNA) polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) and mitochondrial (mt) DNA RFLP analyses for a genetic characterization of Acanthamoeba isolates from contact lens storage cases of students in Seoul, Korea. Twenty-three strains of Acanthamoeba from the American Type Culture Collection and twelve clinical isolates from Korean patients were used as reference strains. Thirty-nine isolates from contact lens storage cases were classified into seven types (KA/LS1 , KA/LS2, KA/LS4, KA/LS5, KA/LS7 KA/LS18, KA/LS31). Four types (KA/LS1 , KA/LS2, KA/LS5, KA/LS18) including 33 isolates were regarded as A. castellanii complex by riboprints. KA/LS1 type was the most predominant (51.3%) in the present survey area, followed by KA/LS2 (20.9%), and KA/LSS (7.7%) types. Amoebae of KA/LS1 type had the same mtDNA RFLP and riboprint patterns as KA/E2 and KA/E12 strains, clinical isolates from Korean keratitis patients. Amoebae of KA/LS2 type had the identical mtDNA RFLP patterns with A. castellanii Ma strain, a corneal isolate from an American patient as amoebae of KA/LS5 type, with KA/E3 and KA/E8 strains from other Korean keratitis patients. Amoebae of KA/LS 18 type had identical patterns with JAC/E1, an ocular isolate from a Japanese patient. Three types , which remain unidentified at species level, were not corresponded with any clinical isolate in their mtDNA RFLP and riboprint patterns. Out of 39 isolates analyzed in this study, mtDNA RFLP and riboprint patterns of 33 isolates (84.6%) were identical to already known clinical isolates, and therefore, they may be regarded as potentially keratopathogenic. These results suggest that contact lens wearers in Seoul should pay more attention to hygienic maintenance of contact lens storage cases for the prevention of Acanthamoeba keratitis.

• 한국축산식품학회지
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• 제28권3호
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• pp.276-282
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• 2008

우리나라는 전 세계 녹용의 약 80% 이상을 소비하고 있는 양록 대국이나 최근 국내 녹용시장에서의 녹용 둔갑판매 및 불법유통 현상이 문제점으로 대두되고 있다. 따라서 본 연구는 녹용의 종 감별 기술을 개발하고자 현재 국내에서 유통되고 있는 러시아산 원용, 북미산 대록, 국산화용, 중국산 깔깔이 및 알래스카산 순록 등 5종의 대표적인 녹용들을 대상으로 종간 염기서열 변이성이 매우 높은 유전자로 알려져 있는 mt DNA내 cytochrome b 및 D-loop 유전자 영역의 염기서열 분석 및 종간 변이성 비교분석을 수행하였다. 각 녹용시료에서 mt DNA를 분리하고 cytochrome b와 D-loop유전자의 특정 영역을 포함하는 primer를 설계 합성하고 PCR로 증폭한 후 DNA 증폭산물의 염기서열을 분석하여 종간 유전정보의 동일성 여부를 비교한 결과 녹용 종간에 명확한 차이를 보이는 염기서열 부위가 검출되었고 이러한 종간 염기배열 차이에 근거하여 녹용의 종 감별이 가능하였다. 또한, mt DNA cytochrome b유전자에서 종간 특이적 염기서열을 인지하는 두 종류의 제한효소(NlaIV 및 TaqI)을 이용한 PCR-RFLP 기법으로 녹용으로 인정되지 않는 순록의 종 특이적 RFLP 분자표지를 검출하였고 이를 이용하여 녹용과 순록간의 종 판별이 가능하였다. 한편, D-loop 유전자의 특정 영역 염기서열 분석기법을 이용하여 시중에서 러시아산 원용으로 유통되고 있는 녹용 절편 32개를 무작위표본 추출하여 녹용의 종 감별을 조사한 결과 러시아산 원용으로 인정되는 것은 62.5%에 불과하였고 나머지는 중국산 마록(25.0%)과 엘크 및 순록의 아종으로 추정되는 시료도 일부 검출되었다. 따라서 본 연구를 통해 사슴 녹용 mt DNA 유전자의 염기서열 유전정보 변이 차이를 이용한 염기서열 분석법과 특정 제한효소(NlaIV 및 TaqI)를 이용한 PCR-RFLP 기법은 녹용의 과학적인 종 감별과 이를 바탕으로 녹용 원산지의 추정도 가능할 것으로 기대된다.

• BMB Reports
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• 제38권4호
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• pp.491-499
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• 2005

DNA-based molecular markers for differentiation of five penaeid shrimps (Penaeus monodon, P. semisulcatus, Feneropenaeus merguiensis, Litopenaeus vannamei and Marsupenaeus japonicus) were developed based on polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) and single-stranded conformation polymorphism (SSCP) of 16S ribosomal (r) DNA. Differentiation of P. monodon, P. semisulcatus and L. vannamei can be unambiguously carried out by PCR-RFLP of 16S $rDNA_{560}$ whereas P. semisulcatus and M. japonicus shared a BABB mitotype. These shrimps were successfully discriminated by SSCP analysis of 16S $rDNA_{560}$. Nevertheless, the amplification success for L. vannamei and F. merguiensis was not consistent when tested against larger sample sizes. As a result, 16S $rDNA_{560}$ of an individual representing the most common mitotype of each species was cloned and sequenced. The new primer pair was designed and tested against the large sample sizes (312 bp product, N = 185). The amplification success was consistent across all species. PCR-RFLP of 16S $rDNA_{312}$ was as effective as that of 16S $rDNA_{560}$. Differentiation of all shrimp species were successfully carried out by SSCP analysis.

• Animal cells and systems
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• 제3권1호
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• pp.73-78
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• 1999

Although there are several methods for the preparation of mitochondrial DNA (mtDNA) from mammalian tissues, most are relatively long ultracentrifugation or manipulations by a small-scale method. We escribed a rapid method for large-scale extraction of mtDNA from human placental and horse liver tissues. The method is based on the preparation and homogenization of tissues, urification of crude mitochondria by differential centrifugations and isolation of mtDNA by alkaline Iysis. It was improved from Pre-existing methods by replacing some steps with simpler ones and discarding many others. This method gives a high yield of pure mtDNA(approximately 1-5mg from one placenta; ca. 400-600 g wet weight), depending on its sources (fresh tissue gave better results than frozen one). The resulting mtDNA indicated that this method can yield mtDNA in sufficient purity and quantity to identify the direct restriction analysis on agarose gel, random-primed labeling as a probe, and end labeling. Therefore, the method is ideal for obtaining good mtDNA samples to conduct routine restriction fragment length polymorphism (RFLP) analyses of natural populations for genetic studies.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제18권10호
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• pp.1368-1374
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• 2005

To investigate the genetic relationships among various cattle breeds, bovine mtDNA D-loop region was used in 411 animals of 18 cattle breeds, including 8 Asian Bos taurus, 7 European Bos taurus, 1 Asian Bos indicus, and 2 African Bos indicus. The size of amplified PCR products from mtDNA D-loop region was 964 bp and the products were digested by 15 different restriction enzymes. Two different band patterns were identified in eight restriction enzymes (BstXI, Hae III, Msp I, Apa I, Taq I, Alu I, BamH I, EcoN I) and the rest of restriction enzymes showed more than 3 different band patterns among which Apo I and MspR9 resulted in 7 different restriction patterns. The genotypes, number of haplotype, effective number of haplotype, and degree of heterozygosity were analyzed. Based on all the PCR-RFLP data, different haplotypes were constructed and analyzed for calculating genetic distances between these breeds using Nei's unbiased method and constructing a phylogenetic tree.