• 제목/요약/키워드: mtCOI

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Development of Species-Specific PCR Primers for the Rapid and Simultaneous Identification of the Six Species of Genus Takifugu

  • Dong, Chun Mae;Park, Yeon Jung;Noh, Jae Koo;Noh, Eun Soo;An, Cheul Min;Kang, Jung-Ha;Park, Jung Youn;Kim, Eun-Mi
    • 한국발생생물학회지:발생과생식
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    • 제23권4호
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    • pp.367-375
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    • 2019
  • Pufferfish (Takifugu spp.) are economically important edible marine fish. Mistakes in pufferfish classification can lead to poisoning; therefore, accurate species identification is critical. In this study, we used the mtDNA cytochrome c oxidase subunit I gene (COI) to design specific primers for six Takifugu species among the 21 domestic or imported pufferfish species legally sold for consumption in Korea. We rapidly and simultaneously identified these pufferfish species using a highly efficient, multiplex polymerase chain reaction (PCR) system with the six species-specific primers. The results showed that species-specific multiplex PCR (multiplex species-specific polymerase chain reaction; MSS-PCR) either specifically amplified PCR products of a unique size or failed. MSS-PCR yielded amplification fragment lengths of 897 bp for Takifugu pardalis, 822 bp for T. porphyreus, 667 bp for T. niphobles, 454 bp for T. poecilonotus, 366 bp for T. rubripes, and 230 bp for T. xanthpterus using the species-specific primers and a control primer (ca. 1,200 bp). We visualized the results using agarose gel electrophoresis to obtain accurate contrasts of the six Takifugu species. MSS-PCR analysis is easily performed and provides identification results within 6 h. This technique is a powerful tool for the discrimination of Takifugu species and will help prevent falsified labeling, protect consumer rights, and reduce the risk of pufferfish poisoning..

한국산 미기록속 Areotetes (벌목: 고치벌과: 꽃파리고치벌아과)에 대한 보고 (A New Record of the Genus Areotetes (Hymenoptera: Braconidae: Opiinae) from Korea)

  • 한윤종;손주형;임종옥;김효중
    • 한국응용곤충학회지
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    • 제61권2호
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    • pp.307-311
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    • 2022
  • 과실파리, 굴파리의 유충에 기생하는 Areotetes van Achterberg & Li, 2013(벌목: 고치벌과: 꽃파리고치벌아과)는 중국에서 처음으로 보고된 바 있다. 현재까지 Areotetes속에는 4종이 보고되어 있다. 금번 연구에서 Areotetes속의 1종, Areotetes carinuliferus van Achterberg & Li, 2013를 한국에서 처음으로 보고하며, 본 종의 형태 진단, 분포, 도해도를 작성하였고, 추가적으로 미토콘드리아 COI 데이터를 제공한다.

Analysis of genetic differentiation and population structure of the Korean-peninsula-endemic genus, Semisulcospira, using mitochondrial markers

  • Eun-Mi Kim;Yeon Jung Park;Hye Min Lee;Eun Soo Noh;Jung-Ha Kang;Bo-Hye Nam;Young-Ok Kim;Tae-Jin Choi
    • Fisheries and Aquatic Sciences
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    • 제25권12호
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    • pp.601-618
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    • 2022
  • The genus Semisulcospira is an economically and ecologically valuable freshwater resource. Among the species, Semisulcospira coreana, Semisulcospira forticosta and Semisulcospira tegulata are endemic to the Korean peninsula and Semisulcospira gottschei is widespread in Asia. Therefore, maintenance and conservation of wild populations of these snails are important. We investigated the genetic diversity and population structure of Semisulcospira based on the mitochondrial cytochrome c oxidase subunit I (COI), NADH dehydrogenase subunit 4 (ND4), and combined mitochondrial DNA (COI + ND4) sequences. All four species and various genetic makers showed a high level of haplotype diversity and a low level of nucleotide diversity. In addition, Fu's Fs and Tajima's D neutrality tests were performed to assess the variation in size among populations. Neutrality tests of the four species yielded negative Fu's Fs and Tajima's D values, except for populations with one haplotype. The minimum spanning network indicated a common haplotype for populations of S. coreana, S. tegulata and S. gottschei, whereas S. forticosta had a rare haplotype. Also, genetic differences and gene flows between populations were assessed by analysis of molecular variance and using the pairwise fixation index. Our findings provided insight into the degree of preservation of the species' genetic diversity and could be utilized to enhance the management of endemic species.

제주도 남부해역에서 채집된 Bathylagidae (바다빙어목) Lipolagus ochotensis 자어의 한국 첫기록 (First Record of the Eared Blacksmelt, Lipolagus ochotensis (Bathylagidae, Osmeriformes) Larvae from the Southern Coastal Waters of Jejudo Island, Korea)

  • 윤문주;지환성
    • 한국어류학회지
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    • 제35권1호
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    • pp.57-63
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    • 2023
  • 본 연구에서는 2018년 2~3월 제주도 남부해역에서 Bathylagidae에 속하는 Lipolagus ochotensis 자어 4개체(체장 13.4~21.3 mm)를 봉고네트로 채집하였다. L. ochotensis 자어는 몸이 길게 신장되었으며, 체고는 낮고, 눈이 돌출되며, 몸의 후반부에 흑색소포가 나 있고, 등지느러미가 몸 중앙에 위치하는 특징을 가진다. 미토콘드리아 DNA COI의 염기서열 625 bp를 분석한 결과, L. ochotensis 성어와 97.6%로 매우 가깝게 나타났다. 국내 처음 보고되는 본 종의 새로운 과명으로 "심해빙어과", 속명으로 "검은빙어속", 국명으로 "검은뺨빙어"를 각각 제안한다.

한국 제주도 남동부해역에서 첫 출현한 성대과(양볼락아목), Lepidotrigla longifaciata 자어의 분자동정 및 형태기재 (Molecular Identification and Morphological Description of Larva of the Previously Unrecorded Species Lepidotrigla longifaciata (Scopaenoidei: Triglidae) from the Southeastern Sea of Jeju Island of Korea)

  • 장재훈;지환성;유효재;김진구
    • 한국어류학회지
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    • 제36권1호
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    • pp.101-106
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    • 2024
  • 2020년 5월 제주도 남동부 해역에서 봉고네트로 성대과 자어 1개체(전장 5.14 mm)가 채집되었다. 본종은 mtDNA COI 염기서열 분석을 통해 우리나라에서 처음 보고되는 달재속 1 미기록종, Lepidotrigla longifaciata로 확인되었다. 본종의 전기자어의 형태적 특징은 긴 주둥이, 큰 입, 부채 모양의 큰 가슴지느러미를 가지며, 흑색소포는 복강과 목덜미에만 관찰되었다. 우리나라에서 처음 발견된 본종의 신국명으로 '긴머리 달재'를 제안한다.

늦반딧불이 Pyrocoelis rufa(딱정벌레목: 반딧불이과)의 미토콘드리아 DNA 염기서열 변이 (Mitochondrial DNA Swquence Variation of the Firefly, Pyrocoelia rufa(Coleoptera: Lampyridae), in Korea)

  • 이상철;김익수;배진식;진병래;김삼은;김종길;윤형주;양성렬;임수호
    • 한국응용곤충학회지
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    • 제39권3호
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    • pp.181-191
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    • 2000
  • 국내 늦반딧불이(Pyrocoelia rufa)이 미토콘드리아 DNA중 COI 유전자 일부(403 bp)의 염기서열을 결정, 집단내 유전적 다양도, 지역적 변이, 계통유전적 관련에 대한 분석을 실시하였다. 남해, 부산, 무주, 용인 등 우리나라 4개 지역으로부터 채집된 총 26개체로부터 7개의 mtDNA haplotype을 얻었으며 이들의 변이는 0.2~1.2%이었다. 도심인 부산에서 채집한 늦반딧불이는 다른 산림 및 농업의 채집지역과 달리 하나의 haplotype으로 고정되어 있어 도시화에 따른 집단의 병목현상과 서식처 파편화가 심각했음을 보여주었다. 그러나 우리나라 최대의 반딧불이 서식처이자 보호지역으로 지정된 무주로부터 4개의 haplotype을 얻었으며 이들의 최대염기 치환율은 1.0%로 가장 높은 집단내 유전적 다양도를 나타내었다. 근해의 섬인 남해의 늦반딧불이는 상대적으로 낮은 haplotype 다양도(H=0.25)와 계통유전적으로 이질적인 haplotype(PR7)의 존재로 요약되었는데 이는 비교적 가까운 과거의 한반도 생물지리 역사 및 유전자 이동에 의해 나타난 현상으로 설명하였다. 계층적 유전분석 결과 무주-용인과 부산-남해 그룹의 형성은 역사적으로 두 그룹사이에 유전자 이동에 반한 장벽의 존재 가능성을 제시한다고 설명하였다.

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본태성 수전증과 파킨슨병 환자에서 미토콘드리아 DNA 비교 분석 (The Analysis of Mitochondrial DNA in the Patients with Essential Tremor and Parkinson's Disease)

  • 김래상;유찬종;이상구;김우경;한기수;김영보;박철완;이언
    • Journal of Korean Neurosurgical Society
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    • 제29권11호
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    • pp.1415-1420
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    • 2000
  • Essential tremor(ET) is the most common movement disorder however there has been little agreement in the neurologic literature regarding diagnostic criteria for ET. Familial ET is an autosomal dominant disorder presenting as an isolated postural tremor. The main feature of ET is postural tremor of the arms with later involvement of the head, voice, or legs. In previous studies, it was reported that ET susceptibility was inherited in an autosomal dominant inheritance. As with previous results, it would suggest that ET might be associated with defect of mitochondrial or nuclear DNA. Recent studies are focusing molecular genetic detection of movement disorders, such as essential tremor and restless legs syndrome. Parkinson's disease(PD) is a neurodegenerative disease involving mainly the loss of dopaminergic neurons in substantia nigra by several factors. The cause of dopaminergic cell death is unknown. Recently, it has been suggested that Parkinson's disease many result from mitochondrial dysfunction. The authors have analysed mitochondrial DNA(mtDNA) from the blood cell of PD and ET patients via long and accurate polymerase chain reaction(LA PCR). Blood samples were collected from 9 PD and 9 ET patients. Total DNA was extracted twice with phenol followed by chloroform : isoamylalcohol. For the analysis of mtDNA, LA PCR was performed by mitochondrial specific primers. With LA PCR, 1/3 16s rRNA~1/3 ATPase 6/8 and COI~3/4 ND5 regions were observed in different patterns. But, in the COI~1/3 ATPase 6/8 region, the data of PCR were observed in same pattern. This study supports the data that ET and PD are genentic disorders with deficiency of mitochondrial DNA multicomplexes.

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한국 서해 보령에서 채집된 긴꼬리엄지도치(Eumicrotremus jindoensis)의 지역 확장 및 지리적 변이에 관한 새로운 발견 (New Finding on Range Expansion and Geographic Variation of Eumicrotremus jindoensis(Cyclopteridae) Collected from Boryeong in the Western Coast of Korea)

  • 송영선;김맹진;김진구
    • 한국어류학회지
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    • 제33권3호
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    • pp.184-190
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    • 2021
  • 우리나라 진도에서 채집된 도치과(Cyclopteridae)의 긴꼬리엄지도치(Eumicrotremus jindoensis)는 2017년에 신종 보고 이후 추가적으로 서해 보령에서 1개체(22.3 mm SL)가 연안개량안강망으로 채집되었다. 그러나, 본 개체는 모식표본보다 더 많은 척추골수(26 vs. 21~24), 긴 주둥이길이(17.4% vs. 8.1~9.1%), 긴 항문장(67.5% vs. 58.0~58.3%), 그리고 짧은 제2등지느러미 앞 길이(15.3% vs. 20.2~20.8%)를 가지는 점에서 약간의 형태적 차이를 나타냈다. 미토콘드리아 DNA COI 영역과 Cytb 영역의 염기서열을 비교했을 때, 본 개체는 모식표본과 유전적인 차이는 발견할 수 없었다. 따라서 이러한 형태적인 차이는 우리나라 진도와 보령 해역의 서로 다른 서식지 및 환경 조건에 따른 지리적 변이로 추정된다. 우리나라 도치과 어류 중 엄지도치(E. uenoi)는 우리나라 남해역(부산, 통영 및 제주도)에서만 발견되고 있으며, 동 속의 우릉성치(E. asperrimus), 골린어(E. pacificus) 그리고 도치(E. taranetzi)는 모두 동해역에서만 서식하기 때문에, 긴꼬리엄지도치만이 우리나라 서해의 중부 및 남부해역에서 발견되는 점에서 매우 흥미롭다.

On Schmarda's lost earthworm and some newly found New Zealand species (Oligochaeta: Megadrilacea: Lumbricidae, Acanthodrilidae, Octochaetidae, & Megascolecidae s. stricto)

  • Blakemore, Robert J.
    • Journal of Species Research
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    • 제1권2호
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    • pp.105-132
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    • 2012
  • The saga of Megascolides orthostichon (Schmarda, 1861)-the first native worm described from Australasia-continues as its type-locality is unequivocally returned from Hobart, Tasmania to Mt Wellington, Auckland where a brief survey failed to unearth it. Since it has not been seen for 150 yrs, it may qualify under NZTCS or IUCN classification as 'Nationally Critical' if not 'Extinct'. New reports are for exotic Megascolecidae Anisochaeta kiwi sp. nov. and A. kiwi mihi sub-sp. nov. plus addition to the NZ faunal list of Australian Anisochaeta macleayi (Fletcher, 1889) that, due to its wide distribution in Australia and now New Zealand, may be a candidate model-species suitably resilient for eco-toxicological culture and monitoring. For holarctic Lumbricidae, new records are of Dendrobaena attemsi (Michaelsen, 1903) and the Murchieona muldali (Omodeo, 1956) morph or subspecies of M. minuscula (Rosa, 1906), neither lumbricid previously uncovered in Asia/Australasia. Also found for the first time outside its East Asian homeland is Eisenia japonica (Michaelsen, 1892) (which is compared to Japanese E. japonica hiramoto sub-sp. nov. and to E. anzac Blakemore, 2011). Records of these exotics plus recent new native species described by the author-including two, Rhododrilus mangamingi and Deinodrilus orcus spp. novae, herein-raise the numbers of megadriles known from New Zealand to 228 (sub-)species in five families. Preliminary mtDNA COI sequence barcodes are presented. Genus Tokea Benham, 1904 is revived on its lack of dorsal pores, losing or gaining some species with Megascolides M'Coy, 1878. An updated checklist of all 228 New Zealand taxa is appended.

한국 제주도에서 채집된 동갈돔과 어류, Ostorhinchus fleurieu 첫 기록 (First Record of the Flower Cardinalfish, Ostorhinchus fleurieu (Apogonidae) Collected from Jejudo Island, Korea)

  • 이강현;안순찬;김진구
    • 한국어류학회지
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    • 제36권2호
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    • pp.193-198
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    • 2024
  • 2023년 9월과 10월에 제주특별자치도 서귀포시 위미항에서 처음으로 동갈돔과에 속하는 1미기록종인 Ostorhinchus fleurieu (54.25 mm, 55.64 mm SL) 표본 2점이 채집되었다. O. fleurieu는 동속의 O. aureus와 매우 유사하지만, 새파수 (O. fleurieu는 19~23 vs O. aureus는 22~27), 꼬리자루 줄무늬의 형태(O. fleurieu는 가장자리가 불분명한 술통형 vs O. aureus는 가장자리가 뚜렷한 모래시계형) 등에서 잘 구분된다. 또한, 동갈돔과 2개체의 COI 염기서열 560 bp는 NCBI에 등록된 O. fleurieu의 염기서열(MT076481)과 100% 일치하였다. O. fleurieu의 새로운 국명으로 "꽃동갈돔"을 제안한다.