• 한국균학회지
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• 제20권4호
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• pp.315-323
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• 1992

재현성 있는 RAED marker들의 증폭을 위해서 PCR에 영향을 주는 조건들에 대해 조사를 하였다. 그 결과 약 15 ng의 DNA가 효과적인 PCR에 적합한 양이었으며 PCR에 사용되는 성분(reaction component)들의 농도가 PCR 결과에 있어서 상호의존관계에 있었고 DNA 용액에 포함되어 있는 RNA가 DNA 증폭을 방해하는 작용을 하였다. $25\;{\mu}l$의 PCR 반응용액에 30ng의 10-mer primer, $200\;{\mu}M$ dNTP, 0.001% gelatin, 1.5 mM $MgCl_2$, 10 mM Tris-Cl(pH 8.8), 50 mM KCl, 0.1%, Triton X-100, 2units의 Taq DNA polymerase, 그리고 RNA를 제거한 15 ng의 DNA를 사용한 결과 가장 재현성있는 RAPD marker들이 증폭되었다.

• 생명과학회지
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• 제17권1호
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• pp.24-30
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• 2007

꽃치자(Gardenia jasminoides var. radicans)와 열매치자(C. jasminoides for. grandiflora)는 Gardenia속으로는 우리나라에 두 분류군밖에 없으며 열매치자는 약용, 식용, 꽃치자는 방향제로 쓰인다. 그런데 꽃이 지고 나면 형태적으로 구분이 거의 되지 않는다 ISSR분석으로 이들 종의 유전적 다양도와 집단구조를 실시하였다. 88개의 DNA 분절에서 한 분류군에만 나타나는 특이밴드가 탐지되었다. 한국의 세 야생 집단은 분리되어 있고 패치 분포를 보이지만 재배종에 비해 높은 유전적 다양성을 유지하친 있었다. 열매치자가 꽃치자보다 유전적 다양성이 높았으며 ISSR 마커로 이들 분류군이 잘 분리되었다. 또한 야생 집단이 재배 집단보다 다양성이 약간 높으나 유의성은 없었다. 이는 재배화과정에서 유전적 다양성의 일부 상실이 있었으나 인위적인 채취와 식재로 야생 집단과 재배 집단의 유전적 교류가 존재하였음을 시사한다.

• Animal Systematics, Evolution and Diversity
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• 제25권3호
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• pp.325-329
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• 2009

Lepomis macrochirus from the family Centrarchidae, commonly known as Bluegill sunfish, is an introduced freshwater fish in Korea that thrives in lakes, ponds, reservoirs and rivers. Since its introduction into Korea in 1969, Lepomis macrochirus has rapidly dispersed out and increased in number almost all over the freshwater ecosystems in Korea. Consequently this species causes a severe ecological problem, threatening native fishes due to its omnivorous foraging behaviors upon fish juveniles and many freshwater invertebrates. To address population genetic structure of L. macrochirus, 74 fish samples from 10 populations were collected and compared for their mitochondrial D-loop control region. As the result we found that the genetic diversity of L. macrochirus is extremely low such as resulting only four haplotypes with a few nucleotide differences among them. Analysis of molecular variance (AMOVA) revealed that the source of population genetic variation is largely retained in the comparisons among individuals within populations, while it is relatively low with slight significance at the highest hierarchical group. This distribution pattern differs from what is expected when biogeography is under the influence of natural geographic barriers such as mountain ranges in Korea. Instead the result is accord with the influential role of random spreading events facilitated by local people for aquaculture and fishing, and subsequent dispersals since its single point of introduction into Korea.

• Parasites, Hosts and Diseases
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• 제57권6호
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• pp.699-704
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• 2019

Anisakiasis (anisakidosis) refers to a foodborne zoonosis caused by ingesting raw or undercooked marine fish or cephalopods infected with anisakid larvae. The present study was performed to investigate the prevalence of anisakid larvae in anchovies (Engraulis japonica) purchased from 2 local markets in Gyeongsangnam-do, the Republic of Korea (=Korea), during 2018-2019. Anchovies were transported to our laboratory and examined by pepsin-HCl artificial digestion technique followed by microscopic observations and molecular analyses. The overall prevalence of anisakid larvae was 19.5% (39/200), from which a total of 51 larvae (av. 1.3 larvae/infected anchovy) were recovered. Sequencing of the larvae targeting the ITS region, including ITS1, 5.8S rRNA, and ITS2 genes confirmed the species of larvae as Anisakis pegreffii (54.9%; 28/51), Hysterothylacium sinense (23.5%; 12/51), and Hysterothylacium aduncum (21.5%; 11/51). The results suggested that anchovies could be a potential source of human anisakiasis in Korea.

• Animal Systematics, Evolution and Diversity
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• 제38권4호
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• pp.226-237
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• 2022

Arcuospathidium is a haptorian ciliate genus composed of 18 species, and only one species has been reported in Korea. Here, we identify two unrecorded Arcuospathidium subspecies by morphological observation of both living and protargol-impregnated specimens with the small subunit ribosomal RNA (18S rRNA) gene sequence. These subspecies, Arcuospathidium cultriforme cultriforme (Penard, 1922) Foissner, 1984 and A. cultriforme scalpriforme (Kahl, 1930) Foissner, 2003, were isolated from various terrestrial habitats in July and August 2013, respectivley. Arcuospathidium cultriforme cultriforme is similar to A. cultriforme scalpriforme by a knife-shaped body, a twisted-shaped macronucleus, number of dorsal brushes, position of dorsal brushes, and shape of macronucleus but former mainly differs from the body length to oral bulge length ratio (27-38% vs. 41-53%), extrusome (one types vs. three types), cyst shape (roughly faceted wall vs. smooth surface and thin wall) and number of somatic kinety rows(18-30 vs. 30-44). Additionally, we analyzed the 18S rRNA gene sequences of two A. cultriforme subspecies and compared them with the sequences from GenBank to confirm their identification at the molecular level. As the results of genetic analysis, the 18S rRNA gene sequence of the Korean A. cultriforme cultriforme population is most similar to that of Austrian population. Also, the sequence of the Korean A. cultriforme scalpriforme population is most similar to that of another population with some nucleotide differences.

• 한국어류학회지
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• 제33권4호
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• pp.205-216
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• 2021

한 유전좌위 또는 소수의 유전좌위에 기반한 계통발생학적 재구성은 분자 계통수/종 계통수의 불일치로 인해 오해를 불러일으킬 수 있다. 종의 구분과 종내 연구에서도 적은 유전좌위를 사용할 때 통계력 부족으로 해상도가 낮은 경우가 많이 발생한다. 엑손 포획법은 게놈 규모의 데이터를 수집하는 가장 효율적인 방법 중 하나로, 종내 및 상위 수준에서 생물의 패턴과 역사를 구명하는 연구에 크게 이바지할 수 있다. 이 논문에서는 단일 유전자 방법에서 게놈 접근으로의 전환의 진보와 게놈 기술에 비해 엑손 포획법의 적용 이점을 설명하였다. 또한 엑손 포획법의 원리를 설명하고 이 방법의 적용을 위한 상세한 제언을 기술하였다. 최종적으로, 두 가지 적용을 활용한 엑손 포획법을 설명하고 이 기술에 대한 미래 전망을 논의하였다.

• 식물분류학회지
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• 제47권3호
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• pp.222-235
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• 2017

나도국수나무족에 속하는 Neillia속(나도국수나무속) 4종 4변종, Physocarpus속(산국수나무속) 5종, Stephanandra속(국수나무속) 2종을 포함, 총 3속 15분류군의 잎 표피 미세형태학적 형질을 주사전자현미경(scanning electron microscope)을 이용하여 관찰 및 기재하였으며, 형질의 분류학적, 계통학적 유용성을 검토하였다. Neillia속, Stephanandra속에서 기공복합체는 모두 배축면에만 존재하는 이면기공엽(hypostomatic type)이 나타났고, Physocarpus속에서는 P. monogynus, P. opulifolius에서만 양면기공엽(amphistomatic type)이 나타났다. 공변세포의 크기는 $12.02-34.39{\times}10.76-27.13{\mu}m$로 속과 종마다 다소 차이를 보이는데, N. thyrsiflora가 평균 $13.98{\times}12.43(L{\times}W){\mu}m$로 가장 작은 공변세포를 갖는 것으로 나타났으며, N. gracilis가 평균 $26.82{\times}20.67(L{\times}W){\mu}m$로 가장 크게 나타났다. 기공복합체의 형태는 N. affinis에서만 평행형(paracytic)이 나타났고, 대부분 불규칙형(anomocytic)이 확인되었다. 표피세포는 섬국수나무(Physocarpus insularis)에서만 배축면에서 유두상(papillate)이 관찰되어 구별되었으며, N. affinis, S. tanakae의 향축면에서 판형(platelets)의 표피상납질(epicuticular wax)이 나타나 구별되었다. 한편, 연구된 분류군에서 모용은 크게 단세포단모(unicellular non-glandular trichome), 2-5개 가지상 모용(two- to five-armed trichome), 성상모(stellate), 선모(glandular trichome), 총 4종류로 확인되었다. 특히, 섬국수나무를 제외한 Physocarpus속 모든 분류군에서 성상모가 나타나 구별되었다. 끝으로, 잎 표피 미세형태학적 형질 중 기공복합체의 형태, 유두상표피세포의 유무, 성상모의 유무 형질이 분류학적 및 계통학적으로 유용성이 있음을 밝혔고, 본 연구 결과, Stephanandra속의 Neillia속으로의 통합, 섬국수나무(Physocarpus insularis)의 Spiraea속(조팝나무속)으로의 전속을 주장한 이전의 분자계통학적 및 화분학적 연구 결과를 강력하게 지지하였다.

• 한국수산과학회지
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• 제33권2호
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• pp.103-109
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• 2000

열목어를 비롯한 산천어, 시마연어, 연어, 무지개송어 등 우리나라 연어아과 어류의 집단구조분석을 위한 기초자료를 얻기 위하여, 미토콘드리아 ribosomal RMA 유전자 영역의 염기서열변이를 비교${\cdot}$분석하였다. 미토콘드리아 DNA의 125 rRNA(945 bases, 열목어 의 경우 946 bases), Valine transfer RNA (72 bases), 및 16S rRNA(1513 bases) 등 3개의 유전자 영역에 걸쳐, 최대 2531 bases의 염기서열을 PCR/direct sequencing하여 얻었는데, 모든 염기변이중 전이가 월등히 우세하게 나타났으며, 종내${\cdot}$종간변이율은 모두 $0.5{\%}$이하로 낮게 나타나, 다른 영역에 비해 rRNA 유전자 영역에서의 염기서열이 매우 보존적임을 보여주었다. 또한, 미토콘드리아 rRNA 유전자 염기서열은 연어류의 속 (genus)단계 이상에서 집단분류표지인자로 유용하게 쓰일 수 있으리라 사료되어진다. 미토콘드리아 rRNA 염기서열자료를 기초로 구성된 phylogenetic tree를 통해 이들 종간의 진화적인 유연관계를 살펴본 결과, 시마연어가 무지개송어보다는 연어와 더 근연인 것으로 나타났으며, 열목어는 가장 유연이 먼 종임을 확인할 수 있었다.

• 한국균학회지
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• 제26권2호통권85호
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• pp.163-172
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• 1998

국내외에서 수집된 Pleurotus속 13종 32균주와 종(species)이 밝혀지지 않은 4균주 등 모두 36균주의 동위효소 분석에 의한 종간 유연관계를 파악하기 위하여 본 실험을 수행하였다. Pleurotus속 균주들의 균사체에서 수용성 단백질을 추출하여 등전점 전기영동 isozyme polymorphic banding pattern법으로 여섯 종류의 동위효소 즉 esterase, glucosephosphate isomerase, leucine aminopeptidase, malate dehdrogenase, peroxidase, phosphoglucomutase를 분석하여 총 166개 밴드를 확인하였고 36개 느타리 균주의 종간 다형성을 관찰하였다. Esterase가 종간에 가장 다양한 밴드 pattern을 나타내어 종의 구별에 아주 유용한 동위효소라 생각되며, 다른 동위효소에서도 종간 다형성을 관찰할 수 있었다. 동위효소 분석 결과 유연관계가 가장 가까운 종은 P. florida와 P. sajor-caju로 유사도가 약 89%였으며, 연구에 이용된 총 13종간의 유사도는 약 77%였다. 분류상 논란이 많이 되는 P. ostreatus는 P. pulmonarius 종과 확실히 구별되었으며 P. florida도 독립된 종으로 판명되었다. 그러나 P. sapidus와 P. spodoleucus 균주들은 확실한 종의 판명이 어려웠다. Isozyme polymorphic banding pattern 결과와 현미경적인 형태 분류에 의한 종 판명 결과가 몇 종을 제의하고는 일치하였다. 동위효소를 이용한 분류는 매우 유용하다고 판단되었다.