• Bioinformatics and Biosystems
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• 제1권2호
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• pp.109-114
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• 2006

프로테오믹스에서 얻는 탄뎀 질량 스펙트럼은 효소로 가수분해된 펩타이드의 전구이온(precursor ion) 분자량과 펩타이드에 에너지를 가하여 생성된 이온조각(fragment ion)들의 분자량값들로 구성된다. 탄뎀 질량스펙트럼의 전구이온 분자량은 단백질 서열 데이터베이스에서의 검객 과정에서 가장 먼저 고려하는 값이다. 단백질 검색 프로그램은 단백질 서열 중에 스펙트럼의 전구이온으로부터 계산된 분자량과 일치하는 펩타이드 서열들을 찾아내고, 이들 중의 하나를 이온조각들의 분자량 정보를 이용해서 선택한다. 이 때에 전구이온의 분자량은 사용자가 지정한 오차범위 내에서 일치하는 감을 검색하는데, 이때의 오차범위는 질량분석기의 정확도에 따라 결정된다. 본 논문에서는 인간 혈액의 혈장시료로부터 FT LTQ 질량분석기를 통해 얻어진 탄뎀 질량 스펙트럼에서 전구이온 분자량의 분포를 역순서열을 이용하여 분석하였다. 전구이온 분자량의 분포를 재해석하여 실험값의 정확도를 보정하고 단백질 동정의 성능을 향상시키는 방법을 모색하였다.

• Journal of Radiation Protection and Research
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• 제28권3호
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• pp.165-172
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• 2003

본 연구에서는 국내 원자력발전소가 위치한 지역의 토양(영광, 울진, 고리, 고성, 월성)에 존재하는 휴믹산(HA)을 추출하여 각 시료의 원소성분 및 분광학적 방법(UV/Vis, IR, CPMAS $^{13}C$ NMR)을 이용한 물질 특성을 조사하였고, Aldrich HA과 함께 비교 분석하였다. 분자량 크기 분포의 차이는 한외여과법을 이용하여 조사하였다. 원소분석 결과, 울진 지역의 HA에서 가장 높은 산소 함량비를 보였으며, 고리와 고성지역의 HA에서 상대적으로 낮은 산소 함량비를 보였다(O/C: 0.51(UJHA) vs. 0.43(KRHA), 0.46(KSHA)). 분자량 크기 분포는 울진과 영광 지역의 HA가 고리와 고성 지역의 HA에 비하여 30,000 daltons이상의 고분자가 더 높게 존재함을 알 수 있었다. CPMAS $^{13}C$ NMR, UV/Vis., IR 등의 분광학적 특성분석 결과, 울진과 영광 지역의 HA가 고리, 고성 및 월성 지역의 HA에 비하여 상대적으로 높은 방향족성(aromaticity)과 산소 포함 작용기의 함량이 높은 특성을 보였다. 이상의 결과로 볼 때, 울진과 영광지역의 HA가 상대적으로 더 높은 휴믹화(humification) 단계의 물질 특성을 가짐을 알 수 있었으며, 금속이온과의 반응성이 더 높을 것으로 예측된다.

• 에너지공학
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• 제17권1호
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• pp.38-45
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• 2008

본 연구는 캐나다산 아사바스카 오일샌드 역청(Athabasca Oilsands Bitumen)의 용매 불용분 실험(Solvent-Insolubles Experiment)을 통하여 아스팔텐(Asphaltenes : Solvent-Insolubles) 및 말텐(Maltenes : Solvent-Solubles)에 대한 다양한 물리 화학적 특성변화를 살펴보기 위하여 수행되었다. 용매는 n-Heptane, n-Hexane, n-Pentene의 3가지 용매를 사용하였고, 아스팔텐의 분리는 ASTM D 3279 방법을 응용하여 실시하였다. 역청, 아스팔텐, 말렌에 대한 분석항목은 원소분석, 분자량 분포, 비점 분포, 중금속 함량, API 비중, 점도, SARA 분포 등이다. 분석 결과 모든 말텐의 황 함량, 중금속 함량 및 분자량은 역청에 비하여 낮은 경향을 보였다. 그리고 n-Pentane 용매를 사용한 경우가 다른 용매에 비하여 말텐의 점도가 감소하였고, 황, 중금속 함량 및 분자량도 상대적으로 낮게 측정되었다. 따라서, 본 실험결과는 합성원유(SCO) 생산을 위한 역청의 경질화 공정에 필요한 기초자료로 활용할 수 있다고 판단된다.

• 식물분류학회지
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• 제39권1호
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• pp.35-41
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• 2009

노루오줌속(Astilbe)은 동아시아와 북미 동부에 격리되어 분포하는 양상을 보이는 속으로 잘 알려져 있다. 본 연구에서는 노루오줌속 및 근연 속을 대표하는 17종의 핵 리보솜 DNA의 ITS 염기서열에 기초한 계통수를 제작하여 노루오줌속의 분류, 형질 진화 및 계통지리에 대하여 고찰하였다. 베이스 추론법 등을 통해 계통수를 제작한 결과 Saxifragopsis가 노루오줌속의 자매군임이 확인되었고, 단성화, 무화피화, 7~11개로 갈라지는 꽃받침 등의 형질상태를 지니는 것으로 알려진 일본 고유종, A. platyphylla는 노루오줌속 계통수의 기부에서 가장 먼저 분리되었다. 북미에 격리 분포하는 분류군인 A. biternata 및 중국과 동남아시아에 분포하는 A. rivularis는 노루오줌속의 진화 초기에 갈라진 것으로 밝혀졌다. 한편, 화피가 있는 나머지 종들은 하나의 핵심군으로 확고하게 무리를 지었다. 핵심군 내에서는 일본, 대만, 필리핀 등지에 분포하는 종들("Japonica" clade) 이 단계통군을 이루었고, 중국 및 한국에 분포하는 종인 A. rubra var. rubra(노루오줌)과 A. koreana(숙은노루오줌), 즉 "Rubra" clade는 이들과 명확히 구분되는 진화 계열로 나타났다. A. biternata의 기원과 격리분포는 베링육교(Bering land bridges)를 통해 이루어진 것으로 추정되었다. 대만에 분포하는 2종과 A. philippinensis는 일본에 분포하는 분류군이 남하하면서 갈라져 나온 것으로 해석되었다. 노루오줌속 내에서 무화피화는 원시적 형질상태였으며, 이 형질상태는 적어도 두 개의 진화 계열에서 각각 독립적으로 기원하였을 것으로 추정되었다. 본 연구결과는 노루오줌속을 분류함에 있어서 잎의 유형(단엽/복엽)을 중요시했던 Engler의 분류 체계를 지지하지 않았으며, 꽃받침의 형태를 일차적으로 고려했던 Hara의 분류 견해를 지지하였다.

• Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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• 제16권8호
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• pp.3101-3109
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• 2015

Background: Methylenetetrahydrofolate reductase (MTHFR) is involved in amino acid synthesis and DNA function. Two common polymorphisms are reported, C677T and A1298C, that are implicated in a number of human diseases, including cancer. Objective: The association between MTHFR C677T and A1298C genotype and haplotype frequencies in risk for lung cancer (LC) was investigated in the Jordanian population. Materials and Methods: A total of 98 LC cases were studied for MTHFR C677T and A1298C polymorphisms, compared to 89 controls taken from the general population, employing the PCR-RFLP technique. Results: The frequency of the genotypes of MTHFR C677T among Jordanians was: CC, 59.6%, CT, 33%; and TT, 7.4% among LC cases and 49.4%, 40.2% and 10.3% among controls. No significant association was detected between genetic polymorphism at this site and LC. At MTHFR A12987C, the genotype distribution was AA, 29.5%; AC, 45.3%, and CC 25.3% among LC cases and 36.8%, 50.6% and 12.6% among controls. Carriers of the CC genotype were more likely to have LC (OR=2.5; 95%CI: 1.04-6; p=0.039) as compared to AA carriers. Smokers and males with the CC genotype were 9.9 and 6.7 times more likely to have LC, respectively ($OR_{smokers}=9.9$; 95%CI: 1.2-84.5, p=0.018; $OR_{men}=6.6$; 95%CI: 1.7-26.2, p=0.005). Haplotype analysis of MTHFR polymorphism at the two loci showed differential distribution of the CC haplotype (677C-1298C) between cases and controls. The CC haplotype was associated with an increased risk for lung cancer (OR=1.6; 95% CI: 1.03-2.4, p=0.037). Conclusions: The genetic polymorphism of MTHFR at 1298 and the CC haplotype (risk is apparently lower with the C allele at position 677) may modulate the risk for LC development among the Jordanian population. Risk associated with the 1298C allele is increased in smokers and in males. The results indicate that a critical gene involved in folate metabolism plays a modifying role in lung cancer risk, at least in the Jordanian population.

• 생명과학회지
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• 제27권4호
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• pp.408-416
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• 2017

부산광역시에 분포하는 생태계교란식물에 대해 종 다양성과 분포현황을 규명하고자 연구를 수행하였다. 연구 결과 부산광역시에는 10종의 생태계교란식물이 분포하고 있는 것으로 확인되었으며, 국내에서 높은 종 다양성을 보이는 지역으로 확인되었다. 집괴분석을 통해 미국쑥부쟁이 우점군락, 가시상추 우점군락, 돼지풀 우점군락, 애기수영 우점군락, 도깨비가지 우점군락 등이 높은 유사성을 나타내는 것으로 확인되었다. 생태계 교란식물은 우점군락 내에서 다른 생태계 교란식물이 함께 혼생하는 경향을 보여, 유사한 서식처를 공유하고 있는 것올 밝혀졌다. 부산시에서 가장 광범위한 분포경향을 보이는 종은 가시상추(16개 구)이며, 돼지풀(11개 구), 미국쑥부쟁이(11개 구), 애기수영(10개 구) 등이 넓은 분포를 보였다. 행정구역 중 가장 다양한 생태계교란식물이 출현한 지역은 강서구(8종)와 북구(8종)이며, 인위적 간섭이 높으면서 다양한 서식처가 존재하는 지역들로 확인되었다. 부산광역시의 종별 서식처 환경정보가 수집되었다. 본 연구를 통한 결과는 부산광역시 내 생태계교란식물의 현황파악과 더불어 효율적 관리와 확산 방지를 위한 기초자료로 활용될 수 있을 것으로 기대된다.

• IMMUNE NETWORK
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• 제9권4호
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• pp.138-146
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• 2009

Background: The MHC region of the chromosome contains a lot of genes involved in immune responses. Here we have investigated the mouse NG29/Cd320 gene in the centrometrically extended MHC region of chromosome 17. Methods: We cloned the NG29 gene by RT-PCR and confirmed the tissue distribution of its gene expression by northern blot hybridization. We generated the NG29 gene expression constructs and polyclonal antibody against the NG29 protein to perform the immunofluorescence, immunoprecipitation and flow cytometric analysis. Results: The murine NG29 gene and its human homologue, the CD320/8D6 gene, were similar in the gene structure and tissue expression patterns. We cloned the NG29 gene and confirmed its expression in plasma membrane and intracellular compartments by transfecting its expresssion constructs into HEK 293T cells. The immunoprecipitation studies with rabbit polyclonal antibody raised against the NG29-NusA fusion protein indicated that NG29 protein was a glycoprotein of about 45 kDa size. A flow cytometric analysis also showed the NG29 expression on the surface of Raw 264.7 macrophage cell line. Conclusion: These findings suggested that NG29 gene in mouse extended MHC class II region was the orthologue of human CD320 gene even though human CD320/8D6 gene was located in non-MHC region, chromosome 19p13.

• Molecules and Cells
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• 제25권1호
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• pp.20-29
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• 2008

Cytoplasmic male sterility (CMS), one of the most important traits in crop breeding, has been used for commercial seed production by $F_1$ hybrid cultivars of pepper (Capsicum annuum L.). To develop reliable molecular markers for allelic selection of the Restorer-of-fertility (Rf) gene, which is known to be a major determinant of pollen fertility restoration in peppers, a sequence of approximately 10 kb flanking an RAPD fragment closely linked to the Rf locus was obtained by genome walking. A homology search revealed that this sequence contained an LTR retrotransposon and a non-LTR LINE-like retrotransposon. Sequencing of this Rf-linked region to search for polymorphisms between a dominant and recessive allele revealed 98% nucleotide sequence identity between them. A third polymorphic haplotype of the Rf-linked sequence, which has 94-96% nucleotide sequence identity with the two previously isolated haplotypes, was identified among a large number of breeding lines. Utilizing polymorphic sequences in the haplotypes, PCR markers were developed for selection of particular haplotypes and used to examine the distribution of the haplotypes in diverse breeding lines, cultivars, and C. annuum germplasms. Surprisingly, the third haplotype was the predominant type in C. annuum germplasms, while its frequency in $F_1$ hybrid cultivars was relatively low. Meanwhile, analysis of breeding lines whose Rf allele genotypes and male-sterility phenotypes were already known revealed that the third haplotype was mainly present in exotic breeding lines that cause unstable male-sterility when combined with sterile cytoplasms.

• 한국자기공명학회논문지
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• 제19권2호
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• pp.67-73
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• 2015

The microcystin is a cyclic heptapeptide from metabolites of cyanobacteria in the genera mycrocystis, anabaeba as a result of eutrophication. It has been known that microcystin-LR is a potent inhibitor of the catalytic subunits of protein phosphatase-1 (PP-1) as well as powerful tumor promoter. The active site of microcystin actually has two metal ions $Fe^{2+}/Zn^{2+}$ close to the nucleophilic portion of PP-1-microcystin complex. We report the isolation and purification of this microcystin-LR from cyanobacteria (blue-green algae) obtained from Daechung Dam in Chung-cheong Do, Korea. Microcystin-LR was extracted from solid-phase extraction (SPE) sample preparation using a CN cartridge. The cyanobacteria extract was purified to obtain microcystin-LR by HPLC method and identified by LC/MS. The detail structural studies that can elucidate the possible role of monovalent and divalent metal ions in PP-1-microcystin complexation were carried out by utilizing molecular dynamics. Conformational changes in metal binding for ligands were monitored by molecular dynamic computation and potential of mean force (PMF) using the method of the free energy perturbation. The microcystin-metal binding PMF simulation results exhibit that microcystin can have very stable binding free energy of -10.95 kcal/mol by adopting the $Mg^{2+}$ ion at broad geometrical distribution of $0.5{\sim}4.5{\AA}$, and show that the $K^+$ ion can form a stable metal complex rather than other monovalent alkali metal ions.

• Applied Biological Chemistry
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• 제46권4호
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• pp.280-284
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• 2003

농업용 살균제와 살충제로서의 활용성 진단과 예측평가 자료로 사용하기 위하여 상용화 된 살균제 133품목과 살충제 152품목의 활성 성분들에 대하여 소수성(LogP), 쌍극자능율(DM), HOMO 및 LUMO 에너지, molar refractivity(MR), polarizability(Pol), van der Waals 분자 표면적 및 부피(Vol), 분자량 및 수화 에너지(hydralion energy) 등, 10 가지의 다양한 물리-화학 파라미터들을 계산하였다. 그리고 살균제와 sterol 생합성 저해제 (DMI: demethylation inhibitor) 및 살충제와 acetylcholine esterase 저해제(AChE)이 가지는 특정한 물리-화학 파라미터들의 범위 값을 설정하였다. 그 결과에 기초하여 다양한 화합물들이 작물 보호제로서 살균제와 살충제로의 활용 가능성이 예측될 것으로 판단되었다.