• Molecules and Cells
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• 제26권2호
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• pp.140-145
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• 2008

Expression of olive flounder hepcidin I (HepI) fused with truncated OmpA signal peptides ($OmpASP_{tr}$) as directional signals does not produce soluble fusion proteins. However, by inserting amino acid segments (xxx) varying in pI and hydrophobicity/hydrophilicity into a leader sequence containing a truncated OmpASP ($OmpASP_{tr}$) and a factor Xa cleavage site (Xa) [$OmpASP_{tr}{\mid}(xxx){\mid}Xa$], we were able in some cases to express soluble recombinant HepI. Soluble expression of the recombinant protein strongly correlated with (xxx) insertions of high pI and hydrophilicity. Therefore, we modified the $OmpASP_{tr}{\mid}(xxx){\mid}Xa$ sequence by inserting Arg and Lys into (xxx) to increase the hydrophilicity of the signal peptide region. These modifications enhanced the expression of soluble recombinant HepI. Hydropathic profile analysis of the $OmpASP_{tr}{\mid}(xxx){\mid}Xa$ HepI fusion proteins revealed that the transmembrane-like domains derived from the $OmpASP_{tr}{\mid}(xxx){\mid}Xa$ sequence were larger than the internal positively charged domain native to HepI. It should therefore be possible to overcome the obstacle of internal positively charged domains to obtain soluble expression of recombinant proteins by monitoring the hydrophilicity and hydropathic profile of the signal peptide region using a computer program.

• Transactions on Electrical and Electronic Materials
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• 제18권2호
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• pp.89-92
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• 2017

The performance of three-layered organic light-emitting diodes (OLEDs) was investigated using TPD hole-transport and injection layers, Teflon-AF, and the electron-injection layer of $Li_2CO_3$ and LiF. The OLEDs were manufactured in a structure of TPD/$Alq_3$/LiF, TPD/$Alq_3$/$Li_2CO_3$, and AF/$Alq_3$/LiF using low-molecular organic materials. In three different three-layered OLEDs, it was found that the device with the TPD/$Alq_3$/LiF structure shows higher performance in maximum luminance, and maximum external quantum efficiency compared to those of the device with TPD/$Alq_3$/$Li_2CO_3$ and TPD/$Alq_3$/LiF by 35% and 17%, and 193% and 133%, respectively. It is thought that the combined LiF/Al cathode contributes to a reduced work function and improves an electrical conduction mechanism due to the electron injection rather than the hole transport, which then increases a recombination rate of charge carriers.

• 한국융합학회논문지
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• 제8권12호
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• pp.31-38
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• 2017

본 연구는 콩과 식물인 비수리의 유용유전자를 NGS (Next Generation Sequencing)와 분자생물학의 융합적인 연구를 통해 분리하고 가능성을 알아보고자 시행하였다. 비수리는 자원식물이지만 많은 유용물질을 가지고 있다. 특히 항당뇨 기능을 하는 D-pinitol을 많이 함유하고 있는데 아직까지 비수리에서 D-piniol의 생합성에 관련된 유전자가 분리 되지 않았다. 비수리에 비생물학적 스트레스(가뭄)를 처리하고 처리하지 않은 대조군과 같이 total RNA를 추출한 후에 library를 만들어 NGS를 실시하였다. 이를 통해 D-pinitol 생합성에 관련된 유전자들을 분리하여 in silico 상에서 염기서열을 확인하였다. 이를 뒷받침하기 위해 Blast 프로그램을 사용하여 D-pinitol 생함성에 관여하는 ononitol epimerase를 확인하였고 in vitro 상에서도 RT-PCR을 통해 유전자 발현이 증가됨을 확인함으로써 융합적 연구를 통해 유전자를 찾고 분리하여 발현양상을 확인하였다.

• 한국진공학회:학술대회논문집
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• 한국진공학회 2015년도 제49회 하계 정기학술대회 초록집
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• pp.61.1-61.1
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• 2015

Nanoscale semiconductor plasma processing has become one of the most challenging issues due to the limits of physicochemical fabrication routes with its inherent complexity. The mission of future and emerging plasma processing for development of next generation semiconductor processing is to achieve the ideal nanostructures without abnormal profiles and damages, such as 3D NAND cell array with ultra-high aspect ratio, cylinder capacitors, shallow trench isolation, and 3D logic devices. In spite of significant contributions of research frontiers, these processes are still unveiled due to their inherent complexity of physicochemical behaviors, and gaps in academic research prevent their predictable simulation. To overcome these issues, a Korean plasma consortium began in 2009 with the principal aim to develop a realistic and ultrafast 3D topography simulator of semiconductor plasma processing coupled with zero-D bulk plasma models. In this work, aspects of this computational tool are introduced. The simulator was composed of a multiple 3D level-set based moving algorithm, zero-D bulk plasma module including pulsed plasma processing, a 3D ballistic transport module, and a surface reaction module. The main rate coefficients in bulk and surface reaction models were extracted by molecular simulations or fitting experimental data from several diagnostic tools in an inductively coupled fluorocarbon plasma system. Furthermore, it is well known that realistic ballistic transport is a simulation bottleneck due to the brute-force computation required. In this work, effective parallel computing using graphics processing units was applied to improve the computational performance drastically, so that computer-aided design of these processes is possible due to drastically reduced computational time. Finally, it is demonstrated that 3D feature profile simulations coupled with bulk plasma models can lead to better understanding of abnormal behaviors, such as necking, bowing, etch stops and twisting during high aspect ratio contact hole etch.

• 전자공학회논문지 IE
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• 제43권1호
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• pp.1-4
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• 2006

중합 박막 트랜지스터의 특성은 유기 반도체에 앞서 게이트유전체 표면의 화학적 변형에 의해 조절 가능하다. 화학적 처리는 자기조립 단분자막 형태의 유전물질과 함께 파생된 tantalum pentoxide($Ta_2O_5$) 표면으로 구성된다. Octadecyl trichlorosilane(OTS), hexamethyldisilazane (HMDS), aminopropyltreithoxysilane(ATS) 자기조립 단분자막의 성장은 중합체로 결합된 poly-3-hexylthiophene(P3HT)의 분위기에서 $0.01\sim0.06cm2/V{\cdot}s$의 이동도로 진행되었다. 이동도 향상 메커니즘은 중합체와 자기조립 단분자막 사이의 분자 상호작용에 영향을 미치는 것으로 확인하였다. 이는 향후 ploymer TFT의 유전박막 중 하나로서 유용하게 사용 될 것이다.

• 한국정보과학회논문지:소프트웨어및응용
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• 제31권3호
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• pp.343-352
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• 2004

최근 생물정보학의 발전과 함께 생물 관련 정보들이 기하급수적으로 증가하고 있다 연구 대상 도 DNA, RNA, 단백질에서 더 나아가 이들의 상호작용 및 조절 메커니즘에 의해 기능들이 어떻게 수행되는 지에 관한 바이오패스웨이까지 포함하게 되었다. 바이오패스웨이는 광대한 양의 정보를 포괄하며 구성체 사이의 유기적 관계를 나타내고 있는 것이므로 이를 컴퓨터로 처리하기 위해서는 보다 명료하며 직관적인 표현이 요구된다. 그러나 기존 시스템에서 사용하는 표기법들은 명료하게 해석될 수 없는 경우가 많고 표현 가능한 영역이 특정 한 단면에만 국한되어 있으며 같은 정보를 표현하여도 시스템마다 표현 레벨과 방식이 달라 시스템 확장 및 통합이 어려운 상황이다. 본 논문에서는 다양한 종류의 바이오패스웨이 지식을 체계적인 단일 표기법을 사용하여 보다 명료하고 효율적으로 표현하며 단일화되고 통일된 UniPath 표기법을 제안하였다. 또한 이 표기법을 적용하여 바이오패스웨이 지식을 그래프 형태로 편집함으로써 그 정보를 등록하며 XML 포맷으로 쉽게 변환할 수 있는 프레임 기반 지식 표현 시스템을 설계하고 실제 데이타에 적용함으로써 타당성을 검증하였다.

• 한국정보과학회논문지:시스템및이론
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• 제29권1호
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• pp.16-21
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• 2002

반복적인 문자열에 대한 연구는 최근 들어 여러 분야에서 활발히 진행되어 왔다. 특히, DNA 염기서열의 분석 등 분자생물학에서 그 필용성이 대두되어 있다. 주기 커버, 시드 시퀘어 등이 반복적인 문자열의 대표적인 예들이다. 근사문자열 매칭 분야에서도 근사주기, 근사스퀘어 등 반복적인 문자열에 관 한 연구가 진행되고 있다. 본 논문에서는 근사커버의 개념을 제시한다. 길이가 각각 m, n 인 두 문자열 P. T가 주어졌을 때, P가 T의 근사커버가 되는 최소의 편집거리를 O(mn) 시간, 최소의 가중편집거리를 $O(mn^2)$시간에 찾는 알 고리즘을 제시한다. 또한 문자열 T만 주어졌을 때. T의 최소 근사커버 거리를 갖는 문자열 P를 찾는 문제가 NP-완전 결과임을 증명한다.

• 한국결정성장학회지
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• 제7권1호
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• pp.143-150
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• 1997

본 연구는 수소로 희석된 $B_2H_6$를 도판트 소스 가스로 사용하여 이온 질량 주입(ion mass doping)을 하였을 때 다결정 박막의 전기적 특성과 도판트의 활성화시 방사 손상(radiation damage)의 효과에 대하여 고찰하였다. 다결정 박막에서 보론(boron)의 SIMS 분석과 컴퓨터 시뮬레이션인 TRIM92를 비교해서 가장 주입 확률이 높은 이온의 종류는 $B_2H_x\;^+$(x=1, 2, 3‥‥) 형태의 분자 이온임을 알았다. 높은 에너지의 질량 이온 주입 결과 시간에 따라 변화하는 비정질화된 층의 분율이 다결정 박막 내에 연속적인 비정질 충으로 존재하였다. 주입 이온의 질량 분리가 일어나지 않는 이온 질량 주입법(ion mass doping technique)에 의해 비정질화는 유발된다. 손상된 시편의 중간 열처리 온도 범위에서 도판트 활성화 거동과 역 열처리(reverse annealing) 효과가 관찰되었다. 이와 같은 연구의 결과 p-채널 다결정 박막 트랜지스터의 오프 스테이트(off-state) 전류는 방사 손상(radiation damage)에 의존한다.

• 센서학회지
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• 제15권3호
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• pp.192-198
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• 2006

In this study, the light addressable potentiometric sensors (LAPS) with $Si_{3}N_{4}/SiO_{2}/Si$, and $Ta_{2}O_{5}/SiO_{2}/Si$ structures were fabricated. The penicillinsae was immobilized on the devices to hydrolyze the penicillin using self-assembled monolayer (SAM) method. Then response characteristics according to the penicillin concentrations were measured and compared. The measuring system was simplified by using LabVIEW. The pH response characteristics of fabricated devices are 56 mV/pH ($Si_{3}N_{4}$ sensing membrane) and 61 mV/pH ($Ta_{2}O_{5}$ sensing membrane). The sensitivity of sensor by enzyme reaction result of the enzyme reaction were 60 mV/decade and 74 mV/decade for $Si_{3}N_{4}/SiO_{2}/Si$ and $Ta_{2}O_{5}/SiO_{2}/Si$ structure, respectively, in the range of $0.1\;mM{\sim}10\;mM $of the penicillin concentration.

• BMB Reports
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• 제34권2호
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• pp.109-113
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• 2001

The Serratia marcescens metalloprotease inhibitor (SmaPI) is a proteinase inhibitor toward Serratia marcescens metalloprotease (SMP). The three-dimensional structure of SmaPI was calculated by computer modeling using the structure complex between SMP and the Erwinia chrysanthemi inhibitor as a template. Based on this model structure, the substitution of the amino acid residues, Ala4, Leu-5, Pro-6, and Thr-7, were located at the hinge region of the N-terminal segment by site-directed mutagenesis. Although the A4R and T7A mutant SmaPIs showed a nearly full inhibitory activity, the inhibitory activity of SmaPI decreased significantly when the Leu-5 was converted to Ala, Gly, Ile, or Val. Surprisingly, the L5I and L5V mutant SmaPIs showed less inhibitory activities than the L5A mutant. From these results, we suggested that the orientations and positions of respective aliphatic groups in the side-chain of position 5 mainly affected the inhibitory activity of SmaPI. The overall side-chain hydrophobicity was only slightly affected. The side-chain of the Leu-5 residue contributed approximately 0.79 kcal/mol out of 8.44 kcal/mol to the binding of SmaPI with SMP The inhibitory activities of P6A and F6G were also severely decreased. The Pro-6 may have a critical role in maintaining the strict conformation of the N-terminal portion that may be important in the inhibitory activity of SmaPI. In conclusion, Leu-5 and Pro-6 have crucial roles in the inhibitory function of SmaPI toward SMP.