• Applied Biological Chemistry
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• 제38권6호
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• pp.516-521
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• 1995

항 MRSA 물질을 찾기 위하여 찬국 해양 토양을 검색하였고, 거기서 분리된 방선균의 이차 대사물질 중 항 MRSA 효능을 보이는 물질을 AM3이라고 명명하고 이에 대한 연구를 하였다.

• 대한전기학회:학술대회논문집
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• 대한전기학회 2007년도 제38회 하계학술대회
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• pp.1534-1535
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• 2007

This paper describes a novel microfluidic device with a microfabricated electrospray source for a sheathless electrospray ionization interface to a mass spectrometer. This electrospray ionization-mass spectrometry (ESI-MS) device consists of a triangular-shaped metal emitter, allowing the generation of an efficient electrospray for peptide detection, and microfluidic channels monolithically in a glass microchip. The performance of the proposed interface was evaluated by opimizing its experimental condition and spraying standard peptides. The spraying has high signal strength and stability, with a relative standard deviation of 2.9% and singly-charged and doubly-charged peaks of the peptides were successfully detected. The metal emitter source showed a good performance to be comparable to commercially available emitters in signal strength and stability.

• Bulletin of the Korean Chemical Society
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• 제32권1호
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• pp.201-207
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• 2011

Peroxisome proliferator-activated receptors (PPARs) are members of nuclear receptors and their activation induces regulation of fatty acid storage and glucose metabolism. Therefore, the $PPAR\gamma$ is a major target for the treatment of type 2 diabetes mellitus. In order to generate pharmacophore model, 1080 known agonists database was constructed and a training set was selected. The Hypo7, selected from 10 hypotheses, contains four features: three hydrogen-bond acceptors (HBA) and one general hydrophobic (HY). This pharmacophore model was validated by using 862 test set compounds with a correlation coefficient of 0.903 between actual and estimated activity. Secondly, CatScramble method was used to verify the model. Hence, the validated Hypo7 was utilized for searching new lead compounds over 238,819 and 54,620 chemical structures in NCI and Maybridge database, respectively. Then the leads were selected by screening based on the pharmacophore model, predictive activity, and Lipinski's rules. Candidates were obtained and subsequently the binding affinities to $PPAR\gamma$ were investigated by the molecular docking simulations. Finally the best two compounds were presented and would be useful to treat type 2 diabetes.

• 멤브레인
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• 제33권6호
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• pp.447-453
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• 2023

컴퓨터 시스템의 성능 및 다양한 전산모사 프로그램의 발전으로 더 복잡한 원소로 이루어진 화학시스템의 해석이 가능해지고, 그에 따라 분자동역학 전사모사를 활용한 연구가 활발히 이루어지고 있다. 특히, 기존에는 실험위주로 진행되던 고분자 막에 대한 기체 투과 특성을 계산하는 연구가 관심을 받고 있고, 식품포장, 의약품등에 사용되고 있는 기체차단성 막에 대한 분자동역학 연구가 많이 이루어지고 있다. 최근 실크 피브로인을 이용해 코팅막을 만들었을 때 기체 차단 효과가 나타난다는 보고가 있었고, 본 연구에서는 이러한 실크 피브로인을 활용해 복합막을 만들었을 때 산소 차단 효과가 나타나는지 확인하고자 분자동역학 전산모사를 이용해 연구를 진행하였다. 단일 모델을 제작하고 기체 투과 특성을 계산하고 실험값과 비교를 통해 모델이 실제 실험 결과를 반영하는 것을 확인하였고, 실제 복합막 모델을 만들어 고분자 내에서 기체 이동경로 분석을 진행한 결과 산소 분자가 피브로인 영역을 통과하지 못하고 막히는 것을 보여주었다. 따라서, 실크 피브로인이 도입된 복합막이 산소 차단 성능이 우수하여, 식품포장 등에 유용할 것으로 기대된다.

• Macromolecular Research
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• 제9권4호
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• pp.185-196
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• 2001

The self-assembly of block copolymers can lead to a variety of ordered structures on a nanometer scale. In this article, the self-assembling behaviors of triblock copolymers in the melt and the selective solvent are described with the results obtained from the computer simulations. With the advances of computing power, computer simulations using molecular dynamics and Monte Carlo techniques make it possible to study very complicated phenomena observed in the self-assembly of triblock copolymer. 13king full advantage of the computer simulation based on well-defined model, the effects of various structural and thermodynamic parameters such as the copolymer composition, the block sequence, the pairwise interaction energies, and temperature on the self-assembly are discussed in some detail. Some simulation results are compared with experimental ones End analyzed by comparing them with the theoretical treatment.

• 한국정밀공학회지
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• 제25권8호
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• pp.96-103
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• 2008

In this study, we performed the biomechanical analysis of cervical plate systems by using a computer simulation based on finite element method to derive reliable model by analysis of design variables and fatigue behavior. To simulate the cervical spine movement in-vivo state by surgery, we modeled the cervical plate system which consisted of screws, rings, rivets, and plate and Ultra High Molecular Weight Polyethylene (UHMWPE) Block. The experiment of cervical plate system followed the ASTM F1717 standards that covered the materials and methods for the static and fatigue testing. The result of computer simulation is compared with experimented test. We expected this study is to derive reliable results by analysis of design variables and fatigue behavior for developing a new model.

• 한국컴퓨터그래픽스학회논문지
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• 제12권2호
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• pp.19-25
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• 2006

정보생물학 분야에 있어서 분자 구조를 3차원으로 렌더링하여 보여주는 것은 매우 중요한 작업이다. 특히 분자의 표면 렌더링은 분자의 3차원 구조 분석 등에 중요하게 사용된다. 그러나 분자 표면 렌더링을 수행하기 위해서는 많은 양의 폴리곤이 필요하게 된다. 대장균 바이러스와 같은 분자량이 많은 거대 분자를 자연스럽게 렌더링 하기 위해서는 고성능이며 고가의 그래픽 전용 워크스테이션을 사용해야 한다. 본 논문에서는 PC급 시스템에서도 거대 분자를 무리 없이 렌더링 할 수 있는 효율적인 알고리즘을 제안 하였다. 제안하는 알고리즘은 사용자의 시점에서 최적의 성능 및 시각적인 기여를 할 수 있는 적응형 상세 단계 렌더링을 수행한다. 제안된 알고리즘을 사용하여 거대 분자 모델의 렌더링시 대화식 프레임 수준이상의 성능향상을 보이며, 또한 시각적으로도 분자 모델이 가진 중요한 기하학적인 특성을 유지 할 수 있다.

• 한국정보과학회:학술대회논문집
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• 한국정보과학회 2005년도 한국컴퓨터종합학술대회 논문집 Vol.32 No.1 (B)
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• pp.259-261
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• 2005

수천개의 Gene Expression Measurement를 생성해 내는 DNA Microarray 연구는 조직과 세포의 표본으로부터 진단에 유용한 Gene Expression 정보를 모으게 된다. 이런 종류의 Data를 분석하기 위하여 SVM(Support Vector Machine)을 사용한 새로운 방법이 연구되어왔다. 본 논문에서는 Gene Expression Data에 대한 고유벡터(Eigen Vector)를 이용하여 SVM의 성능을 향상시키고 질병진단에 유용한 Gene을 찾아 내는 알고리즘을 기술한다. 고유벡터를 통하여 Gene을 선택적으로 SVM Learning에 참가 시키고 분류의 결과를 통하여 추가된 Gene이 질병 진단에 미치는 영향력을 알아냄으로써 질병에 대한 Gene 역할을 파악 하는데 활용할 수 있다.

• 한국정보과학회논문지:시스템및이론
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• 제33권7호
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• pp.380-389
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• 2006

본 논문에서는, MGrid 시스템과 이를 통한 응용 어플리케이션으로서 Glycoconjugates 시뮬레이션 데이타베이스 구축에 대한 연구를 소개한다. MGrid 시스템은 분자 시뮬레이션 계산 및 분석에 대한 그리드 서비스를 상호 운용 가능한 방법으로 제공하는 그리드 시스템이다. e-Glycoconjugates는 당접합체류의 분자 시뮬레이션을 수행하는 그리드 포털이다. 이 프로젝트는 MGrid 시스템을 통해 PDB와 같은 단백질 구조 데이타베이스 상에서 지금까지 알려진 2000 여개의 glycan chain들과 100 여개의 당접합체류에 대한 분자 시뮬레이션 데이타베이스 구축을 목표로 하고 있다. 본 논문에서는, MGrid 시스템의 목표와 시스템 아키텍처, 현재 시스템의 구현과 e-Glycoconjugates의 초기 결과를 기술하고자 한다.

• 한국정보디스플레이학회:학술대회논문집
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• 한국정보디스플레이학회 2009년도 9th International Meeting on Information Display
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• pp.169-172
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• 2009

We developed ultra-accelerated quantum chemical molecular dynamics and characterization simulators for study and design of plasma display panel (PDP) related materials. By use of these simulators, realistic structure of PDP materials is drawn on the computer. Furthermore, based on the structures, various properties such as secondary electron emission coefficient are successfully evaluated. In this report, we will discuss the theoretical secondary electron emission coefficient for several protecting layer materials and the effect of surface structure on the properties based on the result of atomistic simulations.