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Study on Genetic Evaluation for Linear Type Traits in Holstein Cows

  • Lee, Deukhwan;Oh, Sang;Whitley, Niki C.
    • Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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    • 제23권1호
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    • pp.1-6
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    • 2010
  • The objectives of this study were to i) investigate genetic performance for linear type traits of individual Holstein dairy cows, especially focusing on comparative traits, and to estimate genetic variances for these traits using actual data, and ii) compare genetic performance and improvement of progeny by birth country of the cows. Linear type traits defined with five comparative traits on this study were general stature composite (GSC), dairy capacity composite (DCC), body size composite (BSC), foot and leg composite (FLC), and udder composite (UDC). These traits were scored from 1 to 6 with 1 = poor, 2 = fair, 3 = good, 4 = good plus, 5 = very good and 6 = excellent. Final scores (FS) were also included in this study. Data used was collected from the years 2000 to 2004 by the Korea Animal Improvement Association (KAIA). Only data of more than five tested cows by herd appraisal date and by sires having more than ten daughters were included to increase the reliability of the data analyses. A total of 30,204 records of the selected traits, which was collected from 26,701 individuals having pedigree information were used. Herd appraisal date, year of age, lactation stage (grouped by month), and time lagged for milking (in hours) were assumed as fixed effects on the model. Animal additive genetic effects considering pedigree relationship and residual errors were assumed with random effects. Year of age at appraisal date was classified from one to nine years of age, assigning the value of nine years of age for animals that were greater than or equal to nine years of age. From our results, the estimate for heritability was 0.463, 0.346, 0.473, 0.290, and 0.430 on GSC, DCC, BSC, FLC and UDC, respectively. The estimate for FS heritability was 0.539. The greatest breeding values for GSC were estimated for Canada, with the breeding values for American lines increasing for 10 years starting in 1989 but tending to decrease after that until 2004. For DCC, the breeding values for American and Canadian lines showed similar patterns until 1999, after which the breeding values for the American lines declined sharply. For BSC, data from Korea, Canada and the USA followed similar trends overall except when the breeding values of the American lines decreased starting in 1999. Overall, the methods used to evaluate genetic performance in this study were acceptable and allowed for the discovery of differences by country of genetic origin, likely due in part to the American use of selection indexes based primarily on milk yield traits until methods for evaluating other traits began to emerge.

BIM기반 견적자동화 체계구축을 위한 물량 데이터 유형 분석 체계 개발 (A System Development of Quantity Data Type Analysis for BIM based Automation of Estimation Framework)

  • 이재준;신태홍;김성아;강명구;진상윤
    • 한국건설관리학회:학술대회논문집
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    • 한국건설관리학회 2008년도 정기학술발표대회 논문집
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    • pp.744-747
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    • 2008
  • 설계도면을 중심으로 산출되는 물량정보는 건설 프로젝트 생애주기 동안에 프로젝트 참여주체들에게 비용과 관련한 의사결정에 결정적인 역할을 하는 매우 중요한 정보이다. 이러한 정보를 생성하는 물량산출 업무가 수작업에 많이 의존하다보니 작업자의 실수에 의한 오류가 빈번하게 발생하고, 견적담당자의 노하우에 따라 물량의 차이가 존재하기도 한다. 또한, 설계변경에 의해서 물량산출을 위한 재작업에 들어가게 될 경우 모든 물량산출 프로세스를 다시 거쳐야 하는 문제가 있다. 이러한 제반 문제는 견적자동화를 통해 물량산출의 정확성 확보 및 설계변경 시 요구되는 물량산출의 대응력에 대한 요구를 증대시키고 있으며, 최근 3D CAD Modeler에서 생성된 3D CAD 모델을 기반으로 견적업무프로세스를 자동화하려는 연구가 다양한 관점에서 시도되고 있다. 그러나 기존 연구에서는 특정 3D CAD Modeler를 중심으로 한 견적자동화에 대한 연구로 다양한 3D CAD Modeler에서 생성된 3D CAD 모델로부터 물량정보를 취득하기 위한 공통체계 구축하고 이를 기반으로 BIM기반 견적자동화를 이루는 데 한계를 가지고 있다. 따라서 본 연구에서는 이러한 BIM기반 견적자동화 체계구축을 위한 기반 연구로 다양한 3D CAD Modeler로부터 물량산출을 자동화하기 위해 Modeler가 내부적으로 가지고 있는 Quantity Data Type을 추출하고, 이를 분석 및 검증할 수 있는 체계를 개발하였다.

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Recommendation of Nitrogen Topdressing Rates at Panicle Initiation Stage of Rice Using Canopy Reflectance

  • Nguyen, Hung T.;Lee, Kyu-Jong;Lee, Byun-Woo
    • Journal of Crop Science and Biotechnology
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    • 제11권2호
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    • pp.141-150
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    • 2008
  • The response of grain yield(GY) and milled-rice protein content(PC) to crop growth status and nitrogen(N) rates at panicle initiation stage(PIS) is critical information for prescribing topdress N rate at PIS(Npi) for target GY and PC. Three split-split-plot experiments including various N treatments and rice cultivars were conducted in Experimental Farm, Seoul National University, Korea in 2003-2005. Shoot N density(SND, g N in shoot $m^{-2}$) and canopy reflectance were measured before N application at PIS, and GY, PC, and SND were measured at harvest. Data from the first two years(2003-2004) were used for calibrating the predictive models for GY, PC, and SND accumulated from PIS to harvest using SND at PIS and Npi by multiple stepwise regression. After that the calibrated models were used for calculating N requirement at PIS for each of nine plots based on the target PC of 6.8% and the values of SND at PIS that was estimated by canopy reflectance method in the 2005 experiment. The result showed that SND at PIS in combination with Npi were successful to predict GY, PC, and SND from PIS to harvest in the calibration dataset with the coefficients of determination ($R^2$) of 0.87, 0.73, and 0.82 and the relative errors in prediction(REP, %) of 5.5, 4.3, and 21.1%, respectively. In general, the calibrated model equations showed a little lower performance in calculating GY, PC, and SND in the validation dataset(data from 2005) but REP ranging from 3.3% for PC and 13.9% for SND accumulated from PIS to harvest was acceptable. Nitrogen rate prescription treatment(PRT) for the target PC of 6.8% reduced the coefficient of variation in PC from 4.6% in the fixed rate treatment(FRT, 3.6g N $m^{-2}$) to 2.4% in PRT and the average PC of PRT was 6.78%, being very close to the target PC of 6.8%. In addition, PRT increased GY by 42.1 $gm^{-2}$ while Npi increased by 0.63 $gm^{-2}$ compared to the FRT, resulting in high agronomic N-use efficiency of 68.8 kg grain from additional kg N. The high agronomic N-use efficiency might have resulted from the higher response of grain yield to the applied N in the prescribed N rate treatment because N rate was prescribed based on the crop growth and N status of each plot.

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Target Identification for Metabolic Engineering: Incorporation of Metabolome and Transcriptome Strategies to Better Understand Metabolic Fluxes

  • Lindley, Nic
    • 한국미생물생명공학회:학술대회논문집
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    • 한국미생물생명공학회 2004년도 Annual Meeting BioExibition International Symposium
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    • pp.60-61
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    • 2004
  • Metabolic engineering is now a well established discipline, used extensively to determine and execute rational strategies of strain development to improve the performance of micro-organisms employed in industrial fermentations. The basic principle of this approach is that performance of the microbial catalyst should be adequately characterised metabolically so as to clearlyidentify the metabolic network constraints, thereby identifying the most probable targets for genetic engineering and the extent to which improvements can be realistically achieved. In order to harness correctly this potential, it is clear that the physiological analysis of each strain studied needs to be undertaken under conditions as close as possible to the physico-chemical environment in which the strain evolves within the full-scale process. Furthermore, this analysis needs to be undertaken throughoutthe entire fermentation so as to take into account the changing environment in an essentially dynamic situation in which metabolic stress is accentuated by the microbial activity itself, leading to increasingly important stress response at a metabolic level. All too often these industrial fermentation constraints are overlooked, leading to identification of targets whose validity within the industrial context is at best limited. Thus the conceptual error is linked to experimental design rather than inadequate methodology. New tools are becoming available which open up new possibilities in metabolic engineering and the characterisation of complex metabolic networks. Traditionally metabolic analysis was targeted towards pre-identified genes and their corresponding enzymatic activities within pre-selected metabolic pathways. Those pathways not included at the onset were intrinsically removed from the network giving a fundamentally localised vision of pathway functionality. New tools from genome research extend this reductive approach so as to include the global characteristics of a given biological model which can now be seen as an integrated functional unit rather than a specific sub-group of biochemical reactions, thereby facilitating the resolution of complexnetworks whose exact composition cannot be estimated at the onset. This global overview of whole cell physiology enables new targets to be identified which would classically not have been suspected previously. Of course, as with all powerful analytical tools, post-genomic technology must be used carefully so as to avoid expensive errors. This is not always the case and the data obtained need to be examined carefully to avoid embarking on the study of artefacts due to poor understanding of cell biology. These basic developments and the underlying concepts will be illustrated with examples from the author's laboratory concerning the industrial production of commodity chemicals using a number of industrially important bacteria. The different levels of possibleinvestigation and the extent to which the data can be extrapolated will be highlighted together with the extent to which realistic yield targets can be attained. Genetic engineering strategies and the performance of the resulting strains will be examined within the context of the prevailing experimental conditions encountered in the industrial fermentor. Examples used will include the production of amino acids, vitamins and polysaccharides. In each case metabolic constraints can be identified and the extent to which performance can be enhanced predicted

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골다공증에 걸린 쥐 대퇴골의 고유진동수 예측: 유한 요소 해석 및 진동 실험 (Estimation of Natural frequencies in Osteoporotic Mouse Femur: A finite Element Analysis and a Vibration Test)

  • 김윤혁;변창환;오택열
    • 비파괴검사학회지
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    • 제25권4호
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    • pp.239-246
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    • 2005
  • 골다공증에 따른 쥐 대퇴골의 고유진동수의 변화를 예측하기 위하여 유한요소해석과 진동 시험을 수행하였다. 연구 대상으로 골다공증에 걸린 쥐 그룹, 골다공증을 치료한 쥐 그룹, 그리고 골다공증이 없는 정상 쥐 그룹을 구성하였다. 유한요소해석에서는 미세단층촬영(Micro-CT)에서 얻은 해면골 영상 데이터와 Voxel 요소 생성 알고리즘을 이용하여 3차원 미세 유한요소 모델을 생성한 다음 고유진동수 해석을 수행하였다. 진동 시험에서는 모빌리티 실험에 의한 주파수 응답함수로부터 고유진동수를 측정하였다 연구 결과로부터 골다공증에 걸린 쥐 그룹의 고유진동수가 가장 높고, 골다공증을 치료한 쥐의 그룹, 골다공증이 없는 정상 쥐의 그룹 순서로 낮아지는 경향을 볼 수 있었다. 모든 그룹에서 유한요소해석에 의한 고유진동수는 시험에서 측정한 결과보다 10-15% 오차 범위 내로 높은 값을 보였다. 본 연구로부터 개발된 미세단층촬영기 장치, Voxel 요소 생성 알고리즘, 진동시험 및 유한요소해석 방법을 이용하여 골다공증에 의한 생체 골조직의 구조적 변화 진단 및 치료 평가 등에 대한 응용가능성을 확인할 수 있었다.

다변량 형질의 유전연관성에 대한 주성분을 이용한 회귀방법와 다변량 비모수 추세검정법의 비교 (Comparison of Principal Component Regression and Nonparametric Multivariate Trend Test for Multivariate Linkage)

  • 김수영;송혜향
    • 응용통계연구
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    • 제21권1호
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    • pp.19-33
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    • 2008
  • 연속 형질(quantitative trait)에 영향을 미치는 유전자를 알아내기 위해 형제 쌍의 자료를 수집하여, 주로 이용되는 Haseman과 Elston (1972)의 최소제곱 회귀검정법으로 분석하는데 이는 단일 형질에 대한 분석법이다. 현실적으로 여러 형질들이 복잡하게 단일유전자 좌위(single locus)와 연관되어 있어 함께 수집하게 되는 경우에는, 이러한 연관된 여러 형질을 동시에 분석하는 유전연관성 검정법(linkage test)이 절실히 필요한 실정이다. Amos 등 (1990)은 주성분(principal component) 선형모형을 이용하여 Haseman과 Elston (1972)방법을 둘 이상의 형질의 다변량 분석법으로 확장시켰다. 그러나 이 검정방법은 통계량의 분포를 알 수 없기에 아직 제 1종 오류가 제대로 통제되지 못하는 문제를 가지고 있다. 본 논문에서는 이러한 다변량 형질 자료의 연관성검정에 있어 단일변량에 대한 비모수 추세검정법을 다변량 자료에 대한 분석법으로 확장시킨 통계량을 사용할 것을 제안한다. Amos 등 (1990)이 제안한 방법과 다변량 추세검정 통계량을 모의실험으로 생성한 연속형 형질자료에 적용하였을 때, 다변량 추세검정 통계량은 Amos 등 (1990) 방법에서의 여러 문제점이 발생되지 않을 뿐만 아니라 모의실험에서 제 1종 오류가 정해진 유의수준에 가까운 것을 확인하였고, 검정적이 더 높음을 볼 수 있었다.

이용자 균형 통행배정 결과를 이용한 편익추정의 안정성 제고방안 연구 (A Study on Improving Reliability of Benefit Estimation Based on User Equilibrium Traffic Assignment Results)

  • 김재영;손의영
    • 대한교통학회지
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    • 제25권6호
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    • pp.19-31
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    • 2007
  • 교통시설 투자사업의 편익을 추정하는데 있어서 여러 요인에 의해 오차가 존재할 수 있는데, 본 연구에서는 이용자 균형 통행배정모형과 종료기준을 대상으로 하여 분석을 수행하였다. 선행 연구결과 이용자 균형 통행배정 모형 이용시 통행배정모형의 종료기준 중 하나인 Relative Gap(RG)에 따라 통행시간 절감편익이 크게 달라질 수 있는 것으로 나타났다. 모형의 종료조건을 보다 엄격하게 적용할수록 결과값을 도출하는데 소요되는 시간이 기하급수적으로 증가하게 되므로 마냥 종료조건을 강화하는 것이 최선의 해결책은 아닌 것으로 판단된다. 따라서 이러한 변동률을 줄이고 편익추정 결과의 안정성을 향상시키기 위한 방안의 강구가 필요하다. 이에 본 연구에서는 통행배정 결과를 이용한 편익추정의 안정성 제고를 위해 편익산출 대상링크를 축소시키는 방안, 영향권에 대해 추출한 Sub-Area O/D 및 Network을 이용하는 방안, 통행배정 결과의 평균값을 이용하는 방안의 세가지 방안을 살펴보았다. 분석 결과 연속된 통행배정 결과의 5회 평균값을 이용하되, 편익의 규모에 따라 종료기준을 달리하는 방안이 가장 적정할 것으로 판단되었다. Sub-Area O/D 및 Network을 이용하는 방안의 경우 모형의 크기가 작아질수록 수렴속도는 향상되나 편익추정 결과가 과대 혹은 과소할 수 있는 것으로 나타났다. 본 연구에서 분석한 결과는 전국 단위의 O/D 및 Network을 이용하여 첨두시를 대상으로 하였으며, 사용하는 기초자료가 달라지거나 혼잡도가 다를 경우 적정 기준은 달라질 수 있다. 향후 5대 광역권 자료나 수도권 자료에 관한 분석 또한 필요할 것으로 예상된다.

환율데이타의 장기기억성과 정답율 (Long-Term Memory and Correct Answer Rate of Foreign Exchange Data)

  • 원석준
    • 한국정보처리학회논문지
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    • 제7권12호
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    • pp.3866-3873
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    • 2000
  • 본 논문에서는 경제시계열 데이타중에 하나인 환율데이타(Yen/Dollar)의 장기기억성과 정답율을 조사했다. 통상 단기 기억성을 가진 대표적 모델 AR 모델로 부터 생성되는 시계열에는 두종류의 프랙탈차원이 존재하는 경우가 많다. 두차원으로 분리되는 샘플 간격을 $k^{crossover}$라고 한다면, 통계모델에서K < $k^{crossover}$일때의 프랙탈차원을 $D_1$, K > $k^{crossover}$일때의 프랙차원을 $D_2$라고 한다면 $ D_1이면서 $D_2\cong2$ 인 관계를 가진다. 그러나 일본경제평균등 실제의 시계열에서는 이것에 반대되는 결과가 나타났다. 그 한 예로써 환율데이타에서는 $D_1>D_2$라는 관계를 가진다는 것을 알았다. 이것은 데이타 사이의 시간 간격이 멀어지는데 오히려 상관은 강해지는 현상을 나타내는 것이다. 환율 시계열을 뉴럴네트워크를 이용해서 예측한 결과, 예측오차로부터 얻어진 지수(指數) $\beta$와 D가 프랙탈성질을 가진 비선형 모델로 부터 구한 관계식 $\beta$=2-2D을 정확히 만족 시키는 것을 확인했다. 그리고 프랙탈차원의 차이가 정답율에서도 나타남을 확인했다.

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남인도양의 해수면 변화 특성 (Characteristics on sea level variations in the South Indian Ocean)

  • 윤홍주
    • 한국정보통신학회논문지
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    • 제5권6호
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    • pp.1094-1103
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    • 2001
  • 남인도양의 암스테르담- 크호제트- 케르겔른 지역에서의 Topex/Poseidon의 고도계 자료와 Tide Gauge의 해면계 자료를 상호 비교 및 검정하였다. 8개 주요 조석성분들의 진폭의 변통성과 관련하여 해양조석모델의 결과와 조화분해해석의 결과간의 미소한 차이는 궁극적으로 수온, 밀도 및 바람보다는 주로 남극순환해류의 흐름에 영향을 받다. 두 자료간의 상관관계(correlation coefficient)와 편차(rms)를 보면, 암스테르담 대지지역에서는 c=-0.12 및 rms=11.40cm, 크호제트 대지지역에서는 c=0.05 및 rms=5.38cm, 케르겔른 대지지역에서는 c=0.83 및 rms=2.83cm로 그리고 케르겔른 해안지역에서는 c=0.24 및 rms=6.72cm로 각각 나타났다. 이 중 케르겔른 대지지역이의 높은 상관성은 해안지역으로부터 멀어질수록 정도 높은 고도계의 자료를 획득할 수 있다는 것을 의미한다. 케르겔른 해안지역과 케르겔른 대지지역의 해수면의 변화의 특성은 2일 상의 장주기에 대해서는 상호 높은 상관성과 함께 유사한 해수면의 변화를 가진다. 케르겔른 대지지역 내에서는 유속이 -3.9~-4.2cm/sec이고 주기가 167days 그리고 진폭이 10cm인 바로크리닉 로쓰비파가 서쪽으로 전파한다.

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오존전량 및 대류권 오존 프로파일 산출을 위한 지상관측 MAX-DOAS 원시자료 기반의 최적추정(Optimal Estimation) 기술 (Optimal Estimation (OE) Technique to Retrieve the Ozone Column and Tropospheric Ozone Profile Based on Ground-based MAX-DOAS Measurement)

  • 박준성;홍현기;최원이;김대원;양지원;강형우;이한림
    • 대한원격탐사학회지
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    • 제34권2_1호
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    • pp.191-201
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    • 2018
  • 본 연구에서는 한반도 서울의 연세대학교에서 Multi-Axis Differential Optical Absorption Spectroscopy(MAX-DOAS)장비로부터 산출된 원시자료를 이용하여 처음으로 최적추정(Optimal Estimation; OE)을 사용하여 오존전량 및 오존의 대류권 프로파일을 산출하였다. 오존전량 및 오존의 대류권 프로파일을 산출하기 위하여 최적추정을 통하여 MAX-DOAS자료의 광학두께 피팅을 수행하였다. 광학두께 피팅은 MAX-DOAS 장비로부터 각각의 기기 고도각별로 관측된 값을 천정각에서 관측된 값으로 나누어 계산된 자료를 통하여 수행하였다. 오존전량은 2017년 5월 23일 오전(08:13)과 오후(17:55)에 각각 375.4와 412.6 DU로 산출되었다. 오존의 대류권 프로파일(<10 km)은참값 오존존데와 비교하여 약 5% 이내의 오차로 산출되었다. 하지만 10 km 이상의 높은 고도에서는 산출 에러가 커져 10% 이상 과대추정 하는 것으로 산출되었다. MAX-DOAS 자료의 스펙트럼 피팅에 의한 오차는 오전과 오후에 각각 16.8%와 19.1%로 계산되었다. 본 연구에서 제시한 방법은 지상관측 기반의 초분광 UV 센서를 이용하여 오존전량과 대류권 오존 프로파일을 산출하는데 유용하게 사용될 수 있다.