• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제25권2호
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• pp.170-176
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• 2012

Genetic diversities, population genetic structures and demographic histories of the thread-sail filefish Stephanolepis cirrhifer were investigated by nucleotide sequencing of 336 base pairs of the mitochondrial DNA (mtDNA) control region in 111 individuals collected from six populations in Korean coastal waters. A total of 70 haplotypes were defined by 58 variable nucleotide sites. The neighbor-joining tree of the 70 haplotypes was shallow and did not provide evidence of geographical associations. Expansion of S. cirrhifer populations began approximate 51,000 to 102,000 years before present, correlating with the period of sea level rise since the late Pleistocene glacial maximum. High levels of haplotype diversities ($0.974{\pm}0.029$ to $1.000{\pm}0.076$) and nucleotide diversities (0.014 to 0.019), and low levels of genetic differentiation among populations inferred from pairwise population FST values (-0.007 to 0.107), support an expansion of the S. cirrhifer population. Hierarchical analysis of molecular variance (AMOVA) revealed weak but significant genetic structures among three groups ($F_{CT}$ = 0.028, p<0.05), and no genetic variation within groups (0.53%; $F_{SC}$ = 0.005, p = 0.23). These results may help establish appropriate fishery management strategies for stocks of S. cirrhifer and related species.

• Animal cells and systems
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• 제16권6호
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• pp.498-505
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• 2012

This study uses the mitochondrial DNA control region to identify the genetic diversity and population structure of the marbled soles (Pleuronectes yokohamae) that inhabit Jinhae Bay and Yokji Island in the nearby sea and the adjacent waters of Namhae, Hansan Island, and Jaran Bay. Direct sequencing of the PCR products revealed 379 bp sequences with 83 variable nucleotide sites, defining a total of 91 haplotypes. The haplotype diversity was high, ranging from $0.917{\pm}0.031$ to $0.983{\pm}0.008$, and nucleotide diversity ranged from $0.015{\pm}0.008$ to $0.024{\pm}0.012$. In addition, 48 haplotypes (52.7%) were unique. Pairwise $F_{ST}$ values were very low, with the maximum value occurring between PYH (Hansan Island) and PJI (Jinhae Bay) ($F_{ST}$ = 0.011). Therefore, no significant genetic differentiation was evident between any pair of sampling localities.

• 분석과학
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• 제18권4호
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• pp.362-367
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• 2005

미토콘드리아 DNA 염기서열 분석결과는 개인식별 및 신원확인에 매우 유용하게 활용되어지고 있다. 본 연구에서는 한국인 360명을 대상으로 미토콘드리아 DNA 조절부위 HV1에서의 염기서열 다양성에 대해 분석하였다. 염기서열 분석결과 124 곳에서의 변이로부터 210 종류의 haplotypes를 얻을 수 있었다. 이 중에서 55개의 haplotypes는 2명 이상의 사람에게서 발견되었으며, 나머지 155 haplotypes는 오직 한명씩만이 보여주었다. 변이는 C-T 치환이 가장 많았으며, 특히 16223 위치에서는 전체 시료의 75.8%에서 C-T 치환이 발견되었다. 또한 16180에서 16193까지의 14 염기에 대한 염기 다형성을 분석한 결과 20가지의 변이가 발견되었다. 한국인 집단에서 가장 흔한 haplotype은 전체 시료의 5%에 해당하는 [16223T, 16362C]이었으며, [16223T, 16274T, 16362C]가 2.5%로 그 뒤를 이었다. 또한 전체 시료의 25.9%는 적어도 두 시료에서 동일한 haplotype을 나타내었다. Gene diversity는 0.996, 두 사람이 우연히 같은 haplotype을 가질 확률은 0.7%이었다.

• 한국수산과학회지
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• 제47권1호
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• pp.52-58
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• 2014

Morphological and genetic variation of two populations of Platichthys stellatus were investigated based on 30 individuals each, collected from Uljin (seedling release area) and Pohang (control) in Korea. Morphological analyses demonstrated that the two populations of P. stellatus were well distinguishable in body color of the blind side and fin shape. Mitochondrial DNA control region analysis indicated no significant differences between the two populations ($F_{ST}=-0.00849$, P>0.05). We also analyzed microsatellite DNA loci of the two populations using six markers. Observed heterozygosity ($H_O$) and expected heterozygosity ($H_E$) were 0.550 and 0.592, respectively, in P. stellatus from Uljin, but 0.700 and 0.737 in P. stellatus from Pohang. An index of differentiation in genetic structure revealed significant differences between the two populations ($F_{ST}=0.0208$, P<0.05). Our results suggest that the Uljin population may be comprised of released P. stellatus, whereas the Pohang population may be wild P. stellatus, highlighting the necessity of continuous monitoring of the two populations.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제20권3호
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• pp.313-315
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• 2007

Seventeen haplotypes were detected from the complete mitochondrial DNA control region sequences analyzed from eighty individuals of two Tibetan domestic sheep breeds. The nucleotide composition of all the sequences was 33.0% A, 29.7%T, 22.9%C and 14.4%G; G+C was 37.3%. The length of the sequences ranged from 1,107 bp to 1,259 bp. The difference between them was primarily due to 3-5 copy numbers of a 75 bp tandem repeat sequence. The NJ phylogenetic tree (the number of replications of bootstrap test is 1,000) presented three major domestic sheep lineages, which suggested that modern Tibetan sheep breeds are derived from three maternal sources.

• 생명과학회지
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• 제20권4호
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• pp.614-617
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• 2010

우리나라의 주요 양식 대상 종이며, 년간 총 생산량 1위를 점하고 있는 넙치를 모델로 하여 양식 집단의 유전적 다양성의 변화를 확인하였다. 이를 위해, 한국에서 서식하고 있는 자연산 및 양식산 넙치 각 29개체를 사용하여, hypervariation 영역으로 알려진 tRNA ($tRNA^{Thr}$, $tRNA^{Pro}$) 영역과 control region의 앞부분까지의 522 bp에 대한 염기서열의 특성을 분석하였다. 23개의 haplotype에서 522 bp의 염기 중 49곳(9.4%) 에서 변이가 나타났다. 대부분의 haplotype은 자연집단에서 유일하게 나타났으며, 오직 4개의 haplotype만이 양식집단에서 나타났다. 또한, 두 집단 사이에서는 유전적으로 유의한 집단분화가 발생하였다는 사실도 확인할 수 있었다. 따라서 미토콘드리아 DNA 염기서열 분석 기법은 집단의 유전적 다양성을 평가뿐만 아니라 양식집단의 유전적 모니터링에 사용 가능 할 것으로 판단된다.

• Animal Systematics, Evolution and Diversity
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• 제24권2호
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• pp.169-172
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• 2008

Sequences of mitochondrial DNA (mtDNA) cytochrome b gene (1,140 bp) and control region (803 bp) of Siberian flying squirrels from Korea (Pteromys volans aluco) and Mt. Changbai of northeast China (P. v. arsenjevi) were obtained to reexamine the taxonomic status of the Korean subspecies. In the cytochrome b gene, six haplotypes of P. v. aluco formed a clade with six haplotypes of P. v. arsenjevi, and in control region, seven haplotypes of P. v. aluco formed a clade with six haplotypes of P. v. arsenjevi. Furthermore, six haplotypes of cytochrome b gene of P. v. aluco from this study formed a clade with four haplotypes of P. v. arsenjevi in far-east Russia obtained from GenBank. We also investigated the research papers previously published that reported the length of tail vertebrae of P. volans, and found that the length was not sufficiently large as to be a key character of P. v. aluco. This result is not consistent with morphological description for its haplotype. Therefore, we conclude that P. v. aluco from Korea might possibly be a synonym of P. v. arsenjevi from northeast China and nearby Russia.

• Journal of Animal Science and Technology
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• 제46권6호
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• pp.937-946
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• 2004

Duroc 품종은 돼지 사육에 있어 산육성과 육질 향상을 위해 이용되고 있다. 본 연구는 육종에 많이 이용되는 Duroc 품종의 모계 특이적인 서열의 검색과 계통유전학적 유연관계의 정립을 위하여 미토콘드리아 유전체의 전체 염기서열을 결정하고 집단 내 다형성을 조사하였다. mtDNA 전체 서열의 길이는 16,584-bp 이고, D-loop과 tRNA, rRNA 유전자 영역에서는 삽입/결실이 확인되었다. 4개의 coding gene (COⅡ, COⅢ, ND3, ND4)에서 불완전한 종결코돈을, ND4L과 ND2 유전자는 선택적 개시코돈 양상을 보였다. Duroc 집단에 대한 분석 결과 조절영역에서의 특이적인 11-bp 중복 단위가 일부 개체(15.2%)에서 발견되었고, ND2의 개시코돈과 CYTB 유전자에서도 다형현상을 보였다. 각각의 유전자 영역에서의 다형성은 서로 연관되어 있었고, 그 결과 Duroc 집단은 크게 두 가지 haplotype으로 구분되었다. 계통수에서 Duroc mtDNA 서열은 유럽계열 cluster에 위치하였으나, haplotype 분석과 기존에 연구결과들을 종합해 보면 Duroc 품종은 여러 모계선조 집단에서 기원한 것으로 보이며, 유럽과 아시아 계열 모두가 품종 형성에 이용된 것으로 사료된다된 것으로 사료된다.

• 한국동물학회:학술대회논문집
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• 한국동물학회 2000년도 한국생물과학협회 학술발표대회
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• pp.115.2-115
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• 2000

No Abstract, See Full Text

• 한국동물학회:학술대회논문집
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• 한국동물학회 2000년도 한국생물과학협회 학술발표대회
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• pp.269.3-270
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• 2000

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