• 한국생물정보학회:학술대회논문집
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• 한국생물정보시스템생물학회 2006년도 Principles and Practice of Microarray for Biomedical Researchers
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• pp.20-28
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• 2006

최근의 microarray 기술의 발달로 인해 점점 더 많은 양의 mRNA 발현 데이터가 쌓여 가고 있다. 이제는 데이터를 만드는 단계보다는 데이터로부터 중요한 생물학적 의미를 끌어내는 것이 더욱 중요한 일이 되었다. micorarray 기술이 처음 도입된 이후로, 많은 앨고리즘과 소프트웨어가 개발되어, 실험자들이 microarray 데이터로부터 생물학적 의미를 끌어내는 작업을 도와주어 왔다. 그런데, 이전의 데이터 마이닝 방법들은 거의 예외 없이 전체 데이터로부터 선택된 몇 십, 몇 백 개의 유전자 리스트로부터 출발한다. 그런데, 이러한 방법 (over-representation analysis, ORA로 줄임)은 몇 가지 한계를 가지고 있어서, 최근에는 전체 데이터로부터 의미 있는 유전자 세트 (gene set)를 찾아내는 방법들이 도입되었다. 본 세미나는 이런 방법들, 줄여서 gene set analysis라 함, 에 사용되는 앨고리즘들과 소프트웨어들을 비교, 검토하고자 한다.

• 응용통계연구
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• 제22권5호
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• pp.1059-1072
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• 2009

마이크로어레이 극소수 샘플(array) 자료의 분석에서는 유의한 발현수치를 나타내는 유전자를 검정통계량에 의해 결정하는 것이 주요과제이다. 이 때 수 천 또는 수 만개인 유전자의 발현수치로부터 귀무분포(null distribution)의 생성이 필수적이며, 극소수 샘플 자료의 경우에는 순열방법(permutation methods)에 의해 귀무분포를 생성하는 것이 가장 바람직하다. 본 논문에서는 귀무분포 생성에 사용될 수 있는 매우 단순한 검정통계량을 제시하면서 더불어 귀무분포 생성에 적절한 순열방법도 제안한다. 모의실험으로 기존의 검정통계량으로 생성된 귀무분포와 본 논문에서 제안하는 검정통계량의 귀무분포를 비교하며, 실제 자료에 적용하여 유의 유전자를 탐색한다.

• 생명과학회지
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• 제20권2호
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• pp.213-218
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• 2010

본 연구에서는 대장암 세포주 모델에서 파이토케미칼 capsaicin에 의한 항 생장 활성과 유전체 수준에서의 유전자 발현 변화를 연구하였다. 그 결과, 처리한 capsaicin 농도 의존적으로 세포 생존율이 감소함을 확인하였고, capsaicin은 다양한 유전자의 발현 변화를 유도하였다. DNA microarray 실험결과 $100\;{\mu}M$ capsaicin의 처리에 의해 2배 이상 증가되는 유전자 103개가 확인된 반면, 2배 이상 발현이 감소되는 유전자 153개가 확인되었다. 발현이 증가되는 유전자 중 4개(NAG-1, DDIT3, GADD45A 그리고 PCK2)를 선택하여 RT-PCR을 수행한 결과, DNA micorarray 실험과 일치함을 확인하였다. 또한 $100\;{\mu}M$ capsaicin의 처리에 의해 암 억제유전자인 p53의 발현이 증가됨을 RT-PCR과 real-time PCR 방법으로 확인하였다. 게다가, NAG-1, DDIT3 그리고 GADD45A 유전자는 p53의 존재에 관계없이 발현이 증가되는 반면, PCK2 유전자는 반드시 p53에 의해 발현이 유도됨을 확인할 수 있었다. 이러한 연구는 대장암 세포주에서 capsaicin에 의한 항암 기전을 이해하는데 도움을 줄 것으로 기대된다.