• 한국환경생물학회:학술대회논문집
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• 한국환경생물학회 2005년도 추계학술대회 초록집
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• pp.86-86
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• 2005

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제14권1호
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• pp.205-211
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• 2004

A 16S rDNA clone library was generated to investigate the bacterial diversity in tidal flat sediment in Ganghwa Island, Republic of Korea. A total of 103 clones were sequenced and analyzed by comprehensive phylogenetic analyses. No clones were identical to any of known 16S rRNA sequences in public databases. Sequenced clones fell into thirteen lineages of the domain Bacteria: the alpha, beta, gamma, delta, and epsilon Proteobacteria, Actinobacteria, CFB group, Chloroflexi, Acidobacteria, Planctomycetes, Verrucomicrobia, and known uncultured candidate divisions (OP11, BRC1, KSB1, and WS1). Two clones were not associated with any known bacterial divisions. The majority of clones belonged to the gamma and delta Proteobacteria (46.7%). Clones of Actinobacteria were distantly related to known taxa. It is evident from 16S rDNA-based community analysis that the bacterial community in tidal flat sediment is remarkably diverse and unique among other marine environments examined so far.

• 한국해양학회지:바다
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• 제19권2호
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• pp.147-154
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• 2014

해양 환경에서 세균은 다양한 생지화학적 순환에 있어서 중요한 역할을 수행하고 있으며, 그들의 다양성에 대한 정보는 생태계에서 세균의 생지화학적 기능을 이해하는데 중요하다. 본 연구는 $CO_2$ 해양지중저장의 후보지인 동해 남부해역의 표층 퇴적물과 퇴적물 위의 저층 해수에서 최신 연구 기법인 pyrosequencing을 통하여 세균의 계절적 다양성을 분석함으로써, 동해 퇴적물 세균상의 특성을 이해하고자 하였다. 퇴적물에서는 대부분의 시기에 Gammaproteobacteria가 우점한 반면, 저층 해수에서는 Alphaproteobacteria가 우점하여 두 서식처에서 세균의 다양성은 큰 차이를 보였다. 또한 속 수준의 다양성 분석에서도 저층 해수에서는 대부분의 시기에 SAR11 그룹에 속하는 Pelagibacter가 가장 우점한 반면, 퇴적물 시료에서는 Gammaproteobacteria에 속하는 미동정 속이 가장 우점하였다. 그러나 두 서식처 모두에서 5% 이상의 점유율을 보인 속의 수는 10 속 미만으로 소수였으며, 낮은 점유율을 갖는 많은 종류의 세균들이 군집 내에 공존하는 공통적인 특성이 나타났다. 본 연구의 세균 다양성 연구는 동해 저층 해수 및 퇴적물의 세균 다양성에 대한 특성의 이해와 더불어 $CO_2$ 해양지중저장 사업의 진행에 따른 세균의 다양성 및 기능 변화에 대한 사전 자료 및 해역이용영향평가 배경 자료로 활용될 수 있을 것이다.

• Environmental Engineering Research
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• 제21권1호
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• pp.52-57
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• 2016

Sediment is a useful natural source but deteriorated continually by anthropogenic and industrial sources. Therefore, it is imperative to search a suitable method for improving or restoring sediment quality. Sediment has been tested to identify the effects of some external agents on a polluted area for 28 days. Chemical analysis and total viable counts (TVC) test have been conducted for 4 days interval to assess their performance. The analyses of chemical oxygen demand (COD), acid volatile sulfide (AVS), total phosphorous (T-P), total nitrogen (T-N) indicate that the chemical agents was more efficient to improve sediment quality whereas the microbial agent was more efficient for nutrient releasing from sediment. Oxygen releasing property of the chemical agent was thought to be providing with more congenial environment for the higher growth of the bacterial community than the direct application of microbial agents.

• 미생물학회지
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• 제46권4호
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• pp.366-374
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• 2010

비배양에 근거한 16S rDNA-DGGE fingerprinting 방법을 적용하여 공생세균 군집구조를 조사하였다. Zobell 배지와 천일염 배지를 사용하여 총 164균주를 선별하였다. 이들 균주로 부터 증폭한 16S rDNA를 제한효소 HaeIII와 MspI을 사용하여 절단한 후 각각의 다른 RFLP 패턴으로 구분하였다. RFLP패턴으로부터 유래한 16S rDNA의 염기서열 분석 결과, 알려진 염기서열들과 95% 이상의 유사도를 나타내었으며 Proteobacteria (Alphaproteobacteria, Gammaproteobacteria), Actinobacteria, Firmicutes, Bacteroidetes의 4개의 문이 나타났으며 우점 군집은 Alphaproteobacteria였다. 해면에서 분리한 total gDNA로 부터 증폭한 16S rDNA의 DGGE 분석 결과 5개의 DGGE band가 확인 되었고, 각각의 band의 염기서열 분석 결과 알려진 염기서열들과 96% 이상의 유사도를 나타내었으며 band로부터 밝혀진 모든 서열들은 배양되지 않은 세균 클론들과 높은 상동성을 나타내었다. DGGE에 의한 공생세균 군집은 Proteobacteria (Alphaproteobacteria, Gammaproteobacteria), Actinobacteria, Spirochetes, Chloroflexi로 4개의 문(phylum)으로 나타났다. Spirastrella abata의 공생세균 군집에 대한 RFLP와 DGGE 적용 결과, Alphaproteobacteria, Gammaproteobacteria, Actinobacteria의 공통 세균 그룹이 발견되었으나 전체적인 공생세균 군집구조는 분석 방법에 따른 차이를 나타내었다.

• Journal of Microbiology
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• 제43권2호
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• pp.144-151
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• 2005

During the past ten years, Archaea have been recognized as a widespread and significant component of marine picoplankton assemblages. More recently, the presence of novel archaeal phylogenetic lineages has been discovered in coastal marine environments, freshwater lakes, polar seas, and deep-sea hydrothermal vents. Therefore, we conducted an investigation into the archaeal community existing in tidal flat sediment collected from Ganghwa Island, Korea. Phylogenetic analysis of archaeal 16S rDNA amplified directly from tidal flat sediment DNA revealed the presence of two major lineages, belonging to the Crenarchaeota ($53.9\%$) and Euryarchaeota ($46.1\%$) phyla. A total of 102 clones were then sequenced and analyzed by comprehensive phylogenetic analysis. The sequences determined in our samples were found to be closely related to the sequences of clones which had been previously obtained from a variety of marine environments. Archaeal clones exhibited higher similarities ($83.25 - 100\%$) to sequences..from other environments in the public database than did those ($75.22 - 98.46\%$) of previously reported bacterial clones obtained from tidal flat sediment. The results of our study suggest that the archaeal community in tidal flat sediment is remarkably diverse.

• 생명과학회지
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• 제28권8호
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• pp.955-961
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• 2018

불가사리를 이용하여 다양한 생리활성에 대한 연구가 많이 진행되었지만, 다른 천연물 연구에 비해 불가사리로 부터 분리한 미생물에 대한 연구는 부족하다. 이에 본 연구에서는 제주도에서 채집한 극피동물인 빨강불가사리(Certonardoa semiregularis)의 내장으로부터 Marine Agar와 R2A를 이용하여 총 103개의 균주를 분리하여 세균군집에 대해 조사하였다. 분리된 균주들은 16S rRNA유전자를 이용하여 염기서열을 분석 및 동정하였다. 그 결과 주요 계통군은 Proteobacteria (Alpha-proteobacteria 24%, Beta-proteobacteria 4%, Gamma-proteobacteria 65%) 93%, Bacteroidetes 4%, Actinobacteria 2%, Firmicutes 1%로 4개의 문이 확인되었고, 7개의 강(Actinobacteria, Flavobacteria, Bacilli, Sphingobacteria, Alpha-proteobacteria, Beta-proteobacteria, Gamma-proteobacteria), 15개의 목, 19개의 과, 24속이 관찰되었다. 또한 계통 분석 결과 2개의 균주(Lysobacter sp., Pedobacter sp.)가 각각 97.55%, 97.58%로 상동성이 98% 이하로 나타나 새로운 속 또는 종으로 분류될 가능성이 있다고 여겨지며, 표준 균주와 함께 신종 후보 균주에 대한 생화학적, 형태학적 등의 추가적인 신종실험을 향후 진행해야 할 것으로 사료 된다.

• 한국동물학회:학술대회논문집
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• 한국동물학회 1999년도 한국생물과학협회 학술발표대회
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• pp.101.2-101
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• 1999

No Abstract, See Full Text

• 한국해양바이오학회지
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• 제6권2호
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• pp.76-83
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• 2014

할로겐화 또는 탈할로겐화에 관여하는 미생물을 특정하고자 해양의 주된 할로겐화합물 생산자인 해면 공생미생물의 군집구조에 미치는 HBB (hexabromobenzene)의 영향을 밝히고자 했다. 혐기 marine broth 2216에서 100ppm HBB첨가 유무에 관계없이 검출된 균주들은 산호나 해면에서 유래한 클론들과 높은 유사도를 보였으며 그 중 Deltaproteobacteria에 속하는 Desulfovibrio marinisediminis와 99% 유사도를 보이는 클론이 우점하는 것으로 나타났다. Clostridia계통의 Fusibacter paucivorans와 유사도가 높은 클론과 Lentisphaerae에 속하는 균주들은 HBB에 의해 감소하는 반면 Clostridia계통의 Vallitalea guaymasensis와 유사도가 높은 균주들은 HBB가 있는 경우에만 검출되었다. 알려진 균주들과의 비교 결과로 볼 때 D. marinisediminis 및 V. guaymasensis 계통의 균주들이 할로겐화 및 탈할로겐화에 관여하는 것으로 추정된다.

• 미생물학회지
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• 제50권4호
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• pp.376-380
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• 2014

경상북도 영덕군과 포항시에 위치한 해수욕장 주변에서 생활하수나 생활쓰레기 등의 환경조건이 해변모래에 서식하는 미생물 분포에 어떤 영향을 미치는지를 조사하기 위하여, 10월 중순에 12곳의 해변모래를 채취하여 16S rRNA 유전자를 pyrosequencing 방법으로 분석하였다. 해수 부근의 청결한 모래에는 Acidobacteria, 담수 부근의 모래에는 Proteobacteria, 생활하수 부근의 모래에는 Cyanobacteria, 해변공원 부근의 모래에는 Bacteroidetes 그룹이 20-90% 정도로 높게 분포하였고, 생활하수가 해수와 합해지는 해변모래에서는 Actinobacteria, Chlorobi, Deferribacteres, Deinococcus-thermus, Firmicutes, Gemmatimonadetes, Nitrospirae, Verrucomicrobia 그룹이 1-5% 정도로 낮게 분포하였다.