• 미생물학회지
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• 제51권2호
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• pp.181-185
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• 2015

Tho2/THOC2는 전사 과정을 mRNA 성숙 및 방출과 연결함으로써 mRNP의 생성에 중요한 역할을 담당하는 THO 복합체의 구성인자이다. 분열효모 Schizosaccharomyces pombe의 유전체 데이터에서 Tho2/THOC2의 이종상동체를 찾아 기능을 분석하였다. 4분체 분석 결과 이 유전자는 생장에 필수적이었다. S. pombe tho2 유전자의 발현을 억제하거나 과발현시키면 생장이 저해되는데, 세포의 길이가 길어지고 비정상적인 DNA분포와 $poly(A)^+$ RNA가 핵 안에 축적되는 표현형을 보였다. 또한 정상적인 기능을 가진 GFP-Tho2 단백질은 주로 핵 안에 존재하였다. Yeast two-hybrid 분석에서 Tho2는 THO 복합체의 또 다른 구성인자인 Tex1과 상호작용을 하였다. 이와 같은 결과들은 S. pombe의 Tho2 상동체도 THO 복합체의 구성인자로 mRNA 방출에 관여하고 있음을 시사한다.

• 미생물학회지
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• 제53권1호
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• pp.49-54
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• 2017

Sus1 / ENY2는 진핵생물에 잘 보존된 작은 단백질로 염색사 리모델링과 mRNA 생성과정에 관여한다. Sus1 단백질은 전사 보조활성자인 SAGA 복합체와 핵공과 연관된 TREX2 복합체 등, 핵에 존재하는 2개 복합체의 구성 요소이다. 분열효모 Schizosaccharomyces pombe의 유전체 데이터에서 Sus1의 이종상동체를 찾아 기능을 분석하였다. 4분체 분석 결과 이 유전자는 생장에 필수적이 아니었으나, Sus1 유전자를 결실시키면 낮은 온도에서 생장이 느렸으며, $poly(A)^+$ RNA도 핵 안에 약간 축적되는 표현형을 보였다. 또한 Sus1-GFP 단백질은 주로 핵에 존재하였다. Yeast two-hybrid 분석과 공동면역침전 실험에서 Sus1 단백질은 TREX-2 복합체의 또 다른 구성인자인 Sac3와 상호작용을 하였다. 이와 같은 결과들은 S. pombe의 Sus1 단백질도 역시 TREX-2 복합체의 구성인자로 mRNA 방출에 관여하고 있음을 시사한다.

• 한국정보처리학회:학술대회논문집
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• 한국정보처리학회 2016년도 추계학술발표대회
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• pp.583-586
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• 2016

단백질과 RNA의 상호작용 데이터가 대량으로 늘어남에 따라, 단백질과 RNA의 결합부위를 예측하는 계산학적인 방법들이 많이 개발되고 있다. 하지만, 많은 계산학적인 방법들은 단백질에서 단백질과 RNA 결합부위를 예측한다는 한계점이 있었다. 본 논문에서는 RNA와 단백질의 서열정보를 모두 사용하여, 단백질과 결합하는 RNA 결합부위를 예측하는 기법과 그 결과를 논한다. WEKA random forest(http://www.cs.waikato.ac.nz/ml/weka/)를 이용하여 예측 모델을 개발하였고, RNA 서열의 서열 프로파일, 서열 composition, 결합 상대방의 단백질의 특성 등을 특정으로 표현하였다. Random forest 기법을 사용한 cross validation의 결과로서 1:1 모델에서 제일 높은 성능인 92.4% sensitivity, 92.0% specificity, 92.2% accuracy를 보였고, independent test에서는 72.5% sensitivity, 90.0% specificity, 2.1% accuracy를 보였다.

• 생물정신의학
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• 제5권1호
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• pp.17-33
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• 1998

Advances in molecular biology contribute to the understanding genetic mechanism of psychiatric disorders. They have renewed hope for the discovery of disease relevant gene. However, the results somewhat confused. And we will wait for a long time for the application of gene therapy in schizophreniar. Fortunately we could classified the schizophrenia with genotypes of dopamine and serotonin receptors. It is expected that this genetic classification could provide key strategy for the therapeutic application in biological treatment for schizophrenia. The purpose of this article is to call attention of the institute participants to linkage, association, mRNA expression, genotypic classification and to the need for more systemic research. The author summarized the modified methods which were done in his laboratory in appendix.

• 생명과학회지
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• 제23권4호
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• pp.487-494
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• 2013

T-DNA가 표지된 집단에서 AlaAT 유전자가 깨어진 돌연변이체(alaat)를 분리하고, AlaAt1 특이 프라이머를 이용하여 유전자형을 결정하였다. Alaat의 표현형은 대조구와 비교해서 생장의 감소를 보였고, 종자 역시 작고 생산성의 감소를 보였다. 돌연변이체의 AlaAT 활성은 거의 검출되지 않았다. 고염 스트레스 하에서 alaat의 반응을 엽록소 형광과 항산화 효소들의 활성 및 RT-PCR을 이용하여 대조구와 비교하였다. 고염, 건조 및 저온과 같은 모든 비생물적 스트레스에 대한 Fv/Fm은 대조구와 alaat 둘 다 감소를 보였으며, 비생물적 스트레스에 대한 엽록소 형광은 거의 유사하였다. 항산화 효소인 peroxidase (POX)의 활성은 고염 스트레스에 의해 대조구는 증가하나 alaat에서는 오히려 감소하였다. RT-PCR에 의한 cAPX, POX 및 AlaAT mRNA의 수준을 분석한 결과, 효소 활성과 마찬가지로 AlaAt mRNA는 alaat에서 나타나지 않았고, POX2 mRNA는 대조구는 약간의 증가를 보이나 alaat는 거의 검출할 수 없었다. cAPX mRNA는 대조구와 alaat 모두 고염 스트레스에 의해 크게 증가하였다. 이 같은 결과는 AlaAT 유전자 기능의 상실은 염 스트레스 하에서 벼 식물의 생장에 대해 광합성능 보다는 항산화 효소, 특히 POX 활성 및 합성을 변화시킬 수 있음을 제안한다.

• Tuberculosis and Respiratory Diseases
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• 제43권3호
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• pp.348-358
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• 1996

연구배경 : Interleukin-5(IL-5)는 호산구 보이는 여러 질환들과 관련이 있으며 특히 알레르기성 천식에서 호산구의 침윤정도와 밀접한 관계가 있는 것으로 알려져 있다. 그러나 IL-2도 증상있는 천식환자의 기도에서 상승됨이 관찰되어 호산구 침윤정도와 상관관계가 있는 것이 밝혀졌다. IL-2가 호산구의 생존을 증가시키는 기전이 IL-5의 표현을 증가시킴으로써인지 또는 다른 경로를 통하여 작용하는 것인지 알기위해 다음과 같은 방법으로 호산구 생존에 미치는 IL-2의 영향을 관찰하였다. 방법 : 호산구증다증을 보인 환자의 말초혈액으로부터 호산구를 분리하여 trypan blue dye exclusion test를 이용하여 생존율을 측정하였으며 Randolp 용액을 이용하여 호산구를 계수하였다. 1) IL-2, IL-5 존재하의 호산구 생존율 및 IL-2와 anti IL-5 존재하의 호산구 생존율을 측정하였다. 2) IL-2 존재하의 말초혈액단핵구에서 IL-5 m-RNA 표현을 Reverse Transcription-Polymerase Chain Reaction(RT-PCR) 방법을 통하여 관찰하였다. 3) IL-2로 자극한 호산구의 IL-2 수용체 발현 증가를 유세포분석기(Flow cytometer)로 측정하였다. 결과 : 1) 호산구의 생존율은 IL-2 및 IL-5에 대한 농도의존성을 보이며 증가하였다. 2) IL-2에 의해 증가된 호산구의 생존율은 anti IL-5에 의해 억제되지 않았다. 3) IL-2로 자극된 말초혈액단핵구는 IL-5 m-RNA를 표현하지 않았다. 4) IL-2는 호산구에서 IL-$2{\alpha}$ 수용체의 표현을 증가시키며 IL-$2{\beta}$ 수용체의 표현은 변화가 없었다. 결론 : 사람에서는 IL-2는 IL-5 형성증가를 통하지 않고 호산구에 IL-2 수용체를 증가시킴으로써 호산구의 생존율을 증가시킨다.

• Childhood Kidney Diseases
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• 제9권2호
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• pp.119-127
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• 2005

목 적 : 단백뇨 질환에서 볼 수 있는 사구체 상피세포(glomerular epithelial cells, GEpC) 족돌기 사이에 위치한 세극막(slit diaphragm)의 P-cadherin의 당뇨조건에 따른 병리학적 변화를 알아보고자 하였다. 방 법 : 백서 GEpC을 배양하고 고농도의 당과 후기당화합물(advanced glycosylation endproducts, AGE)을 적용하여 당뇨병 환경에 가까운 조건을 설정한 후, p-cadherin 단백양은 Western 분석으로, 유전자 표현의 변화는 RT-PCR로 관찰하였다. 실험군은 당의 농도를 5 또는 30mM로, AGE와 BSA를 첨가하고 osmotic control로서 당 5 mM에 mannitol 25 mM을 섞은 것을 조합하여 A5, A30, B5, B30, Aosm로 하였다. 결 과 : P-cadherin 단백양은 B5 결과를 대조군으로 비교하여 당을 첨가한 B30에서 50.4$\%$의 감소, AGE를 추가한 조건인 A5와 A30에서 각각 7.4$\%$와 30.4$\%$의 의미 있는 감소를 보였다. 또한 P-cadherin mRNA의 표현은 B30에서 40.3$\%$의 감소, A30에서 27.2$\%$의 의의 있는 감소를 보였다. 이러한 감소 소견은 osmotic control(Aosm)에서는 관찰할 수 없었다. 결 론 : 고농도의 당과 AGE에 의한 GEpC의 P-cadherin을 유전자 수준에서의 억제로 단백의 생성 감소를 초래함으로써, 당뇨환경에서 세극막 성분의 변화를 설명할 수 있으며, 추후 이의 변화 기전에 대한 연구가 필요할 것으로 사료된다.

• 생명과학회지
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• 제17권1호
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• pp.39-44
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• 2007

분열형 효모에서 Rqh1은 Top3과 함께 vegetative growth에 필수적이다. $rqh^-$ 돌연변이는 DNA damaging agent에 민감성을 보이는데 이때, 부적절한 유전자 발현, 세포 신장, 염색체의 불안전성, 비정상적인 다중격막, 발아의 결핍을 포함한 넓은 범위의 표현형을 보인다. rqh1-overexpression cell 역시 rqh1 deletion mutant에서 보이는 DNA damaging agent 민감성을 관찰할 수 있다. 논문은 nmtl promoter를 가지는 PREP vector에 Rqhl이 과발현 할 때 나타나는 DNA damaging agent 민감성를 보상하는 유전자를 찾아 $rqh1^+$의 기능을 알아보는 것이다. 여기서 보상능이 보이는 rqh156, rqh172 두 개의 돌연변이를 골라냈다. rqhl deletion mutant의 DNA damaging agent 민감성은 rqh156, rqh172의 발현에 의해 보상 되어지는 것을 확인하였다.

• 미생물학회지
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• 제38권3호
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• pp.221-229
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• 2002

일본뇌염바이러스(Japanese encephalitis virus, JEV) Nakayama strain을 초기 multiplicity of infection 5.0으로 Vero세포에 감염하여 1년 이상 안정적으로 바이러스를 방출하는 지속감염(persistently-infected)세포주를 확립하였다. 지속감염 세포에서 지속적으로 방출되는 총 11 개의 Plaque 형태 변이바이러스(morphology mutants)클론을 확보하였다. 분리된 변이바이러스의 복제효율을 분석한 결과 생물학적 표현형과 복제효율은 유의하게 상관하였다. 변이바이러스 RNA 게놈 양 말단의 non-coding region 및 envelop 단백질의 ORF에서는 유의한 염기서열 변화가 관찰되지 않아 JEV 약독화에 새로운 인자가 추가로 관여할 가능성을 제시하였다. 변이바이러스에 감염된 신선한 Vero세포는 wild-type JEV의 일반적 감염성상과 다르게 대다수의 세포가 유의할 만한 세포병변현상을 나타내지 않았다. 감염된 Vero세포에서 wild-type JEV 및 large plaque을 형성하는 변이바이러스의 경우 mRNA와 함께 Bcl-2의 발현은 모두 유의하게 감소하였으며 p53은 뚜렷하게 증가하였다. 반면 small plaque을 형성하는 변이바이러스의 감염세포에서는 Bcl-2와 p53 모두 유의한 변화를 볼 수 없었다. 이상의 결과들과 함께, 감염된 Vero세포의 internucleosomal DNA fragmentation과DNA profile의 유형분석에 따르면 궁극적 인 세포병변효과의 변화는 변이바이러스의 복제효율과 더불어 p53에 비의존적인 apoptosis 수위의 전반적인 감소에 기인하는 것으로 판단된다.

• The Korean Journal of Physiology and Pharmacology
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• 제1권6호
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• pp.691-697
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• 1997

The mechanisms underlying opiate tolerance and dependence are not fully understood. We used human neuroblastoma SH-SY5Y cells as a model system for studying effects of morphine tolerance and withdrawal on c-myc induction and cAMP levels. It has been reported that regulation of c-fos by acute and chronic morphine withdrawal is mediated through alterations in CREB transcription factor. In this study, we examined the effects of morphine tolerance on c-myc expression and cAMP concentrations. The activation of opiate receptors by an acute morphine administration resulted in an increase in c-myc mRNA and a decrease in cAMP concentrations in a dose-dependent manner $(5,\;10,\;15,\;and\;20\;{\mu}M)$. On the other hand, the chronic treatment of morphine $(10\;{\mu}M\;for\;six\;days)$ did not induce the elevated expression of c-myc mRNA. The c-myc expression was slightly inhibited in comparison with that of the acute morphine response. However, cAMP concentrations were increased with regard to morphine withdrawal response. These results suggest that the alterations in c-myc expression might imply a significant opiate regulation relating to morphine tolerance. This observation differs from increased expression of c-fos via regulation of cAMP pathway.