• 한국정보과학회 언어공학연구회:학술대회논문집(한글 및 한국어 정보처리)
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• 한국정보과학회언어공학연구회 2018년도 제30회 한글 및 한국어 정보처리 학술대회
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• pp.552-556
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• 2018

본 논문에서는 텍스트에서 개체(entity) 간 관계(relation) 추출 문제에서 의존구문트리를 이용하여 자질을 추출할 때 형용사구 내에 관계가 나타나는 경우의 성능을 향상시키는 방법을 제안한다. 일률적으로 의존구문트리의 최소공동조상(LCA: Least Common Ancestor)을 이용하는 일반적인 방법보다 형용사구가 나타날 때는 형용사구의 술어를 대신 이용하는 것이 더 좋은 자질이 된다는 것을 제안하고 로지스틱 회귀분석, SVM(linear), SVM(exponential kernel)을 이용한 실험들을 통해 그 효과를 확인하였다. 이는 트리커널을 이용한 것과 같이 의존구문트리의 최소공동조상이 주요한 역할을 하는 관계추출 모델들의 성능을 높일 수 있음을 보여 준다. 수행한 실험 과정을 통해 관계추출 데이터 셋에서 형용사구 내 관계를 포함하는 문장이 전체에서 차지하는 비율이 낮을 경우 생길 수 있는 문제를 추가적으로 얻을 수 있었다.

• 한국정보과학회논문지:시스템및이론
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• 제36권2호
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• pp.60-67
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• 2009

단백질 상호작용 네트워크는 어떤 단백질들 간에 상호 작용 관계가 있는지를 네트워크 형태로 나타낸 것이며 단백질 상호작용을 발견하거나 분석하는 것은 생명 공학에서 중요한 연구분야이다. 본 논문에서는 방대한 단백질 상호작용 데이터를 유전자 온톨로지와 연계한 시각화를 통하여 효과적으로 직관을 얻을 수 있는 효율적인 단백질 상호작용 네트워크 분석시스템을 다룬다. 단백질 상호작용 네트워크는 데이터 양이 매우 방대하기 때문에 이를 효율적으로 분석하는 방법과 효과적인 시각화 기법이 요구된다. 본 연구에서는 이를 위하여 동적이고 상호작용 가능한 그래프와 관심 노드와 그 주변 노드를 표시하며 점진적으로 탐색할 수 있는 컨텍스트 기반 탐색 기법을 도입하였다. 이 밖에도 특화된 기능으로써 단백질 상호작용과 유전자 온톨로지 간의 빠르고 자유로운 상호참조 기능과 최소 공통 조상을 사용한 유전자 온톨로지 분석 기능 등을 지원한다. 인터페이스 측면에서는 상호참조 기능을 효과적으로 사용하게 하기 위하여 유전자 온톨로지 그래프와 단백질 상호작용의 시각화 결과를 2차원 윈도우로 나란히 보여주는 인터페이스를 디자인 하였다.

• Fisheries and Aquatic Sciences
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• 제11권3호
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• pp.177-181
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• 2008

Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase(GAPDH) is a key enzyme for carbohydrate metabolism in most living organisms. Recent reports and our own searches of teleost species in publicly available genomic databases have identified at least two distinct GAPDH genes in a given species. The two GAPDH genes are located on the same chromosome in teleosts, whereas they are located on the different chromosomes in mammals. Thus, we reconstructed a phylogenetic tree to better understand the evolutionary history of the GAPDH genes in the vertebrate lineage. Our phylogenetic analysis revealed unambiguously that the two GAPDH genes of teleosts are phylogenetically closely affiliated to one of the cytosolic GAPDH and spermatogenic GAPDH-S of mammals. This indicates that the two paralogous GAPDH genes shared a common ancestor and subsequently underwent a gene duplication event during early vertebrate evolution. However, GAPDH-S of teleosts showed significant differences in the polypeptide residues and tissue distribution of its mRNA transcripts from that of mammals, implying they have undergone a different history of functionalization.

• ALGAE
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• 제17권1호
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• pp.59-68
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• 2002

A phylogenetic affinity between charophytes and embryophytes (land plants) has been explained by a few chloroplast genomic characters including gene and intron (Manhart and Palmer 1990; Baldauf et al. 1990; Lew and Manhart 1993). Here we show that a charophyte, Spirogyra maxima, has the largest operon of angiosperm chloroplast genomes, rpl23 operon (trnⅠ-rpl23-rpl2-rps19-rpl22-rps3-rpl16-rpl14-rps8-infA-rpl36-rps11-rpoA) containing both embryophyte introns, rpl16.i and rpl2.i. The rpl23 gene cluster of Spirogyra contains a distinct eubacterial promoter sequence upstream of rpl23, which is the first gene of the green algal rpl23 gene cluster. This sequence is completely absent in angiosperms but is present in non-flowering plants. The results imply that, in the rpl23 gene cluster, early charophytes had at least two promoters, one upstream of trnⅠ and and another upstream of rpl23, which partially or completely lost its function in land plants. A comparison of gene clusters of prokaryotes, algal chloroplast DNAs and land plant cpDNAs indicated a loss of numerous genes in chlorophyll a+b eukaryotes. A phylogenetic analysis using presence/absence of genes and introns as characters produced trees with a strongly supported clade containing chlorophyll a+b eukaryotes. Spirogyra and embryophytes formed a clade characterized by the loss of rpl5 and rps9 and the gain of trnⅠ (CAU) and introns in rpl2 and rpl16. The analyses support the hypothesis that the rpl23 gene cluster and the rpl2 and rpl16 introns of land plants originated from a common ancestor of Spirogyra and land plants.

• BMB Reports
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• 제37권2호
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• pp.254-259
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• 2004

The wild-type and temperature-sensitive (ts) repressor genes were cloned from the temperate mycobacteriophage L1 and its mutant L1cIts391, respectively. A sequencing analysis revealed that the $131^{st}$ proline residue of the wild-type repressor was changed to leucine in the ts mutant repressor. The 100% identity that was discovered between the two DNA regions of phages L1 and L5, carrying the same sets of genes including their repressor genes, strengthened the speculation that L1 is a minor variant of phage L5 or vice versa. A comparative analysis of the repressor proteins of different mycobacteriophages suggests that the mycobacteriophage-specific repressor proteins constitute a new family of repressors, which were possibly evolved from a common ancestor. Alignment of the mycobacteriophage-specific repressor proteins showed at least 7 blocks (designated I-VII) that carried 3-8 identical amino acid residues. The amino acid residues of blocks V, VI, and some residues downstream to block VI are crucial for the function of the L1 (or L5) repressor. Blocks I and II possibly form the turn and helix 2 regions of the HTH motif of the repressor. Block IV in the L1 repressor is part of the most charged region encompassing amino acid residues 72-92, which flanks the putative N-terminal basic (residues 1-71) and C-terminal acidic (residues 93-183) domains of L1 repressor.

• 동양고전연구
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• 제37호
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• pp.33-61
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• 2009

고려 말에 동북면에 들어와서 거주하던 토착여진과 요동 지방 내륙에서 남하하여 두만강 유역 부근에 자리잡은 알타리 올량합 올적합 등의 여진족이 향화하였다. 향화한 여진인에게 경제적 사회적 정치적 우대 정책이 시행되었다. 특히 향화인에게 과거 응시를 허락한 것은 이들을 조선의 백성으로 인정한 단적인 예이며, 이들이 과거를 통해서 자신들의 신분을 상승시킬 수 있는 길을 열어놓았다. 향화인 가운데 성공적으로 조선에 정착하여 양반으로 성장한 사례가 있는데, 청해 이씨와 전주 주씨이다. 청해 이씨는 여진의 대추장으로서 관하민도 500호나 되었으며, 개국공신 회군공신 배향공신으로서 조정에서 경제적 사회적 정치적 혜택을 충분히 받았다. 게다가 이지란의 아들 이화영 역시 공신으로서 그의 정치적 입지를 굳혀갔고, 종친과의 혼인으로 왕실과 관계를 돈독히 하였다. 이지란과 이화영이 마련한 기반 위에서 양반 가문으로서 계속 성장된 것은 이화영의 아들 이효양(李孝讓)과 이효강(李孝綱) 집안이다. 이 두 가문에서 배출된 과거 급제자는 문과 7명, 무과 15명, 생원 진사시 16명 등이다. 청해 이씨의 주된 거주지는 서울과 경기 지역이었으며, 일부 함경도 지역에도 남아있었다. 전주 주씨는 함흥에 같이 정착했던 주만(朱萬)은 개국원종공신에 책봉되었고, 주인(朱仁)은 중앙으로부터 서반직을 제수받았다. 전주 주씨는 함흥에 토착하여 재지 세력으로 성장되었다. 16세기부터 문과 급제자가 배출되기 시작하여 17세기 이후로 문과 급제자 22명, 생원 진사시 입격자 40명을 배출한 문인 가문으로 성장하였다. 전주 주씨의 관직 진출을 보더라도 서북 인사에게 통청되기 어려웠던 언관직 진출이 많았다. 전주 주씨는 함흥을 중심으로 재지 기반을 확고히 하고 언관과 같은 청직에 진출되면서 함경도의 명문 성관으로 부상되었다.