• Genomics & Informatics
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• 제2권4호
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• pp.174-179
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• 2004

We developed various plasmid cloning vectors that are useful in the construction of genomic and shotgun libraries. Two medium copy vectors, pCUGlblu21 (pCb21) and pAGlblu21 (pAb21), which are resistant to kanamycin ($Km^R$) and chloramphenicol ($Cam^R$), respectively, are useful for cloning DNA inserts ranging from 5kb to 15kb. Two high copy vectors, pCUGlblu31 (pCb31) and pAGlblu31 (pAb31), containing $Km^R$ and $Cam^R$, respectively, are useful for DNA inserts less than 5kb. These vectors are well adapted for large-scale genome sequencing projects by providing choice of copy number and selectable marker. The small vector size is another advantage of these vectors. All vectors contain lacZa including multicloning sites that originated from pBluscriptllsk- for easy cloning and sequencing. Two medium copy vectors contain unique and rare cutting Swal (ATTTAAAT) restriction enzyme sites for easy determination of insert size. We developed two combined vectors, pC21A31 and pC31A21, which are combinations of (pCb21 + pAb31) and (pCb31 + pAb21), respectively. These two vectors provide four choices of vectors such as $Km^R$ and medium, $Cam^R$ and high, $Cam^R$ and medium, and $Km^R$ and high copy vectors by restriction enzyme cutting, dephosphorylation, and gel purification. These vectors were successfully applied to high throughput shotgun sequencing of rice, tomato, and brassica BAC clones. With an example of extremely biased hydro sheared 3 kb shotgun library of a tomato BAC clone, which is originated from cytogenetically defined peri-centromeric region, we suggest the utility of an additional 10 kb library for sequence assembly of the difficult-to-assemble BAC clone.

• 한국환경농학회지
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• 제12권2호
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• pp.144-152
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• 1993

오염된 하천수, 토양 및 폐기물 침출수등의 미생물 분리원으로 부터 합성세제(ABS)를 유일 탄소원으로 이용할 수 있는 미생물들을 분리하여, 이중 합성세제(ABS) 분해능이 가장 우수한 한 종의 균을 분리하여 동정한 결과 P. fluorescens 또는 그 유연균으로 밝혀졌으며, 최적 생장온도는 $30^{\circ}C$였고 최적 생장 pH는 pH 7.0이었다. 분리균주의 탄화수소 자화능 및 중금속에 대한 내성을 조사한 결과 benzene, cyclohexane, xylene 및 catechol은 탄소원으로 이용할 수 있는 반면 phenol, toluene, salicylate, naphthalene은 탄소원으로 이용하지 못하였으며, 중금속중 zinc chloride, lead nitrate, copper sulfate에 대하여는 강한 내성을 나타내었으나 mercury chloride, silver nitrate에 대하여는 내성이 약했다. 분리균의 합성세제(ABS) 분해율을 조사한 결과 ABS 20${\mu}g$/ml의 농도에서 4일후 약 55%, 100${\mu}g$/ml 농도에서는 약 60% 각각 분해되었다. 합성세제 (ABS) 분해에 따른 benzene ring의 분해율을 조사한 결과 시간이 경과 할수록 합성세제(ABS) 분해에 비례하여 benzene ring도 분해되었다. ABS 농도 20${\mu}g$/ml 및 100${\mu}g$/ml에서 benzene ring은 각각 38% 및 45% 분해되었다. COD의 분해와 ABS 분해를 비교검토한 결과 COD는 배양 24시간까지 급격하게 분해 되었으나 그 이후부터 서서히 계속해서 분해되었으며 ABS는 처음부터 서서히 계속적으로 분해되었다. ABS를 첨가하지 않고 배양한 균과 ABS를 1,000${\mu}g$/ml 농도가 되게 첨가하여 배양한 균과의 균체내 아미노산조성을 비교한 결과 아미노산총량은 각각 104.9mg/g 및 115.0mg/g으로서 ABS를 첨가하여 배양한 분리균에서 9.4% 증가 되었으며, 균체내에 Glx(Glu + Gln) 및 proline이 각각 11.1%, 9.2%로 비교적 많이 함유하고 있었고, 특히 cysteine은 ABS를 첨가하지 않고 배양한 분리균에 비해 ABS를 첨가하여 배양한 균에서 약 2.4배 높게 나타났다. ABS를 첨가하지 않고 배양한 분리균은 산성 아미노산인 Asx(Asp + Asn)와 Glx(Glu + Gln)가 비교적 많이 생성된 반면, ABS를 첨가하여 배양한 분리균에서는 염기성 아미노산인 histidine, lysine 및 argnine이 비교적 많이 생성되었다.

• 환경위생공학
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• 제3권2호
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• pp.23-41
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• 1988

1986년 1월부터 12월 사이에 전국 시$\cdot$도 보건연구소 및 주요종합 병원으로부터 일차분리 수집된 Salmonelle균속 286주를 실험균주로 하여 확인동정 실험, 항균제 감수성검사, plasmid DNA분리 및 접합에 의한 내성전달 실험을 실시하여 다음과 같은 결과를 얻었다. 1. 분리된 균주를 sero-group별로 보면 B group이 158주 $(55.2\%)$로 가장 많이 분리되었고, A group이 45주 $(15.7\%)$, D1 group이 43주 $(15\%)$, Cl, C2 group이 22주 $(7.7\%)$등의 순으로 분리되었다. serovar별 분리수는 Salmonella typhimurium이 92주$(32.2\%)$로 가장 많이 분리되었고, S. paratyphi-A 45주 $(15.7\%)$, S. enteritidis 41주$(14.3\%)$, S. paratyphi-B 27주 $(9.4\%)$ 등의 순으로 분리되었다. 분리균주의 월별 분포를 보면 9월 $(17.5\%)$, 5월$(16\%)$, 6월 $(14.7\%)$, 7월 $(10.5\%)$, 8월과 10월$(7.3\%)$등의 순으로 분리되었으며 5월에서 10월 사이에 $73.4\%$인 210주가 분리되었다. 분리균주의 지역별 분포는 강원$(29.7\%)$, 서울 $(27.6\%)$, 충남 $(14.3\%)$등으로 분리되었고, 성별 분포에서는 남성이 $41.6\%$로 여성$(28.6\%)$에서 보다 많이 분리되었으며, 연령별 분리분포는 1세에서 60세까지 고르게 나타났다. 2. 항균제 감수성 검사에서는 제1 이상의 항균제에 내성을 나타내는 균주가 85주$(29.7\%)$로 나타났다. 각 항균제별 내성균주는 tetracycline에서 80주 $(28\%)$가 내성을 보여 가장 많은 내성을 나타냈으며, streptomycin 65주 $(22.7\%)$, ampilcillin, carbenicillin 54주 $(18.8\%)$, chloramphenicol 51주$(17.8\%)$ kanamycin 7주 $(2.4\%)$, co-trimoxazole 2주$(0.7\%)$, tobramycin 1주$(0.3\%)$로 나타났다. 또한 1제내성균이 $8\%$, 2제 내성균이 $2.4\%$, 4제 내성균이 $1.8\%$, 5제 내성균이 $15.4\%$, 6제 내성균이 $1.8\%$, 7제 내성균이 $0.3\%$로 나타났으며, 그 중에서도 AmCbCmSmTc에 동시 내성인 균주가 $15\%$로 가장 많이 나타났다. Sero-group별 내성 양상은 B group에서 $26.2\%$로 가장 많았고, C2 group $(2.4\%)$, D1, E4 group$(0.3\%)$로 나타났다. 3. 접합에 의한 내성전달 결과 1제에서 7제까지 다양한 내성패턴에서 내성전달이 일어났으며, 내성전달은 전달성 R-plasmid에 의한 것이었다. 4. plasmid DNA분리 결과 내성균주 전체에서 한 개에서 네 개의 plasmid를 가지고 있었으며, 그 분자량은 1.6에서 70 megadalton 사이에 있었다. 같은 도에서 분리된 균주들중 내성패턴이 같은 균주들의 plasmid 패턴은 유사하였다. 접합에 의해 전달된 plasmid의 분자량은 42-57 megadalton이었다.

• Tuberculosis and Respiratory Diseases
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• 제39권5호
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• pp.425-432
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• 1992

저자들은 1982년 1월부터 1991년 12월까지 결핵연구원 부설의원에 내원하여 MOTT균에 의한 폐질환으로 진단받고 임상적으로 의미있게 검출된 29예와, 12개월 이상까지 관찰할 수 있었던 19예의 환자즐 대상으로 조사하여 본 결과 다음과 같은 결론을 얻었다. 1) 원인균은 M. avium-intracellulare이 19예로 66%, M. fortuitum이 5예로 17%, M. chelonei가 4예로 14% 그리고 M. szulgai가 1예로 3%였다. 2) 성별 분포는 남녀의 비가 1.9 : 1로 남자에서 많았다. 3) 환자의 연령 분포는 51~60세가 많았다. 4) 흉부엑스선 사진상 병변의 크기는 대상 29예중 29예 모두가 중등증 이상의 병변을 가지고 있었으며, 병변은 양쪽폐의 상부 특히 우측에서 더 많았다. 5) 초진시 임상증상은 기침, 객담 그 다음으로 호흡곤란 순서로 나타났다. 6) 대상 29예 모두다 과거에 폐결핵을 앓은 병력이 있었다. 7) 약제감수성검사 결과 CS, KM 그리고 EVM 약제에 48~52%가 감수성을 나타내었다. 8) 1년이상 경과관찰이 가능했던 19예에 대해서 균음전에 성공한 경우는 3예였으며 M. fortuitum 2예와 M. szulgai 1예였다. M. fortuitum 2예중 1예는 폐절제술을 시행하였던 경우였고, 나머지 1예는 화학요법만으로 균음전에 성공하였으나 무의한 군서였을 가능성을 배제할 수 없다. M. szulgai 1예는 치료시작 2개월 이내에 균음전이 되고 흉부 엑스선사진 결과 현저하게 호전되어 1년후에 치유 판정을 하였다. 내원 당시와 경과관찰중의 마지막 흉부엑스선 사진을 비교하였을때 균음전에 실패한 16중 8예(50%)는 변화가 없었고, 4예(25%)는 경하게 호전, 나머지 4예(25%)에서는 경하게 악화되는 소견을 보여주었다. 전반적으로, 균이 계속 검출된다 하여도 변화가 없거나 호전되는 소견을 보이고 있었으며, 일부가 악화되는 소견을 보이고 있으나 그정도도 경하였다.

• 미생물학회지
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• 제28권3호
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• pp.210-218
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• 1990

Bacillus subtilis를 재료로 하여 아미노산 합성에 관련된 유전자와 항생제 내성에 관련된 유전자를 균주들 간의 토양환경에서의 생존기간과 유전자전이 빈도를 측정하였다. 손수배양시 각 균주의 vegetative cell의 수는 일주일 내에 $10^{-1}$-$10^{-1.5}$배로 감소하였으나 각 포자의 수는 이보다 적게 감소하였다. 멸균된 토양에서는 각 균주의 vegetative cell과 포자의 감소는 2-4일 이내에 최초 접종할 균체수의 $10^{-15}$ - $10^{-3}$배 수준까지는 감소하였으나 그 이후로는 뚜렷한 감소 경향을 나타내지 않았다. In vitro에서 각 아미노산 합성에 관련된 두 개의 아미노산에 관련된 유전자들의 transformation frequency(형질전환빈도)는 각각 $1.3{\pm}0.6{\times}10^{-6}$ - $6.0{\pm}2.36{\times}10^{-6}$, $8.53{\pm}0.2{\times}10^{-8}$ - $1.4{\pm}0.4{\times}10^{-5}$의 범주에서 변화하였으며, 항생제 내성에 관련된 유전자들의 형질전환 빈도는 $1.5{\pm}0.2{\times}10^{-7}$ - $1.4{\pm}0.4{\times}10^{-5}$ 범주에서 변화하였다. 멸균된 토양에서는 각 아미노산 합성에 관련된 유전자들가 항생제 내성에 관련된 유전자들의 형질전환 빈도는 각각 $2.0{\times}10^{-7}$ - $2.0{\times}10^{-5}$, $2.0{\times}10^{-7}$ - $9.4{\pm}4.7{\times}10^{-6}$ 이었다 한편 두 개의 아미노산에 관련된 유전자들의 형질전환 빈도는 $2.0{\times}10^{-6}$ - $4.5{\times}10^{-6}$의 범주에서 측정되었다. 멸균되지 않는 토양에서의 항생제 내성에 관련된 유전자들의 형질변환 빈도는 멸균된 토양에서와 유사하였다. 이상의 결과로 토양에서의 유전자 전이는 transformation에 의해 이루어질 수 있음을 보여준다.

• 한국동물위생학회지
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• 제28권2호
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• pp.121-146
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• 2005

Newcastle disease (ND), infectious bronchitis (IB), low pathogenic avian Influenza (LPAI) and fowl typhoid (FT) have been known as egg drop laying diseases because of the serious layer damage from mass zone layer. In this study, such egg drop laying diseases were investigated. To access this study, we peformed to evaluate antibody titers in serum and isolated bacteria and virus from organs and feces on May, July and September in 2003. The distribution of ND from January to May, IB and LPAI from October to February of the next year, and FT from March to September were inspected by the question survey in 21 farms. ND revealed to be positive rates of 490 to 474 $(96.7\%)$ in May, 510 to 506 $(99.2\%)$ in July and 510 to 510 $(100\%)$ in September with hemagglutination inhibition (HI) test. The mean antibody titers were 10.2, 9.9 and 10.2, respectively. With regard to IB, 484 out of 490 samples $(98.7\%)$ in May, 508 of 510 $(99.6\%)$ in July and 509 of 510 $(99.8\%)$ in September showed positive results and the mean antibody titers were gradually increased with 8.2, 9.0 and 9.4, respectively. According to HI test of LPAI, the positive results were shown in 442 of 480 $(92.1\%)$, 394 of 494 $(79.8\%)$ and 402 of 483 $(83.2\%)$ in May, July and September, respectively The mean antibody titers were decreased with 4.6, 4.3 and 4.0. The distribution of LPAI also elicited the positive rates of 480 to 475 $(99.0\%)$ in May, 494 to 485$(98.2\%)$ in July, 483 to 472 $(97.7\%)$ in September as determined by ELISA and the mean S/P ratio were 2.319, 2.557 and 2.380, respectively. Compared ELISA results with HI test of LPAI the positive results were 480 to 422 $(92.1\%),\;475(99.0\%),\;494\;to\;394 (79.8\%),\;485 (98.2\%)\;and\;483\;to\;402(83.2\%),\;472(97.7\%)$. Therefore, the positive rate determined by ELISA was higher than that of HI test with 6.9, 18.4 and $14.5\%$, respectively. When performed RT-PCR for ND using organ and feces samples, the pathotypes were detected $5(15.6\%)\;in\;May,\; 2(5.3\%) in\;July,\;2(7.1\%)$ in September but there is no samples showing positive band for LPAI. In attempt to isolate Salmonella gallinarum, bacteria were obtained from 4 cases (12.5%) in May, 9 (23.6%) in July, 5 (17.8%) in September. Thus the highest rate for isolation revealed to be shown in July When evaluated the antimicrobial susceptibility to 18 isolated strains of 5. gallinarum, bacteria were sensitive to trimethoprim/sulfamethox$(61.1\%),\;kanamycin\;(55.5\%),\;ampicillin\;(55.5\%)$ and amoxacillin/clavulanic acid $(55.5\%)$, cephalothin $(50.0\%)$, but resistant to penicillin $(88.9\%)$, streptomycin $(88.9\%)$, erythromycin $(83_4\%)$ and tetracycline $(61.1\%)$. According to HI test of ND and LPAI using captured 164 wild Korean tree sparrows (Passer nontanus), the positive rates were $47.6\%\;and\;57.3\%$, and the mean HI titers were 5.32 and 4.02, respectively. 71 $(43.2\%)\;and\;58(35.3\%)$ in captured sparrows also showed more than 4 titers for HI test to ND and LPAI, respectively However, the attempt for isolation of viruses failed in all samples.

• 한국식품영양과학회지
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• 제30권5호
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• pp.796-801
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• 2001

최근에 음용이 증가하고 있는 강원도지역 먹는 샘물로부터 Yersinia spp.의 부포현황을 조사하기 위하여 1999년과 2000년에 강원지역 18개 시군 전역에 산재한 공동샘터수 277건을 수거한 후 미국 FDA방법과 Bergey’s manual을 참조하여 형태학적, 배양학적, 생화학적방법으로 균을 분리동정하였으며 분리균의 생물형, 혈청형, 항균제 감수성조사 및 효율적인 균리방법에 대한 조사를 실시하였다. 샘터수 277건 중에 40건(14.4%)에서 Yersinia spp.가 분리되었으며, 균종별 분리빈도는 40건중에서 Y. enterocolitica 33주(82.5%)로 가장 많이 분리되었으며, Y. frederiksenii 4주(10%), Y. in-termedia 2주(5%), Y.sakazaki 1주(2.5%)순으로 분리되었다. 지역별로 Y. enterocolitica 분리실태를 보면 철원군(5주), 인제군(5주) 등 11개 군지역에서 평균 2.6주가 분리되었고, 태백시(2주), 춘천시(1주) 등 3개 시지역에서 평균 1.3주가 분리되어 군소재 먹는 샘물이 도시지역 먹는 샘물에 비해 2배 정도 높은 균검출율을 나타내었다. 배양방법에 따른 Y. enterocolitica 분리율을 비교하면 시료를 KOH처리하여 직접 CIN 배지에 분리한 직접배양법에서는 분리율이 6.1%이었고, 시료를 PSBB배지에 1$0^{\circ}C$, 10일간 저온배양 후 KOH로 처리하여 CIN배지에 분리한 저온증균배양법에서 18.5%의 분리율을 나타내어 저온증균법이 직접법에 비해 3배 높은 균검출 효과를 나타내었다. 한편, Y. enterocolitica 33주에 대한 아형(subtype) 조사 결과 생물형 분포는 1A형이 22주(71.0%)로 가장 많았고 3A형 4주(12.9%), 3B형 3주(9.7%), 1B형과 5형이 각각 1주(3.2%)씩이었으며, 혈철형 분포는 O : 5형이 4주(12.9%)로서 가장 많았으며 O : 3형 3주(9.7%), O : 8형 2주(6.5%) 및 O : 9형 1주(3.2%)이었고 나머지 21주(67.7%)는 혈청형을 확인할 수 없었다. 또한, 분리된 Y. enterocolitica의 12종 항생제에 대한 감수성 시험결과는 ampicillin, cephalothin, carbenicillin에 각각 70%, 70%, 52%의 저항성을 보였고 나머지 nalidixic acid, streptomycin, tetracycline, tobramycin, chloramphenicol, kanamycin gentamycin, trimethoprim, ciprofloxacin에 대하여는 대부분 감수성을 나타내었으며, ampicillin, cephalothin, carbenicillin 등 3종 항생제에 다제내성을 보인 경우는 39%이었다.