• 농업생명과학연구
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• 제50권2호
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• pp.107-116
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• 2016

본 연구는 우리나라의 Holstein 능력검정 암소집단의 혈통자료를 이용하여 근교계수 및 혈통구조를 분석함으로써 Holstein 집단의 유전적 다양성 정도를 알아보고자 실시하였다. 2002년부터 2012년 사이에 태어난 Holstein 400,029두에 대한 능력검정 자료 및 509,740두에 대한 혈통정보를 이용하여 분석하였다. 국내 지역별로 혈통완성도를 분석한 결과, 선조 3대까지의 조상을 알고 있는 개체의 비율은 경기, 강원, 충남, 충북, 경북, 경남, 전남, 전북, 제주 및 우리나라 전체에 대해 각각 55.18, 23.49, 47.83, 53.62, 56.38, 51.35, 26.58, 49.41, 56.90 및 63.20%로 나타났다. 한편, 출생년도 별 평균근교계수는 2002년부터 2012년까지의 년도별 평균 및 전체에 대해 각각 0.43, 0.44, 0.58, 0.64, 0.78, 0.93, 1.08, 1.23, 1.46, 1.77, 2.03 및 0.93%로 추정되었다. 또한 아비에서 딸소까지 평균 세대간격은 8.15년으로 나타났으며, 어미에서 딸소까지 평균 세대간격은 4.20년으로 나타났다. 근교계수 및 세대간격을 이용하여 추정한 국내 능력검정 젖소 집단의 유효집단크기는 2004, 2009 및 2012년에 대해 각각 56.5, 51.3 및 32.2두로 추정되어 시간이 지남에 따라 유효집단의 크기가 감소하는 것으로 추정되었다.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제21권12호
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• pp.1710-1720
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• 2008

A comprehensive genome profiling study was undertaken based on automated genotyping and analysis of 20 microsatellite markers that involved 155 birds representing eight different populations. The distribution of microsatellite markers in each of these breeds helped us to decipher genetic heterogeneity, population genetic structure and evolutionary relationships of the present day chicken populations in India. All the microsatellite loci utilized for the analysis were polymorphic and reasonably informative. A total of 285 alleles were documented at 20 loci with a mean of 14.25 alleles/locus. A total of 103 alleles were found to be population/strain specific of which, only 30 per cent had a frequency of more than 10. The mean PIC values ranged from 0.39 for the locus ADL158 to 0.71 for loci MCW005 or ADL267 across the genomes and 0.55 in Dahlem Red to 0.71 in Desi (non-descript), among the populations. The overall mean expected and observed heterozygosity estimates for our populations were 0.68 and 0.64, respectively. The overall mean inbreeding coefficients (FIS) varied between -0.05 (Babcock) and 0.16 (Rhode Island Red). The pairwise FST estimates ranged from 0.06 between Aseel and Desi (non-descript) to 0.14 between Dahlem Red and Babcock. The Nei's genetic distance varied from 0.30 (WLH-IWD and WLH-IWF) to 0.80 (Dahlem Red and Babcock. Phylogenetic analysis grouped all the populations into two main clusters, representing i) the pure breeds, Dahlem Red and Rhode Island Red, and ii) the remaining six populations/strains. All the chicken populations studied were in the state of mild to moderate inbreeding except for commercial birds. A planned breeding is advised for purebreds to revive their genetic potential. High genetic diversity exists in Desi (non-descript), local birds, which can be exploited to genetically improve the birds suitable for backyard poultry.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제17권10호
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• pp.1355-1359
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• 2004

Japanese Black cattle of Hyogo prefecture (Tajima strain) are famous for its ability to produce high-quality meat and have been maintained as a closed system for more than 80 years. In order to assess the usefulness of microsatellite markers in closed cattle populations, and evaluate the genetic structure of the Tajima strain, we analyzed representative dams of the Tajima strain comprised of the substrains Nakadoi and Kinosaki. Genetic variability analyses indicated low genetic diversity in the Tajima strain. In addition, a recent genetic bottleneck, which could be accounted for by the high level of inbreeding, was detected in both substrains. In phylogenetic analyses, relationship coefficients and genetic distances between individuals were calculated using pedigree and microsatellite information. Two phylogenetic trees were constructed from microsatellite and pedigree information using the UPGMA method. Both trees illustrated that most individuals were distinguished clearly on the basis of the two substrains, although in the microsatellite tree some individuals appeared in clusters of different substrains. Comparing the two phylogenetic trees revealed good consistency between the microsatellite analysis tree and the pedigree information. The correlation coefficient between genetic distances derived from microsatellite and pedigree information was 0.686 with a high significance level (p<0.001). These results indicated that microsatellite information may provide data substantially equivalent to pedigree information even in unusually inbred herds of cattle, and suggested that microsatellite markers may be useful in revealing genetic structure without accurate or complete pedigree nformation. Japanese Black cattle of Hyogo prefecture (Tajima strain) are famous for its ability to produce high-quality meat and have been maintained as a closed system for more than 80 years. In order to assess the usefulness of microsatellite markers in closed cattle populations, and evaluate the genetic structure of the Tajima strain, we analyzed representative dams of the Tajima strain comprised of the substrains Nakadoi and Kinosaki. Genetic variability analyses indicated low genetic diversity in the Tajima strain. In addition, a recent genetic bottleneck, which could be accounted for by the high level of inbreeding, was detected in both substrains. In phylogenetic analyses, relationship coefficients and genetic distances between individuals were calculated using pedigree and microsatellite information. Two phylogenetic trees were constructed from microsatellite and pedigree information using the UPGMA method. Both trees illustrated that most individuals were distinguished clearly on the basis of the two substrains, although in the microsatellite tree some individuals appeared in clusters of different substrains. Comparing the two phylogenetic trees revealed good consistency between the microsatellite analysis tree and the pedigree information. The correlation coefficient between genetic distances derived from microsatellite and pedigree information was 0.686 with a high significance level (p<0.001). These results indicated that microsatellite information may provide data substantially equivalent to pedigree information even in unusually inbred herds of cattle, and suggested that microsatellite markers may be useful in revealing genetic structure without accurate or complete pedigree information.

• 농업과학연구
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• 제9권1호
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• pp.396-450
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• 1982

육종(育種) 자료(資料)를 얻기위해 수집(蒐集)한 한국(韓國) 재래종(在來種) 옥수수 57계통(系統)에 대(對)하여 주성분(主成分) 분석(分析)을 이용(利用)하여 재래종(在來種) 옥수수를 해석(解析)하고 계통분류(系統分類)를 하고 분류(分類)된 계통군별(系統群別)로 주요(主要) 특성(特性)에 대(對)한 유전적(遺傳的) 특성(特性)을 구명(究明)하고자 본(本) 연구(硏究)를 수행(修行)하였던 바 그 결과(結果)를 요약(要約)하면 다음과 같다. 1. 특성(特性)들의 평균치(平均値)는 모든 특성(特性)에서 계통간(系統間) 차이(差異)가 있었으며 비중(比重)을 제외(除外)한 모든 특성(特性)에서 교배유형별(交配類型別)로 차이(差異)가 있었는데 출수기(出穗期)까지의 일수(日數)를 제외(除外)한 모든 특성(特性)에서 자식(自殖)된 계통(系統)의 것은 세력(勢力)이 감소(減少)되었고 톱교배(交配)된 계통(系統)의 것은 세력(勢力)이 증대(增大) 되었다. 2. 특성간(特性間)의 상관계수(相關係數)는 0.99~-0.59 사이에 분포(分布)하였는데 특성간(特性間)의 상관(相關)은 대체(大體)로 낮은 것이 많았다. 그러나 수량구성요소(收量構成要素)와 관련(關聯)된 주요특성(主要特性)에서는 상관(相關)이 높았고 교배유형(交配類型)에 따른 특성간(特性間)의 상관계수(相關係數)의 크기는 별(別) 차이(差異)가 없었다. 3. 27개(個) 특성(特性) 가운데서 12개(個)의 주요특성(主要特性)을 이용(利用)한 주성분(主成分) 분석(分析)에서 제(第)4 주성분(主成分)까지를 가지고 전(全) 변동(變動)의 86.4%를 형매교배(兄妹交配)에서, 84.3%를 자식교배(自殖交配)에서 81.1%를 톱교배(交配)에서 각각(各各) 설명(說明)할 수 있었다. 4. 주성분(主成分)에 대(對)한 특성(特性)의 기여율(寄與率)은 특성(特性)에 따라 달랐고 상위(上位) 주성분(主成分)에서 컸으며 하위(下位) 주성분(主成分)에서 작았다. 5. 주성분(主成分)과 특성간(特性間)의 상관계수(相關係數)는 주성분(主成分)의 생물학적(生物學的) 의의(意義)와 주성분(主成分)에 대응(對應)한 식물체(植物體)의 형(型)을 명확(明確)히 하였는데 제(第)1 주성분(主成分)은 식물체(植物體)의 크기에 관련(關聯)된 주성분(主成分)이었고, 제(第)2 주성분(主成分)은 식물체(植物體)의 분화(分化) 및 생장기간(生長期間)에 관련(關聯)된 주성분(主成分)이었고, 제(第)3 주성분(主成分)과 제(第)4 주성분(主成分)은 형매교배(兄妹交配)된 계통(系統) 및 자식계통(自殖系統)에서는 뚜렷한 특징(特徵)이 없었으나 톱교배(交配)된 계통(系統)에서는 엽(葉)의 크기에 관련(關聯)된 주성분(主成分)이었다. 6. 계통간(系統間) 거리(距離)에 의(依)해 57계통(系統)은 4개(個)의 계통군(系統群)으로 분류(分類)되었으나 전계통(全系統)의 91.1%인 52계통(系統)이 계통군(系統群) I로 분류(分類)되어 수집(蒐集)된 재래종(在來種) 옥수수의 대부분(大部分)이 동일계통(同一系統)인 것으로 나타났고, 계통군(系統群) II에는 3계통(系統)이, 계통군(系統群) III과 계통군(系統群) IV에는 각각(各各) 1계통(系統)이 속(屬)하였다. 계통군(系統群) I은 조생(早生), 단간(短稈), 중형자수(中型雌穗), 중립(中粒) 및 중수(中收) 계통(系統)들이었고, 계통군(系統群) II는 만생(晩生), 중간(中稈), 소형자수(小型雌穗), 소립(小粒), 다자수(多雌穗) 및 다수(多收) 계통(系統)들이었다. 계통군(系統群) III은 중생(中生), 장간(長稈), 소형자수(小型雌穗) 및 소립(小粒), 소수(少收) 계통(系統)들이었고, 계통군(系統群) IV는 중생(中生), 장간(長稈), 대형자수(大型雌穗), 소자수(少雌穗) 및 중수계통(中收系統)이었다. 7. 특성(特性)들의 자식열세도(自殖劣勢度)는 계통(系統)에 따라 차이(差異)가 있었으며 수량(收量), 이삭중(重), 초장(草長) 등(等)에서 비교적(比較的) 크게 나타났고, 분류(分類)된 군별(群別) 자식열세도(自殖劣勢度)는 100 입중(粒重), 엽수(葉數), 엽장(葉長) 및 출수기(出穗期)까지의 일수(日數) 등(等)의 특성(特性)이 계통군(系統群) I에서 컸고, 기타의 특성(特性)은 계통군(系統群) II에서 컸다. 8. 특성(特性)들의 잡종강세도(雜種强勢度)는 계통간(系統間) 차이(差異)가 있었으며 이삭중(重), 이삭당(當) 입중(粒重), 100입중(粒重) 및 엽장(葉長) 등(等)에서 높았으며 분류(分類)된 군별(群別)로 보면 이삭길이, 이삭직경(直徑), 이삭중(重), 이삭당(當) 입중(粒重), 100 입중(粒重) 및 엽장(葉長) 등(等)의 특성(特性)은 계통군(系統群) II에서 높았고 기타의 특성(特性)은 계통군(系統群) I에서 높았다. 9. 특성(特性)들의 동질접합체(同質接合體) 정도(程度)는 이삭중(重)(79.1%)에서 가장 높았으며 이삭 수(數)(-2.1%)에서 가장 낮았는데 특성별(特性別)로 큰 차이(差異)가 있었다. 분류(分類)된 군별(群別)에 있어서도 동질접합체(同質接合體) 정도(程度)는 특성(特性)에 따라 차이(差異)가 있었는데 계통군(系統群) II에서 높은 것이 많았고 계통군(系統群) I에서 낮은 것이 많았다. 10. 형매교배(兄妹交配)된 계통(系統)의 특성(特性)과 톱 교배(交配)된 계통(系統)의 특성(特性)과의 상관관계(相關關係)는 모든 특성(特性)에서 정(正)의 상관(相關)을 나타내었으며 이삭수(數), 초장(草長), 엽장(葉長), 수량(收量) 및 단백질(蛋白質) 함량(含量) 등(等)에서 높은 상관(相關)을 나타내었으며 이삭 직경(直徑), 100입중(粒重) 및 엽수(葉數) 등(等)에서는 유의성(有意性)이 인정(認定)되지 않았다.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제33권8호
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• pp.1217-1223
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• 2020

Objective: Eggshells with a uniform color and intensity are important for egg production because many consumers assess the quality of an egg according to the shell color. In the present study, we evaluated the influence of dominant effects on the variations in eggshell color after 32 weeks in a crossbred population. Methods: This study was conducted using 7,878 eggshell records from 2,626 hens. Heritability was estimated using a univariate animal model, which included inbreeding coefficients as a fixed effect and animal additive genetic, dominant genetic, and residuals as random effects. Genetic correlations were obtained using a bivariate animal model. The optimal diagnostic criteria identified in this study were: L^🟉 value (lightness) using a dominance model, and a^🟉 (redness), and b^🟉 (yellowness) value using an additive model. Results: The estimated heritabilities were 0.65 for shell lightness, 0.42 for redness, and 0.60 for yellowness. The dominance heritability was 0.23 for lightness. The estimated genetic correlations were 0.61 between lightness and redness, -0.84 between lightness and yellowness, and -0.39 between redness and yellowness. Conclusion: These results indicate that dominant genetic effects could help to explain the phenotypic variance in eggshell color, especially based on data from blue-shelled chickens. Considering the dominant genetic variation identified for shell color, this variation should be employed to produce blue eggs for commercial purposes using a planned mating system.

• Animal Bioscience
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• 제34권9호
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• pp.1460-1465
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• 2021

Objective: The study aimed to evaluate the diversity of donkey populations by comparing with the diversity of Thoroughbred and Jeju Halla horses; identified breeding backgrounds can contribute to management and conservation of donkeys in South Korea. Methods: A total of 100 horse (50 Thoroughbreds and 50 Jeju Halla horses) and 79 donkeys samples were genotyped with 15 microsatellite markers (AHT4, AHT5, ASB2, ASB17, ASB23, CA425, HMS1, HMS2, HMS3, HMS6, HMS7, HTG4, HTG10, LEX3, and VHL20), to identify genetic diversity and relationships among horses and donkeys. Results: The observed number of alleles per locus ranged from 1 (ASB17, HMS1) to 14 (AHT5), with a mean value of 4.87, 8.00, and 5.87 in Thoroughbreds, Jeju Halla horses, and donkeys, respectively. Of the 15 markers, AHT4, AHT5, ASB23, CA425, HMS2, HMS3, HTG4, HTG10, and LEX3 loci had relatively high polymorphism information content (PIC) values (PIC>0.5) in these three populations. Mean levels of genetic variation were H_E = 0.6721 and H_O = 0.6600 in Thoroughbreds, H_E = 0.7898 and H_O = 0.7100 in Jeju Halla horses, and H_E = 0.5635 and H_O = 0.4861 in donkeys. Of the 15 loci in donkeys, three loci had negative inbreeding coefficients (FIS), with a moderate mean FIS (0.138). The FIS estimate for the HTG4 marker was highest (0.531) and HMS6 marker was lowest (-0.001). The total probability of exclusion value of 15 microsatellite loci was 0.9996 in donkeys. Conclusion: Genetic cluster analysis showed that the genetic relationship among 79 donkeys was generally consistent with pedigree records. Among the three breeds, donkeys and Thoroughbred horses formed clearly different groups, but the group of Jeju Halla horses overlapped with that of Thoroughbred horses, suggesting that the loci would be suitable for donkey parentage testing. Therefore, the results of this study are a valid tool for genetic study and conservation of donkeys.

• Animal Bioscience
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• 제35권12호
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• pp.1839-1849
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• 2022

Objective: The study aims to uncover the genetic diversity and unique genetic structure of the Min pig conserved population, divide the nucleus conservation population, and construct the molecular pedigree. Methods: We used KPS Porcine Breeding Chip v1 50K for SNP detection of 94 samples (31♂, 63♀) in the Min pig conserved population from Lanxi breeding Farm. Results: The polymorphic marker ratio (PN), the observed heterozygosity (Ho), and the expected heterozygosity (He) were 0.663, 0.335, and 0.330, respectively. The pedigree-based inbreeding coefficients (F_PED) was significantly different from those estimated from runs of homozygosity (F_ROH) and single nucleotide polymorphism (F_SNP) based on genome. The Pearson correlation coefficient between F_ROH and F_SNP was significant (p<0.05). The effective population content (Ne) showed a continuously decreasing trend. The rate of decline was the slowest from 200 to 50 generations ago (r = 0.95), then accelerated slightly from 50 to 5 generations ago (1.40

• 생명과학회지
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• 제23권9호
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• pp.1088-1095
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• 2013

꽃게(Portunus trituberculatus)는 세계적으로 넓게 분포하는 갑각류로 모래나 돌멩이가 있는 해저에 서식한다. 본 연구는 서해의 4개 지점(영광, 태안, 소래, 연평도)에서 채집된 P. trituberculatus 281 개체에 대해 10 종류 microsatellite 좌위의 유전적 다형성을 조사하였다. 좌위당 대립유전자 수는 50-129개로 평균 69.5개였으며, 관측 및 예상 이형접합도는 각각 0.111-1.000 및 0.609-0.979 범위에 있었다. 좌위별 근친계수((Fis)는 -0.0207에서 0.8175 범위였다. 유전적 분화도(Fst)는 0.05보다 낮게 나타났는데, 이것은 4 꽃게 간의 유전적 분화(genetic differentiation)가 매우 낮은 이루어진 것으로 추정하게 한다. UPGMA을 이용한 계통도 작성에서도 4 그룹 간의 유전적 거리는 매우 가깝다는 결과를 얻을 수 있었다. 매우 높은 다형성과 집단간의 낮은 유전적 분화는 서해안의 꽃게 집단은 활발한 유전적 흐름(gene flow)이 일어나며, 그룹간 지리적 경계가 없음을 제시한다

• 한국양식학회지
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• 제19권3호
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• pp.205-209
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• 2006

현재 우리나라에서 종묘방류량이 많은 넙치의 유전적 다양성을 파악하기 위하여 양식산 어미 암컷 31마리, 수컷 52마리로 총 83마리로부터 생산된 종묘의 유효어미수와 근교계수를 microsatellite DNA marker 7개를 이용하여 추정하였다. 어미집단과 종묘집단의 대립유전자수는 어미집단에 비하여 하루 동안 채란한 E1 종묘집단에서 23.5%가 감소하였고, 이틀 동안 채란한 E2 종묘집단에서는 17.6%가 감소하였다. 유전자 동일성검사 결과, 산란에 관여한 어미수는 E1 종묘집단에서 총 23마리였으며 이중 암컷 9마리, 수컷 14마리였고, E2 종묘집단에서는 35마리로 암컷 15마리, 수컷 20마리였다. 유효 어미집단크기(Ne)를 추정하기 위해 산란에 관여한 실제 어미의 암수의 비율을 보정하면, Ne는 E1 종묘집단에서 21.9마리, E2 종묘집단에서 34.3마리로 추정되었다. 이에 따라 근교계수는 El 종묘집단이 0.023, E2종묘집단은 0.015로서 E2종묘집단에서 낮게 나타났다. 이와 같은 결과는 수산생물의 다양성을 보존하기 위한 FAO의 권고 기준보다 높게 나타남에 따라 유전적 다양성을 향상시키는 방류용 종묘생산 방안이 필요할 것으로 나타났다.

• Journal of Animal Science and Technology
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• 제53권5호
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• pp.397-408
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• 2011

국내 듀록 품종 종돈의 교류현황과 또한 유전자원 교류가 국가단위의 유전능력평가에 미치는 영향을 평가하고, 돼지개량네트워크 사업을 통한 돼지개량 전략 마련을 위한 기초자료를 수집하기 위하여 한국종축개량협회의 등록 및 검정 자료를 분석하였다. 자료는 세 곳의 등지방 두께(어깨, 등, 허리)와 등심단면적, 90 kg 도달일령 그리고 일당증체량 형질을 포함하고 있으며, 1987년부터 2010년까지 총 235,511건의 등록 자료와 70,747건의 검정자료를 이용하였다. 수집된 듀록 자료를 분석한 결과, 종돈장간의 유전자원의 교류는 극히 미미한 수준으로 나타났다. 등록 후에 검정까지 수행 되어진 자료의 수는 더욱 적은 것으로 나타났고, 유전능력평가를 위해 필요한 일정규모의 두 수를 가진 종돈장의 수는 더욱 적었다. 혈연관계의 이용정도에 따라 세 가지 분류의 자료(개별 종돈장, 두개의 종돈장 그룹, 전체 종돈장)를 이용한 유전능력 평가 및 유전 모수의 추정에 있어서, 개별 종돈장 분석에서 종돈장간에 유전모수추정에 있어 거점 종돈장에 비하여 종속 종돈장의 유전력이 높은 경향을 보여 주었다. 유전력 추정 오차는 개별 종돈장, 두 그룹, 전체 집단 순으로 작게 나타났다. 유전분산이 종속 종돈장들에서 크게 나타남으로써 종속 종돈장들의 유전적 균일성이 거점 종돈장들에 비해 낮은 것으로 나타났다. 근친계수의 추정에서 차이를 보였으며, 개별 종돈장, 거점 종돈장과 종속 종돈장, 그리고 전체 집단을 평가하였을 때 각각 평균 근친이 1.12, 0.95 그리고 1.53으로 나타나 종돈장 간의 혈연관계를 고려한 전체 집단 평가에서 근친이 높았다. 추정된 육종가에 의한 상관계수에서 개별농가의 평가와 전체평가간의 상관이 가장 낮았다. 반면에 sub-population 평가와 개별농가 평가, 그리고 전체 평가는 이보다 상관이 높게 나타났다. 그러나 농장별 평가와 전체평가간의 상관계수가 이동된 종돈에서 형질별로 0.22에서 0.45, 그리고 전체 종돈에서 0.24에서 0.72의 범위로 비교적 낮게 나타났다. 연구된 결과들은 개별 종돈장 평가 보다는 국가단위의 유전능력평가가 혈연관계를 더 많이 이용하고, 돼지개량네트워크 사업이 종돈장간의 연결성을 증대시켜 국가단위 유전능력평가의 정확도에 기여한다고 사료된다.