• 제목/요약/키워드: in situ RT-PCR

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바이러스에 의한 최근(2010-2019) 국내 식중독 사고와 검출법 및 제어법에 대한 동향 조사 (Recent (2010-2019) foodborne outbreaks caused by viruses in the Republic of Korea along with their detection and inactivation methods)

  • 권승욱;김상순
    • 한국식품과학회지
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    • 제53권1호
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    • pp.1-11
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    • 2021
  • 본 논문에서는 최근 10년간(2010-2019년) 바이러스에 의한 식중독 통계 및 바이러스 검출법과 제어법에 대한 자료를 정리하여 나타냈다. 국내에서 지난 10년 동안 바이러스에 의해 발생한 식중독 사고 488건 중 94.9%가 노로바이러스에 의한 것으로 확인되어 노로바이러스가 국내에서 가장 주요한 식중독 바이러스로 생각된다. 노로바이러스를 검출하는 방법으로는 PCR을 이용한 방법이 주로 보고되고 있으며 현재(2020년 12월) 식품 공전에 등록된 방법(고시 제 2010-45호)에 따라 전기 영동을 기반으로 한 one-step RT PCR 및 semi-nested PCR 방법이 널리 이용되고 있다. 또한 최근 DNA sequencing 기술이 발달됨에 따라서 검출된 바이러스의 서열을 분석하여 이미 보고된 바이러스의 서열과 비교한 논문들이 많이 보고되었다. 이 외에도 real-time PCR을 적용한 논문들도 보고되고 있으며 앞으로는 전기 영동을 실시하는 conventional PCR을 대신하여 신속하게 정량 검출이 가능한 realtime PCR의 활용이 늘어날 것으로 생각한다. 기타 바이러스의 검출에 있어서도 역시 PCR을 활용한 방법이 주로 보고되고 있으며 multiplex PCR을 활용하여 여러 종류의 바이러스를 동시에 검출하고자 하는 노력이 이루어지고 있다. 더 나아가서, 자기 면역력 분리와 퀀텀닷 분석 방법 등을 이용한 신속 검출법이 제시되고 있어 앞으로 여러 식품에 오염된 바이러스를 현장에서 신속분리 및 검출하는데 이용할 수 있을 것으로 전망된다. 한편, 노로바이러스는 실험실에서 배양하기가 어렵기 때문에 노로바이러스 제어 연구는 대체재를 이용한 방법들이 주를 이루었다. 옴 가열을 포함한 여러 종류의 열처리와 초고압, 오존, 감마선, 광펄스 등의 비가열 처리를 이용하여 노로바이러스의 저감 정도를 살펴본 연구들이 최근 보고되었다. 일반적으로 물이나 완충용액보다는 식품 샘플에서 바이러스의 저감 정도가 낮게 관찰되었는데 식품 matrix가 이러한 물리적 처리에 간섭 효과를 나타내기 때문으로 생각되며 이를 극복하기 위해서는 여러 물리적, 화학적 처리를 조합하여 처리할 필요가 있다. 기타 바이러스 제어 연구에 있어서는 열, 광펄스, 고압력 등의 물리적 처리와 더불어 살균제(sanitizer)를 적용한 논문들이 보고되고 있으며 식중독 바이러스의 저감 메커니즘에 대한 체계적인 연구가 수행되고 있는 것을 확인하였다. 여러 물리적, 화학적 처리에 대해서 식중독 바이러스가 저항성을 갖는 이유와 사멸되는 메커니즘을 정확하게 이해한다면 추후 여러 식품에서의 바이러스에 대한 안전성을 확보하는데 도움이 될 것으로 사료된다.

Sequence Analysis and Molecular Characterization of Wnt4 Gene in Metacestodes of Taenia solium

  • Hou, Junling;Luo, Xuenong;Wang, Shuai;Yin, Cai;Zhang, Shaohua;Zhu, Xueliang;Dou, Yongxi;Cai, Xuepeng
    • Parasites, Hosts and Diseases
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    • 제52권2호
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    • pp.163-168
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    • 2014
  • Wnt proteins are a family of secreted glycoproteins that are evolutionarily conserved and considered to be involved in extensive developmental processes in metazoan organisms. The characterization of wnt genes may improve understanding the parasite's development. In the present study, a wnt4 gene encoding 491amino acids was amplified from cDNA of metacestodes of Taenia solium using reverse transcription PCR (RT-PCR). Bioinformatics tools were used for sequence analysis. The conserved domain of the wnt gene family was predicted. The expression profile of Wnt4 was investigated using real-time PCR. Wnt4 expression was found to be dramatically increased in scolex evaginated cysticerci when compared to invaginated cysticerci. In situ hybridization showed that wnt4 gene was distributed in the posterior end of the worm along the primary body axis in evaginated cysticerci. These findings indicated that wnt4 may take part in the process of cysticerci evagination and play a role in scolex/bladder development of cysticerci of T. solium.

DNA Chip을 이용한 Transcriptional Activation Mechanism 분석

  • 김영준
    • 한국생물정보학회:학술대회논문집
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    • 한국생물정보시스템생물학회 2001년도 제2회 생물정보 워크샵 (DNA Chip Bioinformatics)
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    • pp.45-60
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    • 2001
  • . Mediator of transcriptional regulation is the evolutionary conserved coactivator complex that plays He central role in the integration and recruitment of diverse regulatory signals and transcription machinery to certain promoters. In yeast, each Mediator subunit is required for transcriptional regulation of a distinct group of genes. In order to decipher the mechanistic roles of Mediator proteins in regulating developmental specific gene expression, we isolated, and analyzed a multiprotein complex containing Drosophila Mediate. homologs (dMediato.). dMediato. interacts with several sequence-sperific transcription factors and basal transcription machinery, and is critical for activated transcription in response to diverse transcriptional activators. In order to elucidate the function of Mediator in metazoan development, we isolated mutants of a conserved Mediate. subunit, Drosophila Med6 (dMed6). dMed6 null homozygotes failed to pupate and died in the third larval instar. Larval mitotic cells and most imaginal discs showed severe defects in proliferation, but no apparent morphological defect was observed in other larval tissues. Clonal analysis of dMed6 mutant cells revealed that dMed6 is essential for cell viability and proliferation of most adult cell types. Drosophila cDNA microarray, quantitative RT-PCR, and in situ expression analyses of developmentally regulated genes in dMed6 mutants showed that transcriptional activation of a subset of genes involved in neuroblast proliferation in the larval brain were most affected. Our results suggest that dMed6 is required in most for transcriptional regulation of a subset of genes important for cell proliferation and metabolism.

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A Systematic Analysis of Drosophila Regulatory Peptide Expression in Enteroendocrine Cells

  • Chen, Ji;Kim, Seol-min;Kwon, Jae Young
    • Molecules and Cells
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    • 제39권4호
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    • pp.358-366
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    • 2016
  • The digestive system is gaining interest as a major regulator of various functions including immune defense, nutrient accumulation, and regulation of feeding behavior, aside from its conventional function as a digestive organ. The Drosophila midgut epithelium is completely renewed every 1-2 weeks due to differentiation of pluripotent intestinal stem cells in the midgut. Intestinal stem cells constantly divide and differentiate into enterocytes that secrete digestive enzymes and absorb nutrients, or enteroendocrine cells that secrete regulatory peptides. Regulatory peptides have important roles in development and metabolism, but study has mainly focused on expression and functions in the nervous system, and not much is known about the roles in endocrine functions of enteroendocrine cells. We systemically examined the expression of 45 regulatory peptide genes in the Drosophila midgut, and verified that at least 10 genes are expressed in the midgut enteroendocrine cells through RT-PCR, in situ hybridization, antisera, and 25 regulatory peptide-GAL transgenes. The Drosophila midgut is highly compartmentalized, and individual peptides in enteroendocrine cells were observed to express in specific regions of the midgut. We also confirmed that some peptides expressed in the same region of the midgut are expressed in mutually exclusive enteroendocrine cells. These results indicate that the midgut enteroendocrine cells are functionally differentiated into different subgroups. Through this study, we have established a basis to study regulatory peptide functions in enteroendocrine cells as well as the complex organization of enteroendocrine cells in the Drosophila midgut.

Detection of the SRY Transcript and Protein in Bovine Ejaculated Spermatozoa

  • Li, Chunjin;Sun, Yongfeng;Yi, Kangle;Li, Chengjiao;Zhu, Xiaoling;Chen, Lu;Zhou, Xu
    • Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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    • 제24권10호
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    • pp.1358-1364
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    • 2011
  • The sex-determining region on the Y (SRY) gene is important in mammalian sex determination and differentiation. We report a study of the abundance of SRY gene products in bovine ejaculate. RT-PCR experiments using RNA extracted from bovine spermatozoa with SRY-specific primers yielded a 456 bp product, but the amount of SRY mRNA in sperm was lower than that in the testes (p<0.01). A protein of approximately 27 KDa was detected by western blotting. The SRY transcript was detected in the midpiece of approximately half the spermatozoa by in situ hybridization, and the SRY protein was detected in the heads of half the spermatozoa by immunofluorescence, indicating that SRY mRNA and protein may only be present in Y-bearing spermatozoa. These results suggest that the SRY transcript and protein are present in bovine ejaculated Y-sperm. The roles of the SRY gene in spermatogenesis, sperm motility, and the sperm-oocyte interaction merit further investigation.

Expression of Murine Asb-9 During Mouse Spermatogenesis

  • Lee, Man Ryul;Kim, Soo Kyoung;Kim, Jong Soo;Rhim, Si Youn;Kim, Kye-Seong
    • Molecules and Cells
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    • 제26권6호
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    • pp.621-624
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    • 2008
  • We previously showed that Asb-4 and Asb-17 is uniquely expressed in developing male germ cells. A recent report showed that Asb-9 is specifically expressed in the kidney and testes; however, detailed expression patterns in developing germ cells have not been shown. Northern blot analysis in various tissues demonstrated that mAsb-9 was strongly expressed in the testes. Expression analysis by RT-PCR and Northern blot in developing mouse testes indicates that mAsb-9 is expressed from the fourth week after birth to adulthood, with the highest expression in round spermatids. Expression sites were further localized by in situ hybridization in the testes. Pachytene spermatocytes and spermatids expressed mAsb-9 but spermatogonia and generated spermatozoa did not. This study reveals that mAsb-9 could be a specific marker of active spermatogenesis and would be useful for studies of male germ cell development.

태반 내 Immortalization-upregulated Proteins-2 (IMUP-2) 발현 (Expression of Immortalization-upregulated Proteins-2 (IMUP-2) in Placenta)

  • 전수연;이현정;정현민;김진경;김기진
    • Clinical and Experimental Reproductive Medicine
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    • 제36권3호
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    • pp.163-174
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    • 2009
  • 목 적: Immortalization-upregulated proteins (IMUPs) family는 SV40의 유전자 도입을 통한 불사화된 인간 섬유아세포에서 새로이 분리 동정된 핵 내 단백질로써, 세포의 증식과 종양형성에 관여하는 것으로 알려져 있으나, 태반 발달과정에 따른 발현 양상과 기능에 대해서는 알려져 있지 않은 실정이다. 본 연구의 목적은 정상 태반과 자간전증 태반조직에서의 IMUPs 유전자의 발현을 분석하고, IMUPs 유전자의 HTR-8/SVneo trophoblast cells 내로 도입 후 IMUPs의 기능을 분석하고자 하였다. 연구방법: IMUPs 발현을 분석하고자, 정상 태반 (n=15), 중기 자간전증 태반 (n=11), 그리고 말기 자간전증 태반 (n=15)조직을 수집하여 RT-PCR, RNA in situ hybridization, 면역조직화학법, 그리고 Western blot 등을 실시하였다. IMUP-2의 기능을 확인하고자 HTR-8/SVneo trophoblast cells에 IMUP-2 plasmids를 transfection한 뒤 24시간 후에 각 그룹간의 세포 수를 계수하였으며, 세포사멸 관련 유전자들의 발현을 분석하고자 RT-PCR, 그리고 Western blot 분석 등을 실시하였다. 결 과: IMUPs는 주로 태반 내 합포영양막세포와 포합체결절에서 주로 발현되었다. IMUP-1의 경우 정상과 자간전증 태반에서의 발현의 차이가 관찰되지 않았으나, IMUP-2의 경우 정상 태반에서 매우 약한 발현을 보였으며, 자간전증에서는 발현의 증가가 통계학적으로 유의하게 관찰되었으며 (p<0.001), 특히, 중기 자간전증의 태반조직 내에서는 강한 발현이 관찰되었다. 또한, IMUP-2의 유전자 도입에 의해 과발현된 HTR-8/SVneo trophoblast cells에서는 세포사멸 관련 유전자들의 증가로 영양막세포의 수가 감소됨이 관찰되었다. 결 론: 이러한 결과들은 IMUP-2의 발현이 정상 태반의 발달에 관여할 뿐 아니라 증가된 IMUP-2는 영양막세포의 세포사멸을 증가시킴으로써 자간전증과도 상관성이 있음이 관찰되었다. 따라서, IMUP-2는 자간전증을 예측 및 진단 할 수 있는 마커로 유용하게 활용 가능하다고 사료된다.

백서 혀에서의 4-nitroquinoline 1-oxide 유도 발암과정에서 Bcl-2 계 유전자의 발현 (Expression of Bcl-2 Family in 4-Nitroquinoline 1-Oxide-Induced Tongue Carcinogenesis of the Rat)

  • 최재욱;정성수;이금숙;김병국;김재형;국은별;장미선;고미경;정권;최홍란;김옥준
    • Journal of Oral Medicine and Pain
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    • 제30권3호
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    • pp.301-317
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    • 2005
  • 전 세계적으로 구강암의 빈도는 점점 증가 추세이며, 특히 한국인의 있어 혀(tongue)는 구강암이 가장 호발하는 장소이다. 구강암은 발암 단계에서부터 과증식 병소(hyperplastic lesion), 이형성(dysplasia) 및 상피내암(carcinoma in situ) 을 거쳐 악성 암종으로 발전하는 다단계 발암과정을 보이며, 분자 생물학적 변이가 구강암을 진행시킴이 널리 알려져 있다. 또한, 구강암은 일반적으로 암세포의 증식 및 고사(apoptosis)의 억제가 중요한 역할을 하고 있다 알려져 있다. 그리고, Bcl-2 family 는 세포 고사에 주요한 역할을 하고 있음이 알려져 있다. 그러나, 이들과 관련한 구강암 발생과정의 변화에 대해서는 널리 연구된 바가 없다. 본 연구는 백서에서 발암 물질인 4-NQO로 구강암을 유도시키고, 구강암 발생 다단계별로 Bcl-2 family의 mRNA 변화를 RT-PCR을 이용해 살펴보았다. Bcl-2 family는 크게 3군, 즉 1) anti-apoptotic, 2) pro-apoptotic, 그리고 3) BH3 only protein으로 분류할 수 있으며, 본 연구에서 anti-apoptotic molecules인 Bcl-w는 모든 군에서 발현이 감소되었으며, Bcl-2는 발현이 증가 되었다. pro-apoptotic molecules에서는 Bad가 제 3군 (편평세포암종)에서 발현이 증가 되었고, 나머지는 감소하였다. BH-3 only protein에서는 Bmf가 제 2군에서, BBC3가 제 3군에서 발현이 증가하였고, 나머지는 모든 군에서 감소하였다. 결론적으로, 4-NQO로 유도된 백서의 발암단계에서, Bcl-2 family의 mRNA 양상은 다양하게 관찰되었으나, Bad 및 BBC3 mRNA가 제 3군에서, Bmf mRNA가 제 2군에서의 발현이 특별함을 알 수 있어, 다단계 발암과정에서의 구강암을 진단하는데 유용하리라 사료된다.

Expression Profiling of Genes involved in the Control of Pluripotency Using cDNA Microarray

  • Lee, Young-Jin;Hong, Seok-Ho;Nah, Hee-Young;Chae, Ji-Hyung;Jung, Ho-Sun;Kim, Beom-Sue;Kim, Chul-Geun
    • 한국수정란이식학회:학술대회논문집
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    • 한국수정란이식학회 2001년도 추계학술대회 및 정기총회
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    • pp.12-21
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    • 2001
  • To identify genes implicated in the control of pluripotency as well as characteristics of stem cells, we analyzed expression profiles of genes derived from mouse morulas, blastocysts, embryonic stem cells, mesenchymal stem cells, and uterus tissue using cDNA microarray. Comparative analyses of their expression profiles identified putative clones that expressed specifically in specific samples or not in a specific sample. The expression pattern of these condidate clones was analyzed using RT-PCR and non-radioactive in situ hybridization. Functional annotation of these clones on pluripotency and stem cell plasticity is in ongoing. These studies may further our understanding on the nature of the stem cells and molecular mechanisms underlying many facets of mammalian development and differentiation.

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Expression Profiling of Genes involved in the Control of Pluripotency Using cDNA Microarray

  • Lee, Young-Jin;Hong, Seok-Ho;Nah, Hee-Young;Chae, Ji-Hyung;Jung, Ho-Sun;Kim, Beom-Sue;Kim, Chul-Geun
    • 한국동물번식학회:학술대회논문집
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    • 한국동물번식학회 2001년도 발생공학 국제심포지움 및 학술대회 발표자료집
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    • pp.18-24
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    • 2001
  • To identify genes implicated in the control of pluripotency as well as characteristics of stem cells, we analyzed expression profiles of genes derived from mouse morulas, blastocysts, embryonic stem cells, mesenchymal stem cells, and uterus tissue using cDNA microarray. Comparative analyses of their expression profiles identified putative clones that expressed specifically in specific samples or not in a specific sample. The expression pattern of these candidate clones was analyzed using RT-PCR and non-radioactive in situ hybridization. Functional annotation of these clones on pluripotency and stem cell plasticity is in ongoing. These studies may further our understanding on the nature of the stem cells and molecular mechanisms underlying many facets of mammalian development and differentiation.

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