Rimal, Hemraj;Yu, Sang-Cheol;Jang, Jong Hwa;Oh, Tae-Jin
Journal of Microbiology and Biotechnology
/
v.25
no.9
/
pp.1417-1424
/
2015
In this study, we tried to characterize Streptomyces peucetius CYP157C4 with homology modeling using three cytochrome P450 (CYP) structures (CYP157C1, CYP164A2, and CYP107L1), having discovered that CYP157C4 lacks the ExxR motif that was considered invariant in all CYPs. We used Discovery Studio 3.5 to build our model after first assessing the stereochemical quality and side-chain environment, and a 7-ethoxycoumarin substrate was docked into the final model. The model-substrate complex allowed us to identify functionally important residues and validate the active-site architecture. We found a distance of 4.56 Å between the 7-ethoxycoumarin and the active site of the heme, and cloning and an in vitro assay of the CYP157C4 showed the dealkylation of the substrate. Since the details regarding this group of CYP structures are still unknown, the findings of this study may provide elucidation to assist with future efforts to find a legitimate substrate.
Haloperoxidase (HPO, E.C.1.11.1.7) is a metal-containing enzyme oxidizing halonium species, which can be used in the synthesis of halogenated organic compounds, for instance in the production of antimicrobial agents, cosmetics, etc., in the presence of halides and $H_2O_2$. To isolate and evaluate a novel non-metal HPO using a culture-independent method, a cassette PCR library was constructed from marine seawater in Japan. We first isolated a novel HPO gene from Pseudomonas putida ATCC11172 by PCR for constructing the chimeric HPO library (HPO11172). HPO11172 showed each single open-reading frame of 828 base pairs coding for 276 amino acids, respectively, and showed 87% similarity with P. putida IF-3 sequences. Approximately 600 transformants screened for chimeric genes between P. putida ATCC11173 and HPO central fragments were able to identify 113 active clones. Among them, we finally isolated 20 novel HPO genes. Sequence analyses of the obtained 20 clones showed higher homology genes with P. putida or Sinorhizobium or Streptomyces strains. Although the HPO A9 clone showed the lowest homology with HPO11172, clones in group B, including CS19, showed a relatively higher homology of 80%, with 70% identy. E. coli cells expressing these HPO chimeric genes were able to successfully bioconvert chlorodimedone with KBr or KCl as substrate.
The Journal of the Institute of Internet, Broadcasting and Communication
/
v.18
no.1
/
pp.223-229
/
2018
This paper proposes a robust technique of image segmentation, which can be obtained if the topological persistence of each connected component is used as the feature vector for the graph-based image segmentation. The topological persistence of the components, which are obtained from the super-level set of the image, is computed from the morse function which is associated with the gray-level or color value of each pixel of the image. The procedure for the components to be born and be merged with the other components is presented in terms of zero-dimensional homology group. Extensive experiments are conducted with a variety of images to show the more correct image segmentation can be obtained by merging the components of small persistence into the adjacent components of large persistence.
Bacillus halodurans O-methyltransferase (BhOMT) is a S-adenosylmethionine (SAM or AdoMet) dependent methyltransferase. Three dimensional structure of the BhOMT bound to S-adenosyl-L-homocysteine (SAH or AdoHcy) has been determined by comparative homology modeling. BhOMT has 40% sequence identity with caffeoyl-CoA 3-O-methyltransferase (CCoAOMT) from alfalfa. Based on x-ray structure of CCoAOMT, three dimensional structure of BhOMT was determined using MODELLER. The substrate binding sites of these two proteins showed slight differences, but these differences were important to characterize the substrate of BhOMT. Automated docking study showed that four flavonoids, quercetin, fisetin, myricetin, and luteolin which have two hydroxyl groups simultaneously at 3'- and 4'-position in the B-ring and structural rigidity of Cring resulting from the double bond characters between C2 and C3, were well docked as ligands of BhOMT. These flavonoids form stable hydrogen bondings with K211, R170, and hydroxyl group at 3'-position in the Bring has stable electrostatic interaction with Ca2+ ion in BhOMT. This study will be helpful to understand the biochemical function of BhOMT as an O-methyltransferase for flavonoids.
Using phytoplasma universal primer pair Pl and P7, a fragment of about 1.8 kb nucleotide sequences of 16S rRNA gene and 16S-23S rRNA intergenic spacer region, and a portion of 23S rRNA gene of jujube witches'broom (JWB) and mulberry dwarf(MD) phytoplasmas were determined. The nucleotide sequences of JWB and MD were 1,850 bp and 1,831 bp long, respectively. The JWB phytoplasma sequence was aligned with the homologous sequence of MD phytoplasma. Twenty-eight base insertions and nine base deletions were found in the JWB phytoplasma sequence compared with that of MD phytoplasma. The similarity of the aligned sequences of JWB and MD was 84.8%. The near-complete 16S rRNA gene DNA sequences of JWB and MD were 1,529 bp and 1,530 bp in length, respectively, and revealed 89.0% homology. The 16S-23S rRNA intergenic spacer region DNA sequences were 263 bp and 243 bp in lengths respectively, while homology was only 70% and the conserved tRNA-lle gene of JWB and MD was located into the intergenic space region between 16S-23S rRNA gene. The nucleotide sequences were 77 bp long in both JWB and MD, and showed 97.4% sequence homology. Based on the phylogenetic analysis of the two phytoplasmas, the JWB phytoplasma belongs to the Elm yellow phytoplasma group (16S rV), whereas, the MD phytoplasma belongs to the Aster yellow group (16S rI).
The signature of a surface bundle over a surface is known to be divisible by 4. It is also known that the signature vanishes if the fiber genus ${\leq}2$ or the base genus ${\leq}1$. In this article, we construct new smooth 4-manifolds with signature 4 which are surface bundles over surfaces with small fiber and base genera. From these we derive improved upper bounds for the minimal genus of surfaces representing the second homology classes of a mapping class group.
Otera, Daniele Ettore;Russo, Francesco G.;Tanasi, Corrado
Bulletin of the Korean Mathematical Society
/
v.50
no.4
/
pp.1069-1077
/
2013
Several authors investigated the properties which are invariant under the passage from a group to its nonabelian tensor square. In the present note we study this problem from the viewpoint of the classes of groups and the methods allow us to prove a result of invariance for some geometric properties of discrete groups.
Intraspecific genetic diversity of Korean isolates of Phytophthora drechsleri was investigated based on PCR-RFLP of rDNA along with closely related species in the genus; P. cryptogea, P. melonis, P. erythroseptica, P. cinnamomi, P. cambivora and P. cactorum. Gene regions of nuclear small subunit and internal transcribed spacer (ITS) in rDNA were amplified with polymerase chain reaction and digested with 9 restriction enzymes. Phytophthora species was readily differentiated from each other based on the digestion patterns, however, P. cryptogea was not separable from some isolates of P. drechsleri. Twenty one isolates of P. drechsleri originated from 15 host plants were divided into three distinct groups designated as PdG1, PdG2 and PdG3, respectively. Four isolates in PdG1 were originated from green vegetables and tomato and nine isolates in PdG2 were mainly isolated from medicinal plants. The two groups showed 95.3% homology and four isolates of P. cyptogea came under the groups. However, Eight isolates in PdG3 collected from cucurbits were clearly differentiated from those of PdG1 and PdG2 by 66.5% homology, but completely matched with a Taiwan isolate of P. melonis. Results indicated that three distinct groups exist in Korean isolates of P. drechleri and each group has host preference. In addition, reclassification of the cucurbits isolates are reserved because of their distinct genetic characters from other intraspecific groups in P. drechsleri.
Mi Seon Kang;Woo Ri Jung;Seung Hyuck Yang;Keum Suk Chu
Korean Journal of Veterinary Service
/
v.47
no.1
/
pp.9-17
/
2024
Porcine epidemic diarrhea (PED) is a highly contagious enteric viral disease of pigs with watery diarrhea in piglets, which ultimately results in huge economic losses in the swine industry. The spike (S) protein plays an important role in viral pathogenicity, tissue tropism, infection, dissemination and the trypsin-dependent proliferation of the PED virus (PEDV). In the present study, we determined the full-length spike (S) gene sequences of twenty PEDV field strains detected in Jeonbuk province in 2022. Phylogenetic analysis showed that the twenty PEDV field strains were classified into G2b group and shared 98.6~100% of nucleotide homology and 97.4~100% of amino acid homology with each other. Mutations of amino acid sequences on the neutralizing epitope of S protein were observed in the twenty field strains compared to the previous vaccine strain SM-98-1 (G1a group). Therefore, these amino acid mutations in the PEDV S protein may result in a new genotype of the virus and highly pathogenic virus, so continuous monitoring is required.
Kim, Jae-Wha;Song, Jae-Chan;Lee, In-Ae;Lee, Young-Hee;Nam, Myoung-Soo;Hahn, Yoon-Soo;Chung, Jae-Hoon;Choe, In-Seong
BMB Reports
/
v.28
no.5
/
pp.402-407
/
1995
Single-run Partial cDNA sequencing was conducted on 1,592 randomly selected human fetal liver cDNA clones of Korean origin to isolate novel genes related to liver functions. Each partial cDNA sequence determined was analyzed by comparing it with the databases. GenBank, Protein Information Resource (PIR) and SWISS-PROT Protein Sequence Data Bank. From a set of 1.592 cDNA clones reported here, 1,433 (90.0% of the total) were informative cDNA sequences. The other 159 clones were identified as DNA sequences which had originated from the cloning vector. Among 1,433 informative partial cDNA sequences, 851 (59.3%) clones were revealed to be identical to known human genes. These known genes have been classified into 225 different kinds of genes. In addition, 340 clones (23.7%) showed various degrees of homology to previously known human genes. Ninety four (6.6%) clones contained various repeated sequences. Twenty four (1.7%) partial cDNA sequences were found to have considerable homology to known genes from evolutionarily distant organism such as yeast, rice, Arabidopsis, mouse and rat, based on database matches, whereas 124 (8.7%) had no Significant matches. Human homologues to functionally characterized genes from different organisms could be classified as candidates for novel human genes of similar functions. Information from the partial cDNA sequences in this study may facilitate the analysis of genes expressed in human fetal liver.
본 웹사이트에 게시된 이메일 주소가 전자우편 수집 프로그램이나
그 밖의 기술적 장치를 이용하여 무단으로 수집되는 것을 거부하며,
이를 위반시 정보통신망법에 의해 형사 처벌됨을 유념하시기 바랍니다.
[게시일 2004년 10월 1일]
이용약관
제 1 장 총칙
제 1 조 (목적)
이 이용약관은 KoreaScience 홈페이지(이하 “당 사이트”)에서 제공하는 인터넷 서비스(이하 '서비스')의 가입조건 및 이용에 관한 제반 사항과 기타 필요한 사항을 구체적으로 규정함을 목적으로 합니다.
제 2 조 (용어의 정의)
① "이용자"라 함은 당 사이트에 접속하여 이 약관에 따라 당 사이트가 제공하는 서비스를 받는 회원 및 비회원을
말합니다.
② "회원"이라 함은 서비스를 이용하기 위하여 당 사이트에 개인정보를 제공하여 아이디(ID)와 비밀번호를 부여
받은 자를 말합니다.
③ "회원 아이디(ID)"라 함은 회원의 식별 및 서비스 이용을 위하여 자신이 선정한 문자 및 숫자의 조합을
말합니다.
④ "비밀번호(패스워드)"라 함은 회원이 자신의 비밀보호를 위하여 선정한 문자 및 숫자의 조합을 말합니다.
제 3 조 (이용약관의 효력 및 변경)
① 이 약관은 당 사이트에 게시하거나 기타의 방법으로 회원에게 공지함으로써 효력이 발생합니다.
② 당 사이트는 이 약관을 개정할 경우에 적용일자 및 개정사유를 명시하여 현행 약관과 함께 당 사이트의
초기화면에 그 적용일자 7일 이전부터 적용일자 전일까지 공지합니다. 다만, 회원에게 불리하게 약관내용을
변경하는 경우에는 최소한 30일 이상의 사전 유예기간을 두고 공지합니다. 이 경우 당 사이트는 개정 전
내용과 개정 후 내용을 명확하게 비교하여 이용자가 알기 쉽도록 표시합니다.
제 4 조(약관 외 준칙)
① 이 약관은 당 사이트가 제공하는 서비스에 관한 이용안내와 함께 적용됩니다.
② 이 약관에 명시되지 아니한 사항은 관계법령의 규정이 적용됩니다.
제 2 장 이용계약의 체결
제 5 조 (이용계약의 성립 등)
① 이용계약은 이용고객이 당 사이트가 정한 약관에 「동의합니다」를 선택하고, 당 사이트가 정한
온라인신청양식을 작성하여 서비스 이용을 신청한 후, 당 사이트가 이를 승낙함으로써 성립합니다.
② 제1항의 승낙은 당 사이트가 제공하는 과학기술정보검색, 맞춤정보, 서지정보 등 다른 서비스의 이용승낙을
포함합니다.
제 6 조 (회원가입)
서비스를 이용하고자 하는 고객은 당 사이트에서 정한 회원가입양식에 개인정보를 기재하여 가입을 하여야 합니다.
제 7 조 (개인정보의 보호 및 사용)
당 사이트는 관계법령이 정하는 바에 따라 회원 등록정보를 포함한 회원의 개인정보를 보호하기 위해 노력합니다. 회원 개인정보의 보호 및 사용에 대해서는 관련법령 및 당 사이트의 개인정보 보호정책이 적용됩니다.
제 8 조 (이용 신청의 승낙과 제한)
① 당 사이트는 제6조의 규정에 의한 이용신청고객에 대하여 서비스 이용을 승낙합니다.
② 당 사이트는 아래사항에 해당하는 경우에 대해서 승낙하지 아니 합니다.
- 이용계약 신청서의 내용을 허위로 기재한 경우
- 기타 규정한 제반사항을 위반하며 신청하는 경우
제 9 조 (회원 ID 부여 및 변경 등)
① 당 사이트는 이용고객에 대하여 약관에 정하는 바에 따라 자신이 선정한 회원 ID를 부여합니다.
② 회원 ID는 원칙적으로 변경이 불가하며 부득이한 사유로 인하여 변경 하고자 하는 경우에는 해당 ID를
해지하고 재가입해야 합니다.
③ 기타 회원 개인정보 관리 및 변경 등에 관한 사항은 서비스별 안내에 정하는 바에 의합니다.
제 3 장 계약 당사자의 의무
제 10 조 (KISTI의 의무)
① 당 사이트는 이용고객이 희망한 서비스 제공 개시일에 특별한 사정이 없는 한 서비스를 이용할 수 있도록
하여야 합니다.
② 당 사이트는 개인정보 보호를 위해 보안시스템을 구축하며 개인정보 보호정책을 공시하고 준수합니다.
③ 당 사이트는 회원으로부터 제기되는 의견이나 불만이 정당하다고 객관적으로 인정될 경우에는 적절한 절차를
거쳐 즉시 처리하여야 합니다. 다만, 즉시 처리가 곤란한 경우는 회원에게 그 사유와 처리일정을 통보하여야
합니다.
제 11 조 (회원의 의무)
① 이용자는 회원가입 신청 또는 회원정보 변경 시 실명으로 모든 사항을 사실에 근거하여 작성하여야 하며,
허위 또는 타인의 정보를 등록할 경우 일체의 권리를 주장할 수 없습니다.
② 당 사이트가 관계법령 및 개인정보 보호정책에 의거하여 그 책임을 지는 경우를 제외하고 회원에게 부여된
ID의 비밀번호 관리소홀, 부정사용에 의하여 발생하는 모든 결과에 대한 책임은 회원에게 있습니다.
③ 회원은 당 사이트 및 제 3자의 지적 재산권을 침해해서는 안 됩니다.
제 4 장 서비스의 이용
제 12 조 (서비스 이용 시간)
① 서비스 이용은 당 사이트의 업무상 또는 기술상 특별한 지장이 없는 한 연중무휴, 1일 24시간 운영을
원칙으로 합니다. 단, 당 사이트는 시스템 정기점검, 증설 및 교체를 위해 당 사이트가 정한 날이나 시간에
서비스를 일시 중단할 수 있으며, 예정되어 있는 작업으로 인한 서비스 일시중단은 당 사이트 홈페이지를
통해 사전에 공지합니다.
② 당 사이트는 서비스를 특정범위로 분할하여 각 범위별로 이용가능시간을 별도로 지정할 수 있습니다. 다만
이 경우 그 내용을 공지합니다.
제 13 조 (홈페이지 저작권)
① NDSL에서 제공하는 모든 저작물의 저작권은 원저작자에게 있으며, KISTI는 복제/배포/전송권을 확보하고
있습니다.
② NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 상업적 및 기타 영리목적으로 복제/배포/전송할 경우 사전에 KISTI의 허락을
받아야 합니다.
③ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 보도, 비평, 교육, 연구 등을 위하여 정당한 범위 안에서 공정한 관행에
합치되게 인용할 수 있습니다.
④ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 무단 복제, 전송, 배포 기타 저작권법에 위반되는 방법으로 이용할 경우
저작권법 제136조에 따라 5년 이하의 징역 또는 5천만 원 이하의 벌금에 처해질 수 있습니다.
제 14 조 (유료서비스)
① 당 사이트 및 협력기관이 정한 유료서비스(원문복사 등)는 별도로 정해진 바에 따르며, 변경사항은 시행 전에
당 사이트 홈페이지를 통하여 회원에게 공지합니다.
② 유료서비스를 이용하려는 회원은 정해진 요금체계에 따라 요금을 납부해야 합니다.
제 5 장 계약 해지 및 이용 제한
제 15 조 (계약 해지)
회원이 이용계약을 해지하고자 하는 때에는 [가입해지] 메뉴를 이용해 직접 해지해야 합니다.
제 16 조 (서비스 이용제한)
① 당 사이트는 회원이 서비스 이용내용에 있어서 본 약관 제 11조 내용을 위반하거나, 다음 각 호에 해당하는
경우 서비스 이용을 제한할 수 있습니다.
- 2년 이상 서비스를 이용한 적이 없는 경우
- 기타 정상적인 서비스 운영에 방해가 될 경우
② 상기 이용제한 규정에 따라 서비스를 이용하는 회원에게 서비스 이용에 대하여 별도 공지 없이 서비스 이용의
일시정지, 이용계약 해지 할 수 있습니다.
제 17 조 (전자우편주소 수집 금지)
회원은 전자우편주소 추출기 등을 이용하여 전자우편주소를 수집 또는 제3자에게 제공할 수 없습니다.
제 6 장 손해배상 및 기타사항
제 18 조 (손해배상)
당 사이트는 무료로 제공되는 서비스와 관련하여 회원에게 어떠한 손해가 발생하더라도 당 사이트가 고의 또는 과실로 인한 손해발생을 제외하고는 이에 대하여 책임을 부담하지 아니합니다.
제 19 조 (관할 법원)
서비스 이용으로 발생한 분쟁에 대해 소송이 제기되는 경우 민사 소송법상의 관할 법원에 제기합니다.
[부 칙]
1. (시행일) 이 약관은 2016년 9월 5일부터 적용되며, 종전 약관은 본 약관으로 대체되며, 개정된 약관의 적용일 이전 가입자도 개정된 약관의 적용을 받습니다.