• 한국수정란이식학회지
• /
• 제22권3호
• /
• pp.167-172
• /
• 2007

Pituitary-specific transcription factor (PIT1) 유전자는 동물의 성장을 조절하고 근육 형성에 관여하는 유전자로서 최근에는 단일염기다형성 변이가 한우를 비롯한 동물에서 관찰되었으며, 한우의 경제 형질과 연관성이 보고되었다. 본 연구는 PIT1 유전자의 단일염기다형성 변이가 한우에서 성장 인자에 미치는 영향과 경제 형질에 대한 유전자형간 육종가와의 상관성에 대해 알아보고자 하였다. 도체 성적을 보유하고 있는 한우 후보종모우 집단 268두를 대상으로 PIT1 유전자 A1256G 다형성을 조사하여 유전자형의 빈도를 분석하였고 각각의 유전형에 따른 기본적인 검정 성적을 바탕으로 경제 형질과의 연관성을 비교 분석하였다. 268두의 한우에서 PIT1 유전자의 A1256G 유전자형 빈도는 MseI 제한 효소를 사용했을 때 A 유전자 빈도(0.37)보다 G 유전자 빈도(0.62)가 높게 나타났다. 통계적 분석을 통하여 각 유전자형에 대한 경제 형질과의 관련성을 분석한 결과, 각 유전자형 간에 12개월령 체중 (body weight 12, BW12)에서 유의한 차이를 보였고, 등지방 두께 육종가 (Backfat thickness-estimated breeding value, BF-EBV)와도 유의한 차이가 있었지만 (p<0.05), marbling score (MS), carcass weight (CW), M. longissimus dorsi area (LDA) 등 다른 경제 형질과는 통계학적으로 유의한 차이가 없었다. PIT1 유전자의 A1256G 다형성은 한우의 성장과 도체체중에 관여하는 인자로 작용하는 것으로 보여진다.

• Communications for Statistical Applications and Methods
• /
• 제18권4호
• /
• pp.413-422
• /
• 2011

유전학에서 유전자 상호작용효과 규명을 위한 방법으로 비모수적인 방법인 Multifactor Dimensionality Reduction(MDR) 방법이 제안되어 현재까지 사용되고 있다. MDR 방법은 이분형 자료에 적합한 방법으로 연속형 자료에는 적용할 수 없는 단점이 있다. 이러한 한계를 극복하기 위해서 Dummy MDR(D-MDR) 방법 그리고 SVM을 활용한 MDR(SVM MDR) 방법 등이 제안 되었다. 본 논문에서는 연속형 자료에 적용 가능한 SVM MDR 방법과 D-MDR 방법을 비교하고, 실제 한우 데이터에 두 방법에 적용한다. 그리고 각 방법의 적용결과를 바탕으로 한우의 종합경제형질에 영향을 주는 유전자 상호작용 조합을 규명한다. 그리고 마지막으로 기존의 SVM MDR 방법과 D-MDR 방법의 장단점 비교를 통해서 추후 새로운 연구방향을 제시한다.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
• /
• 제20권9호
• /
• pp.1334-1341
• /
• 2007

This study identified hepatic differentially expressed genes (DEGs) affecting the marbling of muscle. Most dietary nutrients bypass the liver and produce plasma lipoproteins. These plasma lipoproteins transport free fatty acids to the target tissue, adipose tissue and muscle. We examined hepatic genes differentially expressed in a differential-display reverse transcription-polymerase chain reaction (ddRT-PCR) analysis comparing high- and low-marbled Hanwoo steers. Using 60 arbitrary primers, we found 13 candidate genes that were upregulated and five candidate genes that were downregulated in the livers of high-marbled Hanwoo steers compared to low-marbled individuals. A BLAST search for the 18 DEGs revealed that 14 were well characterized, while four were not annotated. We examined four DEGs: ATP synthase F0, complement component CD, insulin-like growth factor binding protein-3 (IGFBP3) and phosphatidylethanolamine binding protein (PEBP). Of these, only two genes (complement component CD and IGFBP3) were differentially expressed at p<0.05 between the livers of high- and low-marbled individuals. The mean mRNA levels of the PEBP and ATP synthase F0 genes did not differ significantly between the livers of high- and low-marbled individuals. Moreover, these DEGs showed very high inter-individual variation in expression. These informative DEGs were assigned to the bovine chromosome in a BLAST search of MS marker subsets and the bovine genome sequence. Genes related to energy metabolism (ATP synthase F0, ketohexokinase, electron-transfer flavoprotein-ubiquinone oxidoreductase and NADH hydrogenase) were assigned to BTA 1, 11, 17, and 22, respectively. Syntaxin, IGFBP3, decorin, the bax inhibitor gene and the PEBP gene were assigned to BTA 3, 4, 5, 5, and 17, respectively. In this study, the in silico physical maps provided information on the specific location of candidate genes associated with economic traits in cattle.

• Journal of Animal Science and Technology
• /
• 제63권5호
• /
• pp.1008-1017
• /
• 2021

This study was conducted to investigate the effect of different fattening periods on the growth performance, carcass characteristics, and economic traits of Holstein steers. Sixty Holstein steers (8.0 ± 0.28 months old) with an average body weight (BW) of 231.88 ± 2.61 kg, were randomly allocated to five different fattening period treatments: 20, 21, 22, 23, and 24 months (n = 12 in each treatment group). Final BW and average daily gain (ADG) did not differ among the treatment groups during the early fattening period. At the late stage of the fattening period, the final BW of steers in the 24-month treatment group (812.84 kg) was greater (p < 0.05) than that of steers in the 20-month treatment group (750.39 kg). During the same period, steers in the 20- and 21-month treatment groups had a significantly higher (p < 0.05) ADG than those in the 22-month treatment group. The highest ADG (1.36 kg/day) was found in the 20-month treatment group (1.36), followed by the 21- (1.33 kg/day), 22- (1.22 kg/day), 23- (1.21 kg/day), and 24- (1.14 kg/day) month treatment groups. The feed conversion ratio (FCR) increased as the fattening period increased, and the FCR was 12.88% lower in the 20-month treatment group than in the 24-month treatment group. However, no significant differences were detected in back-fat thickness, loin area, marbling score, and chemical characteristics (water, crude protein, and crude fat content) among the treatment groups. The composition of fatty acids including C18:0, C18:1, saturated fatty acids, unsaturated fatty acids, and poly-unsaturated fatty acids did not differ among the experimental groups. As the fattening period increased, production costs increased, resulting in a decrease in gross income. The gross income for steers in the 24-month treatment group was 35.8% and 23.5% lower than that for steers in the 20- and 21-month treatment groups, respectively. Taken together, the best performance, including the ADG, FCR, and gross income, was obtained when the fattening program of the Holstein steers lasted 20 months.

• 한국수정란이식학회지
• /
• 제31권3호
• /
• pp.243-247
• /
• 2016

Growth traits, such as body weight, directly influence productivity and economic efficiency in the swine industry. In this study, we estimate heritability for body weight traits usinginformation from pedigree and genome-wide single nucleotide polymorphism (SNP) chip data. Four body weight phenotypes were measured in 1,105 $F_2$ progeny from an intercross between Landrace and Jeju native black pigs. All experimental animals were subjected to genotypic analysis using PorcineSNP60K BeadChip platform, and 39,992 autosomal SNP markers filtered by quality control criteria were used to construct genomic relationship matrix for heritability estimation. Restricted maximum likelihood estimates of heritability were obtained using both genomic- and pedigree- relationship matrix in a linear mixed model. The heritability estimates using SNP information were smaller (0.36-0.55) than those which were estimated using pedigree information (0.62-0.97). To investigate effect of common environment, such as maternal effect, on heritability estimation, we included maternal effect as an additional random effect term in the linear mixed model analysis. We detected substantial proportions of phenotypic variance components were explained by maternal effect. And the heritability estimates using both pedigree and SNP information were decreased. Therefore, heritability estimates must be interpreted cautiously when there are obvious common environmental variance components.

• Journal of Animal Science and Technology
• /
• 제44권3호
• /
• pp.327-340
• /
• 2002

거세한우 송아지 24두(평균체중 : 167.7kg)를 대상으로 점토광물 종류에 따라 4개 처리(T1 : 관행사육, T2 : Kaolinite, T3 : Bentonite, T4 : Illite)를 두어 6개월령부터 24개월령까지 비육시험 한 결과를 요약하면 다음과 같다. 일당증체량은 육성기, 비육전기, 비육후기 및 전기간에 각각 0.682-0.713, 0.669-0.714, 0.690-0.840 및 0.699-0.756kg으로, 육성기 및 비육전기에는 관행구가, 비육후기 및 전기간에는 점토광물구가 높았으며, 특히 Illite 및 Bentonite구가 높았지만 통계적인 유의차는 없었다. 1kg 증체에 소요된 농후사료 및 TDN 량도 각각 관행사육구에 비해 점토광물 급여구가 적었으며, 점토광물 중에서 특히 Bentonite 급여구가 적게 소요되었지만 통계적인 유의차는 없었다. 도체조사 결과 도체율, 정육율 및 거래정육율 등은 처리구에 따른 뚜렷한 차이가 없었으나, 육량지수는 T3, T2, T4 및 T1에서 각각 69.3, 68.9, 68.8 및 68.6이었고, 근내지방도는 T3, T2, T4 및 T1에서 각각 5.1, 4.6, 4.4 및 3.3 이었으며, 쇠고기의 전단력은 3.51-6.02kg/$cm^2$으로 점토광물 급여가 육량 및 육질을 모두 개선시키며, 다즙성, 연도, 향미 등 관능검사의 구성요소 모두를 개선시키는 것으로 나타났다. 쇠고기의 지방산 구성에서 포화지방산은 T2, T3, T1 및 T4의 순으로 높았고, 반대로 단일 불포화지방산은 T4, T3, T1 및 T2 순으로 높았으며, 오레인산 함량은 Illite 급여구가 다른 급여구보다 높은 것으로 나타났지만, 통계적인 유의차는 없었다. 쇠고기의 아미노산 구성에서 필수아미노산의 함량은 T1, T2, T3 및 T4의 순으로 높아 점토광물 급여가 쇠고기의 필수아미노산에 영향을 미치지 않는 것으로 나타났으며, 사골 분석결과 점토광물 급여구에서 곰탕의 탁도 및 점도가 높고 짙은 색상을 띄었으며, 미량광물질 중 P, Na 및 Mg의 함량이 높은 것으로 나타났다. 경제성분석 결과, 처리구별 소득은 967.1～1,524.1천원/두이었고, 점토광물 급여가 무급여에 비해 23.7-57.6%가 증가하였으며, 특히 Bentonite 및 Illite의 효과가 우수한 것으로 나타났다. 이상과 같은 결과들을 종합해 볼 때 점토광물은 경제형질과 관련, 특정요소를 집중적으로 개선시키지는 않지만, 육량 및 육질 등 생산성과 관련된 요소들을 골고루 개선시켜 소득을 증대시키므로, 비육전기부터 출하시까지 농후사료 급여량의 2% 내외를 급여하는 것이 바람직 할 것으로 판단된다.

• Journal of the Korean Data and Information Science Society
• /
• 제24권1호
• /
• pp.151-159
• /
• 2013

최근 인간의 질병과 관련된 유전자 연구가 많이 진행 되고 있다. 인간의 질병에 관련된 유전자는 단일효과보다 상호작용에 의한 효과가 중요하다고 한다. 무수히 많은 유전자들 중에서 상호작용을 찾기 위해서 선형모형 등의 통계적 방법을 이용할 시에는 계산의 복잡성 및 비용등 여러 단점이 생긴다. 따라서 이런 수많은 유전자들 중 주요 유전자 상호작용을 찾는 방법으로 SNPHarvester가 개발되었다. 본 연구에서는 최근에 밝혀진 한우의 지방산과 경제형질에 관련된 32개의 우수 단일 염기 다형성(SNP)를 이용하여 주요 유전자 조합을 SNPHarvester방법에 적용하여 분석한 결과를 시각적으로 쉽게 확인하기위해 방사형 그래프로 나타냄으로써 한우의 맛과 육질을 높일 수 있는 단일 염기 다형성 조합을 시각적으로 찾아내고, 각 형질별 단일효과와 상호작용 효과의 차이를 비교하여 단일효과보다 상호작용에 의한 효과가 더 큰 차이를 시각적 효과로 규명하였다.

• 한국가금학회지
• /
• 제48권2호
• /
• pp.51-58
• /
• 2021

지방산 조성은 고기의 풍미에 영향력 있는 중요한 경제 형질 중 하나이며, 다양한 유전자들의 효과가 알려져 있다. 본 연구는 한국 재래닭의 지방산 조성에 유의적인 영향을 미치는 것으로 조사된 6개의 후보 유전자들(DEGS1, ELOVL6, FABP3, FABP4, FASN, SCD)의 51개 SNP 조합에 대한 추가적인 분석결과로, 선행연구를 통하여 확인된 SNP 조합들이 가지는 상위성 효과에 대하여 조사하였다. 본 연구를 통하여 매우 다양한 유형의 SNP 조합들이 한국 재래닭의 지방산 조성에 영향을 미치는 것으로 확인되었으며, 추후에 지방산 조성과 같은 다유전자성 형질들을 실제 육종 프로그램에 활용하기 위해서는 이러한 분석이 이루어져야 될 것으로 생각된다. 본 연구 결과는 한국 재래닭의 육질, 특히 지방산 조성의 개선을 위한 유전학적인 정보를 제공할 수 있을 것으로 생각된다.

• Journal of Animal Science and Technology
• /
• 제62권4호
• /
• pp.429-437
• /
• 2020

This study was conducted to construct basic data for the selection of elite cows by analyzing the estimated breeding value (EBV) and accuracy using the pedigree of Hanwoo cows in Gyeongnam. The phenotype trait used in the analysis are the carcass weight (CWT), eye muscle area (EMA), backfat thickness (BFT) and marbling score (MS). The pedigree of the test group and reference group was collected to build a pedigree structure and a numeric relationship matrix (NRM). The EBV, genetic parameters and accuracy were estimated by applying NRM to the best linear unbiased prediction (BLUP) multiple-trait animal model of the BLUPF90 program. Looking at the pedigree structure of the test group, there were a total of 2,371 cows born between 2003 to 2009, of these 603 cows had basic registration (25%), 562 cows had pedigree registration (24%) and 1,206 cows had advanced registration (51%). The proportion of pedigree registered cows was relatively low but it gradually increased and reached a point of 20,847 cows (68%) between 2010 to 2017. Looking at the change in the EBV, the CWT improved from 4.992 kg to 9.885 kg, the EMA from 0.970 ㎠ to 2.466 ㎠, the BFT from -0.186 mm to -0.357 mm, and the MS from 0.328 to 0.559 points. As a result of genetic parameter estimation, the heritability of CWT, EMA, BFT, and MS were 0.587, 0.416, 0.476, and 0.571, respectively, and the accuracy of those were estimated to be 0.559, 0.551, 0.554, and 0.558, respectively. Selection of superior genetic breed and efficient improvement could be possible if cow ability verification is implemented by using the accurate pedigree of each individual in the farms.

• 농업생명과학연구
• /
• 제44권6호
• /
• pp.83-89
• /
• 2010

본 연구는 환경요인과 유전적 효과가 한우의 도체형질에 미치는 영향을 알아보기 위하여 실시하였다. 경남지역에서 2005년부터 2009년에 도축된 한우 22,954두의 자료를 이용하였고 혈통이 존재하는 개체를 포함하여 36,868두를 이용하여 유전모수를 추정하였으며, 유전모수 추정에는 EM-REML 분석법을 사용하였다. 본 연구의 결과를 정리해보면 각 형질의 유전력은 도체중, 배최장근단면적, 등지방두께 및 근내지방도가 각각 0.39, 0.30, 0.33 및 0.62로 나타났다. 또한 도체중과 배최장근단면적의 유전상관은 0.86, 표현형상관은 0.72로 고도의 정의상관을 나타내었으며 나머지 형질들 간에는 대부분 중도의 정의상관을 나타내었다. 근내지방도의 유전력이 높게 나타났는데 이는 개량방향 설정시 육질 향상에 중점을 둔 결과인 것으로 사료되어진다. 본 연구를 통하여 경남지역의 한우는 점진적으로 개량되어지고 있는 것으로 판단되어지며 이는 농가 소득증대에 크게 기여할 것으로 사료되어진다. 앞으로 경제형질에 대한 더 많은 연구가 이루어져야 할 것으로 사료되어지며 연구를 통하여 보다 명확한 결과를 얻어야 할 것이고 이를 통해 한우는 더욱더 개량되어 질 것이다.