• 제목/요약/키워드: genotypes

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만성폐쇄성폐질환에서 ACE 유전자 다형성과 기관지 과민성의 연관성 (Polymorphisms of Angiotensin-converting Enzyme Gene Associated in Patients with COPD with or without Bronchial Hyperresponsiveness)

  • 김승수;최유진;박성주;이흥범;이용철;이양근
    • Tuberculosis and Respiratory Diseases
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    • 제58권1호
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    • pp.25-30
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    • 2005
  • 목 적 : ACE 유전자 다형성에 따라 폐를 포함한 여러 조직에서 ACE 활성 및 농도 등에 차이를 나타내고 이러한 차이가 COPD 등의 만성 호흡기 질환에서 질환의 발생 및 임상 표현형의 차이를 유발할 것으로 추정되어 지고 있다. 따라서 이 연구는 ACE 유전자 다형성이 COPD 환자에게서 동반될 수 있는 기도 과민반응 등의 기관지 천식 요소의 발현 유무와 연관성이 있는지 알아보고자 하였다. 방 법 : 100명의 COPD 환자들을 대상으로 기도 과민성의 동반 유무에 따라 두 군으로 분류하였고, PCR 방법을 통하여 ACE 유전자형을 검사하여 두 군 간의 차이를 알아보았다. 결 과 : COPD 환자에서 기도 과민반응 유무에 따른 ACE 유전자형의 분포에 차이는 없었고, COPD의 임상적 단계에 따른 각 군 간의 의미 있는 차이도 보이지 않았다. 결 론 : 이러한 연구 결과는 ACE 유전자 다형성에 따른 차이가 COPD 환자에게서 나타나는 기도 과민성 등의 천식 요소의 발현과 연관이 없음을 시사하는 소견이라 할 수 있다.

한국인에서 SERPINA1 유전자 다형성과 만성폐쇄성폐질환의 위험도 (Polymorphisms in the SERPINA1 Gene and the Risk of Chronic Obstructive Pulmonary Disease in a Korean Population)

  • 차승익;최진은;이종명;유승수;김창호;이원기;정태훈;김능수;박재용
    • Tuberculosis and Respiratory Diseases
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    • 제65권4호
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    • pp.285-291
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    • 2008
  • 연구배경: 만성폐쇄성폐질환의 대부분은 흡연과 연관되어 발생하지만 흡연자의 약 10~20%에서만 만성폐쇄성폐 질환이 발생하는 현상은 질환의 발생에 개체의 유전적인 소인이 관여함을 시사한다. 저자들은 ${\alpha}1-antitrypsin$ 단백질을 암호화하는 SERPINA1 유전자의 다형성에 따른 만성폐쇄성폐질환의 위험도를 조사하였다. 방 법: 경북대학교병원 호흡기내과에서 만성폐쇄성폐질환으로 진단 받은 93명의 환자와 112명의 정상인을 대상으로 하였다. SERPINA1 유전자의 $M1_{val}$, $M1_{Ala}$, M2, S와 Z 대립유전자(allele)는 중합효소연쇄반응과 restriction fragment length polymorphism을 이용하여 조사하였다. 결 과: 환자군과 대조군 모두에서 S 및 Z allele은 없었으며, $M1_{Val}$ allele의 빈도는 환자군에서 유의하게 낮았다(73.6% vs. 82.7%, p=0.03). $M1_{Val}/M1_{Val}$ 유전자형인 경우에 비해 M2 혹은 $M1_{Ala}$ allele을 갖는 유전자형인 경우 만성 폐쇄성폐질환의 대응비는 1.86 (95% CI: 1.02~3.41, p=0.04)으로 유의하게 높았다. M2 allele 갖는 유전자형인 경우 대응비는 1.77 (95% CI: 0.96~3.27, p=0.07)이었으며, 연령에 따라 구분한 경우 64세 미만에서는 M2 allele을 갖는 경우 대응비가 3.09 (95% CI: 1.16~8.21, p=0.02)로 유의하게 높았다. 결 론: SERPINA1 유전자의 유전자형은 만성폐쇄성폐질환의 위험도를 결정하는 인자로 생각되나, 보다 많은 예를 대상으로 한 연구가 필요할 것으로 생각된다.

미량요소 첨가가 자가불화합성 억제에 미치는 영향 (Studies on Inhibition of Self-Incompatibility with Micronutrients in Apple)

  • 정일경;손태권;김민지
    • 한국자원식물학회지
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    • 제25권2호
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    • pp.285-292
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    • 2012
  • 본 연구는 사과의 자가불화합성 현상에 효과적인 저해제와 활력제를 탐색하기 위해 여러 종류의 물질을 조사하였다. 후지 사과의 화주조직에서 분비되는 S RNase에 대한 저해효과를 조사하기 위해 $In$ $vitro$ 상에서 효소 저해제를 넣어 효소활성을 측정한 결과, Iron(II) Sulfate에서 현저하게 활성이 24.3% 감소되어 저해효과가 뛰어난 것으로 나타났다. $In$ $vitro$ 상에서 후지 사과의 화분관 신장 억제 효과를 분석한 결과, 후지 사과의 화분은 2% Sucrose 신장배지 보다 10% Sucrose 신장배지에서 약 90% 이상의 높은 발아율을 나타났다. 또한 저해제와 첨가제 처리에 의한 안동지역과 영주지역의 Field에서 후지 사과 착과율 조사 결과, 안동지역에서는 $A^+$+V6 2회 처리가 86.1%로 중심화착과율이 가장 높았으며, 영주지역에서는 $A^+$+V1 1회 처리가 91.9%로 중심화 착과율이 가장 높은 것으로 나타났다.

전장 유전체 관련성 분석을 통한 한우 도체수율 관련 양적형질좌위 탐색 (Genome wide association test to identity QTL for dressing percentage in Hanwoo)

  • 이승환;임다정;당창권;장선식;김형철;전기준;연성흠;장길원;박응우;오재돈;이학교;이준헌;강희설;윤두학
    • 농업과학연구
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    • 제40권2호
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    • pp.155-162
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    • 2013
  • Genome-wide association study was performed on data from 266 Hanwoo steers derived from 66 sire using bovine 10K mapping chip in Hanwoo (Korean Cattle). SNPs were excluded from the analysis if they failed in over 5% of the genotypes, had median GC scores below 0.6, had GC scores under 0.6 in less than 90% of the samples, deviated in heterozygosity more than 3 standard deviations from the other SNPs and were out of Hardy-Weinberg equilibrium for a cutoff p-value of $1^{-15}$. Unmapped and SNPs on sex chromosomes were also excluded. A total of 4,522 SNPs were included in the analysis. To test an association between SNP and QTL, GWAS for five genetic mode (additive, dominant, overdominant, recessive and codominant) was implemented in this study. Three SNPs (rs29018694, ss46526851 and rs29018222) at a threshold p< $1.11{\times}10^{-5}$ were detected on BTA12 and BTA21 for dressing percentages in codominant and recessive genetic mode. The G allele for rs29018694 has 4.9% higher dressing percentage than A allele, while the T allele for ss46526851 has 2.57 % higher dressing percentage than C allele. Therefore, rs29018694 SNP showed a bigger effect than the other two SNPs (ss46526851 and rs29018222) in this study. In conclusion, this study identifies three loci with moderate effects and many loci with infinitesimally small effect across genome in Hanwoo.

Morphological and Genetic Characteristics of Colletotrichum gloeosporioides Isolated from Newly Emerging Static-Symptom Anthracnose in Apple

  • Jeon, Yongho;Cheon, Wonsu
    • 한국균학회소식:학술대회논문집
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    • 한국균학회 2014년도 추계학술대회 및 정기총회
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    • pp.34-34
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    • 2014
  • Filamentous fungi of the genus Colletotrichum (teleomorph, Glomerella) are considered major plant pathogens worldwide. Cereals, legumes, vegetables, and fruit trees may be seriously affected by this pathogen (1). Colletotrichum species cause typical disease symptoms known as anthracnoses, characterized by sunken necrotic tissue, where orange conidial masses are produced. Anthracnose appears in both developing and mature plant tissues (2). We investigated disease occurrence in apple orchards from 2013 to 2014 in northern Gyeongbuk province, Korea. Typical anthracnose with advanced symptoms was observed in all apple orchards studied. Of late, static fruit spot symptoms are being observed in apple orchards. A small lesion, which does not expand further and remains static until the harvesting season, is observed at the beginning of fruit growth period. In our study, static symptoms, together with the typical symptoms, were observed on apples. The isolated fungus was tested for pathogenicity on cv. 'Fuji apple' (fully ripe fruits, unripe fruits, and cross-section of fruits) by inoculating the fruits with a conidial suspension ($10^5$ conidia/ml). In apple inoculated with typical anthracnose fungus, the anthracnose symptoms progressed, and dark lesions with salmon-colored masses of conidia were observed on fruit, which were also soft and sunken. However, in apple inoculated with fungi causing static symptoms, the size of the spots did not increase. Interestingly, the shape and size of the conidia and the shape of the appressoria of both types of fungi were found to be similar. The conidia of the two types of fungi were straight and cylindrical, with an obtuse apex. The culture and morphological characteristics of the conidia were similar to those of C. gloeosporioides (5). The conidia of C. gloeosporioides germinate and form appressoria in response to chemical signals such as host surface wax and the fruitripening hormone ethylene (3). In this study, the spores started to germinate 4 h after incubation with an ethephon suspension. Then, the germ tubes began to swell, and subsequently, differentiation into appressoria with dark thick walls was completed by 8 h. In advanced symptoms, fungal spores of virtually all the appressoria formed primary hyphae within 16 h. However, in the static-symptom fungus spores, no primary hyphae formed by 16 h. The two types of isolates exhibited different growth rates on medium containing apple pectin, Na polypectate, or glucose as the sole carbon. Static-symptom fungi had a >10% reduction in growth (apple pectin, 14.9%; Na polypectate, 27.7%; glucose, 10.4%). The fungal isolates were also genetically characterized by sequencing. ITS regions of rDNA, chitin synthase 1 (CHS1), actin (ACT), and ${\beta}$-tubulin (${\beta}t$) were amplified from isolates using primer pairs ITS 1 and ITS 4 (4), CHS-79F and CHS-354R, ACT-512F and ACT-783R, and T1 and ${\beta}t2$ (5), respectively. The resulting sequences showed 100% identity with sequences of C. gloeosporioides at KC493156, and the sequence of the ${\beta}$t gene showed 100% identity with C. gloeosporioides at JX009557.1. Therefore, sequence data from the four loci studied proves that the isolated pathogen is C. gloeosporioides. We also performed random amplified polymorphic DNA-PCR, which showed clearly differentiated subgroups of C. gloeosporioides genotypes. The clustering of these groups was highly related to the symptom types of the individual strains.

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Peroxisome Proliferator-Activated $Receptor-{\gamma}$ 2 $(PPAR{\gamma}2)$ Pro12Ala (P12A) 유전자 다형성이 한국여성의 체지방분포에 미치는 영향 (Effects of Peroxisome Proliferator-Activated $Receptor-{\gamma}2$ Pro12Ala Polymorphism on Body Fat Distribution in Female Korean Subjects)

  • 김길수;최선미;양현성;윤유식;신승우
    • 한방비만학회지
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    • 제4권1호
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    • pp.1-11
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    • 2004
  • Objectives: The effects of peroxisome proliferator-activated receptor ${\gamma}2\;(PPAR{\gamma}2)$ Pro12Ala (P12A) polymorphism on body mass index (BMI) and type 2 diabetes are well documented; however, until now, only a few studies have evaluated the effects of this polymorphism on body fat distribution. This study was conducted to elucidate the effects of this polymorphism on computed tomography (CT)-measured body fat distribution and other obesity-related parameters in Korean female subjects. Methods & Results: The frequencies of $PPAR{\gamma}2$ genotypes were: PP type, 93.0%; PA type, 6.8%; and AA type, 0.2%. The frequency of the A allele was 0.035. Body weight (P .012), BMI (P .012), and waist-to-hip ratio (WHR) (P .001) were significantly higher in subjects with PA/AA compared with subjects with PP. When body composition was analyzed by bioimpedance analysis, lean body mass and body water content were similar between the 2 groups. However, body fat mass (P .003) and body fat percent (P .025) were significantly higher in subjects with PA/AA compared with subjects with PP. Among overweight subjects with BMI of greater than 25, PA/AA was associated with significantly higher abdominal subcutaneous fat (P .000), abdominal visceral fat (P .031), and subcutaneous upper and lower thigh adipose tissue (P .010 and .013). However, among lean subjects with BMI of less than 25, no significant differences associated with $PPAR{\gamma}2$ genotype were found, suggesting that the fat-accumulating effects of the PA/AA genotype were evident only among overweight subjects, but not among lean subjects. When serum lipid profiles, glucose, and liver function indicators were compared among overweight subjects, no significant difference associated with $PPAR{\gamma}2$ genotype was found. Changes in body weight, BMI, WHR, and body fat mass were measured among overweight subjects who finished a 1-month weight lose program of a hypocaloric diet and exercise; no significant differences associated with $PPAR{\gamma}2$ genotype were found. Conclusions: The results of this study suggest that the $PPAR{\gamma}2$ PA/AA genotype is associated with increased subcutaneous and visceral fat areas in overweight Korean female subjects, but does not significantly affect serum biochemical parameters and outcomes of weight loss programs.

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알라닌 아미노기전이효소가 상실된 벼(Oryza sativa L.) 돌연변이체의 고염 스트레스에 대한 반응 (Salt Stress Responses of an Alanine Aminotransferase Knock-out Mutant of Rice (Oryza sativa L.))

  • 임경남;이진범
    • 생명과학회지
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    • 제23권4호
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    • pp.487-494
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    • 2013
  • T-DNA가 표지된 집단에서 AlaAT 유전자가 깨어진 돌연변이체(alaat)를 분리하고, AlaAt1 특이 프라이머를 이용하여 유전자형을 결정하였다. Alaat의 표현형은 대조구와 비교해서 생장의 감소를 보였고, 종자 역시 작고 생산성의 감소를 보였다. 돌연변이체의 AlaAT 활성은 거의 검출되지 않았다. 고염 스트레스 하에서 alaat의 반응을 엽록소 형광과 항산화 효소들의 활성 및 RT-PCR을 이용하여 대조구와 비교하였다. 고염, 건조 및 저온과 같은 모든 비생물적 스트레스에 대한 Fv/Fm은 대조구와 alaat 둘 다 감소를 보였으며, 비생물적 스트레스에 대한 엽록소 형광은 거의 유사하였다. 항산화 효소인 peroxidase (POX)의 활성은 고염 스트레스에 의해 대조구는 증가하나 alaat에서는 오히려 감소하였다. RT-PCR에 의한 cAPX, POX 및 AlaAT mRNA의 수준을 분석한 결과, 효소 활성과 마찬가지로 AlaAt mRNA는 alaat에서 나타나지 않았고, POX2 mRNA는 대조구는 약간의 증가를 보이나 alaat는 거의 검출할 수 없었다. cAPX mRNA는 대조구와 alaat 모두 고염 스트레스에 의해 크게 증가하였다. 이 같은 결과는 AlaAT 유전자 기능의 상실은 염 스트레스 하에서 벼 식물의 생장에 대해 광합성능 보다는 항산화 효소, 특히 POX 활성 및 합성을 변화시킬 수 있음을 제안한다.

염색체 배수화제를 이용한 4배체 수박품종 개발 (Development of Tetraploid Watermelon Using Chromosome Doubling Reagent Treatments)

  • 오상아;민광현;최용수;박상빈;김영철;조송미
    • 한국자원식물학회지
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    • 제28권5호
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    • pp.656-664
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    • 2015
  • 고품질 수박을 생산하기 위하여 서로 다른 염색체 배수화제를 처리하여 3가지 4배체 육종라인(‘SA03-1’, ‘SA06-1’ and ‘SB01-1’)을 개발하였다. 최적의 4배체 유기조건들을 조사하기 위하여, 3가지 육종라인들의 4배체는 공변세포의 배수화된 엽록체 수를 조사하는 것으로 선발하였다. 4배체 유기율은 배수화제의 종류와 유전자형에 따라 다르게 나타났다. 가장 높은 4배체 유기율은 colchicine 1.0%에서 82.2%로 가장 높게 나타났다. 이들 잠재적인 4배체 라인들의 배수성은 flow cytometer와 염색체 수 분석을 이용하여 재확인하였다. 확보된 4배체 육종라인들의 절간은 그들 2배체와 비교하여 4배체와 유사하거나 짧게 나타난반면, 잎의 크기는 4배체에서 더크게 나타났다. 과중은 ‘SA03-1’, ‘SB01-1’ 라인에서는 다소 감소하였고, 과피 두께와 당도는 ‘SB01-1’라인에서만 2배체와 차이를 보여주었다. 4배체 육종라인은 수정능력을 가지고 있었고 종자는 열매마다 ‘SA03-1’ (21개), ‘SA06-1’ (62개), ‘SB01-1’ (34.7개)로 수확되었으며, 4배체 종자는 그들의 2배체보다 더 크고 두터웠다. 이러한 4배체 품종 육성 결과는 씨없는 수박의 신품종 육성을 위해 유용하게 활용될 것으로 기대된다.

육성계통에 따른 고추의 생리활성 평가 (Evaluation of Biological Activity in Pepper (Capsicum annuum L.) Breeding Lines)

  • 정미리;황영;김혜영;조명철;황인국;유선미;정헌상;이준수
    • 한국식품영양과학회지
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    • 제40권5호
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    • pp.642-648
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    • 2011
  • 본 연구에서는 40여종의 육성계통 고추의 기능성 성분의 함량을 분석 및 활성 평가를 함으로써 우수 고추 품종 개발을 위한 database를 제공하고자 하였다. 연구 결과 capsaicinoid의 함량은 0.1에서 204.2 mg/100 g으로 나타났으며 ascorbic acid 함량은 279.1에서 1695.5 mg/100 g으로 넓은 분포 범위를 보였다. Polyphenol 함량은 2.6에서 10.2 mg/g 수준으로, flavonoid 함량은 1.4에서 5.7 mg/g 수준으로 나타났다. 항산화 활성 측정 결과는 육성계통 고추 breeding line No. 2500은 다른 계통에 비해 가장 높은 DPPH와 ABTS 라디칼 제거능을 나타내었으며 polyphenol과 flavonoid 함량 및 환원력이 다른 육성계통에 비해 높은 값을 나타내었다. 항암 효과는 breeding line No. 3201이 암세포 증식 저해율 84.5%로 가장 높은 효과를 나타내었으며 항염증 효과는 breeding line No. 3232가 75.2%로 가장 높은 nitric oxide 생성 억제율을 확인하였다. 본 연구에서는 육성계통에 따른 고추의 기능성 성분을 분석하고 다양한 생리활성을 평가하여 우수 품종 개량을 위한 성분 및 활성 database로 활용될 수 있을 것으로 생각된다.

DNA 표지에 의한 채종원내 소나무 교배양식 구명 (Mating System in Seed Orchard of Japanese Red Pines Revealed by DNA Markers)

  • 홍용표;김영미;안지영;박재인
    • 한국산림과학회지
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    • 제99권3호
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    • pp.344-352
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    • 2010
  • 소나무 채종원내 클론 간 교배양식을 구명하기 위해서 4개의 nSSR 표지와 6개의 cpSSR 표지를 이용하여 소나무 채종원 내에서의 타가교배율, 기여 화분친 수, 화분오염율을 산출하였다. cpSSR haplotype에 근거한 타가교배율은 94~100%로, 평균 98.9%의 타가교배율이 산출되었다. nSSR genotype에 근거한 타가교배율은 90.3~100%로, 평균 95.9%의 타가교배율이 산출되었다. 별개의 DNA 표지분석에서 자가교배로 확인 되었던 종자들을 두 표지를 동시에 비교하여 확인한 결과 타가교배 종자로 최종 확인되었다(누적 타가교배율 100%). 화분오염율은 최소 43.6%(강원10)에서 최대 56.4%(강원12)로 평균 48.9%로 계산되었다. 종자의 cpSSR haplotype을 근거로 확인한 기여 화분친은 경북38에서 21개로 최대치가 확인되었으며, 강원10에서 13개로 최소치가 확인되어 평균 16.2개의 기여 화분친이 확인되었다. 결론적으로, 안면도 소나무 채종원 ’77단지내 클론간 높은 타가교배율이 확인됨으로써 채종원산 종자의 유전적 안정성을 기대할 수 있으며, 안면도 소나무 채종원 '77단지 내 교배양식 분석을 통해서 확인된 결과가 향후 전진세대 채종원 조성 및 관리에 유용한 정보를 제공할 것으로 기대된다.