• 제목/요약/키워드: field-collected strain

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한국에 분포하는 레오바이러스의 분리 및 동정 (Isolation and Characterization of Reovirus in Korea)

  • 송기준;강병철;이영은;백락주;이용주;송진원
    • 대한바이러스학회지
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    • 제29권2호
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    • pp.65-74
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    • 1999
  • Reovirus was found to inhabit both the respiratory and the enteric tract of human and animals. The genome of reovirus comprises 10 segments of double-stranded RNA, total size 24 kbp. Nine strains of reovirus were isolated from human and field mice in Korea. Aseptically collected sera from human and lung tissues from field mice were used for virus isolation. For serotype determination, hemagglutination inhibition test was used, and three strains were confirmed to type 2 and six strains to type 3. To determine the genomic diversity and molecular phylogeny of reoviruses isolated in Korea, part of S4 genomic segment of reovirus was enzymatically amplified and directly sequenced. In nucleotide level, Apo98-35 strain showed 15.4%, 19.3%, and 14.4% differences compared to type 1 (T1L, Lang), type 2 (T2J), and type 3 reference strains, respectively. In amino acid level, Apo98-35 strain showed 10.5%, 13.7%, and 9.5% differences compared to type 1, type 2, and type 3 reference strains, respectively. Using the maximum parsimony method based on 285 bp spaning region of the S4 genomic segment, phylogenetic analysis indicated that Apo98-35 from Korea formed different phylogenetic branch. Our data obtained by sequence and phylogenetic analyses of reoviruses are consistent with the distinct geographically dependent evolution of reoviruses in Korea.

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Pre-processing of load data of agricultural tractors during major field operations

  • Ryu, Myong-Jin;Kabir, Md. Shaha Nur;Choo, Youn-Kug;Chung, Sun-Ok;Kim, Yong-Joo;Ha, Jong-Kyou;Lee, Kyeong-Hwan
    • 농업과학연구
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    • 제42권1호
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    • pp.53-61
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    • 2015
  • Development of highly efficient and energy-saving tractors has been one of the issues in agricultural machinery. For design of such tractors, measurement and analysis of load on major power transmission parts of the tractors are the most important pre-requisite tasks. Objective of this study was to perform pre-processing procedures before effective analysis of load data of agricultural tractors (30, 75, and 82 kW) during major field operations such as plow tillage, rotary tillage, baling, bale wrapping, and to select the suitable pre-processing method for the analysis. A load measurement systems, equipped in the tractors, were consisted of strain-gauge, encoder, hydraulic pressure, and radar speed sensors to measure torque and rotational speed levels of transmission input shaft, PTO shaft, and driving axle shafts, pressure of the hydraulic inlet line, and travel speed, respectively. The entire sensor data were collected at a 200-Hz rate. Plow tillage, rotary tillage, baling, wrapping, and loader operations were selected as major field operations of agricultural tractors. Same or different farm works and driving levels were set differently for each of the load measuring experiment. Before load data analysis, pre-processing procedures such as outlier removal, low-pass filtering, and data division were performed. Data beyond the scope of the measuring range of the sensors and the operating range of the power transmission parts were removed. Considering engine and PTO rotational speeds, frequency components greater than 90, 60, and 60 Hz cut off frequencies were low-pass filtered for plow tillage, rotary tillage, and baler operations, respectively. Measured load data were divided into five parts: driving, working, implement up, implement down, and turning. Results of the study would provide useful information for load characteristics of tractors on major field operations.

응애류의 약제 저항성에 관한 연구 II . Metasystox, Folidol 및 C-8514에 대한 과수응애류의 저항성과 방제시험 (Studies on Chemical Resistance of Mites. II. Orchard Mite Control and their Resistance to Metasystox, Folidol and C-8514 in Korea)

  • 이승찬;유재기
    • 한국응용곤충학회지
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    • 제10권2호
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    • pp.109-116
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    • 1971
  • 약제 저항성 응애류를 효율적으로 방치하기 위하여 지역별 응애계통의 약제 저항성 수준을 조사하고 유기인제계의 저항성 응애계통에 대하여 화학적 group이 다른 Alternative acaricide로 방제 시험한 결과 1. 유기인제계 (Metasystox 및 Folidol)와 유기염소제계 (C-8514)에 대한 지역 별 응애계통의 저항성 정도를 보면. 가. Metasystox에 대한 사과응애는 인주감수성 계통에 비하여 충주계통이 96배 대구계통이 52배 예산계통이 4배 춘천계통이 3배 수원계통이 2배 가량의 저항성이 생겼고 점박이응애는 감수성계통에 비교하여 대구계통이 32배, 춘천계통이 29배, 예산계통이 25배, 그리고 수원계통이 17배의 저항성을 보였다. 나, Folidol에 대한 사과응애는 감수성계통에 비교하면 충주계통은 126배, 춘천계통은 48배, 예산계통은 33배, 화성계통은 30배 그리고 수원계통이 6배의 저항성이 생겼다. 다. C-8514에 대한 점박이응애 계통은 오산 감수성 계통에 비교하여 대구 계통이 59배 충주계통이 29배 그리고 경산계통이 19배의 저항성을 보였으며 사과응애는 춘천 감수성계통에 비교하여 대구계통이 42배, 수원 및 화성계통이 31배, 그리고 충주계통이 29배의 저항성을 나타냈다. 2. 유기인제계 저항성 사과응애에 대한 교체약제의 방제시험 결과 유기염소제계인 Kelthane MF,주석제인 Plictran, Carbonate계인 Morestan 그리고 혼합제인 K 114의 효과가 우수하였다.

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Prevalence and Characteristics of Salmonella spp. Isolated from Raw Chicken Meat in the Republic of Korea

  • Koh, Youngho;Bae, Yunyoung;Lee, Yu-Si;Kang, Dong-Hyun;Kim, Soon Han
    • Journal of Microbiology and Biotechnology
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    • 제32권10호
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    • pp.1307-1314
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    • 2022
  • In this study, we sought to investigate the various characteristics of Salmonella spp. isolated from raw chicken meats available in Korean markets. The data collected, such as food source of isolation, sampling information, serotype, virulence, and genetic profile including sequence type, were registered in the database for further comparative analysis of the strains isolated from the traceback investigation samples. To characterize serotype, virulence and gene sequences, we examined 113 domestically distributed chicken meat samples for contamination with Salmonella spp. Phylogenetic analysis was conducted on 24 strains (21.2%) of Salmonella isolated from 113 commercially available chicken meats and by-products, using pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) and multilocus sequence typing (MLST). Serotyping of the isolated Salmonella spp. revealed S. Enteritidis in 11 strains (45.8%), S. Virchow in 6 strains (25%), S. Montevideo in 2 strains (8.3%), S. Bsilla in 2 strains (8.3%), S. Bareilly in 1 strain (4.2%), S. Dessau in 1 strain (4.2%), and S. Albany in 1 strain (4.2%). The genetic correlation indicated that 24 isolated strains were classified into 18 clusters with a genetic similarity of 64.4-100% between them. Eleven isolated S. Enteritidis strains were classified into 9 genotypes with a sequence identity of 74.4%, whereas the most distantly related S. Virchow was divided into five genotypes with 85.9% identity. Here, the MLST analysis indicated that the major Sequence Type (ST) of the Salmonella spp. isolated from domestic chicken sold in Chungcheong Province belongs to the ST 11 and 16, which differs from the genotype of Salmonella isolated from imported chicken. The differential sequence characteristics can be a genetic marker for identifying causative bacteria for epidemiological investigations of food poisoning.

황색포도구균과 대장균의 기준형별 결정에 있어서 Infrequent Restriction Site Polymerase Chain Reaction과 Pulsed-Field Gel Electrophoresis의 변별력 비교 (Comparison of Infrequent Restriction Site-Polymerase Chain Reaction and Pulsed-Field Gel Electrophoresis for Molecular Typing of Staphylococcus aureus and Escherichia coli)

  • 신완식;김태규;최정현;이동건;최희백;유진홍;김종현;강진한;민우성
    • 대한미생물학회지
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    • 제35권4호
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    • pp.289-297
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    • 2000
  • Background: Staphylococcus aureus (s. aureus) and Escherichia coli (E. coli) are major pathogens in community and hospital. And they sometimes cause the outbreak in hospital in the immunocompromised patients. Pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) has been regarded as a standard method for genotyping in epidemiologic studies, but it is laborious and time-consuming. Infrequent restriction site-polymerase chain reaction (IRS-PCR), a new genotyping methods, was performed to compare the applicability with PFGE. Methods: We performed PFGE and IRS-PCR on S. aurues (n=120) and E. coli (n=117) which were collected clinically in 4 different hospitals. We assessed each method in terms of discriminatory power, quality, and efficiency. Results: In E. coli, the discriminatory power of IRS-PCR was $46.7{\sim}86.7%$, and that of PFGE was $88.9{\sim}96.7%$ according to hospital. But in S. aurues, the discriminatory power of IRS-PCR was $20{\sim}56.7%$, and that of PFGE was $40{\sim}90%$ according to hospital. The typablity and reproducibility of IRS-PCR were 100% of each. PFGE needed four days to complete the procedure, but IRS-PCR could be performed within one day, IRS-PCR showed better resolution than PFGE. Conclusion: In case of gram negative bacteria (like E. coli), IRS-PCR could be a reliable alternative for epidemiologic typing due to better efficiency and comparable discriminatory power. But in the case of gram positive bacteria (like S. aureus), IRS-PCR does not seem to be suitable for the strain-to-strain differentiation. More trials and changes of restriction enzymes or primers could reveal the efficacy of IRS-PCR in the field of molecular typing.

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발광유전자 재조합 균주 활성 촉진 조건이 석유계 탄화수소 오염지하수 모니터링에 미치는 영향 (Effect of Bioluminescence Stimulating Agent of the Genetically Engineered Strain KG1206 on the Monitoring of the Petroleum Hydrocarbon Contaminated Groundwater Samples)

  • 고경석;공인철
    • 대한환경공학회지
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    • 제30권1호
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    • pp.79-84
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    • 2008
  • 본 연구에서는 유전자 재조합 발광균주, Pseudomonas putida mt-2 KG1206,의 발광 촉진조건을 석유계 탄화수소 오염 지하수에 적용 가능성에 대해 조사하였다. 일반적으로 순수 유도제 오염원에 대한 발광 강도는 m-methyl benzyl alchohol > m-toluate > toluene > m-xylene > benzoate > p-xylene > o-xylene의 순으로 나타났다. 일반적으로 지하수에 오염된 유도제 오염원의 농도에 따라 발광 정도가 관찰되었다. 그러나 일부 지하수 시료의 경우에는 낮은 농도에 높은 발광과 같은 현상을 관찰할 수 있었다. 이러한 현상은 환경시료의 수질 복잡성에 따른 영향일 것이다. 선행연구에서 발광촉진제로 알려진 SL (sodium lactate)와 KNO$_3$에 의한 발광영향을 비교하였다. 모두 발광을 촉진하였지만, KNO$_3$가 조금 더 촉진력이 강한 것으로 조사되었다. 질소화합물(20 g KNO$_3$/L) 첨가군 시료의 발광균주는 첨가하지 않은 대조군에 비해 뚜렷하게 발광이 높게 나타났다. 따라서 일반적으로 낮은 유도제 오염원 함유 시료에 대해서는 발광촉진 조건이 지하수 오염원 검출 및 모니터링을 용이하게 할 수 있을 것이다. 또한 비슷한 특성을 가진 다양한 발광균주를 더욱 효율적으로 오염지역의 기초평가에 이용할 수 있는 조건이 될 수 있을 것이다.

한국 야생더덕 수집종의 노지 재배시 생육 특성과 향기성분 조성 (Agronomic Characteristics and Aromatic Compositions of Korean Wild Codonopsis lanceolata Collections Cultivated in Field)

  • 이승필;김상국;민기군;조지형;최부술;이상철;김길웅
    • 한국작물학회지
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    • 제41권2호
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    • pp.188-199
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    • 1996
  • 한국산 야생더덕 수집종 자생지의 생육환경과 동위산소 패턴 및 향기성분 조성을 조사하여 얻어진 결과를 요약하면 다음과 같다. 1. 야생더덕 군락지역은 표고 450∼800m에 걸쳐 자생하였고 표고 450m 이하와 800 m이상에서는 발견할 수 없었다. 2. 야생더덕 자생지의 조도량은 1,970∼8,400 Lux로 노지 재배지인 안동의 약 8.3%에 불과한 약광상태였다. 3. 자생지 토양의 이화학적 특성은 pH은 4.8∼6.4정도로 산성을 띠는 토양이 많았으며 유효인산함량은 9∼23ppm으로 매우 낮았고 유기물 함량은 4.0∼32.1%로 일반 밭 토양 2.8%보다 훨씬 높았다. 4. 자생지의 식생군락은 천남성, 곰취, 잔대, 쥐오줌풀 등의 초본류와 단풍나무, 생강나무, 조팝나무, 참나무 등의 목본류가 주로 생육하는 개엽수림하에서 자생하고 있었다. 5. 야생더덕 수집종의 안동 재배지에서 지상부 생육은 개화기가 8월 5일에서 8월 16일로 소백산더덕이 가장 빠른 개화특성을 보였고, 특히 자방수는 일월산 더덕이 평균 3.2개로 다른 지역수집종과 뚜렷한 차이를 나타내었고 종자수는 주왕산 더덕이 평균 121개로 가장 많은 경향을 보였다. 6. 야생더덕 수집종간의 단백질 밴드 및 동위효소 패턴은 뚜렷한 차이가 인정되지 않았으나 동위효소인 peroxidase의 경우 잎 조직은 덕유산 더덕, 뿌리 조직은 학가산 더덕, 덕유산 더덕, 일본산 더덕의 차이가 다소 인정되었고, esterase의 경우 잎 조직에서는 가야산 더덕, 오대산 더덕, 청량산 더덕이 차이를 보였고, 뿌리조직에서는 덕유산 더덕에서 차이가 있었다. 7. 수집종간의 식물정유에 대한 수율은 평균 0.007%인 것에 비하여 덕유산 더덕이 0.009%로 가장 많이 추출되었고, 소백산 더덕을 비롯한 10개 지역의 더덕은 0.004∼0.007% 정도를 보였다. 8. 향기성분 조성에 있어서는 수집종간에 뚜렷한 차이를 보이지 않았으나 지리산 더덕에서는 식품분야에서 식용유지나 가공식품의 산패를 방지하는 등 장기보존용의 물질로 사용되는 저산화 물질인 BHT 성분이 동정되었고 주된 성분은 지방족 알콜류가 11종으로 대부분을 차지하였으며 trans-2-hexanol, cis-3-hexanol, 1-hexanol등의 향기성분은 모든 수집종에서 높은피이크 면적(%)을 나타내어 금후 고방향성 더덕 품종육성을 위한 육종의 기초자료로 유망시되었다.

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벼(Orysa sativa L.) 뿌리로부터 분리된 내생 Streptomyces 균주의 동정 및 특성 (Identification and Characterization of an Endophytic Strain of Streptomyces from Rice Roots (Orysa sativa L.))

  • 김재헌;이준관
    • 미생물학회지
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    • 제47권4호
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    • pp.375-380
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    • 2011
  • 천안의 단국대학교 근처에서 채취된 벼 뿌리로부터 내생 방선균 한 주를 분리 동정하였다. 표면 살균된 벼 뿌리를 분리 배지 위에 올려 놓고 배양하면 4주 후에 뿌리 표면에 형성된 방선균 콜로니를 볼 수 있었다. 이 중에서 한 균주 JK-5를 분리하여 동정하였다. 16S rDNA 염기서열을 확인한 결과 이 분리균주 JK-5는 Streptomyces diastaticus subsp. ardesiacus와 동일한 균주였다. 형태학적 관찰과 화학분류학적 결과에 의해 분리균주 JK-5의 분류학적 위치를 확인하였다. 기중균사의 형태는 flexible하며 포자사슬은 타원형의 약 30개 정도의 매끄러운 포자로 이루어 졌다. 세포벽은 L,L-diaminopimelic acid를 포함하고 있었다. 당 분석에서는 특이적인 당이 발견되지 않았다. 지방산으로는 anteiso-15:0, anteiso-17:0, iso-16:0 가 주요 성분이었다. 퀴논 분석결과 MK-9 ($H_6$)와 MK-9 ($H_8$)이 주요 성분으로 나타났다. GC 함량은 72%로 측정되었다. 식물병원성 곰팡이에 대하여 비교적 높은 항진균활성을 보여 주었다. 벼에 감염된 분리균주 JK-5가 뿌리와 줄기에서 균사체를 형성하며 왕성하게 생장하는 것을 SEM을 통하여 확인하였다.

터널공학을 중심으로 한 한계변형률의 공학적 적용성 (Engineering interpretation of critical strains in the ground based on the tunnel engineering)

  • 신용석;박시현
    • 한국터널지하공간학회 논문집
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    • 제11권4호
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    • pp.403-410
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    • 2009
  • 본 논문은 시공현장에서 계측된 변위값을 이용하여, 터널구조물의 안정성을 정량적으로 평가하는 한계변형률 개념의 활용성에 관한 것이다. 한계변형률 개념의 활강성을 높이기 위해서 (1) 변위개념을 활용한 기존의 현장 및 연구사례를 정리하여 한계변형률 개념의 공학적 의미; (2) 터널공학적 및 지반공학적 관점에서 한계변형률 개념의 타당성; (3) 터널굴착에 의해 발생하는 지반의 변위 구분 및 총변위와 계측변위의 관계성; (4) 국내 터널시공 현장의 계측사례를 활용하여 한계변형률 관점에서의 터널안정성 평가; 그리고 마지막으로 (5) 기존에 현장에서 활용된 시공관리기준치를 한계변형률 관점에서 재평가 등에 대한 연구를 수행하였다. 결론적으로, 한계변형률 개념은 터널공학적인 측면에서 타당한 근거가 있으며, 통일된 관리기준으로 활용가능 한 것으로 평가되었다.

젖소 목장에서 분리된 황색포도상구균의 아형 분포와 특성 (Distribution and characteristics of Staphylococcus aureus subtypes isolated from dairy herds)

  • 유종현;박희명;오태호;손대호;한홍율
    • 대한수의학회지
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    • 제39권5호
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    • pp.995-1005
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    • 1999
  • Staphylococcus aureus is one of most prevalent intramammary pathogens and have characteristics which are not easily eradicated. Recently, to understand the sources and transmission of S aureus, many studies have focused on the subtyping of field isolate. This study was preformed to investigate the distribution pattern and characteristics of the isolates using phenotyping and genotyping. Samples were collected from milk of each udder, cow bodies (perianal region, vagina, tail, udder skin, sole) and environment (floor, liner, milker's hands, water, towel, insect) from 6 herds located in Kyung-gi province. Forty five strains of S aureus were isolated from 3 dairy herds (A, B, C) and were typed by hemolytic pattern, antibiotic resistant pattern, enterotoxin typing and PCR-based DNA fingerprinting. Slime productivity was also compared by each subtype to examine potential infectiousness. Of 45 strains, 41 were isolated from milk samples and 4 were isolated from liners. No strains isolated in the bodies and environment. Forty five strains isolated were classified as 18 subtypes by phenotyping and genotyping. There was common subtype between A and B herd, but the subtype of C herd showed different pattern. Among predominant subtypes, 60% of S aureus strain isolated from A and B herd showed subtype I and 50% of S aureus strain isolated from C herd belonged to subtype VI and X II. Neither somatic cell count (SCC) nor slime production was significantly different between predominant and minor subtypes. In summary, the study revealed that liners play more important roles in the mode of transmission than environmental sources. Several subtypes can be found in a herd, only a few subtype, however, was largely associated with the majority of infection.

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