• Journal of the Korean Data and Information Science Society
• /
• 제22권4호
• /
• pp.661-669
• /
• 2011

한우산업은 유전적으로 우수한 개체를 선발하기 위하여 전통적인 육종방법에 유전체정보를 활용하여 정확하게 예측하는 기술을 개발하고 있는 실정이다. 따라서 본 연구에서는 이미 규명되어진 한우 2번 염색체 양적형질좌위을 바탕으로 발현염기서열표식 (EST) 단일염기 다형성 연관지도상에서 선발된 12개의 염기표식영역 표지인자내 단일염기다형성들과 한우집단의 육질과의 연관성을 평가하였다. 한우 2번 염색체 양적형질좌위영역에 있는 12개의 염기표식영역 표지인자를 이용하여 30차에서 33차 후대검정우 집단에서 가계정보가 서로 다른 20두에서 직접 염기서열분석을 한 결과 10개의 다형성이 있는 단일염기다형성를 확인할 수 있었다. 이 중에서 근내지방도 정규분포상 양쪽 집단과 단일염기다형성 유전자형간 빈도분석을 한 결과 HWSNP_1-1과 HWSNP_9-4 단일염기다형성에서 40%이상의 빈도차이를 나타내었다. 이 2개의 단일염기다형성들로 한우집단 (n=233)에서 근내 지방도와의 연관성을 살펴본 결과 HWSNP_1-1 단일염기다형성에서만 유의적인 차이를 나타내었다 (P<0.05). 따라서 본 연구에서는 HWSNP_1-1 단일염기다형성는 유전체정보를 활용한 한우 육질 개량에 있어 가장 효율적인 보조수단으로 활용가치가 높을 것이라 판단된다.

• 한국응용곤충학회지
• /
• 제39권2호
• /
• pp.123-129
• /
• 2000

국내 과채류 재배단지의 뿌리혹선충 발생에 관한 조사를 위해 1997년부터 1999년까지 경북 성주군을 중심으로 경기 여주군, 경남 함안군, 충북 청원군 등에서 과채류재배지의 토양을 채집하여 식물기생선충 종류와 밀도 조사, 뿌리혹선충 암컷의 효소표현형에 의한 종 동정을 실시하였다. 경북 성주군의 185개 참외재배 포장 중 99개 포장(53.5%)에서 뿌리혹선충이 검출되었고 나선선충류(Helocotylenchus spp.)는 7개, 둥근꼬리선충류(Aphelechus spp.)는 43개, 환선충류(Criconematid)는 26개 포장에서 검출되었다. 뿌리혹선충 암컷의 Malate dehydrogenase 및 Esterase 등 2가지 효소표현형을 이용하여 한국에 분포하는 주요 4종의 동정이 가능하였다. 효소 표현형을 이용하여 성주군 선남면에서 채집된 13개 시료 중 당콩뿌리혹선충으로 동정된 것이 6포장, 고구마뿌리혹선충 5포장이었으며 2개 포장은 두 종의 혼재하는 것으로 나타났다. 성주군 초전면의 6개 포장 시료 중 4개가 땅콩뿌리혹선충, 1개가 고구마뿌리혹선충으로 동정되었으며 1포장의 뿌리혹선충은 효소표현형이 미동정 종으로 나타났다. 경기도 여주군의 참외재배단지에서는 14개 조사대상 중 당근뿌리혹선충이 11개 포장, 땅콩뿌리혹선충이 3개포장으로 당근뿌리혹선충이 우점종인 것으로 나타났다.

• Horticulture, Environment, and Biotechnology : HEB
• /
• 제59권6호
• /
• pp.875-888
• /
• 2018

Tulip (Tulipa L.) is one of the most important ornamental geophytes in the world. Analysis of molecular variability of tulips is of great importance in conservation and parental lines selection in breeding programs. Of the 70 genic microsatellites, 15 highly polymorphic and reproducible markers were used to assess the genetic diversity, structure, and relationships among 280 individuals of 36 wild and cultivated tulip accessions from two countries: Iran and the Netherlands. The mean values of gene diversity and polymorphism information content were 0.69 and 0.66, respectively, which indicated the high discriminatory power of markers. The calculated genetic diversity parameters were found to be the highest in wild T. systola Stapf (Derak region). Bayesian model-based STRU CTU RE analysis detected five gene pools for 36 germplasms which corresponded with morphological observations and traditional classifications. Based on analysis of molecular variance, to conserve wild genetic resources in some geographical locations, sampling should be performed from distant locations to achieve high diversity. The unweighted pair group method with arithmetic mean dendrogram and principal component analysis plot indicated that among wild tulips, T. systola and T. micheliana Hoog exhibited the closest relationships with cultivated tulips. Thus, it can be assumed that wild tulips from Iran and perhaps other Middle East countries played a role in the origin of T. gesneriana, which is likely a tulip species hybrid of unclear origin. In conclusion, due to the high genetic variability of wild tulips, they can be used in tulip breeding programs as a source of useful alleles related to resistance against stresses.

• Molecules and Cells
• /
• 제21권2호
• /
• pp.192-196
• /
• 2006

Salt tolerance was evaluated at the young seedling stage of rice (Oryza sativa L.) using recombinant inbred lines (MG RILs) from a cross between Milyang 23 (japonica/indica) and Gihobyeo (japonica). 22 of 164 MG RILs were classified as tolerant with visual scores of 3.5-5.0 in 0.7% NaCl. Interval mapping of QTLs related to salt tolerance was conducted on the basis of the visual scores at the young seedling stage. Two QTLs, qST1 and qST3, conferring salt tolerance, were detected on chromosome 1 and 3, respectively, and the total phenotypic variance explained by the two QTLs was 36.9% in the MG RIL population. qST1 was the major QTL explaining 27.8% of the total phenotypic variation. qST1 was flanked by Est12~RZ569A, and qST3 was flanked by RG179~RZ596. The detection of new QTLs associated with salt tolerance will provide important information for the functional analysis of rice salt tolerance.

• 생명과학회지
• /
• 제22권12호
• /
• pp.1644-1650
• /
• 2012

본 연구는 소 유전자 database들에 대한 사전 비교연구에서 발견된 삽입/결실(indel) marker들의 다형성과 각각의 유전자형의 분포를 확인하고자 수행하였다. 먼저, 소의 유전체 서열과 발현서열표식(EST) database 간의 생물정보학적 비교를 통해 전체 51 종의 indel marker들을 검출하였다. 이 중에서 42 종을 평가하여 최종적으로 9 종의 정보력이 있는 marker들을 집단분석을 위해 선발하였다. 각각의 marker들에 대한 염기서열을 재분석하였으며, marker의 다형성을 한국 재래소 품종인 한우와 제주흑우(JBC), Holstein, Angus, Charolais, Hereford 등 6 품종에서 조사하였다. 본 연구에서 이용한 소 6 품종은 8 종의 marker들에 대해 다형성을 나타내었으나, Indel_15의 경우 Holstein과 Charolais에서 다형성이 발견되지 않았다. JBC 집단에 대한 분석에서는 관찰된 이형접합자 빈도는 HW_G1 (0.600)에서 가장 높고, Indel_29 (0.274)에서 가장 낮았다. Marker에 대한 다형정보량의 수준은 HW_G4 (0.373)에서 가장 높고, Indel_6 (0.305)에서 가장 낮은 수준을 보였다. 본 연구에서 조사한 새로운 indel marker들은 특히 제주흑우 집단의 생산성 향상을 위한 분자육종 체계의 개발뿐만 아니라 친자확인이나 생산이력추적을 위한 유전정보를 제공하는데 유용할 것으로 기대된다.

• 한국응용곤충학회지
• /
• 제25권3호
• /
• pp.151-157
• /
• 1986

본(本) 시험(試驗)은 OP계(系) 살충제 oxydemeton-methyl (Metasystox-R 25 Ec)을 공시(供試)하여 실내(室內) 감수성(感受性) 계통(系統)의 복숭아혹진딧물(green peach aphid, Myzus persicae)을 인위적으로 누대(累代) 도태(淘汰)하여 저항성(抵抗性) 발달(發達)을 유발(誘發)하고, 그들의 발달속도(發達速度)와 정도(程度), 타살충제와의 교차저항성(交叉抵抗性) 유무(有無) 및 그들 저항성(抵抗性) 감수성(感受性) 계통(系統)들의 esterase isozyme을 검토(檢討)하기 위하여 실시(實施)하였는데 본(本) 결과(結果)를 요약(要約)하면 아래와 같다. 1. Oxydemeton-methyl 에 대한 복숭아혹진딧물의 저항성(抵抗性) 발달(發達)은 도태세대(淘汰世代)가 진행됨에 따라 크게 증대(增大)되었다. 2. Oxydemeton-methyl 20 세대(世代) 도태계통(淘汰系統)의 $LC_{50}$가(價)는 $214.4{\sim}360.0ppm$이었고 감수성계통(感受性系統)의 $LC_{50}$가(價)는 $0.6{\sim}1.0ppm$이었다. 3. Oxydemeton-methyl 20세대(世代) 도태계통(淘汰系統)의 복숭아혹진딧물은 oxydemeton-methyl 에 대하여 $355.5{\sim}359.9$배(倍)의 저항성(抵抗性)을 나타내었으며 도태(淘汰)에 전혀 관여되지 않은 타살충제들 중 cypermethrin 에 대해서는 고도(高度)의 교차저항성(交叉抵抗性)$(770.1{\sim}778.5)$배(倍)을 나타내었으나, acephate에 대해서는 낮은 교차저항성(交叉抵抗性)$(25.6{\sim}33.2)$배(倍)을, pirimicarb 에 대해서는 비교차저항성(非交叉抵抗性)$(3.4{\sim}3.6)$배(倍)을 나타내었다. 4. 검출(檢出)된 esterase isozyme 중 $Est.\;{\beta}-2$는 감수성(感受性) 계통(系統)에 비하여 oxydemeton-methyl 20세대(世代) 도태(淘汰) 저항성계통(抵抗性系統)에서 강하게 나타났다.

• 한국응용곤충학회지
• /
• 제33권2호
• /
• pp.114-121
• /
• 1994

우리나라 남부지역 해송림에 피해를 주고 잇는 솔껍질깍지벌레으 해송 단목당 밀도가 추정되었다. 구피해자와 신규발생자에서 흉고직경 10cm내외의 공시목을 채취, 가해 약충의 서식가능 면적을 조사한 바 1차측지 밀도는 차이가 없었으나 2차측지 이하 부속지의 밀도는 구피해지가 낮았다. 약충의 분포양식은 양 지역의 고시목에서 유사한 형태를 나타냇으며 단목당 약충 추정수는 주간의 약충수에 비하야 구피해지에서는 10.8배 신규발생지에서는 13.1배로서 최소 4,200마리, 최대 208,500마리이었다. 오차범위 20%내에서 필요한 공시지의 수는 수관중분의 내부, 수관하부의 중부 및 내부에서 채취한 길이가 10~20cm, 20~30cn인 2차측지이하 부속지로서 각 21개 및 11개이었다. 알주머니는 단목당 63.6%가 주간에 분포하여 이중 가장 밀도가 높은 부위는 역지를 보유한 절간마디이었으며 이를 포함, 인접된 4개 절간에서의 밀도는 주간 전체 밀도의 약 37%이었다.

• 식물병연구
• /
• 제9권2호
• /
• pp.57-63
• /
• 2003

Clubroot disease of curcifer crops caused by Plasmodiophora brassicae had been first reported in 1928 in Korea, and maintained mild occurrence until 1980s. Since 1990s the disease has become severe in alpine areas of Kyonggi and Kangwon, gradually spread to plain fields throughout the country, and remains as the great-est limiting factor for its production. Researches on the disease has begun in late 1990s after experiencing severe epidemics. Survey of occurrence and etiological studies have been carried out, particularly, on the pathogen physiology, race identification, quantification of soil pathogen population, and host spectrum of the pathogen. Ecology of gall formation and its decay, yield loss assessment associated with time of infection, and relationships between crop rotation and the disease incidence was also studied during late 1990s. In studies of its control, more than 200 crucifer cultivars were evaluated for their resistance to the disease. Lime applica-tion to field soil was also attempted to reduce the disease incidence. Resistant radish and welsh onion were recommended as rotation crops with crucifers after 3-year field experiments. However, so for, most studies on clubroot disease in Korea have been focused on chemical control. Two fungicides, fluazinam and flusulfamide, were selected and extensively studied on their application technologies and combination effects with lime application or other soil treatment. To develop environmentally-friendly control methods, solar-disinfection of soil, phosphoric acid as a nontoxic compound, and root-parasiting endophytes as biocontrol agents were examined for their effects on the disease in fields. In the future, more researches are needed to be done on development of resistant varieties effective to several races of the pathogen, establishment of economically-sound crop rotation system, and improvement of soil-disinfection technique applicable to Korean field condi-tion, and development of methodology of pretreatment of fungicides onto seeds and seedbeds.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
• /
• 제23권1호
• /
• pp.7-12
• /
• 2010

The full-length cDNA of the porcine peroxisomal ${\Delta}^3$,${\Delta}^2$-enoyl-CoA isomerase (PECI) gene encodes a monofunctional peroxisomal ${\Delta}^3$,${\Delta}^2$-enoyl-CoA isomerase. Cloning and sequencing of the porcine PECI cDNA revealed the presence of an 1185-base pair open reading frame predicted to encode a 394-amino acid protein by the 5'rapid amplification of cDNA ends (5'RACE) and EST sequences. The porcine PECI gene was expressed in seven tissues (heart, liver, spleen, lung, kidney, skeletal muscle, fat) which was revealed by reverse transcriptase-polymerase chain reaction (RT-PCR). The porcine PECI was mapped to SSC71/2 p11-13 using the somatic cell hybrid panel (SCHP) and the radiation hybrid panel (RH) (LOD score 12.84). The data showed that PECI was closely linked to marker S0383. A C/T single nucleotide polymorphism in PECI exon 10 (3'UTR) was detected as a PvuII PCR-RFLP. Association analysis in our experimental pig population showed that different genotypes of PECI gene were significantly associated with the Average Backfat thickness (ABF) (p<0.05) and Buttock backfat thickness (p<0.01).

• Journal of Ginseng Research
• /
• 제35권4호
• /
• pp.399-412
• /
• 2011

Little is known about the genetics or genomics of Panax ginseng. In this study, we developed 70 expressed sequence tagderived polymorphic simple sequence repeat markers by trials of 140 primer pairs. All of the 70 markers showed reproducible polymorphism among four Panax species and 19 of them were polymorphic in six P. ginseng cultivars. These markers segregated 1:2:1 manner of Mendelian inheritance in an $F_2$ population of a cross between two P. ginseng cultivars, 'Yunpoong' and 'Chunpoong', indicating that these are reproducible and inheritable mappable markers. A phylogenetic analysis using the genotype data showed three distinctive groups: a P. ginseng-P. japonicus clade, P. notoginseng and P. quinquefolius, with similarity coefficients of 0.70. P. japonicus was intermingled with P. ginseng cultivars, indicating that both species have similar genetic backgrounds. P. ginseng cultivars were subdivided into three minor groups: an independent cultivar 'Chunpoong', a subgroup with three accessions including two cultivars, 'Gumpoong' and 'Yunpoong' and one landrace 'Hwangsook' and another subgroup with two accessions including one cultivar, 'Gopoong' and one landrace 'Jakyung'. Each primer pair produced 1 to 4 bands, indicating that the ginseng genome has a highly replicated paleopolyploid genome structure.