• 제목/요약/키워드: design sequence

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부호 영역 DNA 시퀀스 기반 강인한 DNA 워터마킹 (Robust DNA Watermarking based on Coding DNA Sequence)

  • 이석환;권성근;권기룡
    • 전자공학회논문지CI
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    • 제49권2호
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    • pp.123-133
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    • 2012
  • 본 논문에서는 DNA 시퀀스의 불법 복제 및 변이 방지와 개인 정보 침해 방지, 또는 인증을 위한 DNA 워터마킹에 대하여 논의하며, 변이에 강인하고 아미노산 보존성을 가지는 부호영역 DNA 시퀀스 기반 DNA 워터마킹 기법을 제안한다. 제안한 DNA 워터마킹은 부호 영역의 코돈 서열에서 정규 특이점에 해당되는 코돈들을 삽입 대상으로 선택되며, 워터마크된 코돈이 원본 코돈과 동일한 아미노산으로 번역되도록 워터마크가 삽입된다. DNA 염기 서열은 4개의 문자 {A,G,C,T}로 (RNA은 {A,C,G,U}) 구성된 문자열이다. 제안한 방법에서는 워터마킹 신호처리에 적합한 코돈 부호 테이블을 설계하였으며, 이 테이블에 따라 코돈 서열들을 정수열로 변환한 다음 원형 각도 형태의 실수열로 재변환한다. 여기서 코돈은 3개의 염기들로 구성되며, 64개의 코돈들은 20개의 아미노산으로 번역된다. 선택된 코돈들은 아미노산 보존성을 가지는 원형 각도 실수 범위 내에서 인접 코돈과의 원형 거리차 기준으로 워터마크에 따라 변경된다. HEXA와 ANG 시퀀스를 이용한 $in$ $silico$ 실험을 통하여 제안한 방법이 기존 방법에 비하여 아미노산 보존성을 가지면서 침묵 변이와 미스센스 변이에 보다 강인함을 확인하였다.

컴퓨터 시뮬레이션을 이용한 임플란트 상부 티타늄 구조물의 주조방안 (CONFUTER-AIDED CASTING DESIGN FOR IMPLANT TITANIUM SUPERSTRUCTURES)

  • 오세욱;이호용;이근우;심준성
    • 대한치과보철학회지
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    • 제41권4호
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    • pp.421-439
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    • 2003
  • Statement of problem : It is difficult to obtain a good titanium casting body using the traditional sprue design because of high melting point of Ti, and the low fluidity and high reactivity of molten Ti. Purpose : A new sprue design for titanium casting bodies needs more trial and error. In order to decrease the number of trial and error, computer simulation(MAGMASOFT, Magmasoft Giessereitechnologie GmbH, Achen, Germany) was used to optimize sprue design in U-shaped implant superstructures. Material and method : Five kinds of sprue were examined for the design of the sprue former for titanium casting: Sprue design A(sprue length 4 mm, rectangular shape, 4 sprues), Sprue design B(sprue length 4 mm. round shape. radius 2 mm, 7 sprues), Sprue design C (sprue length 2 mm, round shape, radius 2 mm, 7 sprues). Sprue design D (sprue length 2 mm, cone shape, large radius 3mm. small radius 2mm, 7 sprues), and Sprue design E( sprue length 2 mm. one unit channel shape). Sprue design F(sprue length 2mm, one unit channel shape) was also examined for the design of the customized sprue former in the Biotan system(Schutz Dental Gmbh, Germany). The casting bodies were taken in Sprue design A, Sprue design D, Sprue design E, and Sprue design F in the Biotan casting system. The numerically predicted defects were compared with the experimental dental castings by the radiographic and sectional view observations. Results : 1. According to the result of computer simulation, turbulence during mold filling was decreased in the sequence of Sprue design F, Sprue design E, Sprue design D, Sprue design C, Sprue design B, and Sprue design A. 2. The calculated solidification time contours indicate that hot spot was moved from the casting body to the sprue button in the sequence of Sprue design A, Sprue design B, Sprue design C, Sprue design D, and Sprue design E. The filling pattern of Sprue design F was similar to that of Sprue design E. 3 The predicted filling pattern shows that less turbulence was found in the customized sprue former than in the standard sprue former. 4. According to the results of the radiographic and cross sectional observations, casting defects less than 1mm were found at the center of a casting body with Sprue design E and Sprue design F. However, larger casting defects of 4mm were found in a casting with Sprue design A. 5. The predicted casting porosity was similar to that of the real casting. Conclusion : One unit channel-type and customized sprue former can be recommended. Further research and developement of various sprue designs using computer simulation in necessary to optimize casting design, in order to reduce the formation of casting defects in implant titanuim super-structures.

유전자 알고리즘을 이용한 DNA 서열 생성 시스템의 효율적인 구현에 대한 연구 (Implementation of efficient DNA Sequence Generate System with Genetic Algorithm)

  • 이은경;이승렬;김동순;정덕진
    • 전자공학회논문지SC
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    • 제43권5호
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    • pp.44-59
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    • 2006
  • DNA 컴퓨터의 계산 수준을 분자 수준으로 끌어내려 막대한 병렬성을 확보하고, 보다 효율적인 정보 처리를 가능케 해 차세대 컴퓨팅 기법으로서의 위치를 확고히 하고 있다. 그러나 DNA 컴퓨팅은 실제 실험을 통해 계산 모델 및 알고리즘을 검증하기 때문에 많은 연산 시간을 필요로 한다. 따라서 빠른 계산 모델 및 알고리즘의 검증을 위해 시뮬레이터인 NACST가 개발되었다. 그러나 NACST에 포함된 서열생성 시스템의 반복적인 연산 특징 때문에 이 또한 많은 연산시간을 필요로 하게 되었다. 따라서 시뮬레이션 시간 단축을 위한 서열생성 시스템의 효율적인 하드웨어 구조가 요구된다. 이에 본 논문은 DNA 코드 최적화 부분의 연산시간이 NACST 연산시간의 약 95% 이상을 차지한다는 점을 착안하여 DNA 서열 생성 시스템에 병렬 기법과 Pipeline 기법을 적용하였고 적합도 함수 간 연산을 공유시켜 연산의 양을 대폭 줄이고 분배해 시뮬레이션 시간을 크게 줄일 수 있는 하드웨어 구조를 제안하고 검증하였다. 실험 결과 제안된 하드웨어는 기존 소프트웨어에 비해 약 467배 이상의 연산시간 감소를 보였으며 DNA 서열 생성 성능은 기존과 동일함을 보였다.

Design and Evaluation of a Protection Relay for a Wind Generator Based on the Positive- and Negative-Sequence Fault Components

  • Zheng, Taiying;Cha, Seung-Tae;Kim, Yeon-Hee;Crossley, Peter A.;Lee, Sang Ho;Kang, Yong Cheol
    • Journal of Electrical Engineering and Technology
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    • 제8권5호
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    • pp.1029-1039
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    • 2013
  • To avoid undesirable disconnection of healthy wind generators (WGs) or a wind power plant, a WG protection relay should discriminate among faults, so that it can operate instantaneously for WG, connected feeder or connection bus faults, it can operate after a delay for inter-tie or grid faults, and it can avoid operating for parallel WG or adjacent feeder faults. A WG protection relay based on the positive- and negative-sequence fault components is proposed in the paper. At stage 1, the proposed relay uses the magnitude of the positive-sequence component in the fault current to distinguish faults requiring non-operation response from those requiring instantaneous or delayed operation responses. At stage 2, the fault type is first determined using the relationships between the positive- and negative-sequence fault components. Then, the relay differentiates between instantaneous operation and delayed operation based on the magnitude of the positive-sequence fault component. Various fault scenarios involving changes in position and type of fault and faulted phases are used to verify the performance of the relay. This paper concludes by implementing the relay on a hardware platform based on a digital signal processor. Results indicate that the relay can successfully distinguish the need for instantaneous, delayed, or non-operation.

물리 계층 보안시스템 MCC부호기 설계 (Design of MCC Security System in Physical Layer)

  • 김건석;공형윤
    • 한국인터넷방송통신학회논문지
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    • 제8권5호
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    • pp.181-186
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    • 2008
  • 본 논문은 빠르게 발전하고 있는 무선통신시스템에서 중요시되는 보안을 강화시키며 신뢰성 있는 통신을 가능하게 하는 MCC(M-sequence Convolution Code)채널부호기 설계를 제안한다. 제안한 부호기는 기존의 채널부호기가 가지는 오류 정정 특성뿐 아니라 정보데이터에 대한 비화성질을 부가하여 인증된 사용자만 접근할 수 있는 부호기이다. 제안한 부호기의 특성은 M부호열의 특성 중 평형특성을 이용함으로써 콘볼루션부호기의 출력부를 변화시켜 부호열을 얻는 물리계층의 보안 시스템이다. M부호열과 콘볼루션부호기를 사용함으로써 기존의 CDMA시스템에서 추가적인 부분 없이 간단하게 설계할 수 있으며 현재 사용되고 있는 콘볼루션부호기와 비교하였을 때 연집오류의 극복으로 약 0.1dB의 부호화 이득을 얻었고, 비화성능으로 인증된 사용자만이 송신된 데이터를 복구 가능한 것을 검증하였다. 비인증 사용자의 접근에 있어서는 SNR의 변화에 상관없이 50% 이상의 오류율을 보인다. 따라서 기존의 콘볼루션부호기 대신 제안한 MCC부호기를 사용함으로써 비화성능과 높은 BER성능을 얻을 수 있다.

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예비교사들을 대상으로 한 증명활동과 반례생성 수행결과 분석 : 수열의 극한을 중심으로 (Preservice Teachers' Writing Performance Producing Proofs and Counterexamples about Limit of Sequence)

  • 이정곤;류희찬
    • 대한수학교육학회지:수학교육학연구
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    • 제21권4호
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    • pp.379-398
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    • 2011
  • 수학교육에서 증명과 반박은 명제가 왜 참인지 혹은 거짓인지를 판별하게 해주고 거짓으로 판명된 명제를 참인 명제로 정교화하는 과정에서 중요한 요소가 된다. 그렇기에 증명활동과 반례생성 두 가지를 함께 학습하는 것은 수학을 배우는 학생들에게 주어진 명제에 내포되어 있고 함축되어 있는 의미에 대한 깊은 통찰력과 명확한 이해를 제공해 줄 수 있다. 최근 많은 논문을 통해 학생들이 수학적 증명에 어려움을 겪고 있다는 증거가 나타나고 있다. 그러나 해당 연구의 대부분은 예비교사들이 수열의 극한 부분에 대하여 증명과 반례를 생산해 내는 능력에만 초점을 맞추고 있다. 따라서 본 연구에서는 예비교사들을 대상으로 하여 수열의 극한 부분에 대한 수행결과 분석을 통하여 증명활동과 반례생성에 대한 능력정도와 접근 방법 등을 알아보고자 한다. 본 연구의 목적은 예비교사들이 반례와 증명을 생성하는 것에 대한 조사에 공헌하는 것이며 예비교사들의 증명과 반례생성 능력 그리고 수학 개념들에 대한 이해의 정도를 식별하고 확인하는 것이다. 또한, 연구를 통하여 참가자들이 주어진 명제들에 대한 답을 작성하는 것에 어려움을 겪는다는 것을 알게 되었고 이를 바탕으로 증명과 반례를 가르치고 배우는 것에 더욱 노력을 기울여야만 한다는 것을 알 수 있었다. 덧붙여, 이 연구의 분석을 통하여 현행 커리큘럼과 교육 방법에 대하여 통찰력을 제공하게 될 수 있을 것이고 예비교사들의 수학과정 학습을 향상시킬 수 있는 방향을 제시한다는 교육적 시사점을 얻을 수 있을 것이다.

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단백질 구조 예측을 위한 서열 연관 규칙 탐사 (Discovering Sequence Association Rules for Protein Structure Prediction)

  • 김정자;이도헌;백윤주
    • 정보처리학회논문지D
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    • 제8D권5호
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    • pp.553-560
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    • 2001
  • 바이오정보학(bioinformatic)은 생물학 분야 특히 분자 수준의 유전체 연구에서 발생하는 데이터를 저장, 관리, 분석하여 실험 프로젝트를 지원함은 물론, 기능 예측 및 조절에 대한 실험 설계를 가능하게 하는 제반 컴퓨터 기술을 의미한다. 유전체 연구의 다양한 접근 방식 중 단백체학(proteomics)는 유전체의 최종 산물인 단백질을 직접적으로 다룬다는 측면에서 그 효용성에 대해 많은 기대를 모으고 있다. 본 논문에서는 단백질의 기능을 결정하는 가장 중요한 요소 중 하나인 단백질의 구조를 예측하기 위한 데이터 마이닝 기법을 제안한다. 단백질의 일차 구조인 아미노산 서열에 타나나는 부서열간의 연관성이 해당 단백질의 이차 혹은 삼차 구조를 결정하는 중요한 단서임을 설명하고, 아미노산 부서열간의 연관성을 표현하기 위한 모델로서 서열 연관 규직을 정의한다. 서열 연관 규칙의 유용성을 평가하기 위한 지지도와 신뢰도를 새롭게 정의하고, 주어진 단백질 집단으로부터 유용한 서열 연관 규칙을 발견하기 위한 기법을 제안한다. 아울러, SWISS-PROT 단백질 데이터베이스로부터 입수한 단백질 서열 데이터를 이용하여 제안한 기법의 성능을 평가한다.

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Comparative Genomics Study of Interferon-$\alpha$ Receptor-1 in Humans and Chimpanzees

  • Kim, Il-Chul;Chi, Seung-Wook;Kim, Dae-Won;Choi, Sang-Haeng;Chae, Sung-Hwa;Park, Hong-Seog
    • Genomics & Informatics
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    • 제3권4호
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    • pp.142-148
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    • 2005
  • The immune response-related genes have been suggested to be the most favorable genes for positive selection during evolution. Comparing the entire DNA sequence of chimpanzee chromosome 22 (PTR22) with human chromosome 21 (HSA21), we have identified 15 orthologs having indel in their coding sequences. Among them, interferon-${\alpha}$ receptor-1 gene (IFNAR1), an immuneresponse-related gene, is subjected to comparative genomic analysis. Chimpanzee IFNAR1 showed the same genomic structure as human IFNAR1 (11 exons and 10 introns) except the 3 bp insertion in exon 4. The sequence alignment of IFNAR1 coding sequence indicated that 'ISPP' amino acid sequence motif is highly conserved in chimpanzee and other animals including mouse and chicken. However, the human IFNAR1 shows that one proline residue is missing in the sequence motif. The homology modeling of the IFNAR1 structures suggests that the proline deletion in human IFNAR1 leads to the formation of the following ${\alpha}$-helix, whereas two sequential prolines in chimpanzee IFNAR1 inhibit it. As a result, human IFNAR1 may adopt a characteristic structure distinct from chimpanzee IFNAR1. This human specific trait could contribute to specific immune response in the most optimized manner for humans. Further molecular biological studies on the IFNAR1 will help us to gain insights into the molecular implication of species-specific host-pathogen interaction in primate evolution.

Optimal design of multi-former die set by the techniques of horizontal split

  • Kim Chul;Park Chul-Woo;Chang Young-June
    • International Journal of Precision Engineering and Manufacturing
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    • 제7권1호
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    • pp.3-8
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    • 2006
  • This paper deals with an automated computer-aided process planning and die design system by which designer can determine operation sequences even if they have a little experience in process planning and die design for axisymmetric products. An attempt is made to link programs incorporating a number of expert design rules with the process variables obtained by commercial FEM softwares, DEFORM and ANSYS, to form a useful package. The system can provide a flexible process based on either the reduction in the number of forming sequences by combining the possible two processes in sequence, or the reduction of deviation of the distribution on the level of the required forming loads by controlling the forming ratios. Especially in die design module optimal design technique and horizontal split of die insert were investigated for determining appropriate dimensions of components of multi-former die set. Results obtained, using the modules, enable the design and manufacture of a die set for a multi-former to be more efficiently performed.

다단계 최적화기법을 이용한 치과용 골내 임플란트의 3차원 형상최적설계 (Three Dimensional Optimum Design of Endosseous Implant in Dentistry by Multilevel Optimization Method)

  • 한중석;김종수;최주호
    • 한국전산구조공학회:학술대회논문집
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    • 한국전산구조공학회 2004년도 봄 학술발표회 논문집
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    • pp.143-150
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    • 2004
  • An optimum design problem for endosseous implant in dentistry is studied to find best implant design. An optimum design problem is formulated to reduce stresses arising at the cortical as well as cancellous bones, in which sufficient design parameters are chosen for design definition that encompasses major implants in popular use. Optimization at once (OAO) with the large number of design variables, however, causes too costly solution or even failure to converge. A concept of multilevel optimization (MLO) is employed to this end, which is to group the design variables of similar nature, solve the sub-problem of smaller size for each group in sequence, and this is iterated until convergence. Each sub-problem is solved based on the response surface method (RSM) due to its efficiency for small sized problem.

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