• 제목/요약/키워드: cpDNA trnL-F gene

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한국산 꿩의다리속(미나리아재비과)의 cpDNA trnL-F 지역의 분자진화와 유연관계: Indel events의 영향 (Molecular evolution of cpDNA trnL-F region in Korean Thalictrum L. (Ranunculaceae) and its phylogenetic relationships: Impacts of indel events)

  • 박성준;김혁진;박선주
    • 식물분류학회지
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    • 제42권1호
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    • pp.13-23
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    • 2012
  • trnL-F 지역은 엽록체 게놈 large single-copy 지역에 위치하며, trnL gene, trnL intron, trnL-F IGS로 구성된다. 본 연구는 한국산 꿩의다리속 내에서 trnL-F 지역의 분자진화와 유연관계를 분석하였다. 갭형질을 이용한 자료의 베이시안과 파시모니 분석에서 몇몇 indels evolution는 분계조를 지지하여 해상력이 좋은 계통수가 나타났다. 한국산 꿩의다리속 내에 cpDNA trnL-F 지역의 indel events는 계통학적으로 유용한 정보를 가지고 있는 것으로 판단된다. 산꿩의다리절(그늘꿩의다리 제외)은 속내에서 가장 먼저 분기한 것으로 나타났고, 나머지 절은 강하게 분계조를 형성하며 분기하였다. 한국산 꿩의다리속 내에 trnL-F 지역은 뉴클레오티드의 다양한 공간적 분포 변이와 주로 transversion에 따른 염기치환 등 다양한 진화적 패턴을 가지고 있었다.

엽록체 DNA trnL-F 및 핵리보조옴 DNA ITS, ETS 염기서열에 의한 고려인삼의 유전적 변이와 계통학적 유연관계 (Genetic Variation and Phylogenetic Relationship of Korean Ginseng based on cpDNA trnL-F, nrDNA ITS and ETS Sequences)

  • 방찬국;김주환;백명현;김창식;엄동명;김동희
    • 동의생리병리학회지
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    • 제18권6호
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    • pp.1699-1709
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    • 2004
  • Genetic variations and relationship based on the sequences of cpDNA trnL-F gene, nrDNA ITS and ETS region among the twenty four taxa including Panax ginseng C.A. Meyer and its related species were investigated. And taxonomic status and molecular phylogenetic relationship between P. ginseng and related groups were discussed. Molecular systematic data from cpDNA and nrDNA sequences were very useful to elucidate the genetic variations and relationships among the treated taxa. It was found that P. ginseng is the independent unique species with distinct genetic limitation from the related species such as P. quinquefolius, P. japonicum, P. notoginseng and P. pseudoginseng. P. ginseng including cultivated types as well as wild ones formed monophyletic group with high genetic similarities. P. quinquefolius and P. japonicum were the most related sister groups of P. ginseng based on the molecular phylogenetic results in this study.

Identification of three independent fern gametophytes and Hymenophyllum wrightii f. serratum from Korea based on molecular data

  • LEE, Chang Shook;LEE, Kanghyup;HWANG, Youngsim
    • 식물분류학회지
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    • 제50권4호
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    • pp.403-412
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    • 2020
  • Colonies of three independent gametophytes (one that is filamentous and two that are ribbon-like) without sporophytes occur in Gyeonggi-do, Gangwon-do, Gyeongsang-do, and Jeju-do, Korea. They have a moss-like appearance at first sight, with tiny plantlets and gemmae, and grow in cool, shaded, relatively deep dint places of large rocks, such as the small caves in high mountains, close to valleys. The gametophytes were identified based on morphological and molecular data by chloroplast DNA (cpDNA) sequence data (rbcL, rps4 gene and rps4-trnS intergenic spacer). Here, rbcL, rps4 gene and rps4-trnS intergenic spacer data of one independent gametophyte distributed in Korea have the same morphology, DNA sequence and monophyletic group as Crepidomanes intricatum from the eastern United States. They also share the same cpDNA data with Crepidomanes schmidtianum recently reported from Korea. The other independent gametophyte should be Hymenophyllum wrightii based on cpDNA data. The last one was presumed to be Pleurosoriopsis makinoi based on molecular data. The taxonomic status was confirmed to be the forma of Hymenophyllum wrightii through a revision of Hymenophyllum wrightii f. serratum based on molecular data.

엽록체 DNA psbA-trnH와 atpF-H 염기서열에 기초한 한국산 소나무속의 분자계통학적 연구 (Molecular phylogenetic study of Pinus in Korea based on chloroplast DNA psbA-trnH and atpF-H sequences data)

  • 홍정기;양종철;이유미;김주환
    • 식물분류학회지
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    • 제44권2호
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    • pp.111-118
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    • 2014
  • 엽록체 DNA atpF-H, psbA-trnH region을 마커로 활용하여 국내에 분포하는 소나무속 식물들 중 17분류군에 대한 분자계통학적 연구를 수행하여 한국산 소나무속의 계통학적 유연관계를 규명하고, 소나무속의 유연관계를 잘 나타낼 수 있는 분자마커를 찾아내고자 연구가 수행되었다. atpF-H, psbA-trnH region의 조합분석결과 한국산 소나무속은 100%의 BP로 지지되는 단계통군으로 확인되었으며, 소나무아속과 잣나무아속으로 명확히 구분되어졌다. 본 연구에서 이용된 두 개의 분자마커 중 psbA-trnH region이 atpF-H region보다 한국산 소나무속의 계통 및 유연관계를 규명하는데 다소 높은 해상력을 나타내었다.