• 미생물학회지
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• 제29권4호
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• pp.209-214
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• 1991

The PRD1 DNA polymerase is a small multi-functional enzyme containing conserved amino acid sequences shared by family B DNA polymerases. Thus the PRD1 DNA polymerase provides an useful model system with which to study structure-functional relationships of DNA polymerase molecules. In order to investigate the functional and structural roles of the highly conserved amino acid sequences, we have introduced three mutations into a conserved amino acid of the PRD1 DNA polymerase. Genetic complememtation study indicated that each mutation inactivated DNA polymerase catalytic activity.

• Journal of Life Science
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• 제9권2호
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• pp.9-14
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• 1999

Pseudomonas iodinum IFO 3558 adenosine deaminase(ADA) gene was cloned by the polymerase chain reaction and deduced the amino acid sequence of the enzyme. DNA sequence homology of Pseudomonas iodinum IFO 3558 ADA gene was compared to those of E. coli, human and mouse ADA genes. Unambiguous sequence from both strands of pM21 was obtained for the region believed to encode ADA. The sequence included a 804-nucleotide open reading frame, bounded on one end by sense primer and on the other end by two antisense primer. This open reading frame encodes a protein of 268 amino acids having a molecular weight of 29,448. The deduced amino acid sequence shows considerable similarity to those of E. coli, mouse and human ADA. Pseudomonas iodinum IFO 3558 nucleotide sequence shows 98.5% homology with that of the E. coli ADA sequence and 51.7% homology with that of the mouse ADA sequence and 52.5% homology with that of the human ADA sequence. The ADA protein sequence of Pseudomonas iodinum IFO 3558 shows 96.9% homology with that of the E. coli and 40.7% homology with that of the mouse and 41.8% homology with that of the human. The distance between two of the conserved elements, TVHAGE and SL(1)NTDDP has veen exactly conserved at 76 amino acids for all four ADAs. Two of the four conserved sequence elements shared among the four ADAs are also present in the yeast, rat, human (M), and Human(L) AMP deaminase. The SLSTDDP sequence differs only in the conservative substitution of a serine for an asparagine. A conserved cysteine with conserved spacing between these two regions is also found. Thus, sequence analysis of four ADAs and four AMP deaminases revealed the presence of a highly conserved sequence motif, SLN(S)TDDP, a conserved dipeptide, HA, and a conserved cysteine residue.

• 한국연소학회:학술대회논문집
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• 대한연소학회 2003년도 제27회 KOSCO SYMPOSIUM 논문집
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• pp.57-61
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• 2003

In the combustion modeling of non-premixed flames, the mixture fraction conserved scalar approach is widely utilized because reactants are mixed at the molecular level before burning and atomic elements are conserved in chemical reactions. In the mixture fraction approach, combustion process is simplified to a mixing problem and the interaction between chemistry and turbulence could be modelled by many sophisticated combustion models including the flamelet model and CMC. However, most of the mixture fraction approach is restricted to one mixture system. In this study, the flamelet model based on the two-feed system is extended to the multiple fuel-feeding systems by the two mixture fraction conserved scalar approach.

• 생명과학회지
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• 제23권4호
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• pp.595-601
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• 2013

생물들에서 생명의 본질적 기능을 수행하는 단백질들의 종류와 보존성을 밝히기 위해 COG (Clusters of Orthologous Groups of proteins) 알고리즘을 이용하였다. 66종의 미생물에서 보존적인 63개의 ortholog 그룹들은 진핵생물 7종에서 104개의 ortholog들로 확산되었으며, 7종 모두의 핵에 보존적인 KOG (euKaryotic Orthologous Group)은 71개였다. 71개 중 단백질 합성에 관여하는 유전자들이 총 54개로 생명현상에서의 단백질의 중요성을 확인할 수 있었다. Distance value로 보존적 유전자가 생물종 사이에 나타내는 유전자 변이의 정도를 파악하니 'Translation initiation factor'인 KOG3403과 KOG3271 그리고 'Prolyl-tRNA synthetase' (KOG4163) 등이 높은 보존성을 보였다. 보존적 KOG들의 평균과 분산으로 유전체 분석을 수행하여 꼬마선충이 KOG 평균사이의 편차가 제일 커 유전자의 변이가 다양한 것을 알 수 있었다. 본 연구결과는 기초연구와 항생제 개발 등에 이용될 수 있을 것이다.

• 생명과학회지
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• 제12권5호
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• pp.610-621
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• 2002

미생물 유전체(genome)들 사이의 보존된 유전자 (con-served gene)를 밝히는 것은 생명의 본질을 이해하는데 있어 다양한 의미를 갖는다고 할 수 있을 것이다. 본 연구에서는 보존적 유전자를 찾아내고, distance value를 이용하여 구한 보존성의 정도 C(conservation score)를 이용하여 종간의 유전자 변이의 정도를 단백질 관점에서 분석하였다. 분석에 사용된 자료는 COGs 데이티베이스의 총 43종의 미생물 유전체들이며, 이들은 총 n,009개의 유전자들을 포함하는 3,852 개의 ortholog들로 구성되어있었다. 분석 결과 43종의 미생물 유전체에 대하여 총 $\ulcorner$2개의 유전자들이 보존적인 것으로 나타났으며, 이들 중 72.2%인 52종의 유전자가 단백질 합성에 관련되는 것으로 나타났다. 이들 보존적 유전자들에 대하여 보존성의 정도 C를 계산하여 보존성의 순위를 얻었으며, 가장 잘 보존된 유전자는 CTPase-trans-lation elogation factor (COG0050)로 나타났다. 그리고 72개의 보존적 유전자가 나타내는 CU 모두를 이용한 분석결과 고세균(archaea)과 진정세균(bacteria)이 각각 독자적인 그룹을 형성하는 것을 관찰하였다. 본 연구의 결과에서 도출한 72개의 보존적 유전자는 생명체의 본질적 기능에 중요한 역할을 담당하는 것으로 사료되었고, 생명체의 진화 과정에서 이 유전자들이 보존된 이유와 기능적 연계에 대한 생물학적 연구에 기초 자료를 제공할 것으로 판단되어 진다.

• 생명과학회지
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• 제33권11호
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• pp.944-949
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• 2023

이 연구의 목적은 122종의 고세균 종에 보존된 대사 경로와 보존된 유전자를 확인하는 것이었다. 각각의 122개 고세균이 63개의 COG 대사 경로, 이를 구성하는 822개의 COG, 총 4,877개의 COG를 보유하고 있는지 분석했다. 대사경로에서는 archaeal ribosomal proteins만이 가장 보존적이었다. 122종의 고세균 모두에 공통적인 COG는 7개의 COG pathways에서 46개, 그리고 그 외가 20개였다. COG pathways에서는 ribosome을 구성하는 29개, tRNA synthetase와 전사인자가 각각 5개, RNA polymerase를 구성하는 3개, 그리고 tRNA modification에 관련된 2개의 COG가 공통적이었다. COG pathways에 속하지 않고 122종의 고세균에 공통적인 보존적 유전자까지 고려하면 외부와 세포질을 구분 짓는 세포벽과 세포외기질의 합성, 복제, 전사, 번역, 단백질 대사에 관련된 유전자들 중에서 일부가 공통적이었다. 계통수에서 구한 각 고세균의 distance value를 분류단위로 보면 Euryarchaeota 문의 Halobacteria강의 평균이 가장 낮았고 표준편차는 Thaumarchaeota 문의 Nitosospharia강, 강을 알 수 없는 Thaumarchaeota문의 고세균, Euryarchaeota 문의 Halobacteria 강, Crenarchaeota 문의 Thermoprotei 강, 기타 고세균(OA)이 높았다. 계통수 분석으로 6가지의 공통점을 찾았다. 본 연구결과는 보존된 유전자에 관한 자료 외에도 의약품 개발, 균주 개선을 위한 유전자의 선택 등에 활용될 수 있을 것이다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제25권1호
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• pp.127-136
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• 2015

Cupredoxin-like proteins are mainly copper-binding proteins that conserve a typical rigid Greek-key arrangement consisting of an eight-stranded β-sandwich, even though they share as little as 10-15% sequence similarity. The electron transport function of the Cupredoxins is critical for respiration and photosynthesis, and the proteins have therapeutic potential. Despite their crucial biological functions, the identification of the distant Cupredoxin homologs has been a difficult task due to their low sequence identity. In this study, the overlapped conserved residue (OCR) fingerprint for the Cupredoxin superfamily, which consists of conserved residues in three aspects (i.e., the sequence, structure, and intramolecular interaction), was used to detect the novel Cupredoxin homologs in the NCBI non-redundant protein sequence database. The OCR fingerprint could identify 54 potential Cupredoxin sequences, which were validated by scanning them against the conserved Cupredoxin motif near the Cu-binding site. This study also attempted to model the 3D structures and to predict the functions of the identified potential Cupredoxins. This study suggests that the OCR-based approach can be used efficiently to detect novel homologous proteins with low sequence identity, such as Cupredoxins.

• 약학회지
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• 제52권2호
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• pp.125-130
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• 2008

The long terminal repeat (LTR) of retroviral DNA genome plays an important role in the integration process by providing substrate recognition site for viral integrase (IN). The dinucleotide CA near the 3'-end of the LTR termini is completely conserved among retoviruses. In order to study specificity of interaction between prototype foamy virus (PFV) IN and its U5 LTR DNA, the effect of mutagenesis of the CA sequence was investigated by studying reactivity of PFV IN to the mutant LTR substrates. Replacement of only the C or the A allowed 60 to 100% of the reactivity of the wild type LTR substrate. In addition, replacement of the C and the A showed 50 to 80% of the reactivity of the wild type LTR substrate, indicating that PFV IN has less specificity on the conserved CA sequence when it is compared to the other retroviral INs. Therefore it is suggested that PFV IN is less dependent on the conserved sequence of LTR termini for its enzymatic reaction.

• 헤리티지:역사와 과학
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• 제53권3호
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• pp.110-127
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• 2020

보존유적이라 함은 건설 공사에 따른 구제 발굴로 인하여 중요 유적이 확인될 경우 매장문화재 가치 평가에 따라 보존조치되는 유적을 말한다. 우리나라는 지난 수십 년간 급속한 경제발전으로 토지개발이 이루어지게 되면서 구제 발굴 건수도 급격히 증가하게 되었고 이에 따른 보존유적도 자연히 급증하게 되었다. 현재는 이러한 보존유적의 증가로 토지 수용부터 관리·활용 등에서 여러 문제점들이 나타나고 있으나 이에 대한 명확한 해결 방법은 제시되고 있지 않은 상황이다. 본 연구에서는 유적 보존과 관련된 기술적인 문제보다 주로 제도상의 문제점 인식을 통해 보존유적 관리와 제도에 관심을 가지고 개선안을 제시하고자 하였다. 한정된 재원과 인력으로 보존유적을 효율적으로 관리하기 위해서는 제도의 미비점을 먼저 확인하고 검토하는 것이 우선이라 판단되었기 때문이다. 제도 개선을 요구할 수 있는 여러 안들이 있겠지만 현 제도상에서 우선적으로 검토되어야 하는 것은 보존유적에서 지정문화재로 신속한 전환 혹은 검토라 할 수 있다. 보존유적은 조치 이후 관련 후속 법규가 마련되어 있지 않아 지정문화재와 달리 임시적인 보존 방편에 불과하다. 이를 장기간 유지하게 될 경우 당연히 여러 문제가 발생할 수밖에 없다. 이 문제를 해결하기 위해서는 보존유적을 지정문화재와 거의 유사한 수준으로 관리할 수 있는 법적 제도를 마련하든지 아니면 현 제도상에서 개선 가능한 방법을 모색하여 문제의 최소화를 꾀하는 방법이 있겠다. 본 연구에서는 지정문화재로의 신속한 전환 방법 외에도 제도적 개선이 가능한 부분에 초점을 맞추어 몇 가지 제안을 하였다. 현재의 보존조치 유형은 현지보존, 이전보존, 기록보존 이 세 가지로 구분하고 있는데 이를 다시 두 개의 조치 유형과 그 하위의 네 가지 유형으로 재분류해 보았다. 현지보존은 보존유적과 새롭게 제시한 복토유적 두 가지만 포함시키고, 나머지 이전활용유적과 기록보존유적은 사업 시행이 가능한 보존조치 유형으로써 현지보존과 대비되는 대체보존 유형으로 제시하였다. 복토유적도 보존유적과 다르게 사업 시행이 가능한 유형으로 제시하였다.

• Journal of Forest and Environmental Science
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• 제28권4호
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• pp.278-281
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• 2012

Comparative sequence analyses were conducted on complete mtDNA sequences from four small mammal species in Korea and revealed the presence of 30 well conserved sequences in various regions of the complete mtDNA sequences. The conserved sequences were found in 9 regions in protein coding genes, 10 regions in tRNA genes, 10 in rRNA genes, one region in replication origin and 2 regions in D loop. They could be used to design primers for amplifying complete mtDNA sequences of small mammals.