• 제목/요약/키워드: clinical strains

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구제역바이러스 신속진단을 위한 pan-serotype reverse transcription loop-mediated isothermal amplification (RT-LAMP) 진단법 (Pan-serotype reverse transcription loop-mediated isothermal amplification (RT-LAMP) for the rapid detection of foot-and-mouth disease virus)

  • 임다래;박유리;박선영;김혜령;박민지;구복경;나진주;유소윤;위성환;전효성;김지정;전보영;이형우;박최규
    • 한국동물위생학회지
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    • 제41권1호
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    • pp.29-39
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    • 2018
  • In this study, we developed a sensitive and specific reverse transcription loop-mediated isothermal amplification (RT-LAMP) assay for rapid visual detection of foot-and-mouth disease virus (FMDV) circulated in Korea. The RT-LAMP was completed in 40 min at $62^{\circ}C$ and the results of the assay were directly detected by naked eye without any detection process. The assay specifically amplified all 7 serotypes of FMDV RNAs but not amplified other viral and cellular nucleic acids. The sensitivity of the RT-LAMP was $10^2$, $10^3$ and $10^3TCID_{50}/mL$ for serotype O, A and Asia 1 FMDV, respectively, which was comparable to conventional reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR) and relatively lower than that of real time quantitative RT-PCR (qRT-PCR). Clinical evaluation of the RT-LAMP using different serotypes of Korean and foreign FMDV strains showed a 100% (35/35) agreement with the results of the RT-PCR and qRT-PCR. These results indicated that RT-LAMP assay developed in this study could be a valuable diagnostic method for FMDV monitoring and surveillance.

Phototoxic effect of blue light on the planktonic and biofilm state of anaerobic periodontal pathogens

  • Song, Hyun-Hwa;Lee, Jae-Kwan;Um, Heung-Sik;Chang, Beom-Seok;Lee, Si-Young;Lee, Min-Ku
    • Journal of Periodontal and Implant Science
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    • 제43권2호
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    • pp.72-78
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    • 2013
  • Purpose: The purpose of this study was to compare the phototoxic effects of blue light exposure on periodontal pathogens in both planktonic and biofilm cultures. Methods: Strains of Aggregatibacter actinomycetemcomitans, Fusobacterium nucleatum, and Porphyromonas gingivalis, in planktonic or biofilm states, were exposed to visible light at wavelengths of 400.520 nm. A quartz-tungsten-halogen lamp at a power density of $500mW/cm^2$ was used for the light source. Each sample was exposed to 15, 30, 60, 90, or 120 seconds of each bacterial strain in the planktonic or biofilm state. Confocal scanning laser microscopy (CSLM) was used to observe the distribution of live/dead bacterial cells in biofilms. After light exposure, the bacterial killing rates were calculated from colony forming unit (CFU) counts. Results: CLSM images that were obtained from biofilms showed a mixture of dead and live bacterial cells extending to a depth of $30-45{\mu}m$. Obvious differences in the live-to-dead bacterial cell ratio were found in P. gingivalis biofilm according to light exposure time. In the planktonic state, almost all bacteria were killed with 60 seconds of light exposure to F. nucleatum (99.1%) and with 15 seconds to P. gingivalis (100%). In the biofilm state, however, only the CFU of P. gingivalis demonstrated a decreasing tendency with increasing light exposure time, and there was a lower efficacy of phototoxicity to P. gingivalis as biofilm than in the planktonic state. Conclusions: Blue light exposure using a dental halogen curing unit is effective in reducing periodontal pathogens in the planktonic state. It is recommended that an adjunctive exogenous photosensitizer be used and that pathogens be exposed to visible light for clinical antimicrobial periodontal therapy.

The mechanism of quinolone resistance in staphylococcus aureus

  • Lee, Youn Yeong;Kong, Jaeyang;Youngha Rhee;Kim Eun Hee
    • 미생물학회지
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    • 제30권5호
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    • pp.360-365
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    • 1992
  • Sataphylococcus aureus의 퀴놀론계 약물에 대한 내성 기착을 이해하고자 ofloxacin에 내성을 보이는 임상 채취 8 균주의 Sataphylococcus aureus (ORSA)에 대하여 MIC 검사, gyrA 유전자 부근의 Southern 분석 및 아미노산 26번에서 121번까지를 포함하는 290bp의 gyrA 유전자 일부(gyrA-290)의 염기 서열 분석을 행하였다. ORSA 들은 퀴놀론계 약물에 대하여 높은 수준의내성을 보였으며(8-250 배의 MIC 증가), ${\beta}-lactam$계 약물에 대하여도 상당한 수준의 내성(2-32배의 MIC 증가)을 보였다. 하지만 ORSA 들은 vancomycin에 관한 감수성의 변화를 보이지는 않았다. ORSA에 대하여 Southern 분석을 실시한 결과, HindIII, PstI 및 AluI의 경우에는 gyrA 유전자 부근에서 RFLP가 발견되었다. GyrA 유전자를 더 분석하고자 gryA-290 부분을 중합효소 연쇄반응(PCR)으로 증폭하여 pTZ 벡터에 클론하였다. gryA-290의 염기 서열을 분석한 결과, 8 ORSA 균주 모두에 관하여 점 돌연변이의 결과로 Ser-84이 Leu-84으로 치환됨이 밝혀졌다. 이로서 gyrA 유전자의 84번째 아미노산의 치환이 Staphylococcus aureus의 퀴놀론 내성 발현의 중요한 기작 중 하나일 가능성이 있다고 생각된다.

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개똥쑥에서 분리(分離)된 artemisinin이 가토(家兎) IgG에 의해 유발(誘發)된 생쥐의 현독성(賢毒性) 혈청사구체현염(血淸絲球體賢炎)에 미치는 영향(影響) (The effect of artemisinin on the rabbit IgG accelerated nephrotoxic serum glomerulonephritis in mice)

  • 주전
    • 혜화의학회지
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    • 제4권2호
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    • pp.335-336
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    • 1996
  • Artemisinin, a new antimalarial to treat patients infected with strains of Plasmodium jalciparum, derived from the plant Artemisia annua Linn, has immunopharmacologic actions such as enhence the PHA -induced lymphocyte transformation rate, increased the weight of spleen but reduced the weight of thymus, reduced phagocytic function of peritoneal macrophage, remarkably reduced the level of serum IgG and hemolysin fonning capacity (sentitized with SRBC), inhibited the activity of Ts cells of donor mice by supraoptimal immunuization(SOI), but enhenced activity of Ts cells of recipient mice by SOI. These results suggested that Ts cells may be the target cells of artemisinin. To the serum complement C3 level of plasmodium berghei-infeted mice, artemisinin (i. m,) could remarkly increase it. The artemisinin also obviously reduced the prostaglandin E(PGE) in the mouse hind paw swelling induced by carrageenin. Numerous studies have demonstrated that pharmacologic doses of PGE attenuate the development of immunocomplex nephritis. Some autologous immune mechanisms may be invoolved In the pathogensis of some types of glomurulonephritis. Glomerular abnormalities can be induced in animals by variety of immunological manipulations. The resulting disorder has many clinical and pathogical similarities to the disease in human. Our purpose was therefore to test the ability of the artemisinin to lessen the severity of rabbit IgG accelerated nephrotoxic serum glomerulonephritis in mice model. Mice which had treated with rabbit IgG and NTS, administrated with saline, showed Significant inceases of urinary protein, cholesterol level, and decrease of serum albumin in NS group. On the contrary, By i.g. adminstration of artemisinin at dose of 12.5, 25 and 50 mg/kg for 14 days after NTS injection, shown that artemisinin inhibited the nephritic changes in some parameters by means of urinary protein(p<0.05, p<0.01) and serum choleterol(p<0.05, p<0.01) and albumin (p<0.05, p<0.01), blood urea nitrogen (p<0.05, p<0.01), serum albumin(p<0.05, p<0.01); Cyclophosphamide(i.p. 10mg/kg for 14d) had almost same effect as the artemisinin had. Morphological studies shown that The picture of kidney from the mouse with NTS-nephritis accerated with rabbit IgG, treated with i.g. saline as the control, the mesangiocapillary were enlarged and proliferated; There were inflammatory cells infiltrating around the glomeruli; The ethelial cell were proliferated in the wall of Bowman's capsule. Histopatholological picture of kidney from the NTS-nephritis accerated with rabbit IgG mouse treated with i.p. 10mg/kg cyclophosphamide as the positive control. No siginicant histopathological evidence were found. Treaded with i.p. 12.5mg/kg artemisinine, the picture shown that mesangiocapillary were lightly proliferated; There were inflammatory cells infiltrating around the glomeruli; Treaded with i.p. 25mg/kg artemisinine, The picture shown that the mesangiocapillary were lightly proliferated; Treaded with i.p. 50mg/kg artemisinine, The picture shown that both the mesangiocapillary proliferated and the inflammatory cells infiltrating around the glomeruli are less than treated with saline, 12.5 and 25 mg/kg artemisinine. On the basis of these studies we conclude that the artemisinin can relieve pathological change caused by NTS-nephritis aacerated with rabbit IgG.

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Influence of the Adjuvants and Genetic Background on the Asthma Model Using Recombinant Der f 2 in Mice

  • Chang, Yoon-Seok;Kim, Yoon-Keun;Jeon, Seong Gyu;Kim, Sae-Hoon;Kim, Sun-Sin;Park, Heung-Woo;Min, Kyung-Up;Kim, You-Young;Cho, Sang-Heon
    • IMMUNE NETWORK
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    • 제13권6호
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    • pp.295-300
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    • 2013
  • Der f 2 is the group 2 major allergen of a house dust mite (Dermatophagoides farinae) and its function has been recently suggested. To determine the optimal condition of sensitization to recombinant Der f 2 (rDer f 2) in murine model of asthma, we compared the effectiveness with different adjuvants in BALB/c and C57BL/6 mice. Mice from both strains sensitized with rDer f 2 by intraperitoneal injection or subcutaneous injection on days 1 and 14. The dosage was $20{\mu}g$. Freund's adjuvants with pertussis toxin (FP) or alum alone were used as adjuvants. On days 28, 29, and 30, mice were challenged intranasally with 0.1% rDer f 2. We evaluated airway hyperresponsivenss, eosinophil proportion in lung lavage, airway inflammation, and serum allergen specific antibody responses. Naive mice were used as controls. Airway hyperresponsiveness was increased in C57BL/6 with FP, and BALB/c with alum (PC200: $13.5{\pm}6.3$, $13.2{\pm}6.7$ vs. >50 mg/ml, p<0.05). The eosinophil proportion was increased in all groups; C57BL/6 with FP, BALB/c with FP, C57BL/6 with alum, BALB/c with alum ($24.8{\pm}3.6$, $20.3{\pm}10.3$, $11.0{\pm}6.9$, $5.7{\pm}2.8$, vs. $0.0{\pm}0.0$%, p<0.05). The serum allergen specific IgE levels were increased in C57BL/6 with FP or alum (OD: $0.8{\pm}1.4$, $1.1{\pm}0.8$, vs. $0.0{\pm}0.0$). C57BL/6 mice were better responders to rDer f 2 and as for adjuvants, Freund's adjuvant with pertussis toxin was better.

병원성 세균에 대한 마늘추출물의 항균효과 (Antimicrobial Effect of Garlic Extract against Pathogenic Bacteria)

  • 문원희;육근돌
    • 디지털융복합연구
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    • 제12권10호
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    • pp.477-484
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    • 2014
  • 본 연구는 마늘추출물의 병원성 세균에 대한 항균효과를 검증하기 위한 목적으로 시행된 실험연구이다. 항균효과의 대조 항생제로서 Ampicillin $10{\mu}g$(BBL)을 사용하였다. 실험은 2013년 11월과 2014년 1월로 두 차례에 걸쳐 진행하였다. Kirby-Bauer의 disc diffusion method에 따라 감수성을 측정하였고 CLSI에서 제시한 판독기준에 따라 감수성 여부를 판독하였다. 연구결과, 생마늘은 추출법과 관계없이 Ampicillin $10{\mu}g$에 비해 항균효과가 높게 나타났다. 반면 흑마늘은 제조법과 추출방법과 관계없이 4종의 균주에서 저항성을 발현하였다. CLSI의 감수성 판독기준에 따르면 S. aureus와 E. coli에 Ampicillin $10{\mu}g$은 강력한 항균효과를 발현한 반면, 모든 균주들이 흑마늘 추출물에는 저항성을 발현하였다. 다만, 15일의 자연숙성발효한 흑마늘의 에탄올 추출물은 S. aureus와 E. coli에서 성장저지환이 각각 8 mm와 7 mm로 나타나 항균효과의 가능성을 발견하였다는 점에서 본 연구의 의의가 있다하겠다. 향후 마늘의 천연식품보존제 개발 가능성을 검증하기 위해서 흑마늘의 다양한 추출법을 활용한 항균효과에 대한 반복 연구를 제언한다.

임상에서 분리된 Metallo-β-lactamase 생성 Pseudomonas aeruginosa의 분자역학 (Molecular Epidemiology of Metallo-β-lactamase Producing Pseudomonas aeruginosa Clinical Isolates)

  • 최명원
    • 생명과학회지
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    • 제22권9호
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    • pp.1268-1276
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    • 2012
  • 사람의 감염증 치료에 사용되는 carbapenem계 약제에 대한 내성균의 출현 및 확산은 감염증 치료를 제한할 뿐만 아니라 집단 발병의 원인이 될 수 있다. 이에 본 연구에서는 ${\beta}$-lactam 약제에 내성을 갖는 Pseudomonas aeruginosa (P. aeruginosa)를 대상으로 metallo-beta-lactamase (MBL)의 유전형을 규명함으로써 내성세균의 감염증 치료지침 및 확산방지책 마련에 기초 자료를 제공하고자 하였다. 본 연구의 대상이 된 254개의 임상 검체 중에서 42주의 P. aeruginosa 를 분리하여 imipenem 혹은 meropenem에 내성을 나타내는 Hodge 변법과 EDST에서 각각 28주와 23주가 양성반응을 보였다. DNA의 염기서열 분석결과 $bla_{IMP-6}$ 유전자 보유균이 8주, $bla_{VIM-2}$ 유전자 보유균이 17주로 59.5%(25/42)가 MBL을 생성하는 것으로 나타났다. $bla_{IMP-6}$의 유전자 환경은 $bla_{IMP-6}$-qac-aacA4-$bla_{OXA-1}$-aadA1 유전자 배열을 지니고 있었다. 또한 ERIC PCR 결과 IMP-6과 VIM-2를 생성하는 일부 균주에서 역학적 연관성이 있음이 확인되었다. 본 연구에서 분리한 carbapenem계 항균제 내성 P. aeruginosa가 보유한 $bla_{IMP-6}$ 유전자는 대구지역에서 발병이 보고된 유전자의 gene cassette와 일치하는 것으로 확인되었다. 따라서 이들 세균이 지역사회에 정착하고 있고 이들을 보유한 세균에 의한 감염증 치료시 치료약제에 대한 선택압을 증가시킬 것으로 우려된다. 그러므로 항균제 내성 검사를 통하여 적절한 항균제를 선택하고, 항균제 내성균들의 출현과 확산을 막는 연구가 계속되어야 할 것으로 생각된다.

막투과성 변화로 인한 대황의 Candida albicans에 대한 항진균 활성 (Antifungal Activity of Rheum undulatum on Candida albicans by the Changes in Membrane Permeability)

  • 이흥식;김연희
    • 미생물학회지
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    • 제50권4호
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    • pp.360-367
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    • 2014
  • Candida albicans는 면역력이 약화된 환자의 표재성에서 전신적 감염까지 다양한 부위에서 감염을 유발시킬 수 있는 기회 감염적 병원성 진균이다. C. albicans는 효모형에서 균사형으로 변환될 수 있으며 이 때 바이오필름을 형성할 수 있다. 바이오필름과 관련된 C. albicans의 감염은 일반적으로 통상적인 항진균제에 대해 내성을 보이므로 새로운 항진균제에 대한 개발이 절실하다. 대황(Rheum undulatum)은 전통적으로 한국과 중국에서 하제나 소염제로 사용되는 약용 식물이다. 본 연구의 목적은 R. undulatum이 캔디다증 환자로부터 분리한 C. albicans 바이오필름 형성 균주에 대한 바이오필름 형성 억제효과와 이에 대한 항진균 활성 기작을 알아보는 것이다. R. undulatum (0.098 mg/ml)은 12종의 바이오필름 형성 임상균주의 캔디다 바이오필름을 $49.4{\pm}6.0%$ 감소시켰고 C. albicans의 폴리스티렌 표면으로의 부착을 억제시켰다. CFDA, AM과 propidium iodide로 이중 염색한 결과 R. undulatum은 C. albicans의 세포막을 손상시켰으며 propidium iodide와 neutral red로 염색하여 공초점 레이저 현미경과 위상차 현미경으로 관찰한 결과 C. albicans의 세포용해를 야기함을 관찰할 수 있었다. Crystal violet 흡수율 실험으로 R. undulatum에 의한 세포막 투과성의 변화를 관찰하였다. 따라서 R. undulatum은 세포막의 손상과 세포막의 투과성 변화로 야기된 세포의 용해와 관련된 항진균 활성이 C. albicans의 바이오필름 형성을 억제하는 것으로 보여진다. 본 연구의 결과는 R. undulatum이 바이오필름과 관련된 캔디다의 감염을 치료하고 제거하기 위한 천연물 기반 항진균제 개발에 대한 좋은 후보물질임을 보여준다.

Diagnostic Evaluation of Non-Interpretable Results Associated with rpoB Gene in Genotype MTBDRplus Ver 2.0

  • Singh, Binit Kumar;Sharma, Rohini;Kodan, Parul;Soneja, Manish;Jorwal, Pankaj;Nischal, Neeraj;Biswas, Ashutosh;Sarin, Sanjay;Ramachandran, Ranjani;Wig, Naveet
    • Tuberculosis and Respiratory Diseases
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    • 제83권4호
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    • pp.289-294
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    • 2020
  • Background: Line probe assay (LPA) is standard diagnostic tool to detect multidrug resistant tuberculosis. Non-interpretable (NI) results in LPA (complete missing or light wild-type 3 and 8 bands with no mutation band in rpoB gene region) poses a diagnostic challenge. Methods: Sputum samples obtained between October 2016 and July 2017 at the Intermediate Reference Laboratory, All India Institute of Medical Sciences Hospital, New Delhi, India were screened. Smear-positive and smear-negative culture-positive specimens were subjected to LPA Genotype MTBDRplus Ver 2.0. Smear-negative with culture-negative and culture contamination were excluded. LPA NI samples were subjected to phenotypic drug susceptibility testing (pDST) using MGIT-960 and sequencing. Results: A total of 1,614 sputum specimens were screened and 1,340 were included for the study (smear-positive [n=1,188] and smear-negative culture-positive [n=152]). LPA demonstrated 1,306 (97.5%) valid results with TUB (Mycobacterium tuberculosis) band, 24 (1.8%) NI, three (0.2%) valid results without TUB band, and seven (0.5%) invalid results. Among the NI results, 22 isolates (91.7%) were found to be rifampicin (RIF) resistant and two (8.3%) were RIF sensitive in the pDST. Sequencing revealed that rpoB mutations were noted in all 22 cases with RIF resistance, whereas the remaining two cases had wild-type strains. Of the 22 cases with rpoB mutations, the most frequent mutation was S531W (n=10, 45.5%), followed by S531F (n=6, 27.2%), L530P (n=2, 9.1%), A532V (n=2, 9.1%), and L533P (n=2, 9.1%). Conclusion: The present study showed that the results of the Genotype MTBDRplus assay were NI in a small proportion of isolates. pDST and rpoB sequencing were useful in elucidating the cause and clinical meaning of the NI results.

석류 껍질추출물이 식중독균 여시니아 엔테로콜리티카의 쿼럼센싱과 바이오필름 형성능 억제 (Pomegranate (Punica granatum L.) Peel Extract Inhibits Quorum Sensing and Biofilm Formation Potential in Yersinia enterocolitica)

  • 오수경;장현주;전향숙;김현진;이나리
    • 한국미생물·생명공학회지
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    • 제43권4호
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    • pp.357-366
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    • 2015
  • 쿼럼센싱은 세포 간의 의사소통 방법이며 박테리아의 병원성과 관련된 유전자들의 조절메커니즘이다. 박테리아는 다양한 생리학적 과정들을 제어하기 위해 이 쿼럼센싱 시스템을 활용한다. 본 연구에서 석류(Punica granatum L.) 껍질 추출물이 바이오 리포터 균주인 Chromobacterium violaceum 과 C. violaceum CV026에서 쿼럼센싱 억제능을 갖는 것으로 1차 선별되어 식중독균인 Y. enterocolitica에서 편모에 의한 운동능과 바이오필름형성 억제능에 대한 석류껍질 추출물의 효과에 대한 다음 실험을 수행하였다. 추가로 N-acylhomoserine lactones (AHLs)의 합성(yenI and yenR)과 편모 레귤론(fliA, fleB and flhDC) 에 관련된 특정유전자의 발현변화를 역전사 중합효소연쇄반응법으로 평가하였다. 결과는 석류껍질 추출물이 C. violaceum CV026에서 쿼럼센싱으로 제어되는 바이오레신 생산을 78.5%까지 억제하였으며, Y. enterocolitica에서는 세포의 성장에 영향을 주지 않고 바이오필름 형성과 편모 운동성을 현저히 감소시키는 것을 확인할 수 있었다. 이러한 억제 효과는 AHLs의 합성과 운동성에 관여하는 유전자 발현을 down-regulation 하는 결과와도 일치하였다. 본 연구의 결과는 석류껍질 추출물의 임상 적용을 위하여 생체 내 특성에 대한 추가적인 연구가 필요하다는 것뿐 아니라 석류껍질 추출물이 사람의 위장관염을 방지하기 위한 잠재적인 치료제가 될 수 있다는 것을 보여준다.