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생존시간과 연관된 유전자 간의 교호작용에 관한 다중차원축소방법의 확장 (An extension of multifactor dimensionality reduction method for detecting gene-gene interactions with the survival time)

  • 오진석;이승연
    • Journal of the Korean Data and Information Science Society
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    • 제25권5호
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    • pp.1057-1067
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    • 2014
  • 인간게놈 프로젝트 이후 질병과 연관된 변이유전자를 탐색하기 위해 유전형질의 차이에 영향을 주는 단일 유전자를 중심으로 전장유전체 연관성 연구가 활발하게 진행되어왔다. 그러나 전장유전체 연관성 연구에서 접근한 단일유전자 분석방법에 한계점이 발견되면서 최근에는 다중유전자 분석방법이나 유전자-유전자간의 상호작용에 대한 연구들이 활발하게 진행 중이다. 이 중 다중차원축소방법은 유전자-유전자간의 상호작용의 연관성을 찾아내기 위하여 고차원을 일차원으로 축소하는 방법으로 이진형 반응변수를 기반으로 크게 활용되고 있다. 본 논문에서는 이 방법을 생존시간으로 확장하여 생존시간과 연관된 유전자-유전자간의 상호작용을 찾아내는 방법을 제안하고자 한다. 구체적으로 가속화 고장시간 회귀모형 하에서 표준화잔차 스코어를 분류기준으로 사용하여 다중차원축소방법을 적용하는 방법으로 AFT-MDR이라고 지칭하였다. 시뮬레이션 연구를 통하여 기존에 제안된 Surv-MDR과 Cox-MDR과의 검정력을 비교하였으며 국내의 백혈병환자 자료분석에 적용하였다. 시뮬레이션 결과로부터 AFT-MDR은 유전율이 높을수록 검정력이 커지며 회귀모형에 기반하여 공변량의 효과를 고려할 수 있다는 장점이 있으나 센서링 비율이 높아지면서 검정력이 매우 떨어진다는 단점이 발견되었다. 따라서 이를 보완하기 위한 추후연구의 필요성이 요구된다.

모의실험을 통한 두 처리군간 치료율 비교방법 연구 (Simulation Study for Statistical Methods in Comparing Cure Rates between Two Groups)

  • 박미라;이재원;진서훈
    • 응용통계연구
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    • 제17권2호
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    • pp.253-267
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    • 2004
  • 임상시험중에는 소아암연구에서와 같이 환자 중의 상당수에서 사망 또는 재발이 오랜 기간 일어나지 않고 완치된 것으로 보이는 경우가 있다. 이 경우 연구자는 생존함수의 전반적인 비교보다는 치료율의 비교에 더 관심이 있을 것이다. 본고에서는 치료율의 비교를 위한 여러 모수적, 비모수적 방법들을 소개하고, 생존분포, 치료율, 중도절단을 등을 다양하게 설정한 모의실험을 통하여 각 방법들의 검정력과 유의수준을 비교하였다.

COVID-19 바이러스 잠복 시간 분포 추정과 치사율 추정을 위한 생존 분석의 적용 (Statistical analysis of estimating incubation period distribution and case fatality rate of COVID-19)

  • 기한정;김지은;김소희;박주원;이주행;김양진
    • 응용통계연구
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    • 제33권6호
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    • pp.777-789
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    • 2020
  • COVID-19는 지난 2019년 12월부터 중국에서 발생하여 전세계적으로 확산된 대유행병이 되었다. 본 연구에서는 한국 질병 관리 본부에서 공개한 오픈 자료를 이용하였으며 시각화 기법을 통해 확진자의 남녀별 지역별 추세를 조사하였다. 또한 평균 바이러스 잠복기간을 추정하기 위해 감염원이 알려진 두 감염 그룹의 증상 발현 시점과 양성 확진 시점을 활용하였다. 하지만 양성 확진자 중 86%가 무증상으로 정확한 증상 발현시점을 알 수 없었다. 또한 주어진 자료에서는 감염시점도 알려져 있지 않아 감염시점과 증상 발현 시점차로 정의되는 잠복기간은 정확하게 측정하기가 어렵다. 이에 생존 분석의 한 기법인 구간 중도 절단을 적용하여 잠복기간의 분포를 추정하였다. 여러가지 모수 분포를 적용한 결과 최적의 분포하에서 평균 잠복 기간은 5.4일 (95% 신뢰구간 (4.70,6.01)일)이었다. 본 분석에서는 확진자 표본을 이용하여 치사율과 치유율을 구하기 위해 경쟁 위험 모형을 적용하였다. 분석 결과 50대이상의 치사 위험률은 50대미만 그룹의 30배이상이며 남성 양성 확진자가 사망할 확률이 더 높았다. 또한 여성이고 나이가 젊고 무증상일 때 치유될 가능성이 더 높았다.