• 미생물학회지
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• 제55권3호
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• pp.220-225
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• 2019

최근 10년간 미생물생태분석 기반의 연구는 차세대염기서열분석법이 개발된 이래로 지속적으로 증가하고 있다. 장내미생물생태와 건강의 연관성은 미생물 생태학 분야에 있어서 중요한 결과로 여겨지고 있다. 미생물 군집 분석은 주로 16S rRNA 유전자 가변 영역의 염기서열을 통해 분석되지만 이는 미생물의 활성 정보를 제공하지 않는다. 본 연구에서는 cDNA 기반의 미생물 생태분석을 수행하고 DNA 및 cDNA기반의 미생물생태분석 결과를 비교하였다. 두 가지의 서로 다른 접근법이 Butyrate producer와 probiotics와 같이 장내 대사과정에서 중요한 미생물의 abundance 뿐만 아니라 비만 지표로 알려진 Firmicutes 와 Bacteroidetes의 비율에 있어서 차이가 있음을 나타내었다. 따라서, cDNA 기반 미생물 군집은 이전에 수행된 DNA 기반 미생물 군집 분석과 비교하여 장내미생물생태의 역할과 관련된 또 다른 분석 방향성을 제공한다.

• 생명과학회지
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• 제14권2호
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• pp.255-262
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• 2004

본 연구는 남해안에서 발생되는 유해성 C. polykrikoides 조기적조를 예측하기 위한 기법으로 DAPI로 염색시킨 DNA와 단백질 함량변화를 단기간으로 조사했다. 조사기간 중의 환경요인, 영양염 (질산, 아질산, 인산염) 농도는 조사지점이나 시기에 관계없이 거의 비슷하게 보였다. 그러나 C. polykrikoides 밀도는 조사지점에 따라 현저하게 다르게 나타났다. 2000년 8월 초순의 경우 C2, C5, C6에서 리터 당34, 62, 57세포를 각각 출현했으며, 8월 중순에는 C3에서 최고 547 세포가 보였다. C. polykrikoides 출현밀도와 DNA 및 단백질 함량과는 양성적인 상관관계를 보였다. 특히 C. polykrikoides 세포밀도가 아주 낮을 경우에 높은 상관값을 나타내었다. 따라서 DNA 및 단백질 함량변화 기법은 C. polykrikoides 조기적조를 쉽게 예측 할 수 있는 중요한 도구도 이용될 수 있다.

• BMB Reports
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• 제32권5호
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• pp.502-505
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• 1999

cDNA fragments of ovine liver pyridoxal kinase were amplified by PCR using degenerate oligonucleotide primers derived from partial amino acids sequences of the enzyme. Using PCR products as probes, several overlapping cDNA clones were isolated independently from an ovine liver and a human brain cDNA library. The largest cDNA clone for each was selected for sequence analysis. The ovine liver cDNA encodes a polypeptide of 297 amino acid residues with Mr of 32,925, whereas the human clone is comprised of an open reading frame encoding 312 amino acid residues with Mr of 35,102. The deduced sequence of the human brain enzyme is completely identical to that of human testes cDNA recently reported (Hanna et al., 1997). The ovine enzymes have approximately 77% sequence identity with the human enzyme although the two sequences are completely different in the N-terminus comprising 32 residues. This result suggests that pyridoxal kinase is highly homologous in mammalian species.

• 한국연초학회지
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• 제21권1호
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• pp.57-63
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• 1999

Pokeweed antiviral protein II (PAP-II) encoding cDNA was synthesized by reverse-transcriptase polymerase chain reaction (RT-PCR) from Phytolacca american a leaf. The PAP-II cDNA fragment of 974bp was subcloned to pBluescript II SK- SmaI site and the inserted PAP-II cDNA fragment was sequenced by dideoxy sequencing method. The number of nucleotides of PAP-II cDNA coding region containing start and stop codon was 933bp. To develop a virus-resistant tobacco plant, PAP-II cDNA fragment was inserted to pKGT101B and the insertion of PAP-II cDNA fragment was confirmed by restriction enzyme analysis and colony PCR.

• 한국축산식품학회지
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• 제25권2호
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• pp.218-225
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• 2005

본 연구는 mt DNA의 D-loop 영역을 probe로 이용한 Southern blot hybridization 분석 기법을 이용하여 한우에서 mt DNA의 RFLP를 분석하고 RFLP marker가 유생산에 미치는 영향을 분석하여 산유량 관련 DNA marker를 개발하고자 수행하였다. Mt DNA의 D-loop 영역내 404번부터 15061까지 1142 bp 크기의 염기 서열 부위를 특이적인 primer를 이용하여 PCR로 증폭하였다. Mt DNA를 HpaII, BamHI, XbaI, HinfI, EcoRI, HindII 및 RsaI 7종류의 제한효소를 이용하여 각각 절단한 후 DIG로 표지된 D-loop probe를 이용하여 검출한 결과 XbaI, RsaI, BamHI 및 HpaII 4종류의 제한효소에서 각각 RFLP 다형성이 검출되었고 EcoRI, HindIII 및 HinfI 3종류 제한효소는 변이가 존재하지 않았다. 다유 계통과 저유 계통 선발 집단간의 각 제한효소별 RFLP type의 출현빈도를 비교한 결과 BamHI 및 RsaI 제한효소에서 두 집단간의 RFLP type의 출현율에 각각 통계적 유의성(P<.05)이 인정되었다. 다유 및 저유성으로 극단의 육종가 값을 갖는 두 계통의 mt DNA D-loop영역의 염기 서열을 비교 분석한 결과 441번째 염기가 G/C, 469번째 염기는 T/C, 503번째 염기는 C/T, 569번째 염기는 G/A, 614번째 염기는 C/A그리고 644번째 염기는 C/T로 각각 염기가 치환되었고 특히, 다유 계통 개체의 677번째의 A염기가 저유 계통 개체에서는 결실되어 있다는 사실이 확인되었다. 한편, 한우 암소의 유생산에 영향을 미치는 효과를 규명하기 위하여 mt DNA RFLP 형과 송아지 이유시 체중, 생시체중 및 비유량을 측정하여 얻어진 육종가의 성적을 근거로 통계 분석한 결과 XbaI 제한효소의 RFLP type이 산유 능력 육종가와 유의적인 관련성이 확인되었다 (P<05). 즉, RFLP A type을 갖는 축군의 평균 육종가 추정치가 6.233으로 B type을 갖는 축군의 평균 육종가 추정치 0.757보다 월등히 높은 것으로 나타났다. 결론적으로 산유량과 관련성이 확인된 mt DNA RFLP type은 한우의 산유량 향상을 위한 DNA marker로 이용 가능할 것으로 기대된다.

• BMB Reports
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• 제28권5호
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• pp.402-407
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• 1995

Single-run Partial cDNA sequencing was conducted on 1,592 randomly selected human fetal liver cDNA clones of Korean origin to isolate novel genes related to liver functions. Each partial cDNA sequence determined was analyzed by comparing it with the databases. GenBank, Protein Information Resource (PIR) and SWISS-PROT Protein Sequence Data Bank. From a set of 1.592 cDNA clones reported here, 1,433 (90.0% of the total) were informative cDNA sequences. The other 159 clones were identified as DNA sequences which had originated from the cloning vector. Among 1,433 informative partial cDNA sequences, 851 (59.3%) clones were revealed to be identical to known human genes. These known genes have been classified into 225 different kinds of genes. In addition, 340 clones (23.7%) showed various degrees of homology to previously known human genes. Ninety four (6.6%) clones contained various repeated sequences. Twenty four (1.7%) partial cDNA sequences were found to have considerable homology to known genes from evolutionarily distant organism such as yeast, rice, Arabidopsis, mouse and rat, based on database matches, whereas 124 (8.7%) had no Significant matches. Human homologues to functionally characterized genes from different organisms could be classified as candidates for novel human genes of similar functions. Information from the partial cDNA sequences in this study may facilitate the analysis of genes expressed in human fetal liver.

• 약학회지
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• 제45권4호
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• pp.426-430
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• 2001

Cells are eliminated in a variety of physiological settings by apoptosis, a genetically encoded process of cellular suicide. Bak, a member of the Bcl-2 protein family, accelerates apoptosis by an unknown mechanism. We have found a novel cDNA encoding a 101 amino acid protein possessing a Bak-like in our full-length cDNA bank. Bak-like shares the conserved domains BHI and 2 with other proapoptotic proteins but lacks the BH3 domain. Bak-like is expressed in a wide variety of tissues. Like Bak, Bak-like gene product primarily enhances apoptotic cell death following an appropriate stimulus.

• 한국응용곤충학회지
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• 제30권2호
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• pp.138-143
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• 1991

배추흰나비 P. rapae와 P. brassicae GV의 DNA성상과 이를 기초로한 상동성을 검정한 결과 Tm값에서는 P. rapae GV DNA는 $83.7^{\circ}C$이고, P. brassicae GV DNA의 경우는 $84.0^{\circ}C$로 G+C 함량은 전자가 35.5%, 후자가 35.9%였다. 그리고 제한산소처리에 의한 DNA의 분석에서는 P. Rapae GV의 genome의 크기는 103 kb, P. brassicae GV DNA는 108kb로 나타났으며, 두바이러스 간의 상동성은 97.0%였다.

• Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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• 제16권8호
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• pp.3301-3306
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• 2015

Nucleolin (C23) is an important anti-apoptotic protein that is ubiquitously expressed in exponentially growing eukaryotic cells. In order to understand the impact of C23 in radiation therapy, we attempted to investigate the relationship of C23 expression with the radiosensitivity of human non-small cell lung cancer (NSCLC) cells. We investigated the role of C23 in activating the catalytic subunit of DNA-dependent protein kinase (DNA-PKcs), which is a critical protein for DNA double-strand breaks (DSBs) repair. As a result, we found that the expression of C23 was negatively correlated with the radiosensitivity of NSCLC cell lines. In vitro clonogenic survival assays revealed that C23 knockdown increased the radiosensitivity of a human lung adenocarcinoma cell line, potentially through the promotion of radiation-induced apoptosis and adjusting the cell cycle to a more radiosensitive stage. Immunofluorescence data revealed an increasing quantity of ${gamma}$-H2AX foci and decreasing radiation-induced DNA damage repair following knockdown of C23. To further clarify the mechanism of C23 in DNA DSBs repair, we detected the expression of DNA-PKcs and C23 proteins in NSCLC cell lines. C23 might participate in DNA DSBs repair for the reason that the expression of DNA-PKcs decreased at 30, 60, 120 and 360 minutes after irradiation in C23 knockdown cells. Especially, the activity of DNA-PKcs phosphorylation sites at the S2056 and T2609 was significantly suppressed. Therefore we concluded that C23 knockdown can inhibit DNA-PKcs phosphorylation activity at the S2056 and T2609 sites, thus reducing the radiation damage repair and increasing the radiosensitivity of NSCLC cells. Taken together, the inhibition of C23 expression was shown to increase the radiosensitivity of NSCLC cells, as implied by the relevance to the notably decreased DNA-PKcs phosphorylation activity at the S2056 and T2609 clusters. Further research on targeted C23 treatment may promote effectiveness of radiotherapy and provide new targets for NSCLC patients.

• 한국동물학회지
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• 제39권3호
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• pp.248-256
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• 1996

본 연구의 목적은 인간의 Poly(ADP-ribose) synthetase (PARS)의 cDNA를 클로닝하여 발현시키기 위해 수행하였다. 먼저, 인간의 PARS cDNA 전체를 포함한 pPARS3.1을 pGEM-7Zf(+) 등의 발현 벡터 클로닝하였다. 이 결과로 생성된 재조합 플라스미드 pPARS6.1이 인간의 PARS cDNA 전체를 포함하고, 올바른 방향으로 삽입되었는지를 확인하기 위해 제한효소 지도를 작성하였고, random primed DNA probe을 이용한 Southern blot 분석에 의해서 PARS가 클로닝되었다는 것을 확인하였다. 또한, 염기서열 분석 결과, 단백질 합성이 시작되는 유전 암호가 정확한 순서로 위치하고 있음을 확인하였다. 재조합된 pPARS6.1의 발현을 위해 배양시 0.4 mM IPTG로 처리하여 만들어진 인간의 PARS 단백질이 10% SDS-PAGE에서 120 kDa 위치에 이동하였다는 것을 nick-translated된 DNA를 probe로 이용하여 확인하였고, Southwestern blot 실험 결과 120 kDa과 98kDa에 위치하는 단백질이 DNA와 결합함을 알 수 있었다.