Hye-Ran Kim;Choong Won Seo;Jae-Ho Lee;Sang Jun Han;Jongwan Kim
대한의생명과학회지
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제28권4호
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pp.260-275
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2022
Sterile alpha motif (SAM) domains bind to various proteins, lipids, and RNAs. However, these domains have not yet been analyzed as prognostic biomarkers. In this study, SAM domain containing 13 (SAMD13), a member of the SAM domain, was evaluated to identify a novel prognostic biomarker in various human cancers, including hepatocellular carcinoma (HCC). Moreover, we identified a correlation between SAMD13 expression and immune cell infiltration in HCC. We performed bioinformatics analysis using online databases, such as Tumor Immune Estimation Resource, UALCAN, Kaplan-Meier plotter, LinkedOmics, and Gene Expression Profiling Interactive Analysis2. SAMD13 expression in HCC samples was significantly higher than that in normal liver tissue; additionally, SAMD13 was higher in primary tumors, various stages of cancer and grades of tumor, and status of nodal metastasis. Higher SAMD13 expression was also associated with poorer prognosis. SAMD13 expression positively correlated with CD8+ T cells, CD4+ T cells, B cells, neutrophils, macrophages, and dendritic cells. In the analysis of SAMD13 co-expression networks, positively related genes of SAMD13 were associated with a high hazard ratio in different types of cancer, including HCC. In biological function of SAMD13, SAMD13 mainly include spliceosome, ribosome biogenesis in eukaryote, ribosome, etc. These results suggest that SAMD13 may serve as a novel prognostic biomarker for HCC diagnosis and provide novel insights into tumor immunology in HCC.
With advances in the understanding of the biology and genetics of colorectal cancer (CRC), diagnostic biomarkers that may predict the existence or future presence of cancer or a hereditary condition, and prognostic and treatment biomarkers that may direct the approach to therapy have been developed. Biomarkers can be ascertained and assayed from any tissue that may demonstrate the diagnostic or prognostic value, including from blood cells, epithelial cells via buccal swab, fresh or archival cancer tissue, as well as from cells shed into fecal material. For CRC, current examples of biomarkers for screening and surveillance include germline testing for suspected hereditary CRC syndromes, and stool DNA tests for screening average at-risk patients. Molecular biomarkers for CRC that may alter patient care and treatment include the presence or absence of microsatellite instability, the presence or absence of mutant KRAS, BRAF or PIK3CA, and the level of expression of 15-PGDH in the colorectal mucosa. Molecularly targeted therapies and some general therapeutic approaches rely on biomarker information. Additional novel biomarkers are on the horizon that will undoubtedly further the approach to precision or individualized medicine.
Background: The number of patients with oral cancer in India is increasing gradually (especially in younger people). Although the diagnostic modalities and therapeutic management of oral cancer are improving, the treatment outcome and prognosis of oral cancer remain poor. The absence of definite early warning symptoms for most head and neck cancers suggests that sensitive and specific biomarkers are likely to be important in screening for high-risk patients. Aims: To analyze serum adenosine deaminase (ADA) levels in oral squamous cell carcinoma (OSCC) cases who reported to our institute. Materials and Methods: A prospective study was performed on 100 histopathologically proven cases of OSCC (study group) and 100 normal healthy individuals (control group). Independent sample and one sample t-tests and one way ANOVA followed by Tuckey's POST HOC test were conducted for analysis. Results: Statistically significant increase in serum ADA levels was observed in OSCC cases compared to the control group. Also serum ADA level increased significantly with the histopathological grade. Conclusions: Serum ADA levels in OSCC may be a useful diagnostic and prognostic biomarkers in clinical practice and our findings suggest that a large-scale study is warranted to confirm clinical utility as a prognostic and diagnostic biomarker.
The aim of this study was to identify the expression of zinc finger E-box binding homeobox 1 (ZEB1), its prognostic significance, and correlation between ZEB1 and infiltrating immune cells in lung cancer. Correlation between ZEB1 and telomerase was also analyzed in different types of cancers. RNA sequencing analysis and survival rates of patients were confirmed by Gene Expression Profiling Interactive Analysis (GEPIA). The Kaplan-Meier plotter and PrognoScan databases were used to analyze the prognostic value of ZEB1 in various cancers. The Tumor IMmune Estimation Resource (TIMER) was used to determine the correlation between ZEB1 and infiltrating immune cells. Lower ZEB1 expression was lower in lung cancer and was related to poor prognosis in lung adenocarcinoma (LUAD). ZEB1 expression exhibited a significantly positive correlation with infiltration levels of immune cells in LUAD and lung squamous cell carcinoma. Furthermore, we found that the ZEB1 expression correlated with subunits of telomerase. Our findings suggest ZEB1 as a potential biomarker to be used for prognostic significance and tumor immunology in lung cancer. The correlation between the expression of ZEB1 and telomere-related gene will help in understand the cancer-promoting mechanisms.
In 2017, the American Joint Committee on Cancer announced the 8th edition of its cancer staging system. For breast cancer, the most significant change in the staging system is the incorporation of biomarkers into the anatomic staging to create prognostic stages. Different prognostic stages are assigned to tumors with the same anatomic stages according to the tumor grade, hormone receptor (estrogen receptor; progesterone receptor) status, and HER2 status. A Clinical Prognostic Stage is assigned to all patients regardless of the type of therapy used; in contrast, a Pathologic Prognosis Stage is assigned to patients in whom surgery is the initial treatment. In a few situations, low Oncotype DX recurrence scores can change the prognostic stage. The radiologists need to understand the importance of the biologic factors that can influence cancer staging.
Serine protease inhibitor Kazal type 1 (SPINK1) plays a role in protecting the pancreas against premature activation of trypsinogen and is involved in cancer progression. SPINK1 promoted LAC cells growth, migration, and invasion. Mechanistically, we found that SPINK1 promoted LAC cells migration and invasion via up-regulating matrix metalloproteinase 12 (MMP12). We observed that SPINK1 expression was only up-regulated in lung adenocarcinoma (LAC) tissues, and was an independent prognostic factor for poor survival. Our results indicate that SPINK1 might be a potential biomarker for LAC that promotes progression by MMP12.
Nasopharyngeal carcinoma (NPC) is a common tumor in southern China and south-eastern Asia. Effective strategies for the prevention or screening of NPC are limited. Exploring effective biomarkers for the early diagnosis and prognosis of NPC continues to be a rigorous challenge. Evidence is accumulating that DNA methylation alterations are involved in the initiation and progression of NPC. Over the past few decades, aberrant DNA methylation in single or multiple tumor suppressor genes (TSGs) in various biologic samples have been described in NPC, which potentially represents useful biomarkers. Recently, large-scale DNA methylation analysis by genome-wide methylation platform provides a new way to identify candidate DNA methylated markers of NPC. This review summarizes the published research on the diagnostic and prognostic potential biomarkers of DNA methylation for NPC and discusses the current knowledge on DNA methylation as a biomarker for the early detection and monitoring of progression of NPC.
Cholangiocarcinoma (CCA) is generally a rare primary liver tumor of the bile duct with extremely poor clinical outcomes due to late diagnosis. Osteopontin (OPN) is the most abundant expressed gene in intrahepatic CCA and its involvement in tumor aggressiveness suggests it could be a useful prognostic biomarker. However, the prognostic significance of OPN expression in CCA is still controversial. We therefore immunohistochemically studied OPN expression in 354 resected CCAs and correlated the results with patient clinicopathological parameters. OPN expression was separately scored according to the percentage of cancer cells or degree of stromal tissue staining and classified as low (score 0-1) and high (score 2-3). OPN expression in CCA cells was found in 177 out of 354 patients (56.5%), whereas stroma was positive in 185 out of 354 patients (52.3%). Univariate analysis with several of the aforementioned parameters revealed that stromal but not cancer cell OPN expression was significantly associated with tumor size, tumor direct invasion into normal liver parenchyma, regional lymph node metastasis and higher staging. The combination of cancer cell and stromal OPN expression demonstrated a positive trend for linkage with lymph node metastasis. Multivariate analysis identified gender, the presence of lymphatic permeation and lymph node metastasis, but not OPN expression, as independent prognostic factors. This study confirms the presence of stromal OPN expression in tumor aggressiveness but not survival in CCA patients.
Hye-Ran Kim;Choong Won Seo;Sang Jun Han;Jongwan Kim
대한의생명과학회지
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제29권1호
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pp.11-25
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2023
In hepatocellular carcinoma (HCC), chromosome 4 open-reading frame 47 (C4orf47) has not been so far investigated for its prognostic value or association with infiltrating immune cells. We performed bioinformatics analysis on HCC data and analyzed the data using online databases such as TIMER, UALCAN, Kaplan-Meier plotter, LinkedOmics, and GEPIA2. We found that C4orf47 expression in HCC was higher compared to normal tissues. High C4orf47 expression was associated with a worse prognosis in HCC. The correlation between C4orf47 and infiltrating immune cells is positively associated with CD4+T cells, B cells, neutrophils, macrophages, and dendritic cells in HCC. Moreover, high C4orf47 expression was correlated with a poor prognosis of infiltrating immune cells. Analysis of C4orf47 gene co-expression networks revealed that 12501 genes were positively correlated with C4orf47, whereas 7200 genes were negatively correlated. The positively related genes of C4orf47 are associated with a high hazard ratio in different types of cancer, including HCC. Regarding the biological functions of C4orf47 gene, it mainly regulates RNA metabolic process, DNA replication, and cell cycle. The C4orf47 gene may play a prognostic role by regulating the global transcriptome process in HCC. Our findings demonstrate that high C4orf47 expression correlates with poor prognosis and tumor-infiltrating immune cells in HCC. We suggest that C4orf47 is a novel prognostic biomarker and potential immune therapeutic target for HCC.
Park, JaeIn;Jang, Jae-Hyun;Park, Geun-Soo;Chung, Yunro;You, Hye Jin;Kim, Jae-Hong
BMB Reports
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제51권8호
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pp.373-377
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2018
Triple-negative breast cancer (TNBC) is considered to be a notorious type of cancer due to its aggressive metastatic potential and poor prognosis. Recent evidence suggests that BLT2, a low-affinity $LTB_4$ receptor is critically associated with the phenotypes of TNBC cells, including invasion, metastasis, and survival. Furthermore, in a group of 545 breast cancer patients with metastasis, we observed that the high-BLT2 subgroup had a lower disease-free-survival rate than the low-BLT2 subgroup. Thus, we theorized that anti-BLT2 strategies could facilitate the development of new therapies used for TNBC. This review focuses on recent discoveries regarding BLT2 and its roles in as a novel prognostic biomarker in TNBC.
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